genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  3  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820155--820229	36	2.1	36	92	5	125	18	9	50	21	1.74
821859--821934	5	15.2	5	75	5	55	40	21	3	34	1.71
822478--822502	12	2.1	12	100	0	50	52	16	16	16	1.76
824680--824731	14	3.6	14	89	2	77	51	5	0	42	1.25
833980--834020	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
840589--840640	14	3.4	16	82	10	56	38	0	0	61	0.96
840607--840640	14	2.4	14	95	0	59	38	0	0	61	0.96
841689--841717	14	2.0	15	93	6	51	37	0	6	55	1.27
846432--846471	20	2.0	20	85	5	53	50	20	0	30	1.49
850076--850112	18	2.0	19	85	15	51	59	5	0	35	1.20
860108--860154	25	1.9	24	83	12	60	46	2	8	42	1.46
860472--860531	27	2.2	27	93	0	102	20	30	36	13	1.90
869173--869218	22	2.1	22	87	0	65	54	4	6	34	1.46
871510--871624	17	6.5	17	84	6	149	40	10	11	37	1.75
871501--871624	35	3.5	36	91	2	198	40	9	12	37	1.75
871503--871612	52	2.2	51	83	8	136	40	9	12	38	1.75
872116--872175	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
872117--872175	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
872152--872201	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
876566--876899	39	8.5	39	92	0	533	28	19	24	27	1.99
878316--878578	25	10.7	25	70	15	133	36	20	25	17	1.95
878362--878588	25	9.2	25	73	11	168	34	21	26	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878925--878968	21	2.1	21	86	0	61	43	25	0	31	1.55
880719--880964	131	1.9	132	82	2	316	33	18	14	34	1.91
880971--881013	15	2.9	15	82	0	50	27	27	18	25	1.98
883485--883540	26	2.2	26	81	12	62	7	10	3	78	1.06
884595--884643	20	2.4	20	80	12	55	20	0	10	69	1.17
884703--884770	27	2.5	26	75	15	66	32	5	4	57	1.43
884659--884813	26	6.0	26	72	10	113	32	5	3	58	1.38
890071--890114	12	3.8	12	81	3	54	75	0	0	25	0.81
906210--906381	79	2.2	79	82	3	211	25	20	27	26	1.99
906210--906379	40	4.3	39	85	5	198	25	21	27	25	1.99
914153--914322	40	4.3	40	90	0	216	24	21	28	25	1.99
914100--914324	80	2.8	79	82	3	236	24	21	28	25	1.99
914175--914357	79	2.3	80	82	1	226	25	21	27	25	1.99
914488--914662	89	2.0	89	96	0	323	26	13	25	34	1.93
914962--915075	55	2.1	55	98	0	219	28	8	28	34	1.87
918117--919177	47	22.6	47	98	0	2018	32	8	29	29	1.87
919428--919507	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
919277--919541	132	2.0	132	91	1	433	28	15	24	31	1.96
919881--920059	90	2.0	90	94	2	315	21	24	19	34	1.97
925518--925639	21	5.8	21	68	14	72	16	34	26	22	1.95
925518--925647	43	3.0	43	80	5	165	16	35	24	23	1.95
927496--927582	37	2.4	37	82	1	113	43	32	10	13	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932520--932553	8	4.1	8	88	3	50	64	20	0	14	1.28
952778--952837	23	2.4	25	75	18	61	36	21	0	41	1.54
965184--965208	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
968412--968481	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
968686--968752	27	2.5	27	82	0	80	26	22	17	32	1.96
968701--968826	27	4.7	27	87	2	173	30	20	15	34	1.93
968701--968826	53	2.4	54	87	1	182	30	20	15	34	1.93
968808--969159	27	13.0	27	79	5	262	32	9	19	38	1.83
968863--969179	81	3.9	80	80	5	359	31	9	19	39	1.83
968895--969179	27	10.6	27	83	3	268	31	9	18	40	1.82
968864--969179	54	5.8	54	80	5	307	31	9	19	39	1.83
971780--971832	18	3.2	16	77	12	63	11	5	3	79	1.03
972739--972802	3	20.3	3	78	9	65	29	7	3	59	1.41
972739--972863	12	10.2	12	68	11	56	27	11	3	58	1.48
972804--972855	20	2.7	19	82	11	54	23	13	3	59	1.50
979549--979605	28	2.0	28	100	0	114	26	14	17	42	1.87
979887--980878	40	24.8	40	97	0	1833	23	29	22	25	1.99
982078--982157	37	2.2	37	88	0	115	27	31	17	23	1.97
982275--982766	47	10.4	47	98	1	948	30	29	7	32	1.86
982275--982766	237	2.1	235	98	1	948	30	29	7	32	1.86
983905--983946	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
985433--985465	15	2.2	15	89	10	50	51	6	6	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995031--995743	205	3.5	205	90	1	1072	29	17	22	30	1.97
995807--995970	44	3.7	43	72	13	145	29	19	26	25	1.99
1006966--1007164	6	32.3	6	70	17	124	51	15	15	18	1.77
1006987--1007164	37	4.6	37	70	19	123	51	15	15	18	1.77
1007037--1007101	25	2.6	25	87	0	103	50	13	16	18	1.78
1006998--1007163	62	2.7	62	89	1	199	50	15	15	18	1.78
1006998--1007160	25	6.6	25	77	8	90	50	15	15	18	1.79
1007313--1008109	31	25.7	31	98	0	1517	38	19	22	19	1.94
1008421--1008667	27	9.3	27	80	7	254	25	19	17	36	1.94
1008436--1008664	78	2.9	77	88	4	305	24	20	18	36	1.94
1008717--1008781	27	2.4	27	84	0	85	30	13	20	35	1.91
1008759--1009026	27	9.9	27	88	0	329	31	8	20	39	1.82
1008699--1009019	81	4.0	80	82	2	212	30	9	21	39	1.84
1008759--1009026	81	3.3	81	86	2	376	31	8	20	39	1.82
1011364--1011505	6	23.0	6	71	18	96	49	16	16	18	1.80
1011382--1011474	19	4.6	19	73	21	91	48	15	18	18	1.81
1011379--1011442	25	2.6	25	92	0	110	48	14	18	18	1.81
1011355--1011504	62	2.4	63	92	2	234	48	16	17	18	1.81
1011401--1011496	37	2.6	37	83	5	122	47	16	17	17	1.82
1011438--1011501	25	2.6	25	87	0	83	50	17	15	17	1.79
1011624--1011683	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
1011722--1011781	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1011609--1012455	98	8.6	98	99	0	1660	31	21	26	20	1.98
1011820--1011879	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
1011918--1011977	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
1012016--1012075	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
1012114--1012173	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
1012212--1012271	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
1012310--1012369	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
1012337--1012478	67	2.1	67	84	5	176	31	21	27	19	1.97
1012704--1012955	27	9.3	27	87	5	298	24	21	17	36	1.95
1012704--1012953	54	4.6	54	86	1	333	24	21	18	35	1.95
1012935--1013527	27	22.0	27	83	1	616	31	8	21	39	1.83
1012695--1012982	54	5.3	54	83	4	163	26	19	18	34	1.95
1012708--1012950	81	3.0	81	86	4	339	24	22	17	35	1.95
1017284--1017394	33	3.4	33	88	0	159	15	11	32	40	1.83
1020933--1020999	33	2.0	33	94	0	116	34	5	26	32	1.81
1023585--1023639	26	2.1	26	100	0	110	32	3	21	41	1.71
1035983--1036213	117	2.0	118	91	0	374	32	14	17	35	1.90
1045438--1045462	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1047480--1047546	21	3.2	21	91	0	98	16	23	35	23	1.95
1057377--1058892	757	2.0	757	96	0	2764	29	18	23	28	1.97
1061532--1061716	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
1061533--1061716	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1061585--1061749	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
1064112--1064199	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
1067204--1067357	26	5.9	25	87	7	166	20	11	31	35	1.89
1067199--1067348	52	2.9	52	88	4	196	22	12	31	34	1.90
1079533--1079699	45	3.8	45	85	7	209	22	22	31	22	1.98
1092976--1093035	30	2.0	30	87	6	86	23	35	21	20	1.96
1095560--1095627	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
1095449--1095776	174	1.9	174	98	0	629	30	25	14	29	1.95
1095729--1095807	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
1102071--1102115	24	1.9	23	95	0	72	48	24	2	24	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297