genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36008992--36009127	51	2.7	51	80	0	173	40	5	13	40	1.68
36010652--36010941	96	3.0	96	91	0	454	36	17	33	12	1.88
36011855--36011983	51	2.5	51	76	0	150	39	6	13	41	1.69
36014649--36014785	51	2.7	51	80	0	175	40	5	13	40	1.68
36015359--36015494	51	2.7	51	80	0	173	40	5	13	40	1.68
36014637--36016562	709	2.7	709	98	0	3692	28	17	22	32	1.96
36016068--36016203	51	2.7	51	80	0	173	40	5	13	40	1.68
36017230--36017285	27	2.1	27	100	0	112	37	7	14	41	1.73
36020585--36020609	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
36025125--36025198	22	3.3	23	81	7	64	48	1	1	48	1.18
36025093--36025230	26	5.5	28	65	32	82	47	2	2	47	1.26
36026342--36026427	43	2.0	43	97	0	163	11	52	9	26	1.68
36041735--36041768	12	3.0	11	87	8	50	26	5	0	67	1.13
36041732--36041772	15	2.6	16	88	11	59	26	4	0	68	1.10
36043860--36043983	48	2.7	46	82	5	142	33	15	25	25	1.95
36043813--36043983	46	3.7	46	78	10	170	32	15	25	26	1.96
36043853--36044025	94	1.8	94	81	2	213	33	16	25	24	1.96
36044045--36044162	49	2.4	49	84	2	148	27	19	28	23	1.98
36051484--36051636	48	3.2	48	78	3	157	29	16	28	25	1.97
36051481--36051651	94	1.8	94	84	0	234	29	17	28	24	1.97
36052801--36052857	5	10.6	5	85	14	78	19	0	3	77	0.92
36052801--36052857	11	5.3	10	87	10	78	19	0	3	77	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36052801--36052857	17	3.5	15	86	13	78	19	0	3	77	0.92
36058152--36058198	24	2.0	24	86	0	67	51	0	0	48	1.00
36058168--36058194	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
36058183--36058251	29	2.3	31	76	19	74	43	0	0	56	0.99
36078101--36078205	25	4.2	25	84	10	126	25	23	20	30	1.98
36078256--36078302	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
36086119--36086264	25	6.0	24	88	5	179	28	22	20	28	1.99
36086313--36086379	20	3.3	20	89	0	107	29	20	11	37	1.89
36088306--36088438	66	2.0	66	97	0	248	33	16	21	27	1.95
36094007--36094047	20	2.0	20	100	0	82	46	14	14	24	1.82
36094733--36094761	10	3.0	10	95	5	51	51	0	10	37	1.36
36094981--36095105	37	3.4	36	77	4	117	20	12	28	37	1.90
36095007--36095131	37	3.4	36	80	7	137	18	12	30	38	1.88
36095531--36095571	18	2.3	18	95	0	73	48	4	14	31	1.65
36096118--36096180	33	1.9	33	100	0	126	15	28	11	44	1.81
36096936--36096976	21	2.0	21	95	0	73	29	31	2	36	1.71
36100047--36100076	15	2.0	15	93	0	51	56	20	13	10	1.65
36100756--36100784	15	1.9	15	100	0	58	55	13	17	13	1.70
36101388--36101499	36	3.1	36	97	0	206	33	16	14	35	1.88
36103769--36103946	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
36103770--36103925	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
36103766--36103946	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36111832--36112009	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
36111833--36111988	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
36111829--36112009	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
36117723--36117782	13	4.6	13	78	14	52	35	6	20	38	1.79
36119812--36120071	72	3.7	72	89	2	375	55	13	5	26	1.59
36120496--36120565	18	3.9	18	92	0	113	40	12	12	34	1.82
36121991--36122030	10	3.8	10	86	6	53	22	17	0	60	1.37
36126241--36126302	31	2.0	31	96	0	115	37	19	27	16	1.93
36131468--36131526	28	2.1	28	100	0	118	37	20	8	33	1.83
36132637--36132938	45	6.8	45	85	3	389	28	18	14	38	1.90
36132643--36132938	89	3.3	90	87	4	420	27	18	14	38	1.90
36132637--36132938	133	2.3	135	86	6	427	28	18	14	38	1.90
36143400--36143449	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
36146932--36146956	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
36151142--36151169	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
36152245--36152311	34	2.0	34	85	11	93	43	1	11	43	1.50
36152274--36152345	22	3.0	24	84	10	94	37	0	18	44	1.50
36152253--36152423	88	1.9	91	87	3	258	37	0	18	43	1.55
36152313--36152575	34	8.3	33	70	20	170	34	1	20	43	1.60
36152362--36152423	25	2.5	26	86	5	92	33	1	22	41	1.64
36152337--36152521	59	3.1	59	85	7	262	36	1	19	42	1.61
36152358--36152530	30	5.6	31	70	22	116	36	1	20	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36152317--36152575	64	4.1	63	82	7	285	34	1	20	43	1.60
36152631--36153087	126	3.6	126	89	1	664	38	15	17	27	1.91
36152631--36153087	253	1.8	253	88	2	704	38	15	17	27	1.91
36153079--36153116	18	2.1	18	100	0	76	55	5	13	26	1.59
36158225--36158292	19	3.6	18	69	20	57	63	4	1	30	1.23
36158223--36158298	39	1.9	39	97	0	143	64	6	1	27	1.26
36160039--36160153	54	2.1	54	82	6	135	36	12	18	33	1.88
36160063--36160245	94	1.9	92	82	8	226	39	15	16	28	1.89
36160155--36160522	54	6.8	54	76	1	335	40	14	16	28	1.88
36160180--36160522	108	3.2	108	81	2	420	41	13	16	28	1.87
36160155--36160521	162	2.3	162	82	0	455	40	14	16	28	1.87
36168886--36169188	40	7.6	40	87	4	344	26	27	21	25	1.99
36169120--36169197	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
36175299--36175352	24	2.2	24	100	0	108	7	29	42	20	1.79
36176883--36177067	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
36176883--36177067	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
36179753--36180028	90	3.1	90	83	2	295	32	13	25	28	1.94
36180082--36180141	19	3.4	19	63	32	51	45	13	11	30	1.79
36180083--36180174	34	2.7	33	81	9	89	43	13	11	31	1.80
36187109--36187143	14	2.4	15	85	9	54	42	0	8	48	1.33
36187999--36189043	522	2.0	521	87	2	1524	35	19	13	32	1.90
36191731--36191764	17	2.0	17	100	0	68	47	17	11	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36199202--36199248	24	2.0	24	95	0	85	36	19	17	27	1.93
36209735--36209781	21	2.2	21	81	7	60	27	23	31	17	1.96
36212624--36212729	53	2.0	53	90	0	167	36	16	15	32	1.89
36217367--36217426	24	2.5	24	91	5	95	48	1	31	18	1.58
36225388--36225442	27	2.0	27	100	0	110	32	21	10	34	1.89
36231950--36231981	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
36236759--36236785	14	1.9	14	100	0	54	37	37	14	11	1.82
36241881--36241912	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
36251208--36251256	22	2.2	20	77	19	53	51	26	4	18	1.64
36252016--36252141	43	2.9	43	85	4	139	33	26	16	23	1.96
36255815--36255872	24	2.4	24	91	5	91	51	0	32	15	1.44
36263737--36263810	33	2.2	33	87	0	103	16	27	33	22	1.95
36267967--36268015	25	2.0	25	95	0	89	28	4	14	53	1.59
36278261--36278435	46	3.8	46	77	10	185	28	28	21	21	1.99
36278269--36278440	93	1.8	93	89	0	272	27	29	21	21	1.99
36279726--36279816	26	3.5	26	78	3	110	31	27	13	27	1.94
36279748--36279842	27	3.6	27	81	2	129	29	27	14	28	1.95
36279726--36279842	53	2.2	53	95	0	207	31	26	13	28	1.94
36279982--36280071	32	2.8	33	80	9	105	42	25	3	28	1.71
36285684--36285726	19	2.3	19	79	0	50	11	11	18	58	1.63
36285781--36285824	19	2.3	19	92	0	70	13	11	25	50	1.75
36285748--36285787	3	13.7	3	94	5	73	0	0	32	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36286874--36286935	30	2.1	30	96	0	115	27	0	11	61	1.30
36286878--36286942	30	2.2	30	91	0	103	27	1	12	58	1.43
36288500--36288538	16	2.5	15	80	19	53	28	5	5	61	1.39
36288492--36288535	18	2.7	16	86	10	54	29	4	4	61	1.36
36295555--36295650	29	3.3	29	66	13	79	55	3	1	40	1.23
36295544--36295666	59	2.1	59	89	0	183	55	5	0	38	1.29
36295582--36295686	34	3.3	34	64	28	95	49	5	0	43	1.32
36295559--36295681	59	2.1	59	98	0	237	52	4	0	42	1.28
36296775--36296812	20	1.9	20	84	10	51	5	10	2	81	0.94
36297064--36297120	30	1.9	29	89	3	87	19	26	40	14	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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