genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162643--8162748	29	3.6	28	82	8	104	29	22	2	45	1.67
8164235--8164271	18	2.1	18	90	5	58	29	10	10	48	1.72
8176080--8176347	87	3.0	88	82	5	303	26	15	20	38	1.92
8176098--8176730	77	7.8	87	78	10	434	29	16	20	33	1.95
8176183--8176730	77	6.9	77	81	6	519	29	16	19	33	1.94
8176183--8176654	155	3.0	154	82	7	520	30	16	20	33	1.95
8176273--8176710	237	1.9	230	81	6	540	30	17	21	31	1.96
8176932--8177037	30	3.5	30	76	2	115	28	26	3	41	1.73
8178518--8178552	18	1.9	18	88	0	52	37	8	2	51	1.47
8178567--8178635	35	1.9	36	85	8	97	27	13	10	49	1.73
8186843--8186997	43	3.6	42	81	3	175	30	25	16	27	1.97
8191506--8191712	10	21.4	9	66	17	53	60	2	4	31	1.32
8191597--8191662	29	2.3	29	84	5	80	66	4	3	25	1.25
8191655--8191736	19	4.2	19	77	11	78	60	3	1	34	1.22
8191654--8191736	40	2.1	39	82	6	96	61	3	1	33	1.21
8191672--8191736	21	3.2	20	82	4	78	60	3	0	36	1.13
8191672--8191736	10	6.5	10	76	11	62	60	3	0	36	1.13
8195616--8195715	51	2.0	51	82	7	123	31	28	17	24	1.97
8195971--8196016	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
8198971--8199102	54	2.4	55	87	2	196	29	26	20	23	1.99
8200403--8200485	43	1.9	43	92	0	139	40	16	6	36	1.74
8217655--8217754	42	2.4	41	89	1	146	24	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8217675--8217786	42	2.7	43	77	12	119	24	16	26	32	1.96
8217783--8217842	28	2.1	28	87	0	84	30	15	26	28	1.96
8220941--8220988	21	2.2	22	77	3	53	43	2	22	31	1.65
8224952--8225092	40	3.4	42	82	6	164	24	17	24	33	1.96
8225083--8225136	28	1.9	28	84	0	72	27	16	25	29	1.97
8228808--8229110	40	7.6	40	89	3	380	27	28	20	24	1.99
8234751--8234812	15	4.7	12	76	18	52	3	30	0	66	1.08
8235134--8235211	39	2.0	39	100	0	156	46	12	17	23	1.83
8236151--8236236	38	2.3	38	95	0	154	16	12	39	31	1.86
8236308--8236403	33	2.9	32	77	17	99	28	20	23	27	1.99
8240784--8240880	34	2.9	35	74	14	105	28	20	21	28	1.98
8241572--8241651	39	2.1	39	95	0	142	21	21	21	36	1.96
8245370--8245423	19	2.9	19	78	13	58	20	3	5	70	1.23
8245383--8245427	19	2.3	21	81	14	60	24	0	6	68	1.13
8252695--8252827	51	2.6	50	82	4	162	28	21	22	27	1.99
8255087--8255226	57	2.4	57	77	9	142	28	23	19	28	1.98
8257940--8257972	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
8267248--8267312	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
8267418--8267480	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
8267428--8267491	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
8269844--8269955	39	2.9	39	87	0	143	27	19	24	28	1.99
8269837--8269972	39	3.5	39	81	4	125	27	19	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8279045--8279365	43	7.5	42	74	9	222	26	19	24	28	1.99
8279045--8279318	85	3.2	85	89	1	415	24	20	24	29	1.99
8279045--8279365	85	3.8	85	85	4	391	26	19	24	28	1.99
8279045--8279365	170	1.9	170	84	5	434	26	19	24	28	1.99
8286511--8286916	85	4.8	85	89	0	587	24	19	25	30	1.98
8298302--8298378	38	2.0	38	94	0	136	38	15	18	27	1.91
8302521--8302551	15	2.1	15	93	0	53	16	32	0	51	1.44
8311305--8311339	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
8313119--8313216	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
8313147--8313229	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
8318262--8319149	6	148.2	6	99	0	1751	16	16	16	49	1.79
8319399--8319435	17	2.2	16	90	4	56	29	13	13	43	1.82
8327189--8327240	25	2.1	25	92	0	86	28	5	26	38	1.79
8332092--8332132	20	2.0	20	95	0	73	48	14	21	14	1.80
8344787--8344844	15	4.1	15	70	18	52	37	0	12	50	1.40
8344816--8344856	17	2.4	17	84	12	57	31	0	9	58	1.31
8348575--8348613	13	2.8	14	84	7	53	20	2	0	76	0.90
8348574--8348617	21	2.2	19	88	12	61	20	2	0	77	0.88
8348574--8348625	15	3.3	15	77	17	52	21	1	0	76	0.87
8349364--8349723	96	3.8	96	98	0	686	24	15	30	30	1.95
8350360--8350389	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
8350356--8350418	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8350414--8350445	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
8365239--8365313	37	2.0	37	84	5	98	26	29	20	24	1.99
8365436--8365642	47	4.4	47	91	0	324	28	31	9	31	1.88
8367466--8367490	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
8368112--8368190	38	2.1	38	100	0	158	46	21	2	29	1.64
8368226--8368317	45	2.0	46	93	4	159	26	23	20	29	1.99
8375378--8375569	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
8375349--8375568	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
8383702--8384018	48	6.6	48	76	6	225	25	28	18	28	1.98
8383719--8384030	96	3.3	95	76	8	249	25	27	18	28	1.98
8384040--8384157	48	2.5	48	83	2	139	25	25	20	28	1.99
8391607--8391936	48	6.9	47	80	2	293	27	29	15	26	1.96
8394651--8394723	31	2.4	31	90	0	110	63	6	19	10	1.49
8397506--8397911	206	2.0	206	92	0	677	32	20	13	33	1.91
8398658--8398710	25	2.1	25	86	6	72	43	26	16	13	1.85
8399332--8399363	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
8401773--8401805	13	2.5	13	100	0	66	6	21	48	24	1.72
8403981--8404036	15	3.8	15	85	2	78	37	0	10	51	1.37
8404171--8404198	10	2.8	10	100	0	56	32	0	17	50	1.47
8404419--8404528	37	2.8	37	73	6	94	20	18	28	32	1.96
8404677--8404718	20	2.2	20	87	12	61	50	0	21	28	1.49
8405976--8406054	25	3.2	25	83	0	95	35	21	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8408348--8408532	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
8408349--8408532	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
8408401--8408565	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
8414563--8414644	42	2.0	42	97	0	155	30	15	28	25	1.96
8416351--8416535	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
8416352--8416535	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
8416404--8416568	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
8422504--8422598	39	2.4	40	91	5	158	24	9	18	47	1.78
8422755--8422804	20	2.5	20	90	0	82	34	20	18	28	1.95
8425648--8425751	51	2.0	51	96	0	190	34	28	7	28	1.85
8441483--8441520	19	2.0	19	100	0	76	47	5	21	26	1.71
8443563--8443596	17	2.1	17	88	5	52	61	5	11	20	1.50
8452282--8452320	20	2.0	20	100	0	78	30	10	12	46	1.75
8454240--8454266	9	3.0	9	100	0	54	44	0	22	33	1.53
8464882--8464933	27	1.9	27	84	0	68	28	15	19	36	1.92
8464927--8465212	80	3.6	81	81	6	305	30	9	20	39	1.84
8464966--8465191	81	2.8	81	88	2	332	31	8	20	39	1.83
8464928--8465212	27	10.7	26	80	4	275	29	9	21	40	1.84
8465791--8465835	21	2.1	21	100	0	90	22	24	13	40	1.90
8468083--8468139	30	1.9	30	92	0	96	26	24	7	42	1.80
8468670--8468748	41	1.9	41	97	0	149	36	15	11	36	1.83
8506605--8506775	46	3.7	44	77	10	146	21	31	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8510034--8510067	17	2.0	17	100	0	68	35	17	11	35	1.87
8524391--8525285	140	6.4	140	99	0	1747	20	28	21	30	1.98
8527823--8527853	8	3.9	8	100	0	62	64	12	0	22	1.27
8530867--8530894	12	2.3	12	100	0	56	28	42	21	7	1.79
8533310--8533374	31	2.1	31	94	0	112	30	10	9	49	1.69
8537776--8537880	42	2.5	42	81	7	106	28	23	20	26	1.99
8539882--8540107	47	4.8	47	75	10	169	21	29	20	29	1.98
8539979--8540102	46	2.7	45	77	6	131	18	28	22	30	1.97
8542634--8542664	8	3.9	8	100	0	62	64	12	0	22	1.27
8545678--8545705	12	2.3	12	100	0	56	28	42	21	7	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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