genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  202  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68536090--68536147	29	2.0	29	100	0	116	31	24	13	31	1.94
68545220--68545485	47	5.7	45	75	15	211	28	20	28	22	1.98
68545220--68545478	94	2.8	91	79	11	267	28	20	28	22	1.98
68551368--68551431	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
68551625--68551766	24	6.0	24	91	7	220	28	21	21	28	1.99
68551625--68551766	47	3.0	48	90	8	220	28	21	21	28	1.99
68551817--68551863	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
68553833--68554042	40	5.3	40	84	2	230	26	26	22	24	2.00
68555241--68555283	21	2.1	20	91	8	77	9	37	4	46	1.57
68560541--68560691	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
68583614--68583647	17	2.0	17	94	0	59	32	23	17	26	1.97
68585456--68585777	162	2.0	162	95	0	581	17	31	21	29	1.96
68586563--68586650	45	2.0	44	90	4	133	23	32	14	27	1.94
68588588--68588679	47	1.9	48	93	4	159	34	17	10	36	1.85
68596537--68596774	49	4.8	49	82	2	278	27	18	25	28	1.98
68596532--68596761	100	2.3	98	86	5	302	27	18	25	29	1.98
68606749--68606981	49	4.7	50	81	6	276	27	18	25	29	1.98
68606749--68607027	150	1.9	149	86	3	398	27	17	25	29	1.98
68613144--68613288	43	3.4	42	75	11	143	24	17	26	31	1.97
68613170--68613280	42	2.6	43	81	9	138	26	18	24	31	1.97
68617388--68617452	34	1.9	33	87	3	94	23	23	24	29	1.99
68618894--68618972	39	2.0	40	85	2	106	56	16	15	11	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68622125--68622237	43	2.6	43	81	5	122	26	16	24	31	1.96
68625775--68625898	44	2.8	44	81	6	117	33	26	16	24	1.96
68628629--68628792	43	3.8	42	73	10	118	31	26	18	23	1.98
68633975--68634078	28	3.7	27	79	12	120	25	32	13	27	1.94
68633975--68634087	56	2.0	56	89	3	174	27	31	12	28	1.93
68634308--68634344	16	2.3	16	95	0	65	8	24	18	48	1.75
68639476--68639580	28	3.7	27	81	9	129	23	32	14	29	1.94
68639470--68639580	57	1.9	57	92	3	188	24	32	14	28	1.94
68643828--68643935	44	2.5	42	78	10	112	33	24	22	20	1.97
68646995--68647192	27	7.3	27	87	2	263	27	25	9	38	1.86
68646995--68647192	81	2.4	81	89	1	299	27	25	9	38	1.86
68647224--68647374	27	5.6	27	81	4	162	41	21	8	28	1.83
68647224--68647375	54	2.8	56	80	5	179	40	21	8	28	1.83
68648360--68648429	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
68648577--68648668	42	2.2	42	94	0	157	31	16	18	33	1.93
68648687--68648814	31	4.2	31	93	1	222	30	15	24	29	1.96
68650229--68650364	27	5.0	27	86	0	164	36	19	22	22	1.95
68650229--68650355	54	2.4	54	87	0	182	34	18	23	22	1.96
68650343--68650406	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
68650719--68650766	20	2.4	20	78	0	60	12	18	31	37	1.88
68661519--68661614	28	3.4	28	78	8	113	27	14	28	30	1.95
68663693--68663743	25	2.0	25	88	0	75	25	7	37	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68668310--68669838	761	2.0	762	96	0	2850	36	18	9	35	1.83
68677437--68677488	27	1.9	27	84	0	68	21	19	19	40	1.92
68684340--68684418	37	2.1	37	90	0	122	27	31	17	22	1.97
68684537--68684668	47	2.8	49	82	6	173	28	31	7	32	1.85
68684753--68684875	47	2.6	47	100	0	246	30	30	6	32	1.83
68684548--68684952	207	1.9	208	95	1	731	34	28	5	32	1.80
68687871--68688102	40	5.8	40	89	0	329	26	27	21	24	1.99
68689316--68689394	37	2.1	37	83	4	97	27	31	16	24	1.96
68689513--68690321	47	17.2	47	97	0	1510	29	30	8	31	1.87
68693651--68693766	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
68693667--68693928	40	6.6	40	79	8	216	24	28	20	26	1.99
68693677--68693928	80	3.2	78	79	9	242	25	28	20	26	1.99
68694217--68694295	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
68694277--68694851	43	13.4	43	95	0	1035	26	33	15	24	1.95
68702676--68702914	99	2.4	100	85	3	320	26	18	24	30	1.98
68702676--68702953	50	5.6	50	79	8	278	27	17	25	29	1.97
68711633--68712069	219	2.0	219	89	0	660	27	24	21	25	1.99
68714028--68714178	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
68718611--68718882	48	5.7	48	73	9	250	26	18	29	26	1.98
68718596--68718879	96	3.0	96	88	0	435	25	17	29	27	1.97
68722870--68722949	38	2.1	38	88	4	117	20	23	28	27	1.99
68722921--68723040	43	2.8	43	87	2	163	15	21	31	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68727386--68727454	28	2.5	28	95	0	120	31	26	21	20	1.98
68727486--68727619	40	3.4	40	95	2	252	26	26	21	26	2.00
68727732--68727813	41	2.0	40	95	2	146	36	25	9	26	1.87
68731394--68731474	38	2.1	38	88	0	117	23	20	22	33	1.97
68731825--68731951	45	2.9	43	79	9	116	25	22	26	24	2.00
68734123--68734262	70	2.0	70	98	0	271	25	17	25	31	1.97
68734681--68734951	96	2.8	95	87	1	407	20	20	21	38	1.94
68734959--68735012	22	2.5	22	81	0	72	22	27	16	33	1.95
68737719--68738127	205	2.0	206	98	0	793	29	15	20	35	1.93
68738228--68738314	27	3.4	26	67	20	67	17	21	20	40	1.92
68738213--68738314	49	2.1	49	94	0	177	17	21	20	40	1.92
68738355--68738426	22	3.3	22	88	0	99	18	27	19	34	1.95
68741253--68741653	202	2.0	202	92	0	667	24	15	21	38	1.92
68741610--68741882	92	2.9	94	82	5	354	18	19	22	39	1.93
68741887--68741939	22	2.4	22	83	0	70	9	28	28	33	1.88
68750186--68750223	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
68750452--68750622	93	1.8	93	90	5	274	29	26	19	23	1.98
68750447--68750619	46	3.7	46	75	14	185	30	26	19	23	1.98
68757961--68758207	39	6.3	39	89	0	361	18	23	28	29	1.98
68757961--68758200	78	3.1	78	95	1	410	18	23	28	29	1.98
68764690--68764764	29	2.7	28	86	10	93	28	37	14	20	1.92
68776128--68776170	18	2.4	18	80	3	52	48	16	18	16	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68776466--68776543	26	3.0	26	86	5	86	37	24	15	23	1.93
68776461--68776584	27	4.6	27	79	2	115	39	20	13	25	1.90
68776575--68776689	27	4.3	26	78	12	99	17	15	21	45	1.85
68776575--68776689	54	2.1	54	84	6	144	17	15	21	45	1.85
68780981--68781087	56	1.9	55	90	3	162	35	16	16	29	1.92
68781519--68781575	21	2.7	21	91	0	96	28	22	33	15	1.95
68788477--68788529	26	2.0	26	100	0	106	39	18	7	33	1.79
68791703--68791770	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
68795996--68796092	48	2.0	48	97	0	185	31	28	11	27	1.91
68808131--68808447	160	2.0	160	98	0	607	28	18	14	38	1.89
68808532--68808576	18	2.3	19	81	14	56	46	4	0	48	1.22
68809439--68809616	90	2.0	89	97	1	338	25	11	8	55	1.63
68810437--68810470	16	2.1	16	100	0	68	26	26	23	23	2.00
68811413--68811457	7	6.4	7	81	0	54	20	46	0	33	1.51
68827167--68827344	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
68827188--68827343	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
68837359--68837543	40	4.6	39	82	5	194	24	22	27	24	2.00
68837359--68837541	79	2.3	81	82	7	214	25	22	27	24	2.00
68837412--68837576	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
68846197--68846353	43	3.7	43	81	7	176	32	25	17	24	1.97
68846197--68846353	86	1.8	85	85	6	219	32	25	17	24	1.97
68848080--68848264	92	2.0	93	91	3	302	55	15	10	17	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68852774--68852951	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
68852801--68852950	82	1.8	81	88	4	230	29	28	16	26	1.96
68854755--68854854	50	2.0	50	98	0	191	10	37	27	26	1.88
68859555--68859827	49	5.5	49	84	5	361	24	17	27	30	1.97
68859550--68859846	149	2.0	149	90	2	472	24	18	27	29	1.98
68859555--68859847	100	3.0	98	80	5	356	24	17	27	30	1.97
68862528--68862635	47	2.3	47	93	0	180	26	30	7	35	1.84
68862828--68863052	49	4.6	49	96	2	418	30	27	7	34	1.85
68864510--68864630	56	2.2	56	98	0	233	22	23	9	44	1.82
68869002--68869226	49	4.5	49	78	5	236	25	17	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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