genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25741826--25742052	27	8.4	27	90	0	337	24	21	19	34	1.96
25751670--25751717	24	2.0	24	84	8	62	58	2	10	29	1.43
25751727--25751797	30	2.4	30	80	0	79	57	4	7	30	1.44
25751907--25752072	3	54.7	3	76	9	113	60	1	6	31	1.33
25751904--25752052	26	5.8	26	71	13	103	61	2	7	28	1.34
25751900--25751992	29	3.0	30	77	13	91	59	1	9	30	1.37
25752133--25752167	3	11.7	3	87	0	52	60	0	5	34	1.21
25753537--25753632	49	2.0	49	100	0	192	39	12	16	31	1.86
25757324--25757368	15	3.2	13	77	22	54	46	0	2	51	1.13
25757322--25757381	30	2.0	30	86	0	84	48	0	3	48	1.18
25760624--25760703	42	1.9	42	92	0	133	11	18	25	45	1.83
25760632--25760716	42	2.0	42	88	0	125	10	20	25	43	1.83
25760995--25761135	41	3.5	41	84	4	135	34	19	23	22	1.97
25761025--25761154	41	3.2	40	89	4	172	35	21	22	20	1.96
25761728--25761776	22	2.2	22	78	7	55	28	2	18	51	1.58
25762027--25762089	7	9.0	7	75	6	56	15	0	38	46	1.47
25765864--25765978	43	2.7	43	75	4	133	23	15	25	35	1.94
25766483--25766508	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
25768042--25768095	21	2.7	20	82	5	72	40	11	3	44	1.58
25768900--25768938	20	2.0	20	89	0	60	43	17	2	35	1.63
25769057--25769171	20	5.8	20	81	4	142	40	17	6	35	1.77
25769045--25769171	60	2.2	59	84	5	159	42	16	6	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25770488--25770658	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
25770480--25770655	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
25774528--25774578	17	3.0	16	83	11	57	17	9	0	72	1.11
25774616--25774667	13	3.8	13	78	11	52	69	3	0	26	1.06
25775303--25775347	22	2.0	22	83	8	56	35	2	4	57	1.31
25777611--25777673	20	3.1	20	81	4	65	33	19	1	46	1.59
25777708--25777822	20	5.8	20	74	8	83	38	16	3	41	1.65
25777727--25777822	40	2.4	40	84	3	113	37	15	4	42	1.66
25777895--25778189	20	14.8	20	70	6	141	40	14	7	36	1.76
25777889--25778026	60	2.3	60	83	3	163	44	16	5	33	1.72
25777605--25778062	187	2.4	187	81	3	508	39	16	4	38	1.70
25778074--25778202	40	3.3	39	80	4	134	38	13	7	40	1.73
25778085--25778185	39	2.5	40	85	1	132	36	12	9	40	1.77
25778260--25778392	20	6.7	20	74	6	92	36	13	6	43	1.69
25786172--25786299	51	2.5	51	83	2	159	22	26	12	38	1.90
25789670--25789931	46	5.5	46	76	9	199	28	19	28	24	1.98
25789670--25789933	94	2.8	94	81	8	311	28	19	28	23	1.98
25795695--25795964	46	5.7	48	80	11	297	28	18	27	24	1.98
25795695--25795964	94	2.9	93	79	12	273	28	18	27	24	1.98
25795695--25795957	142	1.9	142	100	0	526	28	18	27	24	1.98
25805370--25805924	220	2.5	220	91	0	898	33	18	21	27	1.96
25805866--25806212	78	4.4	78	91	0	509	31	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25806179--25806353	45	3.9	45	85	3	237	32	13	28	26	1.94
25806178--25806345	89	1.9	89	91	2	275	30	13	29	26	1.94
25806187--25806364	89	2.0	89	87	4	223	32	14	28	25	1.94
25811068--25811190	43	3.0	40	82	9	142	27	21	2	48	1.62
25817255--25817432	49	3.7	49	81	5	200	28	19	28	23	1.98
25831312--25831489	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25831313--25831468	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25831309--25831489	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25837013--25837100	46	1.9	46	90	0	140	26	20	28	25	1.99
25837160--25837338	49	3.7	49	78	5	168	28	20	26	24	1.99
25851828--25851886	30	2.0	30	86	0	82	33	13	25	27	1.93
25852209--25852382	46	3.8	45	79	11	156	27	20	31	21	1.98
25852254--25852479	46	4.8	48	76	11	175	25	19	32	23	1.97
25854446--25854486	21	2.0	20	90	4	64	41	19	0	39	1.52
25865317--25865350	17	2.0	17	100	0	68	41	11	29	17	1.85
25866890--25866920	14	2.2	14	100	0	62	45	6	12	35	1.68
25889783--25889990	103	2.0	103	92	0	344	20	22	29	27	1.98
25900980--25901076	27	3.6	27	90	2	140	29	28	13	27	1.94
25914692--25914721	13	2.3	13	100	0	60	86	0	0	13	0.57
25921088--25921157	31	2.3	30	85	9	88	11	32	32	22	1.90
25934008--25934310	40	7.6	40	89	2	396	27	27	20	24	1.99
25941998--25942300	40	7.6	40	87	4	344	26	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25942232--25942309	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25944170--25944259	35	2.6	34	78	7	92	28	21	15	34	1.94
25946563--25946587	11	2.3	11	100	0	50	24	0	12	64	1.27
25947518--25947780	30	8.8	30	83	1	294	31	17	18	33	1.94
25951151--25951218	33	2.0	34	82	2	84	27	25	22	25	1.99
25953440--25953617	27	6.6	27	79	6	153	28	29	16	25	1.97
25953440--25953616	54	3.3	54	80	6	187	28	29	16	24	1.96
25956124--25956281	40	4.0	40	91	0	244	23	18	27	29	1.98
25969623--25969666	21	2.1	21	82	0	52	29	6	29	34	1.83
25971070--25971106	18	2.1	18	100	0	74	32	16	16	35	1.91
25971758--25972128	46	7.9	47	75	14	247	27	20	29	22	1.98
25971992--25972123	47	2.8	47	84	5	176	25	19	29	25	1.99
25974216--25974364	80	1.9	79	95	0	262	32	7	19	40	1.79
25974220--25974388	80	2.1	80	83	2	205	35	8	18	36	1.81
25974968--25975233	46	5.7	46	71	11	193	21	18	28	30	1.97
25975017--25975179	47	3.5	47	72	14	165	21	19	28	30	1.97
25974961--25975226	93	2.9	93	88	0	415	21	19	28	30	1.97
25982084--25982141	30	1.9	30	85	0	80	32	13	25	27	1.94
25982526--25982741	46	4.6	45	75	13	172	26	18	31	23	1.98
25983083--25983202	56	2.1	56	96	0	222	45	10	23	21	1.82
25984581--25985071	47	10.3	47	94	3	747	31	9	30	28	1.88
25987274--25987298	11	2.3	11	100	0	50	0	28	12	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25991229--25991364	45	3.0	45	86	2	182	46	12	19	22	1.83
25992054--25992088	4	8.8	4	100	0	70	22	0	0	77	0.78
25997928--25997996	31	2.2	31	86	0	93	36	40	4	18	1.71
26001013--26001043	15	2.1	15	100	0	62	58	6	0	35	1.24
26005789--26005836	23	2.1	23	84	7	62	64	4	0	31	1.12
26006031--26006120	45	2.0	45	100	0	180	37	26	2	33	1.69
26007273--26007329	16	3.5	16	81	15	64	33	3	1	61	1.23
26009972--26010228	86	3.0	86	82	4	311	24	22	22	30	1.99
26015045--26015093	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
26023676--26023859	40	4.7	40	79	11	177	26	21	27	25	1.99
26023677--26023892	79	2.7	79	77	13	182	27	20	27	24	1.99
26025535--26025634	49	2.0	49	98	0	191	42	14	17	27	1.87
26029130--26029228	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
26034163--26034288	49	2.6	49	80	3	146	26	28	19	25	1.99
26034163--26034476	140	2.2	145	80	11	339	26	28	18	27	1.98
26036581--26036682	41	2.5	41	83	1	125	25	14	26	33	1.95
26036693--26036794	43	2.4	43	86	0	150	31	14	23	30	1.94
26036697--26036809	43	2.6	42	84	6	138	30	14	24	30	1.94
26038159--26038374	55	4.0	54	80	6	249	34	17	25	23	1.95
26038166--26038368	108	1.9	110	88	4	313	33	18	24	24	1.97
26048172--26048337	40	4.2	40	86	3	203	25	27	24	22	2.00
26048193--26048337	40	3.7	40	88	2	204	25	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26051474--26051689	55	4.0	54	79	6	231	35	17	24	22	1.95
26053560--26053611	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
26058974--26059211	49	4.8	49	85	2	296	25	17	27	29	1.98
26066715--26066776	21	3.2	19	77	11	56	14	27	0	58	1.37
26070021--26070329	41	7.6	40	77	6	264	22	28	14	34	1.94
26070020--26070112	40	2.3	42	79	7	111	25	27	16	30	1.96
26070020--26070320	81	3.7	80	75	8	284	22	27	15	34	1.94
26083283--26083313	11	2.8	11	100	0	62	32	9	19	38	1.84
26092004--26092123	56	2.1	56	100	0	240	22	24	9	44	1.82
26096674--26096712	20	2.0	20	100	0	78	30	17	15	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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