genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3461206--3461362	43	3.7	41	77	8	136	31	26	17	24	1.97
3463135--3463341	52	3.9	53	82	5	242	37	13	22	26	1.91
3463135--3463341	105	2.0	105	82	5	258	37	13	22	26	1.91
3463647--3463723	27	2.8	29	84	7	97	35	16	19	28	1.94
3470395--3470572	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
3470396--3470551	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
3470392--3470572	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
3472411--3472606	42	4.6	43	81	4	220	31	17	22	28	1.97
3475403--3475486	28	3.0	28	87	1	123	20	3	30	45	1.68
3475690--3475797	21	5.1	21	79	7	85	17	22	25	35	1.95
3476879--3477028	46	3.1	46	71	14	140	25	15	28	30	1.96
3476879--3477065	46	3.8	46	72	14	135	25	14	29	31	1.95
3477720--3477820	52	1.9	52	95	0	184	40	9	22	26	1.85
3481500--3481553	28	2.0	27	88	3	81	29	25	25	18	1.98
3487293--3487333	20	2.0	20	100	0	82	31	24	9	34	1.88
3491251--3491506	47	5.5	45	79	9	248	28	20	28	21	1.98
3491251--3491506	46	5.5	45	78	11	234	28	20	28	21	1.98
3491251--3491506	140	1.8	140	85	5	365	28	20	28	21	1.98
3491967--3492498	40	13.3	40	82	3	282	23	30	15	30	1.96
3491967--3492509	80	6.8	80	82	0	532	22	30	16	30	1.96
3492023--3492509	40	12.2	40	84	0	551	22	30	16	30	1.96
3492485--3492523	20	2.0	20	89	0	60	30	33	10	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3492427--3492609	100	1.8	100	89	2	287	20	30	16	32	1.95
3492545--3492610	20	3.3	20	66	16	55	18	34	21	25	1.96
3492505--3492665	40	4.0	40	82	3	164	21	29	16	32	1.95
3495350--3495478	48	2.7	48	79	5	129	20	19	27	32	1.97
3503069--3503106	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
3504604--3504664	30	2.0	30	83	0	77	39	4	22	32	1.76
3508186--3508683	246	2.0	248	96	0	910	32	11	22	33	1.90
3508834--3508891	30	1.9	30	85	0	80	39	8	22	29	1.84
3512462--3512958	246	2.0	247	93	1	854	32	11	22	33	1.89
3518297--3518685	40	9.7	40	100	0	778	25	22	27	24	2.00
3526495--3526683	40	4.7	40	96	0	351	24	22	28	25	1.99
3536054--3536237	40	4.6	40	78	10	189	26	27	22	23	2.00
3536056--3536238	79	2.3	81	81	7	205	26	26	22	24	2.00
3537368--3537487	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
3539665--3539693	13	2.2	13	100	0	58	34	6	24	34	1.82
3542692--3542723	10	3.1	10	91	8	55	81	0	9	9	0.88
3542692--3542723	11	3.0	11	95	4	57	81	0	9	9	0.88
3545075--3545110	19	2.0	19	89	10	58	30	0	5	63	1.17
3547030--3547108	37	2.1	37	85	0	104	26	30	18	24	1.98
3547227--3547464	47	5.1	47	93	1	388	27	31	9	31	1.89
3553982--3554183	45	4.5	45	89	0	305	36	17	18	27	1.93
3555060--3555101	20	2.1	20	95	0	75	50	4	23	21	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3556993--3557159	42	4.0	42	83	0	201	28	23	17	29	1.97
3556998--3557159	84	1.9	83	87	3	236	29	22	18	30	1.97
3564008--3564387	190	2.0	190	94	0	670	30	22	18	28	1.98
3564378--3564512	66	2.0	66	97	0	252	30	24	20	25	1.98
3566098--3566739	321	2.0	321	95	0	1158	28	24	17	30	1.97
3577399--3577521	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
3577399--3577521	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
3577424--3577534	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
3592413--3593114	351	2.0	351	100	0	1404	38	15	10	35	1.82
3593945--3594061	64	1.9	59	83	13	150	23	14	17	44	1.86
3606597--3606861	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
3606564--3606861	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
3606793--3606870	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
3615932--3616025	24	3.9	24	83	5	109	26	19	22	31	1.97
3616040--3616137	24	4.1	24	72	6	92	24	22	22	30	1.99
3615934--3616148	110	2.0	110	82	1	261	24	21	22	31	1.98
3623463--3623492	6	5.0	6	100	0	60	33	33	16	16	1.92
3630649--3630863	45	4.8	45	89	1	297	36	18	19	26	1.94
3630649--3630907	90	2.9	89	80	3	304	37	17	18	26	1.92
3630649--3630907	135	1.9	135	81	4	308	37	17	18	26	1.92
3634240--3634278	19	2.1	18	90	4	60	2	23	5	69	1.21
3634289--3634329	21	2.0	20	85	4	55	19	12	2	65	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3636856--3637202	50	6.8	50	82	3	331	23	28	19	27	1.99
3643025--3643105	12	6.3	13	67	30	50	35	29	12	22	1.91
3643019--3643219	51	4.0	51	78	8	221	29	30	16	22	1.96
3645853--3645904	25	2.1	25	100	0	104	40	17	0	42	1.49
3647047--3647190	61	2.4	61	82	4	157	25	22	15	36	1.93
3647268--3647447	94	1.9	94	88	0	270	31	23	10	34	1.89
3658946--3659145	50	3.9	50	80	9	208	27	20	28	24	1.99
3662907--3663106	50	3.9	50	80	9	208	27	20	28	24	1.99
3675466--3675537	32	2.2	32	85	4	92	27	34	15	22	1.94
3680419--3680478	14	4.2	14	77	12	59	46	1	0	51	1.10
3682767--3682948	29	6.2	29	83	3	204	24	13	22	40	1.89
3682762--3682973	58	3.6	58	85	0	199	25	14	21	38	1.91
3682761--3682948	87	2.1	88	84	0	243	24	13	22	39	1.90
3682755--3682990	29	8.1	29	82	0	148	26	14	21	37	1.92
3685259--3685297	20	1.9	20	84	5	51	30	10	12	46	1.75
3690977--3691017	12	3.0	14	86	13	59	34	4	0	60	1.18
3692674--3692821	73	2.0	73	100	0	296	22	25	29	21	1.99
3694196--3694250	12	4.4	12	78	17	51	5	21	0	72	1.04
3697752--3697882	40	3.3	40	86	3	140	26	28	19	25	1.98
3697780--3697936	79	2.0	80	83	6	203	24	27	22	25	2.00
3697780--3697936	40	4.0	40	82	9	187	24	27	22	25	2.00
3704070--3704364	148	2.0	148	98	0	572	34	18	11	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3704591--3704808	44	5.0	44	100	0	436	47	27	4	20	1.69
3705476--3705589	57	2.0	57	92	0	192	27	28	21	23	1.99
3705620--3705771	76	2.0	76	93	0	259	23	28	13	34	1.93
3705904--3706112	105	2.0	105	97	1	393	31	18	11	38	1.86
3716827--3716864	19	2.0	19	100	0	76	31	10	10	47	1.72
3718139--3718258	60	2.0	60	95	3	215	34	25	16	23	1.95
3725800--3726757	46	20.8	46	96	2	1764	21	19	28	30	1.98
3730029--3730077	14	3.4	14	86	13	73	2	22	0	75	0.90
3734070--3734173	43	2.4	43	76	4	104	30	22	17	29	1.96
3741876--3741978	40	2.6	40	76	0	98	22	17	25	34	1.95
3741983--3742041	28	2.1	28	90	0	91	27	13	32	27	1.94
3741983--3742052	28	2.5	28	83	0	77	27	12	31	28	1.93
3744994--3745032	20	1.9	21	89	5	62	15	23	17	43	1.87
3746651--3746754	53	2.0	53	100	0	208	30	5	23	40	1.78
3750411--3750473	30	2.1	30	96	0	117	25	22	15	36	1.94
3755851--3755890	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
3756285--3756856	285	2.0	285	100	0	1144	26	20	16	36	1.94
3757796--3757979	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
3757796--3757979	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
3762180--3762291	46	2.4	46	84	3	134	23	30	18	27	1.98
3773999--3774124	46	2.8	45	85	4	155	26	20	30	21	1.98
3775600--3775639	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3776996--3777116	46	2.6	46	93	0	197	28	28	22	19	1.98
3776988--3777127	46	3.1	45	85	4	156	29	30	20	20	1.97
3782104--3782204	50	2.0	50	98	0	193	22	25	19	31	1.98
3792837--3793069	48	4.9	47	79	7	247	22	31	19	26	1.98
3792838--3793069	96	2.4	94	85	8	290	22	31	18	26	1.98
3792887--3793110	48	4.8	47	77	12	160	23	31	17	27	1.97
3792836--3793156	96	3.4	95	79	5	276	23	30	18	27	1.98
3793048--3793167	44	2.7	43	81	7	114	26	29	15	28	1.96
3799962--3800023	32	1.9	32	90	0	97	30	8	27	33	1.86
3800424--3800522	40	2.5	40	75	6	101	35	21	20	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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