genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7579554--7579639	39	2.2	39	83	4	102	22	19	26	31	1.98
7589838--7589865	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
7591417--7591593	97	1.8	96	82	3	230	26	21	16	35	1.95
7591473--7592221	143	5.3	141	80	4	740	27	20	19	31	1.97
7591473--7592227	286	2.7	285	80	3	833	27	21	19	31	1.97
7599900--7599958	3	19.3	3	96	3	109	66	0	1	32	1.02
7603833--7604172	39	8.6	39	88	4	449	25	22	28	23	1.99
7603885--7604205	78	4.1	79	90	4	334	26	22	28	23	1.99
7611872--7612094	39	5.6	39	82	6	224	25	21	27	24	1.99
7611872--7612094	79	2.8	80	79	11	244	25	21	27	24	1.99
7629488--7629517	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
7636136--7636219	43	2.0	42	90	2	132	34	27	11	26	1.91
7636342--7636408	35	1.9	35	87	0	98	49	8	2	38	1.50
7648027--7648151	46	2.7	46	86	9	157	30	20	26	23	1.98
7649120--7649199	41	2.0	42	85	5	110	23	22	38	15	1.92
7656125--7656158	3	11.3	3	87	0	50	38	2	0	58	1.13
7658200--7658315	27	4.3	26	81	9	117	19	20	20	38	1.93
7658200--7658315	54	2.1	54	84	3	144	19	20	20	38	1.93
7667236--7667350	27	4.2	28	82	4	121	20	22	19	37	1.94
7667234--7667358	53	2.3	55	83	5	148	20	24	20	36	1.95
7683563--7683682	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
7694530--7694608	31	2.5	31	87	0	122	25	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7694630--7694723	42	2.2	42	86	0	134	35	20	13	30	1.91
7694856--7694991	26	5.3	26	89	3	199	26	23	22	27	1.99
7694856--7694991	52	2.7	51	94	5	233	26	23	22	27	1.99
7695797--7695858	27	2.3	27	80	5	72	20	22	19	37	1.95
7695890--7696191	27	11.1	27	74	8	200	32	8	18	40	1.82
7696000--7696182	81	2.3	81	86	1	242	30	9	20	39	1.84
7699492--7699603	32	3.5	32	86	0	152	25	25	34	14	1.94
7700341--7700392	20	2.7	20	82	14	56	38	0	23	38	1.55
7701073--7701307	98	2.4	98	80	5	255	28	18	27	24	1.98
7701072--7701304	49	4.8	49	77	5	190	29	18	27	25	1.98
7716163--7716240	34	2.3	34	84	4	104	32	21	19	26	1.97
7716259--7716301	22	1.9	23	95	4	79	23	55	0	20	1.43
7724036--7724099	21	3.0	21	69	24	53	59	4	3	32	1.34
7724069--7724129	30	2.1	27	85	8	77	55	3	6	34	1.42
7725805--7726044	45	5.4	43	78	5	203	27	21	21	29	1.98
7725831--7726131	88	3.4	86	77	7	248	26	23	19	30	1.98
7725839--7726092	133	1.9	134	80	4	298	26	23	19	30	1.98
7726034--7726751	174	4.1	177	83	4	869	26	24	18	30	1.98
7731415--7731460	19	2.4	19	89	7	67	45	13	21	19	1.84
7732072--7732116	22	2.0	22	100	0	90	26	17	37	17	1.93
7738789--7738827	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
7739095--7739132	18	2.1	18	100	0	76	42	0	21	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7759754--7759822	34	2.0	34	91	0	111	42	10	18	28	1.83
7763905--7763962	30	1.9	31	85	3	82	29	25	5	39	1.77
7771382--7771441	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
7774015--7774080	25	2.6	25	77	13	64	60	1	3	34	1.21
7774683--7774716	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
7777640--7777678	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
7777729--7777824	24	4.0	24	90	4	131	31	21	21	25	1.98
7782795--7782835	20	2.1	19	95	4	73	29	9	21	36	1.86
7785788--7785837	25	2.0	25	96	0	91	22	26	24	28	1.99
7785881--7785939	20	3.0	20	97	0	109	37	11	20	30	1.89
7785989--7786085	24	4.0	24	86	4	124	29	20	21	27	1.98
7786164--7786264	24	4.2	23	87	3	130	29	17	20	31	1.96
7785990--7786340	179	2.0	179	98	0	675	25	16	26	31	1.96
7791483--7791522	20	2.0	20	100	0	80	40	5	35	20	1.74
7791487--7791524	11	3.6	11	79	13	53	36	5	36	21	1.76
7795174--7795388	46	4.6	48	81	9	223	23	30	19	27	1.98
7795309--7795438	47	2.8	47	79	11	158	22	30	20	27	1.98
7795751--7795809	30	2.0	30	89	0	91	27	27	15	30	1.96
7798409--7798460	27	1.9	27	84	0	68	44	17	5	32	1.72
7812232--7812271	21	2.0	20	90	9	64	40	45	5	10	1.60
7812423--7812493	32	2.2	32	83	11	94	35	16	22	25	1.95
7812497--7812577	22	3.7	21	85	3	99	37	25	22	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7814507--7814552	24	1.9	24	81	0	56	17	36	4	41	1.69
7816438--7816522	22	4.0	22	72	4	75	34	22	27	16	1.95
7816547--7816629	43	1.9	43	90	0	130	26	31	19	22	1.98
7816927--7817012	27	3.2	27	84	0	109	29	6	25	38	1.82
7833016--7833045	14	2.1	14	93	0	51	23	16	36	23	1.94
7833579--7833613	17	2.1	17	89	5	54	77	14	0	8	0.99
7836781--7836915	69	2.0	69	95	0	243	31	5	23	38	1.79
7836784--7836895	34	3.3	33	65	16	84	32	4	25	38	1.76
7837260--7837290	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
7841518--7841598	40	2.0	40	97	0	153	40	1	14	43	1.54
7842424--7842532	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
7842873--7843066	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
7842966--7843037	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
7846864--7846923	31	1.9	31	100	0	120	26	26	18	28	1.98
7851915--7851951	17	2.2	17	100	0	74	72	10	5	10	1.25
7852801--7853027	46	4.8	49	77	12	210	25	18	33	22	1.97
7856811--7856862	26	2.0	26	88	0	77	44	19	17	19	1.87
7862735--7862959	46	4.8	46	76	11	176	28	18	28	24	1.98
7865209--7865467	46	5.5	47	73	13	160	28	18	31	22	1.97
7868804--7868997	98	2.0	100	85	4	268	25	12	21	39	1.89
7870342--7870423	42	1.9	43	85	2	112	32	23	15	28	1.95
7870706--7870837	69	1.9	69	98	0	255	30	19	8	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7883488--7884066	289	2.0	289	99	0	1140	33	15	20	31	1.93
7884170--7884314	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
7910933--7911057	28	4.6	27	91	4	187	30	28	12	28	1.93
7910933--7911057	55	2.3	55	90	2	189	30	28	12	28	1.93
7910933--7911082	56	2.7	56	86	5	180	31	29	12	26	1.93
7920745--7920835	40	2.3	40	82	3	103	21	16	28	32	1.95
7920766--7920844	40	2.0	41	89	2	124	24	15	27	32	1.95
7921809--7921867	30	2.0	30	96	0	109	22	20	32	25	1.98
7923148--7923221	36	2.1	36	97	0	139	41	14	20	22	1.89
7929441--7929475	15	2.4	14	85	4	52	28	20	0	51	1.47
7943872--7943989	55	2.1	55	82	0	146	28	31	25	14	1.95
7949500--7949524	9	2.8	9	100	0	50	36	20	12	32	1.89
7950361--7950496	40	3.4	40	85	3	168	26	29	20	23	1.99
7959743--7959886	40	3.6	40	89	0	218	27	29	22	21	1.99
7967241--7967315	37	2.0	37	100	0	150	38	8	32	21	1.82
7969901--7969944	18	2.5	18	81	3	54	9	4	31	54	1.52
7980570--7980640	29	2.5	28	77	8	72	30	29	15	23	1.95
7980824--7981045	43	5.2	43	89	0	327	31	32	22	12	1.92
7981252--7981366	43	2.7	43	87	0	158	34	32	20	13	1.90
7984553--7984685	43	3.1	43	90	0	203	28	13	25	32	1.94
7986861--7986960	24	4.4	21	78	12	74	27	21	16	36	1.94
7986894--7986975	24	3.4	24	89	1	110	30	24	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7986889--7986989	24	4.1	24	85	6	105	30	21	13	33	1.93
7990838--7990941	42	2.4	43	80	6	113	29	16	21	32	1.95
7990801--7990959	43	3.7	43	70	10	119	26	18	25	30	1.98
7998857--7998962	24	4.4	25	75	11	82	35	16	19	27	1.94
8006383--8006464	24	3.4	24	88	5	112	34	14	24	26	1.94
8007557--8007651	27	3.5	27	83	8	122	36	17	16	28	1.92
8007546--8007648	54	1.9	53	88	5	154	35	16	18	29	1.93
8007637--8007704	26	2.6	27	88	4	102	41	19	8	30	1.82
8007688--8007839	27	5.6	27	73	8	112	45	19	7	27	1.77
8007688--8007803	54	2.1	56	82	6	148	46	20	5	27	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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