genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9696093--9696132	21	1.9	21	90	10	64	75	0	0	25	0.81
9696099--9696136	16	2.3	17	90	4	60	73	0	0	26	0.83
9699071--9699121	21	2.4	21	83	0	66	21	33	27	17	1.96
9699735--9699781	20	2.3	21	81	3	60	59	4	2	34	1.29
9700614--9700785	84	2.1	83	87	3	247	29	19	19	31	1.96
9701056--9701118	7	8.9	7	73	16	58	14	3	30	52	1.57
9701056--9701117	14	4.4	14	75	18	65	14	3	30	51	1.58
9701901--9701950	18	2.6	20	87	9	77	30	38	0	32	1.58
9703158--9703280	60	2.0	60	98	0	237	32	8	13	45	1.74
9704228--9704325	9	11.1	9	74	10	51	46	16	1	35	1.54
9704226--9704343	36	2.9	41	78	17	147	48	14	1	35	1.54
9716177--9716215	18	2.2	18	86	9	53	17	5	0	76	0.96
9721375--9721514	48	2.9	48	90	0	208	21	15	27	35	1.94
9729834--9729882	24	2.0	24	100	0	98	32	8	26	32	1.86
9729916--9730088	46	3.7	46	75	14	185	22	18	27	31	1.97
9729913--9730083	93	1.8	93	92	2	290	22	18	28	30	1.97
9731981--9732005	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
9732585--9732637	6	8.8	6	95	0	97	0	33	16	49	1.47
9736524--9736760	118	2.0	118	92	3	397	36	6	23	33	1.81
9736724--9736851	47	2.7	47	86	0	184	32	13	29	25	1.93
9737014--9737158	37	3.9	37	94	0	245	22	18	32	26	1.97
9739097--9739142	19	2.4	19	86	13	60	47	13	19	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9747428--9747473	19	2.4	20	76	20	53	45	8	6	39	1.61
9752524--9752678	43	3.6	43	73	5	125	25	20	27	27	1.99
9757110--9757232	19	6.8	18	76	17	87	35	11	15	37	1.83
9757109--9757232	18	6.8	18	86	5	162	36	11	15	37	1.83
9757117--9757232	35	3.2	35	92	3	187	36	12	14	37	1.84
9762710--9762780	23	3.3	21	83	11	81	81	1	9	7	0.92
9762730--9762778	15	3.2	15	80	8	55	83	0	10	6	0.80
9763707--9764076	87	4.4	85	81	8	400	31	23	21	23	1.99
9763883--9764025	43	3.3	42	67	21	107	34	22	19	23	1.97
9764209--9765124	207	4.4	207	90	0	1406	29	17	23	29	1.97
9764209--9765124	413	2.2	413	90	0	1440	29	17	23	29	1.97
9765522--9765645	17	6.8	19	79	10	152	38	8	13	38	1.76
9765530--9765645	35	3.2	35	90	3	160	38	9	12	38	1.76
9772823--9772970	43	3.5	43	77	7	133	26	20	25	27	1.99
9774330--9774372	17	2.6	17	85	3	52	74	4	0	20	1.00
9776555--9776603	25	2.0	25	83	0	62	38	26	8	26	1.84
9782909--9782957	25	2.0	25	83	0	62	36	26	10	26	1.88
9785868--9785911	17	2.6	17	88	0	70	29	25	22	22	1.99
9785904--9785959	29	1.9	29	88	0	85	23	32	21	23	1.98
9787814--9787994	48	3.8	48	85	4	222	34	26	17	21	1.95
9787814--9787994	96	1.9	96	86	4	258	34	26	17	21	1.95
9799980--9800096	48	2.4	48	89	0	189	37	29	13	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9816003--9816105	43	2.4	43	78	0	116	29	27	22	21	1.99
9816212--9816259	20	2.4	21	82	10	64	68	6	0	25	1.12
9819478--9819502	6	4.2	6	100	0	50	52	0	48	0	1.00
9820121--9820251	48	2.7	47	80	9	138	19	2	29	48	1.62
9820251--9820564	40	7.6	40	83	7	367	20	25	20	33	1.97
9820304--9820564	81	3.2	81	88	1	380	21	26	19	32	1.97
9820304--9820564	41	6.4	40	88	2	369	21	26	19	32	1.97
9839167--9839213	6	8.2	6	88	6	53	61	0	0	38	0.96
9839171--9839218	12	4.1	12	83	5	62	56	0	0	43	0.99
9839171--9839216	23	2.0	23	91	0	74	56	0	0	43	0.99
9839943--9840286	127	2.7	127	90	0	526	39	18	13	28	1.89
9840608--9840663	24	2.3	24	93	0	94	46	3	12	37	1.59
9841186--9841364	3	60.0	3	68	15	95	60	3	6	29	1.38
9841239--9841290	23	2.3	23	82	0	59	57	3	5	32	1.40
9841329--9841381	24	2.2	24	82	0	61	67	7	3	20	1.31
9843202--9843314	44	2.5	45	82	1	138	30	25	16	26	1.97
9848202--9848242	18	2.3	18	88	12	59	2	36	2	58	1.24
9852731--9852981	80	3.2	80	82	3	285	23	21	26	28	1.99
9852731--9852976	40	6.2	40	84	2	257	22	22	26	28	1.99
9858744--9858968	40	5.7	40	85	5	278	24	21	27	25	1.99
9858744--9859001	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	1.99
9862729--9862978	40	6.3	40	82	5	233	23	21	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9862729--9862979	80	3.2	80	83	3	294	23	21	26	28	1.99
9864658--9864705	12	4.0	12	81	7	62	12	33	16	37	1.86
9864856--9864910	19	2.8	20	91	5	87	49	5	20	25	1.70
9864857--9864908	10	5.4	10	80	17	65	48	5	21	25	1.72
9864886--9864916	14	2.1	15	94	5	55	54	6	19	19	1.65
9868301--9868664	127	2.9	127	90	0	532	38	16	15	29	1.89
9869589--9869749	3	53.7	3	71	14	118	62	2	6	29	1.33
9873086--9873225	27	5.2	28	88	5	175	35	22	23	17	1.95
9874836--9874919	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
9878824--9878857	17	1.9	18	88	5	52	58	11	0	29	1.33
9879791--9879993	87	2.3	87	85	0	262	30	20	17	32	1.96
9879834--9879966	45	3.0	45	73	6	128	27	21	18	33	1.96
9879791--9879943	42	3.6	42	73	5	135	30	22	16	30	1.96
9882693--9882723	14	2.2	14	100	0	62	19	35	6	38	1.77
9884374--9884414	20	2.0	20	100	0	82	36	29	9	24	1.87
9886242--9886302	32	1.9	32	89	0	95	29	19	24	26	1.99
9896667--9896713	21	2.2	22	81	11	53	40	2	10	46	1.50
9896837--9896970	67	2.0	67	95	0	241	34	8	19	38	1.82
9900379--9900462	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
9902332--9902391	30	2.0	30	96	0	111	30	28	13	28	1.94
9910032--9910115	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
9912110--9912170	27	2.3	26	82	2	68	62	3	3	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9912451--9912579	27	4.8	28	74	7	90	55	3	5	34	1.41
9914331--9914519	93	2.0	92	93	1	324	37	10	12	40	1.76
9914546--9914597	19	2.7	20	80	14	56	55	7	0	36	1.29
9915457--9915580	49	2.5	48	81	5	158	16	21	33	29	1.95
9917472--9917546	3	24.7	3	74	15	57	28	5	2	64	1.29
9917474--9917582	52	2.1	51	81	8	123	28	9	2	59	1.42
9923285--9923343	23	2.5	23	80	2	73	54	11	3	30	1.53
9924146--9924181	12	3.1	11	92	8	54	2	0	11	86	0.68
9924474--9924995	44	11.3	45	70	18	272	28	22	17	31	1.96
9924413--9925234	94	8.8	94	78	8	734	29	21	17	32	1.96
9925092--9925286	50	4.0	50	70	11	163	31	19	20	29	1.97
9924761--9925436	138	4.9	137	73	12	428	30	18	18	32	1.95
9925272--9925387	44	2.6	44	86	8	173	30	14	19	35	1.92
9924575--9925436	188	4.6	182	75	10	653	29	19	18	32	1.95
9933502--9933547	24	1.9	24	86	8	67	36	2	10	50	1.50
9946870--9946980	55	2.0	55	94	0	195	26	6	27	40	1.80
9954331--9954441	55	2.0	55	100	0	222	27	5	27	40	1.78
9956033--9956164	66	2.0	67	98	1	257	41	9	28	20	1.83
9957975--9958103	46	2.8	46	83	2	141	27	16	24	32	1.96
9958254--9958401	74	2.0	74	97	0	278	31	3	22	41	1.70
9959881--9959931	24	2.4	21	77	22	61	29	5	5	58	1.45
9959889--9959935	14	3.6	14	72	21	57	31	6	4	57	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9959888--9959938	24	2.1	24	96	0	93	33	5	3	56	1.42
9960940--9961647	356	2.0	354	88	0	1038	20	24	26	28	1.99
9964953--9965157	47	4.4	45	78	10	209	24	20	31	23	1.98
9964953--9965157	94	2.2	91	83	7	245	24	20	31	23	1.98
9971007--9971067	22	2.9	22	82	4	63	44	18	8	29	1.78
9971757--9971895	49	2.8	47	73	8	125	23	26	18	31	1.97
9974977--9975119	72	2.0	72	98	0	277	44	16	18	19	1.87
9976275--9976456	88	2.1	88	97	0	346	38	10	20	30	1.86
9977034--9977181	40	3.7	40	91	3	228	30	20	25	23	1.98
9983473--9983616	49	2.9	48	83	6	173	26	20	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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