genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83730631--83730754	43	2.9	42	71	7	124	29	23	15	31	1.95
83739052--83739081	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
83739529--83739598	15	4.8	13	80	18	68	1	31	0	67	1.00
83739534--83739598	4	14.8	4	73	23	51	1	30	0	67	1.00
83739534--83739599	19	3.4	19	78	19	66	1	31	0	66	1.01
83739569--83739600	10	3.1	10	95	4	55	0	40	0	59	0.97
83743029--83743077	24	2.0	24	96	0	89	32	18	8	40	1.80
83747686--83747722	20	1.9	19	89	10	58	21	24	37	16	1.93
83747964--83748008	16	2.8	16	86	6	56	0	37	2	60	1.09
83749669--83749771	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
83749753--83749826	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
83750141--83750403	40	6.6	40	84	1	289	24	23	28	24	2.00
83753609--83754033	47	9.0	47	99	0	832	32	8	29	29	1.87
83754037--83754135	40	2.5	40	85	3	128	26	21	25	27	1.99
83754758--83754836	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
83762531--83762593	26	2.4	26	81	5	65	31	19	7	41	1.80
83767168--83767276	40	2.8	40	88	1	148	23	28	22	25	1.99
83773614--83773724	55	2.0	55	98	0	213	36	24	10	27	1.89
83774881--83775007	40	3.2	40	92	1	193	24	29	22	23	1.99
83777073--83777163	45	2.0	45	97	0	173	40	17	6	35	1.76
83777292--83777344	26	2.0	26	100	0	106	28	15	22	33	1.94
83779575--83779606	16	2.0	16	93	0	55	31	40	6	21	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83784610--83784656	23	2.0	23	87	0	67	31	19	29	19	1.96
83789321--83789365	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
83793554--83793729	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
83793551--83793722	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
83796663--83796695	14	2.4	14	94	0	57	60	0	18	21	1.36
83804864--83805043	47	3.9	45	74	14	152	27	19	32	21	1.97
83804864--83805040	94	1.9	94	87	3	259	27	19	31	21	1.97
83820949--83821166	45	4.8	45	85	2	285	28	21	24	25	1.99
83826582--83827006	138	3.1	138	87	5	624	44	5	7	42	1.55
83837666--83838123	47	9.6	47	90	4	684	33	8	29	28	1.87
83837666--83838123	239	1.9	238	90	2	722	33	8	29	28	1.87
83838242--83838343	37	2.8	37	93	0	168	24	17	30	27	1.97
83843115--83843152	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
83843382--83843552	93	1.8	93	92	0	288	30	28	19	21	1.97
83843381--83843549	46	3.7	46	77	10	191	30	28	18	21	1.97
83845292--83845370	41	1.9	41	97	0	149	34	24	17	24	1.96
83847898--83847993	43	2.3	41	85	5	129	30	26	18	25	1.98
83847918--83848003	43	2.0	43	84	4	111	30	26	18	24	1.98
83849861--83849899	18	2.0	20	90	9	64	46	12	0	41	1.42
83851170--83851304	38	3.5	38	86	2	144	32	25	22	20	1.97
83851203--83851321	38	3.1	38	87	4	168	31	26	21	20	1.98
83857796--83857900	43	2.4	43	87	3	149	34	24	16	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83864080--83864105	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
83865089--83865136	20	2.5	19	83	10	53	25	41	22	10	1.85
83867088--83867194	42	2.5	43	80	7	112	25	19	25	29	1.98
83879896--83879977	42	2.0	41	90	0	119	23	24	17	34	1.95
83884208--83884314	43	2.5	42	76	11	103	21	22	25	30	1.99
83893541--83893927	194	2.0	194	98	0	756	30	12	31	25	1.93
83902176--83902502	40	8.2	40	89	1	442	31	27	18	22	1.97
83910698--83910943	40	6.2	40	85	4	275	30	28	17	23	1.97
83917969--83918068	43	2.3	43	85	0	146	31	25	16	28	1.96
83921327--83921388	32	1.9	32	90	0	97	24	22	19	33	1.97
83930548--83930814	47	5.7	48	72	15	159	29	18	28	23	1.98
83930595--83930757	46	3.5	46	78	12	156	30	19	28	22	1.98
83930550--83930803	140	1.8	140	79	8	302	29	18	28	23	1.97
83933573--83933612	21	1.9	21	89	0	62	15	40	25	20	1.90
83937294--83937364	36	2.0	36	100	0	142	39	14	16	29	1.88
83944222--83944306	42	2.0	42	93	0	143	36	8	24	30	1.85
83960198--83960232	17	2.0	18	94	5	63	11	34	37	17	1.85
83963760--83963831	35	2.1	35	97	0	135	27	6	27	37	1.82
83967277--83967383	52	2.1	52	96	0	196	40	14	22	22	1.91
83975209--83975365	43	3.7	43	77	7	185	24	19	26	29	1.99
83975206--83975369	85	1.9	86	90	6	262	24	19	26	29	1.98
83977025--83977160	59	2.4	57	82	7	184	34	21	16	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83980692--83980930	49	4.8	49	81	3	271	29	26	17	26	1.97
83983795--83985436	630	2.6	627	93	1	2756	33	17	10	38	1.84
83993070--83993095	12	2.2	12	100	0	52	15	26	19	38	1.91
83999048--83999377	166	2.0	162	92	2	552	32	12	22	32	1.91
84010036--84010071	17	2.1	17	90	10	56	2	36	2	58	1.27
84012254--84012424	93	1.8	93	85	0	243	22	19	26	31	1.97
84019584--84019730	47	3.1	47	93	0	240	32	11	29	26	1.91
84019610--84019684	22	3.3	22	64	29	57	29	13	32	25	1.93
84019937--84020045	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
84021563--84021601	20	2.0	20	85	10	53	2	33	2	61	1.23
84023605--84023709	34	3.1	34	80	10	101	1	61	0	35	1.13
84027315--84027477	47	3.5	46	77	9	179	23	19	26	30	1.98
84027267--84027531	92	2.9	93	88	1	388	23	20	26	29	1.99
84030125--84030181	30	1.9	29	92	3	96	12	15	15	56	1.68
84032910--84033180	46	5.8	46	72	10	210	22	19	27	30	1.98
84032956--84033126	47	3.7	47	72	10	170	22	18	27	31	1.97
84032908--84033173	93	2.9	93	89	0	406	22	19	27	30	1.98
84039439--84039486	20	2.4	20	80	16	55	12	18	31	37	1.88
84064618--84064653	18	2.0	18	88	0	54	41	2	2	52	1.30
84066463--84066506	20	2.2	20	91	0	70	6	25	43	25	1.79
84066463--84066512	20	2.5	20	86	0	55	6	26	40	28	1.79
84071661--84071893	50	4.6	50	75	10	224	29	23	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84071711--84071892	101	1.8	101	87	0	274	29	24	18	28	1.98
84075782--84075922	23	6.0	24	68	17	82	27	21	17	32	1.96
84082188--84082337	57	2.6	58	78	7	162	30	14	21	34	1.92
84083939--84084010	36	2.0	36	94	0	126	12	29	8	50	1.69
84089252--84089299	16	3.0	16	75	0	51	18	20	20	39	1.92
84094680--84094746	31	2.2	31	86	5	91	46	8	8	35	1.67
84094988--84095048	31	2.0	32	90	6	99	42	13	13	31	1.82
84102975--84103048	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
84103359--84103541	40	4.6	40	86	2	208	22	21	28	26	1.99
84104701--84105174	47	9.9	47	93	2	786	29	30	8	31	1.88
84104695--84105174	96	5.0	96	94	3	806	29	30	8	31	1.87
84104695--84105174	143	3.3	144	95	1	831	29	30	8	31	1.87
84107113--84107143	11	2.7	11	95	5	53	0	19	0	80	0.71
84109610--84109820	46	4.6	46	80	10	200	23	29	18	27	1.98
84111776--84111902	43	3.0	43	76	11	136	31	26	17	24	1.97
84111776--84111887	43	2.7	43	80	8	140	30	27	17	24	1.97
84117620--84117655	18	2.0	18	100	0	72	27	16	22	33	1.95
84117580--84117695	58	2.0	58	98	0	223	23	24	23	29	1.99
84117638--84117769	40	3.3	40	90	1	203	23	25	24	27	2.00
84131435--84131560	63	2.0	63	96	0	234	34	15	26	22	1.94
84132043--84132106	28	2.3	28	86	0	83	21	17	34	26	1.95
84132422--84132760	27	12.7	27	81	8	336	39	18	9	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84132489--84132694	53	3.9	54	84	5	267	40	19	8	32	1.81
84132631--84132800	54	3.2	53	77	8	148	38	15	12	32	1.86
84132631--84132800	27	6.3	27	79	8	116	38	15	12	32	1.86
84139287--84139415	46	2.8	46	100	0	258	31	26	19	23	1.98
84145168--84145325	43	3.7	43	79	12	164	32	25	17	24	1.96
84145168--84145326	85	1.9	85	81	7	198	33	25	16	23	1.96
84147445--84147497	5	10.2	5	82	8	61	77	1	3	16	1.01
84147427--84147495	27	2.5	27	81	6	86	75	5	4	14	1.15
84149074--84149104	16	1.9	16	93	0	53	67	3	9	19	1.33
84149121--84149170	3	16.7	3	91	0	82	66	0	4	30	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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