genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37721750--37721889	42	3.3	41	75	12	122	34	25	16	24	1.95
37721719--37721889	43	4.0	42	77	11	143	31	24	17	26	1.97
37721752--37721882	44	3.0	44	81	6	133	32	25	16	24	1.96
37728699--37728740	22	1.9	22	85	0	57	35	26	0	38	1.57
37731347--37731374	13	2.2	13	100	0	56	25	7	0	67	1.15
37733421--37733448	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88
37733954--37734020	20	3.3	20	95	4	118	35	10	19	34	1.86
37733965--37734020	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
37733954--37734034	40	2.0	39	84	13	103	35	11	18	34	1.86
37734068--37734175	25	4.4	24	85	11	139	26	22	22	28	1.99
37734068--37734187	49	2.4	50	82	9	147	25	23	22	28	1.99
37734384--37734447	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
37750753--37750937	39	4.7	39	91	0	262	30	27	20	22	1.98
37752870--37753034	40	4.2	40	84	3	208	24	21	26	27	1.99
37752870--37753034	80	2.1	79	88	3	242	24	21	26	27	1.99
37753262--37753303	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
37755084--37755229	41	3.5	41	79	10	147	27	28	21	21	1.99
37764326--37764513	49	3.8	49	82	2	223	29	23	19	27	1.98
37764326--37764513	100	1.9	100	93	0	322	29	23	19	27	1.98
37769362--37769422	31	2.0	30	93	0	95	19	26	29	22	1.97
37776134--37776320	49	3.8	49	80	2	221	27	17	25	29	1.98
37776134--37776314	100	1.8	100	92	2	310	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37778683--37779625	72	13.1	72	99	0	1877	39	12	15	32	1.85
37780140--37780202	15	4.2	15	75	15	67	11	14	15	58	1.63
37780145--37780213	30	2.3	31	85	9	99	8	14	17	59	1.60
37785793--37785875	42	2.0	43	85	7	116	22	15	26	34	1.94
37789618--37789783	44	3.9	43	73	11	135	33	26	15	24	1.95
37792312--37792449	28	5.0	28	76	4	109	23	22	15	38	1.92
37792312--37792447	56	2.4	56	78	3	141	23	22	15	38	1.92
37795603--37795695	29	3.2	29	85	8	143	21	13	17	47	1.82
37795730--37795816	27	3.2	27	78	3	95	21	25	17	35	1.95
37800332--37800384	27	1.9	27	88	3	79	41	15	9	33	1.79
37800340--37800518	54	3.3	54	74	7	175	40	18	9	31	1.83
37800340--37800617	27	10.3	26	78	6	128	37	20	8	33	1.83
37800490--37800643	81	1.9	81	89	0	236	31	23	7	37	1.83
37800515--37800643	27	4.8	27	94	0	213	30	23	7	38	1.83
37802391--37802448	26	2.2	27	84	12	84	36	27	8	27	1.86
37802553--37802635	27	3.0	27	77	6	87	20	19	18	42	1.90
37804924--37805016	27	3.5	27	91	4	145	27	10	18	43	1.83
37809387--37809483	39	2.5	39	87	0	140	25	27	20	25	1.99
37813282--37813390	37	2.9	37	91	0	173	28	31	17	22	1.97
37813536--37813818	48	5.8	48	84	5	381	31	25	6	36	1.82
37813536--37813817	98	2.9	98	93	2	471	30	25	6	36	1.82
37813740--37813981	47	5.1	47	85	4	274	26	28	10	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37813881--37813952	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
37813903--37813982	25	3.3	25	66	16	69	30	27	8	33	1.87
37818067--37818301	39	6.0	40	80	4	203	26	26	22	24	2.00
37822804--37822893	45	2.0	45	100	0	180	24	22	28	24	1.99
37824728--37824766	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
37825205--37825319	55	2.1	56	80	11	130	34	23	23	18	1.96
37825425--37825657	28	8.3	28	94	1	414	31	8	25	35	1.85
37843909--37844129	40	5.6	40	85	3	241	24	20	28	26	1.99
37843982--37844164	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
37845925--37846039	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96
37845950--37846039	27	3.2	27	79	7	92	32	23	24	20	1.98
37846145--37846209	28	2.3	28	94	0	112	32	7	26	33	1.85
37847506--37847577	36	2.0	36	100	0	144	25	38	5	30	1.78
37848574--37848793	39	5.6	39	81	5	180	25	27	22	25	2.00
37850604--37850718	43	2.7	43	72	6	117	26	17	23	32	1.97
37856173--37856202	15	2.1	15	93	6	53	13	6	10	70	1.34
37857018--37857042	13	1.9	13	100	0	50	24	4	24	48	1.68
37857031--37857156	43	2.9	43	91	0	198	23	15	28	32	1.95
37858508--37858691	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
37858508--37858691	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
37860297--37860474	43	4.2	43	74	11	168	24	16	26	32	1.96
37862116--37862260	38	3.6	38	76	17	164	28	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37862142--37862357	48	4.7	48	78	11	220	29	16	24	30	1.96
37862116--37862314	86	2.3	86	96	0	362	29	15	25	29	1.96
37863080--37863148	34	2.1	33	94	2	120	47	7	20	23	1.74
37865291--37865327	15	2.5	14	87	12	56	10	13	16	59	1.61
37867967--37868048	38	2.2	38	88	0	119	32	14	24	28	1.94
37875269--37875667	55	7.5	54	76	10	342	35	16	24	23	1.95
37875209--37875675	109	4.5	102	76	10	455	35	15	24	23	1.94
37875209--37875655	209	2.1	209	95	0	797	35	15	24	24	1.94
37875479--37875689	108	2.0	109	81	1	255	37	16	23	21	1.93
37887576--37887713	53	2.6	54	79	16	162	30	20	20	28	1.97
37887541--37887735	27	7.3	27	75	4	153	29	22	20	28	1.98
37889650--37889721	35	2.0	36	91	2	119	11	5	34	48	1.62
37891312--37891364	27	2.0	27	92	0	88	20	22	20	35	1.96
37891320--37891381	27	2.3	27	82	0	70	19	24	19	37	1.94
37898999--37899055	24	2.4	24	93	0	105	49	7	21	22	1.73
37899221--37899272	11	4.5	11	76	9	59	34	1	0	63	1.06
37901401--37901674	46	6.0	46	90	2	372	40	13	23	21	1.89
37904769--37904820	11	4.5	11	76	9	59	34	1	0	63	1.06
37906892--37907211	46	7.0	46	90	0	426	39	14	24	22	1.91
37907299--37907355	13	4.3	13	70	2	51	36	3	24	35	1.73
37909457--37909652	89	2.2	90	91	0	313	40	18	8	32	1.80
37909457--37909660	90	2.3	88	88	4	300	40	17	8	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37913949--37914053	24	4.4	24	85	7	142	19	38	4	38	1.73
37913956--37914052	47	2.0	49	88	7	146	20	38	4	37	1.72
37917075--37917252	27	6.6	27	82	3	196	25	15	28	30	1.96
37917076--37917231	82	1.9	81	88	3	233	25	15	28	30	1.96
37917072--37917252	82	2.2	81	82	2	229	25	15	27	30	1.96
37918256--37918406	75	2.0	75	93	0	257	35	17	28	18	1.93
37919568--37919665	49	2.0	49	93	0	169	35	14	41	8	1.75
37937499--37937548	25	2.0	25	92	0	82	20	26	10	44	1.82
37947857--37947910	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
37948893--37948947	29	1.9	28	82	10	67	49	1	14	34	1.54
37950055--37950097	22	1.9	23	90	4	70	18	53	6	20	1.67
37951249--37951325	39	2.0	38	94	0	127	40	12	33	11	1.80
37953318--37953390	37	2.0	36	88	0	101	17	31	15	34	1.91
37956847--37956975	46	2.8	46	93	0	213	30	27	20	20	1.98
37956852--37956994	46	3.1	45	87	4	155	29	27	20	22	1.99
37960520--37960586	34	2.0	34	93	0	116	28	23	22	25	1.99
37961821--37961859	19	2.1	19	100	0	78	48	10	10	30	1.70
37966812--37966924	29	3.9	29	82	11	126	28	30	15	26	1.96
37974528--37974622	29	3.3	29	79	8	88	29	32	13	24	1.93
37983707--37983963	46	5.5	46	73	12	256	29	29	18	22	1.98
37983689--37983921	47	5.0	47	71	13	194	27	30	18	23	1.98
37983689--37983971	93	3.0	93	96	0	521	27	29	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37992939--37993389	227	2.0	228	86	2	638	36	19	9	34	1.84
37997443--37998413	93	10.4	93	99	0	1915	28	29	19	23	1.98
38013146--38013319	47	3.7	47	88	1	233	31	9	31	27	1.88
38013440--38013518	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
38015373--38015751	40	9.5	40	84	4	360	24	21	27	25	1.99
38017871--38018055	40	4.7	40	83	6	216	24	22	28	25	1.99
38017924--38018088	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
38019182--38019316	68	2.0	67	83	1	171	39	14	20	25	1.91
38022508--38022613	53	2.0	53	96	0	194	25	25	17	31	1.97
38035640--38035692	23	2.3	22	81	9	61	24	5	9	60	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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