genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15291767--15291813	21	2.2	21	88	0	67	40	12	2	44	1.54
15304512--15304719	91	2.3	91	98	1	400	39	4	8	47	1.55
15310313--15310367	5	10.8	5	81	18	53	76	0	1	21	0.88
15310314--15310372	17	3.4	17	79	13	66	76	0	1	22	0.88
15310313--15310370	22	2.7	21	78	21	66	75	0	1	22	0.89
15315212--15315287	21	3.6	21	78	0	71	14	35	32	17	1.90
15315603--15315641	14	2.8	14	92	0	60	33	35	7	23	1.83
15317135--15317211	40	1.9	40	86	0	109	16	15	32	35	1.91
15317131--15317219	40	2.3	38	77	7	97	16	17	31	33	1.93
15319443--15319627	40	4.6	39	82	7	189	24	22	27	25	2.00
15319443--15319627	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
15319444--15319660	79	2.7	79	79	9	185	26	21	27	24	1.99
15321527--15321574	25	1.9	25	82	0	60	25	12	18	43	1.85
15322244--15322321	34	2.3	34	86	4	104	30	20	16	32	1.95
15322436--15322502	14	4.8	14	74	7	55	26	17	16	38	1.91
15322439--15322503	28	2.3	28	81	5	78	29	16	16	36	1.92
15323371--15323535	68	2.4	66	85	6	206	46	21	6	25	1.74
15328112--15328156	22	2.0	22	91	0	72	28	40	6	24	1.80
15329640--15329812	43	4.0	43	78	3	188	32	24	15	27	1.95
15331772--15331955	49	3.7	48	75	8	181	28	25	19	27	1.98
15331773--15331960	100	1.9	100	90	0	304	28	25	19	26	1.99
15340231--15340290	28	2.2	27	82	8	68	68	0	6	25	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15341286--15341320	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
15348984--15349018	18	1.9	18	94	0	61	42	11	14	31	1.81
15352857--15352950	34	2.8	34	80	3	109	42	12	11	32	1.79
15357528--15357614	29	3.0	29	79	3	95	48	13	4	33	1.63
15364662--15364706	21	2.1	21	84	8	56	55	0	0	44	0.99
15371106--15371329	40	5.6	40	84	4	258	24	24	27	24	2.00
15371149--15371362	79	2.7	79	84	5	218	24	23	27	24	2.00
15371149--15371362	119	1.8	119	81	5	272	24	23	27	24	2.00
15374710--15374787	34	2.3	34	82	6	88	23	6	23	47	1.74
15387589--15387657	24	2.8	25	78	14	72	62	4	0	33	1.15
15399069--15399107	16	2.4	17	87	12	55	69	5	2	23	1.21
15404455--15404549	38	2.5	39	75	5	104	37	15	13	32	1.87
15405426--15405466	18	2.2	20	87	12	61	73	0	24	2	0.96
15413109--15414974	620	3.0	621	95	0	3315	36	8	18	35	1.82
15417126--15417301	92	1.9	92	97	0	334	32	17	13	36	1.88
15417303--15417337	18	1.9	18	94	0	61	40	11	14	34	1.82
15417690--15417773	39	2.2	39	84	0	105	39	16	20	23	1.92
15432225--15432269	20	2.2	20	84	4	54	24	11	13	51	1.73
15434047--15434091	23	2.0	23	81	0	54	17	17	0	64	1.29
15435563--15435849	50	5.7	50	75	1	261	36	25	15	22	1.93
15435561--15435686	25	5.0	25	69	1	74	34	25	16	23	1.95
15435576--15435849	100	2.7	100	84	2	327	37	24	15	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15441238--15441262	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
15447187--15447211	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
15452314--15452380	33	2.0	33	97	0	125	31	20	13	34	1.92
15453981--15454034	21	2.5	22	85	14	76	62	0	7	29	1.22
15455802--15455960	45	3.6	44	80	6	151	28	23	20	27	1.99
15455843--15455962	44	2.7	44	83	3	143	27	25	21	25	1.99
15459496--15459563	33	2.1	33	100	0	136	25	22	11	41	1.87
15464913--15464966	21	2.5	22	85	14	76	62	0	7	29	1.22
15466615--15466777	89	1.8	89	85	2	229	27	25	19	28	1.98
15466577--15466780	45	4.6	44	77	10	173	27	25	19	27	1.98
15477678--15477723	20	2.3	21	81	11	60	17	0	8	73	1.07
15479817--15479860	21	2.1	22	83	12	65	45	0	2	52	1.13
15503766--15503883	46	2.5	48	79	8	127	28	16	28	26	1.97
15512233--15512297	33	2.0	32	85	8	87	24	23	21	30	1.99
15519365--15519427	18	3.5	18	80	0	72	50	15	11	22	1.75
15519466--15519506	17	2.4	17	83	0	55	46	17	7	29	1.74
15519746--15519812	33	2.0	33	94	0	116	26	34	7	31	1.84
15520115--15520189	23	3.3	23	72	10	82	33	18	10	37	1.86
15520107--15520209	45	2.3	45	89	0	170	30	16	14	38	1.89
15520133--15520209	22	3.5	22	76	3	91	29	18	14	37	1.90
15520472--15520503	17	1.9	16	93	6	55	28	21	31	18	1.97
15524722--15524837	25	4.6	25	82	3	110	35	23	8	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15524716--15524841	50	2.5	50	82	8	157	33	23	10	33	1.88
15528802--15528906	9	10.4	9	74	20	59	62	0	1	35	1.06
15528801--15528906	10	10.4	10	72	15	67	63	0	1	34	1.06
15528831--15528907	23	3.6	21	76	19	79	64	0	0	35	0.93
15528837--15528899	11	5.7	11	78	12	67	65	0	0	34	0.93
15528831--15528907	32	2.4	32	83	12	104	64	0	0	35	0.93
15528839--15528903	12	5.8	12	76	22	61	66	0	0	33	0.92
15529146--15529206	29	2.1	28	81	3	68	29	1	4	63	1.24
15529280--15529340	27	2.2	26	85	8	77	29	6	0	63	1.19
15529307--15529350	20	2.2	20	84	11	56	34	4	0	61	1.16
15529307--15529351	19	2.4	19	82	10	56	35	4	0	60	1.17
15529398--15529442	18	2.5	17	85	7	54	33	0	2	64	1.06
15529411--15529448	17	2.2	17	86	9	51	26	2	2	68	1.16
15529398--15529449	18	2.9	17	78	16	52	30	1	1	65	1.14
15531644--15531689	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
15537011--15537039	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
15541336--15541396	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
15542397--15542766	48	7.7	48	77	7	313	25	19	27	26	1.99
15542393--15542720	96	3.4	96	85	1	417	25	19	28	26	1.99
15542399--15542766	144	2.5	144	82	4	427	26	19	27	26	1.99
15544506--15544578	30	2.4	30	90	0	110	17	24	36	20	1.94
15549120--15549211	48	1.9	48	95	0	166	22	13	31	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15550284--15550371	30	2.9	30	94	3	151	13	28	35	22	1.92
15550307--15550358	17	3.3	17	65	29	51	13	26	36	23	1.92
15556339--15556502	44	3.6	44	80	12	168	32	14	23	29	1.93
15556390--15556506	51	2.3	51	93	0	198	35	11	23	29	1.89
15572181--15572280	50	2.0	50	98	0	191	38	9	13	40	1.75
15576989--15577232	124	2.0	124	95	0	443	38	14	14	32	1.87
15583394--15583475	18	4.3	18	73	21	69	63	7	0	29	1.21
15583395--15583507	19	5.9	19	75	17	92	66	4	1	27	1.21
15584532--15584580	21	2.3	21	92	0	80	46	24	8	20	1.77
15585331--15585373	17	2.5	17	81	7	52	69	0	2	27	1.00
15589561--15589594	16	2.1	16	94	0	59	17	8	20	52	1.71
15598177--15598403	48	4.9	47	73	13	175	24	29	18	26	1.98
15599103--15599140	20	2.0	18	90	10	58	34	18	0	47	1.49
15609230--15609275	23	2.0	23	100	0	92	13	34	13	39	1.83
15611201--15611385	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
15611201--15611385	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
15625937--15626016	42	1.9	42	82	5	99	21	36	25	17	1.95
15632926--15633071	53	2.7	53	90	4	213	29	28	15	26	1.96
15634518--15634631	46	2.4	46	83	4	138	25	27	19	28	1.99
15634649--15634764	46	2.5	44	83	8	126	23	30	18	27	1.98
15636841--15636874	4	8.5	4	86	0	50	73	0	0	26	0.83
15637826--15637875	3	16.7	3	95	0	91	34	2	0	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15638022--15638082	20	2.8	21	78	16	63	14	6	8	70	1.32
15640747--15640931	40	4.7	40	80	7	207	24	27	22	25	2.00
15647665--15647781	58	2.0	58	96	0	216	27	18	13	40	1.89
15648533--15648717	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
15648533--15648717	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
15655155--15655426	45	6.1	45	86	3	347	27	29	18	24	1.98
15660197--15660317	58	2.1	59	92	1	199	33	24	18	23	1.97
15667582--15667744	42	3.9	41	87	4	200	19	27	29	23	1.98
15667621--15668203	43	13.7	42	74	11	228	19	26	32	21	1.97
15667813--15668158	128	2.7	127	81	4	322	18	26	33	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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