genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4942655--4942703	25	1.9	26	83	4	64	40	8	22	28	1.82
4942666--4942726	27	2.3	26	83	5	70	49	6	19	24	1.72
4946171--4946378	48	4.6	46	74	13	175	24	16	29	29	1.97
4946161--4946378	42	4.9	42	73	13	177	24	16	28	29	1.97
4949662--4949873	46	4.6	46	76	16	158	29	18	28	23	1.98
4951169--4951229	21	3.0	21	92	2	106	11	39	27	21	1.88
4952992--4953122	42	3.0	43	80	6	131	25	16	28	29	1.97
4960210--4960345	44	3.2	41	74	13	114	31	15	23	29	1.95
4961896--4961957	20	3.1	20	68	13	56	38	1	19	40	1.61
4961880--4961957	39	2.0	39	94	0	138	39	2	17	39	1.64
4962558--4962596	19	2.1	19	85	9	53	61	5	0	33	1.18
4966040--4966103	27	2.4	27	84	2	76	20	18	20	40	1.91
4967795--4968907	47	23.6	47	96	1	1958	29	28	9	32	1.89
4976603--4976678	34	2.3	33	88	6	109	27	21	21	30	1.98
4984461--4984507	22	2.1	22	96	0	85	31	4	40	23	1.74
4984578--4984787	105	2.0	105	99	0	411	34	15	27	23	1.94
4988943--4988977	16	2.2	16	94	0	61	74	0	20	5	1.02
4988947--4988984	12	3.2	12	81	3	51	73	0	23	2	0.95
4991998--4992043	22	2.1	22	84	8	58	41	4	0	54	1.20
4992009--4992042	16	2.1	16	88	5	50	41	2	0	55	1.15
5004407--5004487	27	3.0	27	80	3	74	37	19	23	19	1.95
5004423--5004502	27	2.9	28	82	10	69	36	20	21	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5004628--5004688	27	2.3	27	81	10	65	27	21	21	29	1.98
5004643--5004696	27	2.0	27	92	0	90	22	20	22	35	1.96
5004646--5004703	27	2.1	27	87	0	80	25	17	18	37	1.93
5009549--5010111	27	20.9	27	79	5	300	34	21	7	35	1.83
5009568--5009993	81	5.3	80	76	7	342	32	22	7	37	1.83
5009568--5009994	54	7.9	54	77	6	337	32	22	7	37	1.83
5009971--5010194	54	4.1	55	72	7	179	39	20	8	31	1.83
5009730--5010196	81	5.8	81	75	5	300	36	20	8	34	1.84
5010122--5010173	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
5009973--5010193	110	2.0	109	81	4	257	39	21	8	30	1.83
5010214--5010291	27	2.9	26	77	11	86	37	23	19	20	1.95
5011451--5011498	25	1.9	25	82	0	60	33	22	18	25	1.97
5011535--5011601	20	3.3	20	89	0	107	34	13	20	31	1.92
5011651--5011816	24	7.0	24	89	6	232	28	22	21	27	1.99
5011651--5011816	47	3.5	46	85	9	210	28	22	21	27	1.99
5011651--5011816	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	27	1.99
5012010--5012073	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
5018597--5018726	50	2.6	50	89	4	183	32	13	15	38	1.87
5019981--5020014	16	2.1	16	88	0	50	29	8	8	52	1.62
5021514--5021552	16	2.4	17	86	4	53	66	2	0	30	1.05
5023927--5024037	43	2.6	42	78	16	127	23	21	28	26	1.99
5034080--5034672	27	22.1	27	82	4	603	30	10	19	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5034093--5034675	107	5.4	107	82	6	653	30	10	20	38	1.86
5049503--5049584	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
5055015--5055239	49	4.5	49	76	4	218	30	24	17	26	1.97
5055015--5055144	50	2.6	49	84	3	136	31	26	16	25	1.97
5055064--5055244	100	1.8	101	85	3	258	30	24	18	27	1.98
5062060--5062279	48	4.6	49	78	3	232	27	28	18	25	1.98
5062059--5062279	96	2.3	96	85	3	293	27	28	18	25	1.98
5070119--5070550	39	11.1	39	92	0	711	24	29	25	21	1.99
5081566--5081666	50	2.0	50	100	0	202	48	21	5	23	1.72
5084229--5084386	79	2.0	79	98	0	307	38	10	18	32	1.85
5085489--5085627	50	2.8	50	84	8	169	32	15	14	37	1.88
5090176--5090512	43	7.9	43	92	1	554	25	20	28	25	1.99
5090176--5090501	86	3.8	86	97	1	613	25	20	27	25	1.99
5093389--5093467	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
5096161--5096344	43	4.5	41	86	6	232	23	28	22	25	1.99
5096187--5096351	43	3.9	43	91	2	264	24	29	20	25	1.99
5101715--5101754	21	1.9	21	89	0	62	22	27	22	27	1.99
5101888--5101964	34	2.3	34	90	0	118	27	19	22	31	1.98
5103981--5104033	21	2.5	21	90	0	88	24	28	32	15	1.95
5107548--5107605	30	1.9	31	82	3	73	37	10	24	27	1.88
5108145--5108229	44	1.9	44	85	0	116	37	14	23	24	1.92
5108368--5108489	47	2.6	47	92	0	208	36	14	23	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5109999--5110051	4	13.0	4	78	9	54	28	0	0	71	0.86
5109999--5110047	17	2.7	18	87	9	64	28	0	0	71	0.86
5110001--5110053	21	2.6	21	85	5	74	26	0	0	73	0.83
5109999--5110055	24	2.4	24	85	5	71	26	0	0	73	0.83
5110061--5110264	102	2.0	102	100	0	408	36	15	19	28	1.93
5113901--5113925	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
5121099--5121458	46	7.8	46	86	3	449	20	22	13	43	1.86
5121108--5121448	138	2.5	138	89	2	508	19	22	13	44	1.85
5121361--5121436	25	3.2	25	67	14	70	22	22	11	43	1.85
5129175--5129337	81	2.0	81	98	0	317	26	11	19	42	1.84
5130972--5131003	10	3.2	10	95	0	55	68	12	0	18	1.20
5131643--5131671	14	2.1	14	100	0	58	13	13	37	34	1.85
5131661--5131713	24	2.2	24	100	0	106	18	15	26	39	1.90
5141742--5141787	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
5141688--5142082	120	3.3	120	97	1	722	40	1	5	52	1.31
5155001--5155048	23	2.1	23	92	0	78	20	12	35	31	1.90
5156503--5156573	26	2.7	26	80	0	88	19	22	33	23	1.97
5158303--5158337	5	7.0	5	87	12	54	80	0	0	20	0.72
5160501--5160615	42	2.7	42	81	4	124	40	13	25	20	1.88
5160560--5160633	21	3.6	20	76	8	60	40	12	21	25	1.88
5163691--5163763	24	3.0	24	85	0	110	12	45	4	38	1.61
5164564--5164588	8	3.1	8	100	0	50	0	16	24	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5168149--5168215	34	1.9	35	87	3	100	44	13	8	32	1.75
5179788--5179818	15	2.1	15	100	0	62	29	12	25	32	1.93
5195122--5195154	15	2.2	15	89	10	50	21	9	0	69	1.15
5195699--5195726	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
5195723--5195796	6	13.2	6	78	18	72	33	1	17	47	1.56
5195724--5195800	11	7.5	11	79	15	94	33	1	18	46	1.57
5195718--5195796	30	2.6	30	83	13	99	32	2	16	48	1.60
5195738--5195799	5	12.0	5	76	17	56	33	1	17	46	1.58
5195724--5195800	20	3.8	21	83	16	108	33	1	18	46	1.57
5210498--5210584	34	2.6	34	81	3	95	26	22	25	25	2.00
5214128--5214164	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
5215788--5215848	29	2.1	28	79	5	68	22	24	21	31	1.98
5215801--5215982	29	6.3	29	72	9	104	25	24	17	32	1.96
5215835--5216084	57	4.4	57	80	5	267	26	22	16	34	1.95
5215921--5216070	28	5.3	28	68	14	85	29	23	16	31	1.96
5215831--5216084	114	2.3	114	83	4	320	26	23	16	33	1.95
5217168--5217226	30	2.0	30	100	0	118	33	6	11	47	1.67
5217258--5217371	29	3.9	30	74	13	96	25	30	14	28	1.95
5217541--5217577	16	2.4	15	86	8	56	16	21	10	51	1.74
5218851--5218918	28	2.4	27	80	7	82	25	23	17	33	1.96
5218853--5218926	28	2.6	27	79	12	78	22	25	16	35	1.95
5219279--5219323	15	3.0	15	76	0	54	28	17	8	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5225864--5225924	26	2.3	26	91	2	95	57	8	18	16	1.63
5226756--5226902	58	2.6	57	78	9	147	29	17	19	34	1.94
5230976--5231001	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
5231450--5231547	27	3.5	28	88	2	108	27	13	28	30	1.94
5231450--5231547	28	3.5	27	87	5	124	27	13	28	30	1.94
5231478--5231560	27	3.0	27	89	5	96	31	12	25	31	1.92
5238775--5238936	25	6.5	25	84	2	218	27	12	10	50	1.72
5238775--5238930	75	2.1	75	92	2	260	27	10	10	50	1.71
5239763--5239981	45	5.0	45	90	3	313	23	22	28	25	1.99
5239767--5239981	89	2.4	88	88	4	301	23	22	29	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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