genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21246872--21246990	52	2.3	52	95	0	220	26	23	15	35	1.94
21246872--21246987	24	4.4	27	83	15	163	25	24	14	35	1.94
21256522--21256598	35	2.2	35	88	0	109	37	20	15	25	1.92
21257473--21257548	40	1.9	40	88	0	116	15	14	34	35	1.88
21259613--21259915	43	7.1	43	84	1	349	31	24	18	25	1.98
21259569--21259915	86	4.0	86	80	4	344	31	24	19	25	1.98
21259557--21259915	129	2.8	129	81	2	384	32	23	19	24	1.98
21260614--21260649	14	2.6	14	86	4	56	47	13	2	36	1.58
21265163--21265204	9	4.7	9	87	0	66	30	0	21	47	1.51
21265227--21265308	30	2.9	27	78	16	103	37	2	12	47	1.54
21265339--21266212	165	5.3	165	99	0	1739	49	5	11	33	1.63
21266240--21266270	14	2.2	14	94	0	53	32	6	22	38	1.80
21268522--21268572	9	5.7	9	82	15	61	54	31	7	5	1.53
21268522--21268577	26	2.2	26	96	0	103	55	32	7	5	1.50
21268531--21268562	17	1.9	16	93	6	55	56	34	6	3	1.40
21268659--21268703	19	2.4	19	88	0	63	40	6	46	6	1.56
21273458--21273532	29	2.6	29	82	2	89	26	17	29	26	1.97
21273466--21273542	29	2.7	29	78	8	84	25	16	28	28	1.97
21284806--21284955	43	3.5	43	79	3	158	31	24	16	28	1.96
21290117--21290199	42	2.0	43	82	2	105	31	27	16	24	1.97
21293139--21293384	117	2.1	116	87	2	359	25	23	23	26	2.00
21300762--21301080	162	2.0	162	95	0	575	42	16	10	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21306672--21306703	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
21316737--21316831	47	2.0	47	83	4	120	24	27	16	31	1.97
21321185--21321285	50	2.0	50	86	0	139	26	21	20	30	1.98
21321924--21321971	20	2.4	20	89	0	78	18	33	33	14	1.91
21335772--21335870	42	2.3	44	79	10	116	29	14	22	34	1.93
21335737--21335893	85	1.8	85	81	12	198	26	16	24	31	1.96
21335748--21335893	43	3.4	42	72	14	113	26	17	23	32	1.97
21344070--21344129	9	6.9	9	75	11	54	33	0	18	48	1.48
21344036--21344119	36	2.4	35	90	7	127	35	1	16	46	1.55
21345729--21345884	48	3.4	45	81	12	151	25	17	31	25	1.97
21345757--21345925	48	3.6	48	82	9	163	26	15	31	26	1.96
21371092--21371184	47	2.0	48	93	2	161	20	21	27	30	1.98
21371264--21371330	35	1.9	35	90	0	107	35	5	10	47	1.62
21371762--21371829	34	2.0	35	82	8	86	57	4	1	36	1.28
21371872--21371909	20	2.0	20	89	5	60	68	5	0	26	1.11
21371867--21371923	19	3.1	18	76	14	53	68	3	0	28	1.06
21372284--21372475	72	2.7	72	78	9	198	46	13	5	34	1.65
21377531--21377574	22	2.0	22	82	8	54	59	11	2	27	1.44
21378379--21378425	25	1.9	24	91	4	76	59	2	8	29	1.39
21378495--21378534	20	2.0	20	100	0	80	40	15	5	40	1.68
21378845--21378945	40	2.5	40	84	6	125	19	21	15	42	1.89
21378854--21378981	40	3.2	40	82	3	123	20	21	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21385441--21385639	99	2.0	99	99	0	389	41	4	18	35	1.69
21385860--21386017	67	2.4	65	77	8	162	30	16	29	23	1.96
21400108--21400171	30	2.2	29	94	2	110	25	15	23	35	1.94
21400908--21401082	87	2.0	87	95	0	314	30	4	22	42	1.72
21411100--21411149	22	2.3	21	80	12	57	56	2	0	42	1.11
21412703--21412820	51	2.3	50	85	5	155	27	16	5	50	1.68
21412825--21412858	10	3.4	10	95	0	59	17	17	0	64	1.29
21414059--21414091	13	2.6	13	90	4	50	15	0	3	81	0.80
21419654--21419705	23	2.4	22	79	17	56	65	0	30	3	1.10
21433705--21433733	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
21437550--21437951	47	8.6	45	74	11	303	22	30	20	26	1.98
21437543--21437948	94	4.3	93	82	6	387	22	30	20	26	1.98
21437682--21437951	141	1.9	139	84	6	357	21	31	21	25	1.98
21441673--21441704	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
21442102--21442241	52	2.7	51	87	6	201	17	25	27	29	1.98
21450229--21450281	13	4.1	13	95	0	79	20	33	26	18	1.96
21450826--21451603	71	11.0	71	99	0	1529	43	6	24	25	1.78
21452446--21452491	21	2.2	21	100	0	92	36	21	15	26	1.93
21465555--21465581	12	2.2	12	100	0	54	14	29	0	55	1.40
21467445--21467662	54	4.0	54	80	4	215	21	23	15	39	1.91
21467474--21467654	55	3.4	53	81	9	197	22	23	17	37	1.94
21467572--21468045	47	9.8	47	68	13	173	23	22	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21467573--21467988	195	2.1	195	100	0	832	23	22	17	36	1.95
21467643--21467943	94	3.1	94	68	15	297	23	22	17	36	1.95
21476632--21476687	29	2.0	29	85	3	78	53	10	19	16	1.71
21476632--21476704	27	2.6	28	81	10	71	54	10	15	19	1.69
21476657--21476822	29	5.9	27	68	15	102	57	7	14	19	1.61
21476729--21476790	31	2.0	32	90	3	99	64	6	14	14	1.47
21480603--21480642	14	2.9	14	78	14	55	35	2	0	62	1.09
21483641--21483752	40	2.8	40	77	10	97	30	24	16	28	1.97
21484905--21484937	12	2.8	12	95	0	57	3	33	33	30	1.73
21490032--21490096	20	3.2	20	76	8	60	41	0	1	56	1.08
21490881--21490916	14	2.6	14	95	0	63	30	16	5	47	1.70
21495740--21495778	17	2.3	17	91	8	62	38	0	0	61	0.96
21495740--21495780	16	2.4	17	84	12	57	39	0	0	60	0.96
21496327--21496374	23	2.1	23	100	0	96	25	20	8	45	1.79
21501671--21501705	17	2.0	18	94	5	63	37	0	0	62	0.95
21502378--21502419	19	2.3	19	84	12	52	54	4	11	28	1.57
21503173--21503234	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
21508521--21508568	20	2.5	20	86	10	64	66	2	6	25	1.26
21508563--21508624	27	2.3	26	81	8	79	51	9	0	38	1.35
21510625--21510755	52	2.5	52	92	0	217	58	7	12	21	1.58
21520489--21520530	18	2.4	18	80	4	50	64	0	0	35	0.94
21520477--21520528	26	2.0	26	88	3	77	65	1	0	32	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21520477--21520545	28	2.5	28	81	11	72	62	1	0	36	1.04
21531788--21531842	27	2.0	29	85	7	78	54	0	0	45	0.99
21532133--21532187	28	1.9	29	88	3	85	56	9	0	34	1.31
21532991--21533025	17	2.1	17	88	0	52	51	0	0	48	1.00
21532985--21533026	21	2.0	21	81	9	50	52	0	2	45	1.13
21539343--21539388	23	2.0	23	95	0	83	36	4	13	45	1.63
21540469--21540518	15	3.4	15	73	15	59	64	2	20	14	1.39
21540462--21540521	29	2.1	29	100	0	120	61	5	20	13	1.50
21540690--21540727	16	2.4	16	90	0	58	15	23	0	60	1.35
21540945--21540986	17	2.4	17	88	11	59	35	2	0	61	1.09
21545994--21546249	40	6.4	40	88	4	342	26	26	21	24	1.99
21549761--21549836	35	2.1	35	95	2	134	44	7	17	30	1.77
21555271--21555305	2	18.0	2	88	5	54	51	45	0	2	1.16
21564565--21564709	43	3.4	41	74	13	125	26	24	20	28	1.99
21566809--21566855	13	3.6	13	94	0	85	31	38	29	0	1.58
21567779--21568146	46	7.8	45	74	10	215	24	30	19	25	1.98
21567932--21568146	94	2.3	94	86	4	283	25	29	18	26	1.98
21576569--21576600	6	5.3	6	92	0	55	46	31	3	18	1.65
21578459--21578572	43	2.7	43	82	5	133	32	22	17	27	1.96
21584113--21584171	27	2.2	27	85	11	77	23	22	8	45	1.79
21586750--21586987	119	2.0	119	85	4	320	35	12	31	20	1.90
21593752--21593931	40	4.6	40	80	5	197	25	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21601384--21601465	26	3.2	26	92	0	137	32	7	23	36	1.82
21604455--21604512	25	2.3	25	82	8	64	41	3	5	50	1.42
21604576--21604624	11	4.1	11	78	17	53	46	2	0	51	1.12
21604565--21604634	25	2.8	25	80	10	88	48	1	0	50	1.09
21604573--21604648	26	3.0	25	80	17	86	48	1	0	50	1.09
21605462--21605534	33	2.2	33	90	0	110	42	21	12	23	1.87
21610462--21610598	38	3.6	38	81	6	159	18	20	27	33	1.96
21615041--21615151	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
21615064--21615208	40	3.6	40	85	4	184	23	25	25	25	2.00
21616397--21616472	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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