genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53170979--53171029	5	10.4	5	78	4	50	49	0	0	50	1.00
53170979--53171028	15	3.4	15	83	5	66	50	0	0	50	1.00
53170981--53171018	20	1.9	20	94	0	67	50	0	0	50	1.00
53188462--53188506	1	45.0	1	86	0	63	93	0	6	0	0.35
53189396--53189521	63	2.0	63	100	0	252	20	12	33	33	1.90
53189416--53189515	31	3.2	31	64	23	82	22	11	34	33	1.89
53196112--53196190	33	2.4	33	79	14	83	29	3	6	60	1.39
53196101--53196199	23	4.3	23	73	24	82	31	4	6	58	1.41
53196320--53196355	17	2.0	19	89	10	58	27	0	13	58	1.36
53196322--53196372	18	2.8	17	80	13	50	29	3	9	56	1.49
53208041--53208080	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
53209434--53209460	6	4.5	6	100	0	54	51	0	48	0	1.00
53212467--53212503	19	2.0	18	89	5	56	24	24	2	48	1.64
53213744--53213825	31	2.7	29	86	5	101	29	13	12	45	1.80
53213744--53213836	29	3.1	29	83	7	98	29	15	11	44	1.81
53220815--53220856	21	1.9	23	85	9	61	54	2	0	42	1.13
53238969--53239097	18	7.2	18	81	0	159	34	14	22	28	1.94
53238970--53239097	36	3.6	36	89	0	193	34	14	21	28	1.94
53239693--53240568	313	2.8	311	84	4	1130	32	7	18	41	1.79
53250375--53250418	10	4.2	10	77	11	52	31	2	2	63	1.19
53256609--53256641	16	2.1	16	100	0	66	48	6	6	39	1.53
53256710--53257006	99	3.0	99	79	6	289	34	18	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53261897--53261946	25	2.0	25	100	0	100	44	8	16	32	1.76
53274115--53274172	22	2.4	25	73	18	61	29	5	1	63	1.25
53274703--53274756	27	2.0	28	88	3	83	57	12	5	24	1.57
53276357--53276381	11	2.3	11	100	0	50	20	8	0	72	1.10
53279157--53279190	12	3.0	11	91	4	50	11	11	8	67	1.42
53283215--53283265	27	1.9	26	96	4	93	52	5	0	41	1.25
53286593--53286627	18	1.9	18	88	11	54	20	5	5	68	1.31
53286622--53286654	16	2.1	16	88	5	50	51	0	0	48	1.00
53286686--53286715	12	2.5	12	100	0	60	33	0	0	66	0.92
53287006--53287058	26	2.0	26	92	0	88	33	9	15	41	1.79
53287533--53287582	26	1.9	26	91	0	82	34	10	12	44	1.75
53288177--53288470	97	3.0	95	74	8	252	45	12	11	30	1.78
53288144--53288428	97	2.9	95	74	9	261	44	10	12	31	1.77
53288122--53288597	195	2.4	195	80	2	508	44	11	11	32	1.77
53291525--53291685	86	1.9	86	84	3	218	39	20	10	29	1.86
53291704--53291748	20	2.2	21	96	4	83	64	0	0	35	0.94
53291692--53291758	20	2.7	26	70	29	74	64	0	0	35	0.94
53291703--53291777	10	7.9	10	70	8	50	64	0	0	36	0.94
53291725--53291775	26	1.9	27	84	4	68	66	0	0	33	0.92
53291743--53291777	17	2.1	16	89	5	52	68	0	0	31	0.90
53291986--53292076	28	3.1	28	77	12	94	28	5	2	63	1.28
53297020--53297101	17	4.6	16	71	20	65	23	2	1	73	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53297020--53297063	23	2.0	22	90	4	70	22	0	2	75	0.92
53303196--53303237	15	2.8	15	88	0	57	59	4	4	30	1.39
53303478--53303550	24	3.1	24	68	18	62	68	0	9	21	1.18
53303492--53303541	20	2.2	24	86	13	72	66	0	10	24	1.22
53309105--53309135	16	1.9	16	100	0	62	41	6	19	32	1.77
53309673--53309741	35	2.0	34	100	0	129	34	17	14	31	1.90
53311235--53311277	21	2.0	21	95	0	77	39	20	18	20	1.93
53311397--53311426	2	15.0	2	92	0	51	0	3	46	50	1.18
53316309--53316346	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
53323114--53323138	7	3.6	7	100	0	50	40	0	16	44	1.47
53323914--53324028	56	2.1	56	98	0	221	36	13	11	38	1.81
53330236--53330289	27	2.0	28	85	10	76	7	12	14	64	1.47
53333488--53333782	108	2.8	108	81	3	346	33	18	16	30	1.94
53333454--53333781	106	3.1	105	80	3	372	33	17	17	31	1.94
53334307--53334350	21	2.2	21	88	11	67	38	0	18	43	1.50
53335594--53335634	19	2.2	19	91	8	66	4	0	36	58	1.20
53335991--53336746	127	6.0	127	89	0	1188	25	20	21	32	1.98
53336773--53337224	50	9.1	50	64	6	173	25	21	21	30	1.98
53336773--53337224	99	4.5	99	82	3	498	25	21	21	30	1.98
53338195--53338238	1	44.0	1	81	0	52	0	9	0	90	0.44
53338195--53338238	11	4.1	11	94	5	81	0	9	0	90	0.44
53338195--53338238	21	2.0	21	95	4	79	0	9	0	90	0.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53358812--53359020	100	2.1	100	92	0	346	52	3	8	35	1.49
53358909--53358960	20	2.6	20	78	0	68	51	0	7	40	1.30
53359643--53359675	17	1.9	17	93	0	57	75	0	0	24	0.80
53359648--53359677	14	2.1	14	93	0	51	76	0	0	23	0.78
53359740--53359772	15	2.1	16	88	5	50	12	15	6	66	1.42
53359854--53359919	20	3.4	19	72	8	62	19	16	9	54	1.68
53359874--53359930	19	2.9	19	71	5	60	19	21	7	52	1.69
53359849--53359930	39	2.1	39	97	0	155	20	19	7	52	1.70
53360514--53360658	44	3.3	44	92	1	229	31	27	15	26	1.96
53360622--53361297	132	5.1	132	89	1	1005	30	23	18	28	1.97
53362646--53362674	14	2.0	15	93	6	51	0	10	6	82	0.83
53367595--53367750	50	3.2	50	68	18	128	51	5	9	33	1.57
53367592--53367800	100	2.1	99	86	3	285	53	4	8	33	1.52
53367689--53367740	20	2.6	20	78	0	68	51	0	7	40	1.30
53368951--53369016	20	3.4	19	72	8	62	19	16	9	54	1.68
53368946--53369027	39	2.1	39	95	0	146	20	18	7	53	1.68
53368960--53369022	20	3.2	20	70	4	65	17	20	6	55	1.63
53372125--53372150	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
53372174--53372216	18	2.4	18	76	0	50	32	0	6	60	1.23
53372394--53372466	31	2.4	30	79	4	85	50	5	10	32	1.60
53375651--53375711	27	2.2	27	76	2	68	55	4	0	39	1.21
53389409--53389443	17	2.0	17	88	5	52	11	25	42	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53390848--53390882	18	1.9	18	94	0	61	8	25	11	54	1.64
53393419--53393513	26	3.8	25	72	15	70	50	3	10	35	1.53
53395227--53395326	44	2.3	44	85	3	130	28	26	18	28	1.98
53395314--53395598	44	6.5	44	83	2	261	24	25	18	30	1.98
53395364--53395520	44	3.6	44	94	1	280	24	27	20	27	1.99
53395317--53395598	87	3.2	87	80	2	287	24	25	18	30	1.98
53395577--53396386	86	9.4	86	91	3	1141	24	22	21	31	1.98
53395819--53396037	42	5.1	42	64	12	140	25	20	21	33	1.97
53396247--53396382	43	3.2	43	66	15	109	22	19	25	32	1.97
53404171--53404384	74	2.9	74	95	2	378	37	5	20	36	1.76
53412487--53412555	22	3.1	23	73	10	72	53	0	1	44	1.09
53412491--53412559	24	3.0	24	72	17	67	55	0	1	43	1.08
53412881--53412955	26	2.8	25	76	9	60	58	5	5	30	1.43
53428573--53428618	19	2.4	19	92	0	83	19	10	50	19	1.77
53429717--53429828	27	4.1	27	85	8	156	17	16	22	42	1.88
53429717--53429828	54	2.1	54	89	3	172	17	16	22	42	1.88
53432150--53432372	40	5.6	39	79	8	182	26	20	27	26	1.99
53435828--53436019	98	2.0	98	92	0	321	37	24	10	27	1.88
53438071--53438157	41	2.1	41	100	0	174	29	20	28	20	1.98
53438071--53438173	41	2.5	41	93	0	152	31	20	26	22	1.98
53441229--53441451	44	5.1	44	70	11	152	26	26	18	29	1.98
53441175--53441463	132	2.2	132	96	0	533	24	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53445873--53445916	22	2.0	22	95	0	79	9	43	9	38	1.68
53452929--53453120	98	2.0	98	92	0	321	37	24	10	27	1.88
53454278--53454333	20	2.7	20	83	10	69	62	0	5	32	1.18
53454386--53454433	23	2.2	22	85	7	62	60	4	0	35	1.16
53456091--53456125	18	1.9	18	88	0	52	17	31	40	11	1.85
53463694--53463728	17	2.0	18	94	5	63	17	28	40	14	1.88
53465476--53465512	13	2.5	15	83	16	51	64	5	5	24	1.36
53466207--53466272	28	2.4	28	92	5	107	40	7	21	30	1.81
53466637--53466696	18	3.3	18	68	9	50	48	6	1	43	1.39
53466628--53466704	36	2.1	36	95	0	136	42	6	1	49	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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