genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  162  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54741613--54741795	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
54741611--54741795	40	4.7	40	82	7	225	25	28	22	23	1.99
54742385--54742419	19	1.9	18	88	11	54	48	5	5	40	1.51
54750081--54750222	49	3.0	48	85	7	182	30	28	16	23	1.97
54761944--54762039	31	3.3	31	65	21	89	44	4	18	32	1.69
54761938--54762048	56	2.0	56	96	0	204	41	5	19	33	1.75
54762292--54762469	45	3.9	45	80	8	207	28	14	26	30	1.95
54762292--54762461	93	1.8	94	88	1	261	27	15	26	30	1.96
54767591--54767756	40	4.2	41	87	3	225	24	23	27	25	2.00
54767584--54767750	80	2.1	79	87	7	250	23	23	26	26	2.00
54787015--54787097	41	2.0	41	92	0	139	28	19	14	37	1.91
54788951--54789297	27	12.9	27	82	4	299	38	19	9	32	1.84
54788958--54789211	54	4.7	54	89	0	357	38	20	8	32	1.83
54788951--54789225	81	3.4	81	85	0	354	38	19	9	32	1.83
54789273--54789347	27	2.8	26	73	15	80	38	22	8	30	1.83
54789329--54789658	27	12.3	27	86	0	428	33	19	22	24	1.97
54790085--54790149	22	3.0	21	73	13	60	21	24	21	32	1.98
54790308--54790409	27	3.8	27	83	5	107	19	22	20	37	1.95
54790308--54790409	54	1.9	53	81	2	123	19	22	20	37	1.95
54790546--54790665	6	19.3	6	70	24	72	20	15	15	49	1.80
54790546--54790617	31	2.3	31	88	7	101	19	12	16	51	1.76
54790576--54790645	25	2.8	25	89	4	97	18	18	15	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54792932--54793050	46	2.6	46	94	0	211	24	31	10	34	1.88
54793086--54793196	37	3.0	37	66	18	104	28	25	9	36	1.86
54793160--54793335	47	3.7	47	96	0	316	26	27	10	35	1.90
54793235--54793306	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
54793163--54793356	94	2.1	91	85	7	250	30	26	9	33	1.89
54796052--54796121	35	2.0	35	97	0	131	17	32	11	38	1.85
54796923--54797016	40	2.3	40	87	0	125	32	24	18	24	1.97
54803708--54804091	40	9.7	40	89	2	598	23	21	28	25	1.99
54803708--54804089	79	4.8	79	98	0	721	24	21	28	25	1.99
54807313--54807801	240	2.0	240	98	0	944	29	17	25	27	1.98
54813244--54813396	40	3.8	40	83	5	186	24	26	22	26	2.00
54813228--54813378	79	1.9	79	84	8	200	25	25	21	27	1.99
54813409--54813499	39	2.3	40	82	1	121	21	25	23	29	1.99
54813312--54813510	103	1.9	103	100	0	398	22	24	22	30	1.99
54821410--54821593	79	2.3	81	81	7	216	25	21	27	25	1.99
54821409--54821593	40	4.7	40	80	6	207	24	21	27	25	1.99
54821410--54821616	79	2.6	78	79	9	188	26	21	27	25	1.99
54823797--54824055	38	6.8	38	88	1	365	21	22	25	30	1.99
54831977--54832152	46	3.8	45	77	10	176	22	21	27	28	1.99
54831973--54832144	93	1.8	93	89	0	272	22	21	27	27	1.99
54835325--54835375	26	1.9	27	84	4	68	11	5	23	58	1.55
54836139--54836311	27	6.4	27	81	7	190	35	19	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54836139--54836311	54	3.2	54	86	3	224	35	19	20	24	1.95
54836140--54836311	81	2.1	81	86	0	236	36	19	19	25	1.95
54843718--54843889	27	6.4	27	84	0	209	36	19	19	25	1.94
54843717--54843871	81	1.9	81	90	0	247	38	20	18	23	1.93
54844541--54844591	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
54844541--54844908	100	3.7	100	97	0	684	20	26	20	31	1.98
54852844--54853078	101	2.3	101	84	2	285	33	25	14	25	1.95
54855975--54856049	28	2.6	28	83	10	80	33	21	1	44	1.61
54860559--54860584	11	2.4	11	100	0	52	30	19	0	50	1.48
54865277--54865794	27	19.2	27	82	4	580	28	22	9	40	1.85
54865799--54865994	27	7.2	27	79	3	205	35	18	19	26	1.95
54865807--54865967	82	2.0	82	88	2	243	36	19	19	24	1.95
54865799--54865991	54	3.6	54	85	4	246	35	18	20	26	1.95
54866194--54866276	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
54866364--54866422	22	2.7	22	81	0	64	18	23	22	35	1.96
54866588--54866660	27	2.7	27	83	6	78	19	24	21	34	1.96
54866778--54866916	6	22.8	6	75	16	117	20	17	12	48	1.80
54866778--54866905	55	2.3	55	91	2	204	20	17	13	48	1.81
54877953--54878180	43	5.3	43	91	0	294	27	13	26	32	1.94
54878168--54878197	13	2.3	13	94	0	51	20	10	23	46	1.80
54883768--54884022	55	4.8	53	79	10	229	21	26	16	35	1.94
54883815--54884012	108	1.8	110	91	4	330	23	26	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54888162--54888339	27	6.6	27	80	8	164	29	28	15	26	1.96
54896975--54897074	19	5.3	19	84	7	132	40	9	15	36	1.78
54896965--54897083	36	3.2	36	74	16	91	38	9	14	37	1.78
54899864--54899962	33	2.9	34	79	5	94	43	18	9	29	1.80
54901993--54902076	29	3.0	28	81	8	91	75	0	20	4	0.99
54901991--54902075	36	2.4	34	83	9	109	75	0	20	4	0.98
54901991--54902077	14	6.1	14	71	16	56	75	0	19	4	0.97
54907016--54907050	17	1.9	19	88	11	56	48	0	14	37	1.44
54907671--54907780	23	5.0	22	70	16	95	20	20	21	37	1.95
54907691--54907766	21	3.5	21	76	7	55	21	22	21	35	1.96
54912763--54912803	16	2.6	16	84	11	57	53	0	2	43	1.13
54915812--54915867	25	2.2	26	79	17	73	60	1	1	35	1.17
54934765--54934897	49	2.7	49	79	6	153	22	26	21	29	1.99
54947190--54947480	95	3.1	95	99	0	573	31	15	18	33	1.93
54954786--54954837	23	2.4	22	75	12	54	32	17	7	42	1.77
54955969--54956006	20	2.0	20	89	5	60	31	18	2	47	1.62
54964419--54964490	25	2.9	25	77	4	65	34	25	16	23	1.95
54973137--54973373	107	2.2	106	82	9	272	44	1	4	49	1.31
54973244--54973375	58	2.3	57	86	5	185	45	0	3	50	1.22
54973542--54973577	16	2.2	16	90	0	54	27	22	0	50	1.50
54980242--54980414	93	1.9	93	85	2	240	29	30	19	20	1.97
54982269--54982350	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54982742--54982873	45	2.9	45	85	2	167	26	16	12	43	1.84
54989304--54989357	25	2.2	25	89	0	81	50	7	11	31	1.66
54989363--54989422	29	2.0	30	80	3	68	63	3	8	25	1.38
54989341--54989443	31	3.6	29	68	20	65	57	4	5	32	1.44
54989422--54989472	15	3.3	15	73	15	50	54	7	1	35	1.40
54989533--54989662	24	5.4	25	75	20	109	57	3	5	33	1.37
54989533--54989816	23	11.7	25	71	21	137	56	4	4	34	1.40
54989641--54989675	16	2.2	16	90	10	54	68	0	0	31	0.90
54989629--54989740	11	10.1	11	66	9	57	58	5	1	33	1.31
54989853--54989978	23	5.4	23	74	18	93	62	5	3	28	1.33
54990051--54990094	18	2.3	18	84	11	52	54	2	4	38	1.33
54990903--54990945	21	2.1	20	83	12	52	9	9	13	67	1.42
54991729--54992047	87	3.6	88	82	8	375	34	20	16	28	1.94
54991729--54992047	173	1.8	175	85	6	459	34	20	16	28	1.94
55003693--55003740	25	1.9	25	91	0	78	52	8	8	31	1.61
55003687--55003749	25	2.5	25	72	23	60	52	6	7	33	1.56
55003632--55004111	24	19.6	25	66	22	154	56	6	5	32	1.47
55003807--55003854	13	3.5	13	75	10	51	56	6	2	35	1.36
55004050--55004117	11	6.0	11	71	6	55	54	7	2	35	1.43
55005183--55005240	19	3.2	19	68	22	61	36	1	10	51	1.46
55005186--55005252	35	1.9	35	96	0	125	35	1	11	50	1.48
55006969--55007352	40	9.6	40	91	0	574	25	19	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55015385--55015442	19	3.2	19	65	22	52	36	1	8	53	1.42
55015388--55015454	35	1.9	35	90	0	107	35	2	10	50	1.52
55017265--55017336	23	3.1	23	79	16	78	58	5	1	34	1.30
55017274--55017335	23	2.6	22	85	12	79	59	4	1	33	1.28
55017431--55017472	3	14.0	3	80	9	50	59	0	4	35	1.19
55020530--55020577	24	2.0	25	84	12	64	52	2	8	37	1.44
55025448--55025501	28	1.9	28	100	0	108	29	11	7	51	1.64
55025740--55025800	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
55028416--55028487	36	2.0	35	94	2	126	20	18	16	43	1.87
55036244--55036421	40	4.5	40	92	2	279	25	28	22	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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