genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56007846--56008250	47	8.6	47	92	1	657	33	8	29	29	1.86
56009663--56009853	40	4.8	40	87	0	258	24	20	27	27	1.99
56011932--56012031	50	2.0	50	100	0	200	30	26	12	32	1.92
56012194--56012272	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
56012388--56013331	47	20.1	47	97	0	1771	29	29	8	32	1.87
56015925--56016022	24	4.0	24	90	1	151	36	5	37	20	1.75
56022665--56022721	24	2.3	24	87	3	78	38	3	35	22	1.72
56028083--56028211	46	2.8	45	82	10	149	29	16	28	25	1.97
56028185--56028350	49	3.5	46	73	17	126	29	18	27	24	1.98
56029993--56030017	12	2.1	12	100	0	50	8	28	40	24	1.83
56030482--56030548	35	1.9	35	100	0	134	17	26	23	31	1.97
56040525--56040575	25	2.0	25	100	0	102	43	11	19	25	1.85
56041736--56041761	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
56044805--56044902	43	2.3	43	96	0	178	33	33	23	9	1.86
56059525--56059558	17	2.0	17	100	0	68	35	29	5	29	1.81
56060844--56060950	54	2.0	54	98	0	205	28	14	23	32	1.95
56062414--56062553	69	2.0	69	100	0	280	32	8	14	45	1.75
56068468--56068549	41	2.0	41	85	4	112	24	26	36	12	1.91
56071559--56071683	55	2.3	55	95	0	223	43	30	3	23	1.69
56075281--56075320	17	2.2	18	86	8	55	17	37	25	20	1.94
56085457--56085520	34	1.9	33	87	9	94	31	25	18	25	1.98
56088343--56088424	42	2.0	42	85	4	114	50	2	23	24	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56089804--56089974	44	3.7	45	81	9	177	25	19	31	23	1.98
56089804--56090074	140	1.9	142	82	9	326	26	19	30	23	1.98
56090821--56090955	55	2.5	55	90	3	202	20	20	31	28	1.97
56090850--56090972	55	2.2	54	87	5	176	20	21	33	25	1.97
56091852--56091896	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
56093979--56094206	46	5.0	46	92	1	341	39	14	23	22	1.91
56106246--56106288	18	2.5	17	85	7	52	46	4	0	48	1.22
56107927--56109726	900	2.0	900	100	0	3600	30	15	22	31	1.95
56119793--56119882	24	3.7	25	74	4	76	34	22	23	20	1.97
56126941--56126967	8	3.4	8	100	0	54	40	0	37	22	1.54
56127340--56127478	37	3.8	37	83	8	169	25	17	30	25	1.97
56127333--56127478	74	2.0	73	86	6	206	26	16	31	26	1.96
56127450--56127631	42	4.2	42	75	10	123	25	15	28	30	1.96
56131885--56131981	39	2.5	39	86	3	133	24	17	28	28	1.97
56137930--56137990	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
56140134--56140196	33	2.0	33	84	12	87	26	26	20	25	1.99
56140653--56140692	21	1.9	21	94	0	71	22	22	2	52	1.59
56143225--56143833	304	2.0	304	100	0	1218	31	13	23	30	1.94
56144896--56144930	8	4.4	8	92	0	61	40	0	34	25	1.56
56145301--56145439	37	3.8	36	79	11	142	24	19	31	24	1.98
56145303--56145439	74	1.9	73	85	10	190	24	18	31	24	1.98
56153442--56153480	21	1.9	20	84	5	51	28	12	10	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56156044--56156078	10	3.5	10	88	0	52	22	28	14	34	1.93
56156045--56156091	20	2.3	20	85	0	67	23	23	17	36	1.95
56156291--56156336	22	2.1	22	100	0	92	26	13	15	45	1.82
56159865--56160042	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
56159866--56160021	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
56159862--56160042	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
56168055--56168232	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
56168056--56168211	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
56168052--56168232	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
56175570--56175606	18	2.1	18	100	0	74	21	10	16	51	1.74
56182429--56182670	39	6.2	39	90	0	376	24	23	28	22	1.99
56188427--56188592	39	4.3	39	91	0	242	25	23	27	23	2.00
56197188--56197372	40	4.7	40	82	7	209	25	27	23	23	2.00
56197188--56197372	79	2.3	82	83	7	229	25	27	23	23	2.00
56199194--56199233	21	2.0	20	85	5	53	5	30	5	60	1.40
56201635--56201676	21	1.9	22	85	9	59	38	4	26	30	1.77
56202039--56202195	43	3.7	43	74	7	149	26	18	24	30	1.98
56205622--56205754	49	2.7	49	77	9	135	21	25	22	30	1.99
56205766--56205938	48	3.7	46	80	9	170	24	24	20	30	1.98
56206108--56206204	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
56210710--56210758	24	1.9	26	88	12	75	44	10	8	36	1.68
56212685--56212817	40	3.3	40	85	6	144	33	20	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56212720--56212832	40	2.8	39	84	5	136	35	22	17	24	1.95
56217157--56217302	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
56217157--56217335	80	2.2	80	81	6	195	25	21	26	25	2.00
56230411--56230453	16	2.7	16	88	0	59	51	13	20	13	1.76
56230560--56230596	19	2.0	19	89	5	58	27	18	37	16	1.92
56230670--56230772	28	3.7	27	84	5	134	30	14	29	26	1.95
56230668--56230772	55	1.9	55	88	3	158	30	14	28	26	1.95
56234901--56234938	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
56235167--56235288	46	2.7	46	85	2	156	30	27	18	22	1.98
56242089--56242233	40	3.7	40	82	6	161	24	27	23	24	2.00
56243484--56243517	11	3.1	11	91	0	59	0	11	0	88	0.52
56243486--56243515	15	1.9	16	93	6	53	0	13	0	86	0.57
56243484--56243518	7	4.9	7	86	6	52	0	14	0	85	0.59
56246451--56246575	46	2.7	46	88	0	187	21	21	27	29	1.99
56247070--56247215	39	3.7	39	86	8	192	23	28	23	25	2.00
56247070--56247215	79	1.9	79	83	12	194	23	28	23	25	2.00
56249649--56250106	234	2.0	234	97	0	871	33	18	22	24	1.97
56252767--56252799	10	3.5	10	84	16	52	42	9	39	9	1.68
56253476--56253540	28	2.4	27	75	12	62	43	0	3	53	1.16
56253762--56253902	7	19.3	7	69	11	61	31	39	4	24	1.75
56253952--56253985	15	2.4	14	90	5	50	41	29	2	26	1.70
56253952--56253985	7	4.7	7	85	7	50	41	29	2	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56254005--56254044	15	2.7	14	84	7	53	47	35	0	17	1.48
56254002--56254059	22	2.6	22	77	0	62	46	31	0	22	1.52
56254080--56254125	14	3.3	14	84	0	65	50	26	0	23	1.50
56254402--56254611	41	5.1	41	82	5	219	28	19	24	27	1.99
56254433--56254607	82	2.1	83	92	1	289	27	20	25	27	1.99
56254433--56254631	41	4.8	39	87	5	182	27	21	25	26	1.99
56254680--56254768	38	2.3	38	88	7	126	17	21	23	37	1.94
56255525--56255575	22	2.3	23	86	6	70	37	3	21	37	1.72
56259232--56259292	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
56266734--56267110	40	9.5	40	94	1	618	22	22	28	26	1.99
56270665--56270709	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
56272783--56272822	21	2.0	20	90	5	62	20	20	40	20	1.92
56273164--56273220	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
56273270--56273340	25	2.8	25	91	2	106	25	23	22	28	2.00
56274831--56274870	21	2.0	20	90	5	62	20	20	40	20	1.92
56275212--56275268	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
56275318--56275388	25	2.8	25	91	2	106	25	23	22	28	2.00
56277464--56277548	42	2.0	41	82	6	100	15	23	36	24	1.93
56282056--56282244	27	7.1	26	77	7	148	41	21	12	24	1.87
56282092--56282240	54	2.8	53	80	7	165	40	20	12	26	1.88
56282058--56282244	80	2.3	78	82	7	230	41	20	12	25	1.87
56288549--56288731	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56288550--56288733	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
56288602--56288766	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
56296521--56296705	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
56296522--56296705	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
56296574--56296738	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
56302151--56302201	15	3.4	14	80	20	59	80	0	19	0	0.71
56302151--56302199	22	2.3	20	78	21	64	81	0	18	0	0.69
56302152--56302195	4	11.8	4	77	22	51	81	0	18	0	0.68
56302152--56302199	23	2.1	23	92	7	80	81	0	18	0	0.70
56306381--56306423	22	1.9	23	85	4	61	30	4	25	39	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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