Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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This is table  278  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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1.99
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80
3.3
80
85
3
256
25
20
27
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1.99
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1.9
18
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2.0
25
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1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Indels
Score
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Indels
Score
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Entropy
(0-2)
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Score
A
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(0-2)
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89
5
60
39
0
2
57
1.12
94913006--94913100
36
2.6
38
75
17
94
36
2
1
60
1.16
94913070--94913120
18
2.8
19
76
11
61
39
0
0
60
0.97
94913011--94913106
27
3.6
26
68
18
72
34
2
1
62
1.14
94913033--94913118
43
2.0
43
84
8
113
34
2
0
62
1.08
94937940--94938070
46
2.8
46
86
4
183
25
21
29
23
1.99
94940335--94941236
49
18.6
49
98
1
1640
26
28
22
22
1.99
94942286--94942324
21
1.9
21
94
5
71
10
35
30
23
1.88
94944698--94944785
30
2.9
30
78
9
90
28
17
25
29
1.97
94949902--94950058
43
3.7
43
76
9
151
26
18
23
31
1.97
94954181--94954462
50
5.6
50
77
2
244
30
25
17
26
1.97
94954230--94954411
101
1.8
101
90
0
292
28
24
19
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
94974555--94974602
23
2.1
23
100
0
96
39
25
12
22
1.89
94978620--94978654
6
5.8
6
96
0
61
37
11
0
51
1.38
94983742--94983792
20
2.4
21
81
15
61
50
0
1
47
1.12
94983742--94983794
21
2.5
21
82
14
65
49
0
1
49
1.12
94983718--94983794
33
2.5
30
78
15
77
49
0
1
49
1.09
94990560--94990719
45
3.6
44
84
4
178
26
28
21
23
1.99
94992809--94993013
106
1.9
106
95
0
374
38
15
8
37
1.79
94997736--94997895
80
2.0
80
93
0
275
28
10
20
40
1.85
95001084--95001120
6
6.2
6
87
0
56
16
2
2
78
0.98
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28
3.2
28
87
4
121
32
21
23
21
1.98
95006141--95006202
28
2.2
29
88
5
92
32
8
25
33
1.85
95014524--95014560
6
6.2
6
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0
65
16
0
2
81
0.81
95018849--95018890
20
2.1
20
100
0
84
14
19
16
50
1.79
95034838--95034936
49
2.0
49
98
0
189
33
2
17
47
1.59
95035460--95035521
18
3.1
18
68
24
52
14
16
33
35
1.89
95048824--95048873
23
2.2
22
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10
66
56
20
10
14
1.66
95050209--95050413
103
2.0
102
92
2
340
25
16
15
42
1.87
95054693--95054775
43
1.9
43
95
0
148
49
7
10
32
1.65
95060208--95060421
117
1.8
116
85
1
302
35
13
23
27
1.92
95067303--95067608
49
6.5
44
69
13
150
28
19
28
24
1.99
95070493--95070568
32
2.4
32
93
6
129
43
5
18
32
1.72
95070977--95071198
117
1.9
117
87
0
327
34
14
23
26
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95075162--95075186
13
1.9
13
100
0
50
36
0
0
64
0.94
95075192--95075241
23
2.3
21
83
10
64
34
0
4
62
1.14
95077598--95077646
24
2.0
24
88
0
71
57
18
18
6
1.61
95082010--95082451
44
10.0
44
67
7
203
30
16
25
26
1.97
95081917--95082639
177
4.1
177
85
1
919
29
17
24
28
1.97
95087371--95087416
22
2.1
22
100
0
92
26
4
19
50
1.66
95089251--95089517
49
5.6
50
71
11
161
26
19
28
24
1.99
95089251--95089510
142
1.9
138
82
8
328
26
19
28
25
1.98
95093360--95093607
46
5.3
45
74
12
164
29
21
27
21
1.99
95094954--95095272
46
6.8
47
73
13
230
27
19
29
23
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297