genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99566806--99566847	16	2.6	16	82	14	59	78	0	16	4	0.91
99566926--99566961	12	3.0	12	87	0	54	61	0	25	13	1.33
99566972--99567010	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
99569117--99569161	20	2.2	21	84	11	58	26	28	13	31	1.94
99570067--99570115	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
99572077--99572106	11	2.7	11	100	0	60	13	0	6	80	0.91
99573390--99573477	30	2.9	30	71	6	88	28	28	15	27	1.96
99576019--99576081	5	12.0	5	79	15	58	76	3	17	3	1.05
99576019--99576081	11	6.0	10	74	20	58	76	3	17	3	1.05
99576129--99576159	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
99578339--99578435	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
99579969--99580028	27	2.3	26	85	8	77	43	16	10	30	1.81
99586285--99586317	17	1.9	17	100	0	66	30	18	6	45	1.73
99591387--99591490	40	2.6	40	78	1	109	24	29	19	26	1.98
99591388--99591514	41	3.1	41	77	3	132	23	30	18	26	1.98
99603679--99603786	37	2.9	37	93	1	173	27	30	18	23	1.98
99603933--99604041	48	2.3	48	93	0	191	31	26	5	36	1.79
99603993--99604221	114	2.0	114	94	3	408	36	23	6	33	1.82
99608223--99608332	31	3.5	31	87	0	166	30	23	17	29	1.97
99608553--99608622	25	2.8	25	86	4	97	25	24	25	24	2.00
99609550--99609647	27	3.6	27	81	10	108	33	9	17	39	1.81
99609613--99609796	27	6.8	26	77	6	154	28	10	21	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99609613--99609796	81	2.3	81	80	7	196	28	10	21	39	1.87
99609795--99610073	27	10.3	27	88	1	389	38	7	25	29	1.82
99609795--99610073	81	3.4	81	92	1	452	38	7	25	29	1.82
99612417--99612457	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
99614740--99614846	34	3.1	34	90	0	169	29	24	19	26	1.98
99621309--99621385	39	2.0	39	92	0	127	32	28	9	29	1.88
99624710--99624788	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
99624907--99625302	47	8.4	47	92	0	621	29	30	8	31	1.88
99632535--99632712	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
99632536--99632691	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
99632532--99632712	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
99635747--99635917	46	3.7	45	76	13	143	22	30	18	28	1.97
99644493--99644650	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
99648840--99648958	43	2.8	42	78	2	130	31	14	23	30	1.94
99648840--99648928	42	2.1	42	82	2	106	32	11	23	32	1.90
99661141--99661185	20	2.2	20	80	7	56	68	0	24	6	1.13
99661164--99661197	16	2.1	16	89	10	52	82	0	14	2	0.79
99662026--99662162	51	2.7	51	79	0	175	40	13	6	39	1.71
99664359--99664415	26	2.2	26	83	3	69	28	17	17	36	1.93
99665596--99665657	31	2.0	31	93	0	106	43	1	30	24	1.64
99665673--99665717	20	2.2	20	80	7	56	68	0	24	6	1.13
99665696--99665729	16	2.1	16	89	10	52	82	0	14	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99666557--99666692	51	2.7	51	76	0	155	39	13	6	40	1.70
99667368--99667402	15	2.3	16	85	14	56	57	0	0	42	0.99
99669773--99669829	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94
99671051--99671109	5	11.0	5	79	13	55	69	0	27	3	1.04
99671051--99671109	20	2.7	22	82	10	77	69	0	27	3	1.04
99671996--99672024	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
99672116--99672161	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
99674982--99675107	28	4.5	28	88	2	173	26	13	28	31	1.94
99674982--99675107	55	2.2	57	88	2	184	26	13	28	31	1.94
99675010--99675120	28	4.0	27	89	3	125	28	12	26	32	1.93
99683078--99683172	36	2.7	35	85	1	118	24	17	16	41	1.90
99688777--99688999	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
99688777--99688999	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
99691636--99691806	46	3.7	45	76	10	157	21	28	21	28	1.98
99708612--99708877	28	9.5	28	92	1	392	32	28	13	25	1.94
99710597--99710662	32	2.1	32	97	0	123	30	9	16	43	1.79
99712149--99712201	14	3.8	14	74	18	56	26	15	26	32	1.95
99712139--99712246	28	4.1	28	76	18	131	25	15	28	30	1.96
99712167--99712307	49	2.9	49	86	1	183	26	14	26	31	1.95
99712091--99712246	78	2.0	79	85	1	215	25	17	26	30	1.98
99712170--99712294	50	2.5	50	88	1	171	26	15	27	31	1.96
99714333--99714434	51	2.0	51	98	0	195	34	9	19	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99719667--99719710	18	2.4	18	80	3	52	15	11	0	72	1.11
99719694--99719751	26	2.3	26	82	11	68	22	10	1	65	1.32
99729625--99729783	43	3.7	43	75	13	148	31	25	17	25	1.97
99736372--99736457	36	2.4	36	84	5	104	24	20	13	40	1.89
99737302--99737383	40	2.0	40	100	0	164	31	7	24	36	1.83
99737744--99737799	29	1.9	29	92	0	94	41	12	12	33	1.81
99752476--99752587	18	6.2	18	94	0	197	10	19	44	25	1.83
99754358--99754530	94	1.8	94	83	2	231	24	26	20	28	1.99
99754365--99754535	46	3.7	47	73	6	159	25	26	19	29	1.98
99757951--99758003	28	1.9	27	81	11	63	18	26	22	32	1.97
99758392--99758465	27	2.7	27	91	0	112	33	17	17	31	1.93
99758459--99758564	27	3.9	27	87	0	131	16	18	23	41	1.90
99758446--99758568	54	2.3	54	84	2	131	18	17	24	39	1.92
99770325--99770691	40	9.2	40	90	2	535	26	27	21	24	1.99
99772364--99772513	75	2.0	75	93	0	255	27	18	18	35	1.95
99776033--99776654	40	15.6	40	97	0	1158	26	27	22	23	2.00
99789700--99789896	43	4.7	43	83	6	251	22	22	27	26	1.99
99789700--99789926	86	2.7	84	90	4	350	23	23	26	25	2.00
99799097--99799524	40	10.7	40	95	2	770	30	20	27	21	1.98
99808013--99808240	40	5.7	40	97	0	411	31	20	26	21	1.98
99812272--99812453	40	4.6	40	91	2	278	21	27	23	26	1.99
99819116--99819294	40	4.5	40	82	9	206	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99819116--99819294	79	2.2	80	80	8	204	26	26	22	24	2.00
99820430--99820549	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
99827480--99827702	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
99827634--99827711	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
99834936--99835107	40	4.3	40	85	2	195	24	28	22	25	1.99
99835092--99835169	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
99836462--99836646	79	2.3	82	82	7	229	25	27	22	24	2.00
99836443--99836646	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
99838341--99838525	40	4.7	40	80	6	207	25	22	27	25	2.00
99838394--99838558	79	2.1	79	80	6	183	26	21	27	24	1.99
99842685--99842731	24	2.0	23	84	16	60	38	8	17	36	1.80
99844514--99844552	14	2.9	13	77	7	51	41	12	17	28	1.87
99845344--99845538	53	3.6	53	75	4	142	22	25	15	36	1.94
99848251--99848288	19	2.0	19	100	0	76	42	26	10	21	1.85
99851448--99851567	60	2.0	61	86	6	172	27	26	19	26	1.99
99851448--99851596	60	2.5	60	82	7	169	26	25	20	28	1.99
99851589--99851634	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
99852273--99852319	24	2.0	24	86	0	67	36	4	38	21	1.73
99853736--99853847	27	4.2	26	83	7	134	16	23	23	37	1.93
99853736--99853847	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
99859213--99859391	54	3.3	54	74	16	206	22	20	16	40	1.91
99860616--99860904	50	5.7	50	75	5	226	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99860660--99860911	101	2.5	100	81	3	303	24	17	26	30	1.97
99860624--99860943	150	2.1	152	83	2	385	24	16	27	31	1.96
99866361--99866401	21	2.0	21	95	0	73	36	21	9	31	1.86
99872690--99872969	49	5.8	48	68	11	162	28	18	27	25	1.98
99886715--99886963	49	5.0	50	76	1	223	25	17	26	30	1.97
99886720--99886900	101	1.8	100	85	1	254	27	17	24	30	1.97
99887161--99887190	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
99889668--99889744	40	1.9	40	86	5	111	35	25	15	23	1.94
99895613--99895975	46	7.7	48	72	13	172	25	28	17	28	1.97
99895805--99895975	46	3.7	46	79	6	175	23	28	18	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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