Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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This is table  247  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84462087--84462159
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2.0
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84476922--84477163
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5.9
41
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0
333
23
21
19
35
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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175
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26
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0
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1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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1.9
68
92
0
219
18
19
22
38
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84638658--84638713
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3.2
17
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1.40
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50
37
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1.41
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2.0
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1.70
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30
83
3
75
50
3
5
41
1.41
84647910--84647986
14
5.8
13
72
14
50
42
33
2
20
1.66
84648078--84648143
34
1.9
34
87
6
98
19
3
34
42
1.67
84648102--84648163
21
3.0
21
82
13
76
22
4
30
41
1.74
84648356--84648437
30
2.7
30
98
0
155
39
34
13
13
1.84
84651510--84651535
7
3.7
7
100
0
52
30
0
53
15
1.42
84654721--84654756
18
2.0
18
100
0
72
50
11
16
22
1.77
84670861--84670945
26
3.3
26
90
3
127
18
20
22
38
1.93
84670861--84670958
26
3.8
25
81
10
85
17
21
22
38
1.93
84673701--84673769
17
4.2
16
68
15
52
43
1
0
55
1.08
84675033--84675093
32
1.9
32
89
0
95
45
11
18
24
1.82
84677977--84678111
40
3.4
39
80
7
157
32
25
17
25
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84677977--84678112
37
3.5
40
79
7
152
33
25
16
25
1.96
84679000--84679032
16
2.1
16
88
11
50
0
24
0
75
0.80
84679628--84679704
22
3.5
22
78
7
75
42
18
25
12
1.86
84679640--84679705
22
3.0
22
79
0
78
42
19
25
12
1.86
84679698--84679749
22
2.4
22
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0
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42
21
25
11
1.86
84688083--84688144
6
10.2
6
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1
70
0
56
0
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0.99
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2.0
21
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0
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27
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1.85
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23
2.0
23
100
0
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8
4
44
1.56
84691591--84691630
16
2.5
16
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0
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52
2
0
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1.14
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1.9
23
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0
61
43
0
9
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1.35
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23
2.0
23
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4
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1.52
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10
3.5
10
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8
52
44
11
2
41
1.56
84713123--84713160
19
2.0
19
100
0
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42
10
5
42
1.62
84718662--84718787
49
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48
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7
157
26
20
26
25
1.99
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2.1
16
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76
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11
0
1.02
84721184--84721228
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35
0
0
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0.94
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24
2.3
24
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3
76
37
0
1
60
1.07
84723351--84723494
46
3.2
46
87
3
184
43
14
21
20
1.87
84729361--84729394
12
3.0
11
87
8
50
50
8
0
41
1.34
84731239--84731380
42
3.4
41
77
3
149
36
15
19
28
1.92
84747394--84747459
34
1.9
34
84
6
89
63
4
6
25
1.37
84760238--84760537
53
5.7
53
77
9
258
25
23
16
36
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84760212--84760534
106
3.1
104
75
11
298
25
21
16
36
1.94
84760241--84760535
160
1.9
158
82
2
376
24
23
15
36
1.94
84763884--84764000
62
1.9
60
84
5
155
50
5
3
41
1.41
84765583--84765624
11
3.9
11
78
3
50
73
0
11
14
1.09
84768626--84768686
30
2.0
30
83
0
77
31
21
8
39
1.82
84777117--84777432
47
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47
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13
224
23
28
19
27
1.99
84777116--84777431
141
2.2
141
80
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336
23
28
19
27
1.99
84777116--84777433
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3.4
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281
23
28
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1.98
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144
2.0
144
98
0
550
27
26
11
34
1.91
84783209--84783248
21
1.9
21
94
0
71
40
17
17
25
1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297