genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16054293--16054612	80	4.0	80	98	0	613	30	17	8	44	1.79
16060617--16060775	43	3.7	43	77	9	164	30	26	19	23	1.98
16063833--16063889	25	2.4	25	91	8	93	42	0	0	57	0.98
16063844--16063894	12	4.2	12	73	14	50	50	0	0	49	1.00
16069362--16069603	118	2.1	118	95	0	439	28	16	14	40	1.88
16070974--16071055	41	2.0	41	90	4	130	47	12	8	31	1.71
16073649--16073722	38	1.9	38	86	5	105	32	21	22	22	1.98
16074070--16074117	25	1.9	25	82	0	60	18	22	20	37	1.94
16080875--16081601	38	19.1	38	89	0	932	33	24	23	18	1.97
16087075--16087383	38	8.1	38	88	4	374	35	24	20	19	1.96
16087075--16087383	114	2.7	114	92	0	492	35	24	20	19	1.96
16090716--16090774	26	2.3	26	81	0	73	16	18	22	42	1.89
16090822--16090886	24	2.7	24	70	18	62	20	26	20	33	1.96
16104699--16104733	17	2.1	17	100	0	70	40	11	0	48	1.39
16114149--16114217	15	4.7	15	75	8	61	62	18	8	10	1.52
16118003--16118070	9	7.6	9	94	0	109	38	26	10	25	1.88
16122068--16122124	28	2.0	28	93	0	96	28	14	19	38	1.90
16124733--16124785	21	2.6	21	79	8	56	45	15	3	35	1.64
16127678--16127704	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
16129714--16129746	15	2.2	15	100	0	66	27	6	18	48	1.71
16133643--16133667	7	3.6	7	100	0	50	52	0	16	32	1.44
16136382--16136458	38	2.0	38	92	5	129	27	18	35	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16141873--16141903	15	2.1	15	93	0	53	16	0	32	51	1.44
16150793--16151351	279	2.0	279	100	0	1118	28	22	19	28	1.98
16152548--16152719	40	4.3	40	86	2	204	25	27	21	25	1.99
16152548--16152772	80	2.8	79	79	7	213	25	27	21	25	1.99
16152704--16152781	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16155564--16155683	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
16156855--16156998	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
16156907--16157005	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
16156854--16157004	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
16161292--16161360	32	2.2	30	82	15	77	27	0	7	65	1.19
16161286--16161478	100	1.9	99	88	3	289	29	2	6	61	1.34
16163057--16163110	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
16163359--16163604	49	4.9	50	79	2	253	26	17	26	29	1.98
16163464--16163547	28	3.2	27	67	25	72	25	16	28	29	1.97
16166733--16166790	15	3.9	15	81	0	71	10	12	17	60	1.58
16166734--16166790	30	1.9	30	92	0	96	10	12	17	59	1.60
16169273--16169335	27	2.3	27	83	0	72	36	6	19	38	1.77
16181424--16181652	49	4.6	49	77	5	217	27	18	25	27	1.98
16189009--16189054	21	2.1	22	92	4	76	8	19	2	69	1.25
16189157--16189189	16	2.1	16	94	5	59	51	9	0	39	1.34
16189980--16190029	20	2.5	20	73	0	55	72	6	2	20	1.16
16193109--16193271	47	3.5	47	73	11	181	31	29	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16193156--16193321	46	3.6	46	74	11	185	32	28	16	22	1.96
16193101--16193324	93	2.4	93	99	0	439	31	28	16	23	1.96
16195750--16195774	12	2.1	12	100	0	50	32	8	36	24	1.84
16196571--16196608	16	2.3	16	95	4	67	18	13	26	42	1.87
16199829--16199873	18	2.7	16	86	10	63	37	2	4	55	1.32
16200045--16200119	31	2.5	30	85	6	116	34	1	0	64	1.02
16200083--16200119	18	2.0	18	89	5	56	37	0	0	62	0.96
16206511--16206611	29	3.4	29	75	13	80	34	20	2	41	1.68
16206825--16206867	16	2.8	16	92	3	70	62	16	6	13	1.51
16207406--16207440	16	2.2	16	90	10	54	51	8	11	28	1.67
16208345--16208935	296	2.0	296	96	0	1092	29	22	15	32	1.95
16213323--16213364	20	2.1	20	100	0	84	35	26	14	23	1.93
16220022--16221060	75	13.5	74	86	6	1134	31	17	17	33	1.93
16221582--16221623	16	2.7	16	96	3	77	64	16	7	11	1.48
16222162--16222196	16	2.2	16	90	10	54	51	8	11	28	1.67
16222396--16222457	17	3.8	17	76	16	51	37	6	1	54	1.36
16222429--16222528	28	3.5	28	68	20	82	31	4	7	57	1.44
16222429--16222553	57	2.2	56	94	2	223	32	3	6	56	1.40
16222428--16222585	57	2.8	57	85	4	176	31	5	6	56	1.48
16223150--16223745	296	2.0	296	97	0	1120	29	21	15	32	1.95
16225509--16226331	50	16.7	50	95	3	1404	22	29	18	29	1.97
16230205--16230269	28	2.2	30	81	13	73	44	1	1	52	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16230341--16230390	18	2.6	18	82	17	57	32	4	0	64	1.12
16230431--16230470	21	2.0	21	85	5	55	37	20	7	35	1.81
16237938--16237982	22	2.0	22	100	0	90	33	22	26	17	1.96
16241127--16241158	15	2.0	17	88	11	50	25	21	21	31	1.98
16243089--16243170	26	3.2	26	91	0	137	31	7	24	36	1.83
16247051--16247213	46	3.5	47	77	5	170	29	19	28	22	1.98
16251706--16251737	15	2.0	17	88	11	50	25	21	21	31	1.98
16254962--16255172	46	4.5	47	76	4	185	30	19	26	23	1.98
16254962--16255173	94	2.3	93	86	6	286	30	19	26	23	1.98
16255209--16255322	49	2.3	49	78	3	122	30	22	28	18	1.97
16261023--16261090	9	7.2	9	77	12	57	10	11	2	75	1.16
16261032--16261093	30	2.1	30	87	6	90	12	11	1	74	1.15
16267441--16267512	26	2.8	25	83	4	81	38	12	18	30	1.87
16267854--16267899	21	2.1	22	88	4	67	6	17	15	60	1.55
16273317--16273365	20	2.5	19	76	6	53	34	0	4	61	1.15
16279674--16279815	3	47.7	3	98	1	277	32	0	0	67	0.91
16281387--16281458	24	2.9	24	79	8	65	23	20	19	36	1.95
16281652--16281715	21	3.2	19	76	6	56	29	6	20	43	1.76
16281649--16281713	20	3.2	20	76	8	60	27	6	21	44	1.76
16284706--16284760	20	2.8	20	83	5	67	60	0	10	29	1.31
16284920--16284958	20	2.0	20	89	0	60	25	0	10	64	1.25
16284972--16285044	28	2.5	27	76	20	67	32	2	2	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16284977--16285044	29	2.3	29	82	7	84	33	2	2	60	1.27
16284977--16285053	29	2.6	29	77	8	66	32	3	3	59	1.34
16288117--16288302	84	2.2	83	92	1	309	27	19	21	31	1.97
16288199--16288413	110	1.9	112	92	1	362	28	18	21	31	1.97
16288104--16288496	194	2.0	194	96	0	732	26	19	21	32	1.97
16288310--16288662	83	4.2	83	96	0	634	26	20	21	32	1.97
16288617--16289066	119	3.8	119	95	0	774	30	19	17	33	1.95
16289052--16289231	44	4.1	44	71	16	156	29	25	15	30	1.96
16290107--16290166	22	2.8	21	82	14	77	3	18	0	78	0.89
16290112--16290157	14	3.5	13	82	11	58	2	17	0	80	0.81
16298374--16299602	615	2.0	615	100	0	2458	29	22	16	31	1.96
16300129--16300660	267	2.0	266	98	0	1019	38	19	13	27	1.90
16301101--16301293	39	5.0	40	86	4	159	27	29	22	20	1.98
16301098--16301275	78	2.3	78	77	8	175	27	29	22	20	1.99
16301168--16301293	39	3.2	39	95	0	216	26	30	21	21	1.98
16303533--16304031	27	18.5	27	89	1	669	41	6	21	30	1.79
16304020--16304156	27	5.0	27	80	6	127	33	8	18	39	1.81
16304009--16304182	54	3.2	52	74	8	161	31	6	20	41	1.78
16305845--16305917	6	11.8	6	72	16	60	47	13	19	19	1.82
16305836--16305917	31	2.6	31	86	0	110	50	13	18	18	1.79
16306414--16306624	27	7.8	27	87	0	269	42	7	20	29	1.79
16306414--16306630	54	4.0	54	86	0	299	41	7	20	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16306414--16306630	81	2.7	81	88	0	326	41	7	20	29	1.80
16310693--16310844	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
16310693--16310844	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
16315825--16316002	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
16315846--16316001	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
16318222--16318285	31	2.1	31	96	0	119	17	29	20	32	1.95
16323906--16324083	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16323927--16324082	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16330098--16330157	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
16330582--16330706	46	2.7	46	85	10	150	20	22	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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