genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  5  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485868--1486101	54	4.3	54	90	0	342	40	18	8	32	1.81
1486193--1486683	27	18.2	27	91	0	750	34	19	20	25	1.96
1487138--1487202	22	3.0	22	77	8	69	21	26	21	30	1.98
1487361--1487462	27	3.8	27	85	7	127	18	22	21	37	1.94
1487599--1487681	6	13.3	6	72	20	64	18	18	15	48	1.82
1487599--1487672	31	2.4	31	90	2	112	17	18	14	48	1.81
1490477--1490582	56	1.9	54	82	3	131	40	1	32	25	1.66
1492459--1492494	16	2.2	17	95	5	65	0	25	2	72	0.98
1494030--1494074	18	2.5	19	82	7	58	15	8	2	73	1.18
1494537--1494578	21	2.0	21	100	0	84	9	33	38	19	1.84
1497652--1497943	50	5.8	50	77	4	239	31	25	16	26	1.97
1497658--1497945	151	1.9	149	83	3	371	31	25	17	25	1.97
1504294--1504337	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
1504402--1504518	41	2.8	43	80	2	139	30	25	14	29	1.95
1520677--1520852	46	3.8	46	79	12	198	20	21	29	28	1.98
1520674--1520845	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	27	1.98
1523235--1523320	41	2.1	41	97	2	165	23	16	34	25	1.95
1527325--1527460	67	2.0	67	98	0	263	40	15	8	35	1.78
1528337--1528512	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
1528334--1528505	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
1532509--1532619	37	3.0	35	78	18	111	39	2	3	54	1.32
1537880--1537939	26	2.3	26	88	0	93	38	21	21	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1539035--1539156	50	2.6	47	81	5	138	36	13	22	27	1.92
1547837--1547877	20	2.0	20	85	4	55	21	2	2	73	1.07
1551092--1551213	46	2.6	47	82	8	142	30	26	14	28	1.95
1551092--1551225	47	2.8	48	78	13	150	31	26	14	27	1.95
1551242--1551422	31	5.8	31	84	6	231	26	26	17	29	1.98
1551398--1551526	50	2.5	51	87	5	181	26	21	15	36	1.93
1552550--1552575	9	2.9	9	100	0	52	46	23	0	30	1.53
1557193--1557556	47	7.8	45	73	15	242	23	28	20	27	1.99
1557193--1557557	94	3.9	94	81	7	411	23	28	20	27	1.99
1564836--1565145	47	6.7	44	75	16	240	22	29	20	27	1.99
1564784--1565145	141	2.6	140	79	10	348	22	29	20	27	1.98
1564782--1565142	94	3.9	94	82	8	400	22	29	19	27	1.98
1575864--1575889	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
1579683--1579790	26	4.2	26	91	0	180	32	7	23	37	1.82
1581412--1581494	27	3.1	27	87	6	116	18	25	21	34	1.96
1582082--1582175	47	2.0	47	97	0	179	36	18	12	32	1.88
1583025--1583055	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
1587837--1587945	26	4.2	26	91	1	173	33	6	23	36	1.81
1589567--1589678	27	4.2	26	85	7	143	16	24	23	36	1.94
1589567--1589678	54	2.1	54	89	3	172	16	24	23	36	1.94
1591077--1591321	49	4.9	50	81	4	282	29	27	17	24	1.98
1598205--1598344	40	3.5	40	74	6	115	28	17	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1601805--1601836	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
1601805--1601860	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
1607799--1607982	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
1607799--1607982	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
1613353--1613431	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
1613550--1614654	47	23.5	47	97	0	2012	29	28	8	33	1.87
1621068--1621325	40	6.5	40	94	2	423	23	23	27	24	2.00
1624554--1624691	57	2.4	58	81	3	154	31	22	17	28	1.96
1628672--1628774	51	2.0	50	88	3	161	34	25	19	19	1.95
1632238--1632431	47	4.1	47	89	0	289	32	11	29	25	1.92
1632267--1632338	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
1632401--1632585	48	3.8	49	85	7	270	37	6	25	30	1.81
1632402--1632585	98	1.9	96	89	4	289	37	6	26	29	1.81
1632731--1632839	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
1639518--1639547	7	4.3	7	100	0	60	40	30	0	30	1.57
1640607--1640638	15	2.1	16	88	11	50	71	3	3	21	1.13
1655618--1655722	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
1655578--1655741	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
1655578--1655728	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
1661215--1661489	50	5.5	50	79	3	268	30	27	17	24	1.97
1661264--1661445	101	1.8	101	88	0	283	29	28	18	24	1.98
1669744--1669834	27	3.4	27	86	3	121	28	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1672722--1672746	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
1673122--1673161	20	2.0	21	85	5	55	52	2	5	40	1.37
1675446--1675504	22	2.7	22	73	2	57	52	3	3	40	1.35
1675478--1675535	30	1.9	30	82	10	73	48	1	6	43	1.40
1684233--1684271	14	3.0	13	82	10	53	17	10	10	61	1.55
1688429--1688461	12	2.9	12	86	13	52	63	6	6	24	1.40
1690283--1690900	94	6.6	94	81	2	623	27	19	17	35	1.94
1690726--1690871	44	3.2	44	67	19	109	25	21	19	34	1.96
1694803--1694956	77	2.0	76	98	1	299	40	6	26	26	1.80
1707672--1707713	22	1.9	22	85	9	59	4	9	4	80	0.99
1707947--1707995	17	2.7	18	84	6	64	16	0	10	73	1.09
1708597--1708639	18	2.4	18	100	0	86	37	9	6	46	1.63
1709186--1709228	18	2.4	18	100	0	86	37	9	6	46	1.63
1708385--1709554	589	2.0	588	100	0	2331	33	17	21	27	1.96
1716092--1716135	20	2.2	20	87	0	61	15	18	4	61	1.50
1720107--1720286	56	3.2	56	92	0	290	26	15	23	33	1.95
1720107--1720326	111	2.0	111	82	4	273	27	15	24	31	1.96
1721898--1721939	21	2.0	21	81	9	50	38	0	16	45	1.48
1727755--1727853	28	3.5	28	88	1	135	29	13	25	32	1.93
1729914--1730435	131	4.0	131	98	0	1008	28	26	16	28	1.97
1730470--1730720	46	5.3	47	75	12	187	22	28	19	28	1.98
1736944--1737067	29	4.4	28	86	5	151	30	12	22	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1739647--1739676	9	3.3	9	90	0	51	46	13	10	30	1.75
1739745--1739817	20	3.7	19	80	10	76	60	6	0	32	1.23
1739746--1739807	18	3.2	19	84	6	63	61	6	0	32	1.21
1739745--1739875	19	6.9	19	74	15	80	61	4	0	34	1.17
1739798--1739843	24	1.9	24	86	8	67	54	2	0	43	1.12
1739786--1739888	19	5.0	21	73	22	78	63	1	0	34	1.06
1739820--1739888	19	3.6	19	79	13	79	63	1	0	34	1.03
1742410--1742450	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
1742688--1742942	44	5.5	44	70	20	162	27	19	21	31	1.97
1742701--1742992	94	3.1	94	88	0	422	27	20	20	31	1.97
1742739--1742978	50	5.0	49	69	22	143	28	21	20	30	1.98
1759809--1760111	40	7.6	40	89	2	405	27	27	20	24	1.99
1769502--1769764	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
1769502--1769764	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
1769696--1769773	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
1773326--1773497	50	3.4	49	81	7	186	27	28	18	25	1.98
1773326--1773508	101	1.8	99	85	4	260	27	29	18	24	1.98
1773806--1773844	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
1775693--1775778	43	2.0	43	84	8	113	23	19	29	27	1.98
1783746--1783831	43	2.0	43	84	13	115	23	18	30	27	1.98
1797393--1797511	61	2.0	61	98	0	229	24	9	4	62	1.43
1802544--1802741	96	2.1	96	96	0	360	30	18	8	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1805662--1805792	40	3.3	40	83	2	156	12	17	25	43	1.85
1807895--1807938	19	2.2	19	84	8	52	31	36	4	27	1.77
1808661--1808722	13	4.9	12	72	16	54	45	0	8	46	1.32
1808661--1808725	12	5.1	13	73	15	64	44	0	9	46	1.35
1808661--1808736	27	2.9	28	75	14	74	44	0	9	46	1.35
1820429--1820469	19	2.2	19	100	0	82	39	4	0	56	1.21
1820548--1820586	14	2.7	14	88	4	51	25	2	2	69	1.14
1831433--1831514	3	27.3	3	81	4	85	59	2	6	31	1.35
1831569--1831630	17	3.8	16	82	17	58	62	1	6	29	1.29
1831602--1831667	19	3.0	23	71	28	70	68	0	7	24	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297