genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27153775--27154187	204	2.0	204	99	0	817	39	6	7	46	1.59
27154142--27154201	31	1.9	31	100	0	120	43	0	8	48	1.33
27154632--27154669	17	2.2	17	86	9	51	23	2	5	68	1.23
27163369--27163704	168	2.0	167	96	0	618	33	13	13	38	1.84
27165305--27165386	39	2.1	39	93	0	137	29	7	21	41	1.80
27167026--27167241	93	2.3	93	96	0	396	27	30	21	20	1.98
27167073--27167245	47	3.7	47	80	13	230	27	30	20	20	1.98
27167019--27167194	46	3.8	46	80	12	225	28	30	21	19	1.97
27177093--27177154	30	2.1	30	100	0	124	46	12	6	33	1.68
27190613--27190682	31	2.3	31	85	5	88	32	18	7	41	1.78
27191227--27191293	31	2.2	31	86	0	89	52	7	7	32	1.58
27193932--27193983	16	3.3	17	82	12	58	40	0	0	59	0.97
27194939--27194990	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
27196909--27196960	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
27197904--27197947	18	2.4	19	84	7	63	65	0	0	34	0.93
27199765--27199840	29	2.7	27	82	8	73	30	3	3	61	1.32
27199783--27199840	27	2.1	27	87	6	80	32	5	3	58	1.37
27199778--27199841	29	2.2	31	78	16	82	31	4	3	60	1.32
27200467--27200702	130	1.8	129	88	2	368	25	12	22	38	1.90
27211241--27211423	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
27211220--27211423	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
27215218--27215508	132	2.2	132	89	0	456	29	19	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27215350--27215756	177	2.3	176	87	0	589	29	19	21	28	1.98
27215350--27215811	177	2.6	174	83	4	575	29	19	21	28	1.98
27217257--27217323	29	2.3	30	85	10	95	32	4	4	58	1.38
27217443--27218197	377	2.0	377	99	0	1492	25	10	11	52	1.69
27218320--27218554	130	1.8	127	88	3	355	24	13	23	38	1.91
27219536--27219578	6	7.2	6	86	0	50	46	6	2	44	1.43
27219542--27219575	12	2.8	12	95	0	59	50	8	0	41	1.34
27219536--27219578	18	2.4	18	92	0	68	46	6	2	44	1.43
27219816--27219841	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
27219968--27220024	28	2.0	28	100	0	114	49	14	10	26	1.75
27220159--27220505	3	112.3	3	67	17	72	27	8	3	61	1.40
27220405--27220485	32	2.5	34	83	14	102	29	8	0	61	1.25
27225995--27226445	44	10.2	44	69	6	176	30	21	22	24	1.99
27225925--27226557	177	3.6	177	91	0	960	31	21	21	25	1.98
27226415--27226617	44	4.6	44	66	16	114	29	19	23	27	1.98
27226433--27227019	132	4.5	131	82	3	652	29	19	25	26	1.98
27226567--27227069	261	1.9	263	85	4	678	30	19	24	25	1.98
27227296--27227344	25	1.9	26	91	4	82	40	44	0	14	1.45
27227296--27227337	13	3.3	13	80	6	59	40	50	0	9	1.35
27227302--27227344	13	3.4	12	81	9	50	44	39	0	16	1.48
27227635--27227678	3	14.7	3	86	9	63	29	4	0	65	1.12
27227949--27227996	25	1.9	25	86	0	69	27	6	2	64	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27228173--27228398	125	1.8	125	80	3	276	32	15	16	35	1.91
27228449--27228567	41	2.9	41	83	5	152	33	25	22	18	1.97
27228622--27228655	16	2.2	16	89	5	52	52	32	0	14	1.42
27228607--27228677	37	1.9	37	91	0	115	49	30	0	19	1.49
27228612--27228686	37	2.0	37	87	5	107	50	30	0	18	1.47
27228665--27228871	113	1.8	113	95	0	378	42	11	14	31	1.80
27229378--27229422	19	2.3	20	92	3	74	66	2	4	26	1.22
27231852--27231904	22	2.4	23	84	12	76	28	5	22	43	1.76
27233655--27233884	43	5.4	42	84	5	248	26	14	28	31	1.95
27233655--27233890	84	2.8	85	86	1	303	25	13	27	32	1.94
27235956--27235989	10	3.3	10	84	8	50	0	14	0	85	0.60
27241206--27241243	18	2.1	19	90	5	60	21	0	23	55	1.44
27241482--27241533	22	2.4	22	87	6	70	23	9	23	44	1.82
27256382--27256446	21	3.1	21	75	0	76	33	23	21	21	1.97
27257298--27257331	11	2.8	12	86	13	52	0	23	0	76	0.79
27257413--27257453	13	3.1	13	82	3	55	58	2	0	39	1.11
27257592--27257645	21	2.4	23	76	20	60	51	3	1	42	1.30
27259786--27259876	45	2.0	45	91	0	146	38	24	9	27	1.87
27271705--27271795	45	2.0	45	91	0	146	36	25	13	25	1.92
27277695--27277753	26	2.3	26	81	0	73	30	15	25	28	1.96
27280365--27280448	34	2.3	38	84	8	104	41	3	7	47	1.48
27282553--27282594	21	2.0	21	90	4	66	2	35	0	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27288370--27288411	12	3.5	12	80	0	57	7	16	42	33	1.75
27288367--27288422	24	2.3	24	96	0	103	7	25	39	28	1.82
27288648--27288771	41	3.0	43	82	4	128	25	30	19	24	1.98
27288689--27288771	43	2.0	43	90	2	132	26	32	20	20	1.97
27289474--27289511	19	2.0	20	84	5	51	26	26	15	31	1.96
27290335--27290379	20	2.2	20	84	7	56	33	15	2	48	1.57
27291398--27291430	13	2.4	14	90	5	50	54	9	9	27	1.62
27292027--27292106	37	2.3	32	82	14	97	63	3	5	27	1.32
27293085--27293119	14	2.5	14	90	0	61	71	0	14	14	1.15
27293979--27294071	45	2.1	44	82	6	107	29	24	13	32	1.94
27294004--27294091	44	2.0	45	82	6	108	31	26	12	29	1.93
27294031--27294363	177	1.9	177	84	3	456	28	23	17	31	1.96
27307770--27307877	50	2.2	50	91	0	171	25	8	21	45	1.79
27311257--27311332	33	2.3	33	93	2	127	64	3	5	26	1.32
27311590--27311643	22	2.4	22	84	9	65	70	9	5	14	1.31
27313542--27313576	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
27316596--27316660	27	2.6	26	82	17	84	20	35	0	44	1.51
27332755--27332784	12	2.5	12	100	0	60	33	13	16	36	1.88
27336746--27336809	32	2.0	32	93	0	110	48	14	21	15	1.80
27340652--27340767	59	2.0	58	85	8	155	63	1	6	28	1.28
27340649--27340788	57	2.5	54	76	15	140	63	2	5	28	1.29
27340787--27340821	17	2.1	17	100	0	70	60	17	0	22	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27340976--27341020	20	2.1	22	84	8	58	28	0	6	64	1.19
27345069--27345107	16	2.4	17	83	12	55	66	2	0	30	1.05
27345301--27345352	27	1.9	27	88	7	79	55	3	7	32	1.46
27349121--27349284	42	3.9	42	82	1	202	29	24	15	31	1.95
27355712--27355887	45	3.8	48	77	15	208	28	19	26	25	1.98
27355717--27355927	93	2.3	93	99	0	413	28	18	27	25	1.98
27355717--27356024	46	6.7	44	74	17	189	27	17	28	25	1.98
27355717--27356024	93	3.3	93	87	7	371	27	17	28	25	1.98
27360820--27360964	40	3.6	40	84	4	166	24	25	24	26	2.00
27361066--27361194	40	3.2	40	84	7	172	25	25	24	24	2.00
27360836--27361291	230	2.0	230	98	0	876	31	25	16	27	1.96
27368303--27368447	40	3.6	40	83	4	157	24	24	24	26	2.00
27376340--27376621	80	3.5	80	84	5	351	25	27	21	25	1.99
27376340--27376621	40	7.1	40	81	7	317	25	27	21	25	1.99
27377988--27378048	31	2.0	31	96	3	115	29	13	31	26	1.93
27386250--27386322	36	2.0	36	94	0	128	36	19	24	19	1.94
27388444--27388805	46	7.7	47	72	14	188	24	30	18	26	1.98
27388594--27388802	46	4.5	45	78	8	199	22	29	19	28	1.98
27391401--27391550	65	2.3	65	89	0	228	20	21	23	34	1.97
27391969--27392008	16	2.4	16	83	4	53	50	7	17	25	1.72
27398383--27398468	43	2.0	43	95	0	154	25	32	19	22	1.97
27398396--27398548	43	3.6	43	81	1	137	31	31	16	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27402500--27402563	32	2.0	32	93	6	112	37	9	18	34	1.83
27409132--27409225	43	2.2	43	83	7	111	28	18	26	26	1.98
27411125--27411185	26	2.4	25	78	13	70	29	3	6	60	1.38
27418349--27418394	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
27418356--27418400	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
27426598--27426651	23	2.3	23	87	0	72	33	9	27	29	1.88
27432182--27432236	29	1.9	29	85	3	76	23	43	18	14	1.87
27434160--27434292	50	2.7	50	90	1	205	25	17	29	27	1.97
27436038--27436210	46	3.7	46	74	7	179	28	26	21	23	1.99
27436043--27436213	93	1.8	93	91	0	279	28	27	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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