genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  250  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85681963--85682058	44	2.2	44	96	0	174	31	22	18	27	1.97
85682943--85683024	32	2.6	32	88	0	110	24	19	25	30	1.98
85691318--85691361	19	2.3	19	96	0	79	36	15	15	31	1.90
85691760--85691790	6	5.2	6	96	0	53	12	16	3	67	1.35
85697876--85697901	11	2.4	11	100	0	52	34	23	19	23	1.96
85697974--85698083	44	2.6	43	80	9	127	22	19	24	33	1.97
85698018--85698127	42	2.6	42	76	4	114	24	20	23	30	1.98
85697979--85698135	43	3.7	42	73	10	140	24	19	24	31	1.98
85704621--85704759	42	3.2	42	80	8	129	23	16	24	35	1.95
85704621--85704740	42	2.8	44	80	8	131	21	17	25	35	1.95
85708402--85708751	47	7.4	46	72	16	220	23	30	20	25	1.98
85708492--85708618	44	2.8	47	80	10	147	25	28	19	25	1.99
85708402--85708751	94	3.7	93	77	6	341	23	30	20	25	1.98
85716022--85716144	47	2.7	47	85	9	166	28	26	18	26	1.98
85716020--85716174	47	3.4	43	77	15	134	27	29	17	26	1.98
85716157--85716268	47	2.4	47	98	1	215	19	25	28	26	1.99
85716066--85716325	141	1.8	141	81	4	319	23	27	21	26	1.99
85719559--85719637	39	2.0	39	100	0	158	36	15	20	27	1.92
85729311--85729373	31	2.0	32	84	9	85	47	0	4	47	1.23
85731149--85731255	47	2.3	47	86	0	151	17	18	21	42	1.90
85731383--85731468	18	4.7	18	82	1	100	37	8	12	41	1.73
85731380--85731468	36	2.4	37	81	1	126	37	8	13	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85735358--85735394	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
85735952--85736127	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97
85735949--85736119	93	1.8	93	92	0	288	20	20	29	29	1.98
85739664--85739830	43	3.9	43	82	5	187	28	15	24	31	1.96
85742968--85743020	26	2.0	26	92	7	90	22	20	22	33	1.97
85747199--85747390	93	2.1	93	88	0	294	35	21	9	33	1.85
85748011--85748037	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
85752941--85753000	24	2.4	25	83	8	77	35	21	20	23	1.96
85752943--85753068	43	2.7	45	77	13	132	34	19	20	25	1.96
85770744--85770922	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
85770765--85770920	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	27	1.96
85771471--85771495	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
85799053--85799230	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
85799074--85799229	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
85802961--85803016	22	2.6	22	85	2	69	44	0	16	39	1.47
85803360--85803518	42	3.7	41	72	12	129	24	21	28	25	1.99
85807944--85808063	38	3.1	37	79	7	123	30	22	21	25	1.99
85807915--85808063	76	1.9	80	81	8	182	32	22	20	24	1.98
85810890--85810972	33	2.5	33	94	0	139	26	13	9	50	1.72
85810915--85810970	20	3.2	20	67	32	63	25	16	10	48	1.78
85810876--85811004	33	4.1	33	82	8	137	28	11	11	48	1.75
85817118--85817156	14	2.8	14	84	0	51	41	10	17	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85817492--85817946	227	2.0	227	100	0	910	43	7	9	39	1.65
85817929--85817965	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
85817977--85818031	22	2.7	21	83	8	60	50	0	0	49	1.00
85819696--85819734	17	2.3	17	95	0	69	43	15	38	2	1.60
85828438--85828507	30	2.5	28	84	9	90	32	20	5	41	1.75
85830853--85830889	17	2.1	19	85	10	51	51	5	21	21	1.68
85830945--85831007	29	2.2	29	100	0	126	57	12	15	14	1.66
85831852--85831886	17	2.0	18	88	5	54	28	8	5	57	1.52
85846901--85847061	46	3.5	44	82	9	171	21	30	21	26	1.98
85854462--85854675	46	4.6	45	78	9	200	22	30	20	27	1.98
85854462--85854683	94	2.4	92	81	8	247	22	30	19	26	1.98
85861343--85861368	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
85870388--85870433	23	2.0	22	87	4	65	32	4	8	54	1.51
85870462--85870500	19	2.1	19	95	0	69	30	12	5	51	1.62
85870972--85871026	22	2.5	23	77	14	62	34	7	3	54	1.46
85879987--85880291	73	4.2	73	85	6	400	28	16	20	33	1.95
85879982--85880291	147	2.1	147	86	3	455	28	16	20	34	1.94
85880201--85880522	88	3.7	87	80	9	363	28	16	18	36	1.92
85882389--85882434	23	2.0	22	87	4	65	32	4	8	54	1.51
85882464--85882502	19	2.1	19	95	0	69	30	12	5	51	1.62
85882555--85882601	24	2.0	25	84	15	66	38	4	0	57	1.18
85882921--85882979	24	2.5	22	82	17	75	30	5	5	59	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85894110--85894420	100	3.1	100	93	0	532	30	21	23	23	1.99
85897091--85897251	70	2.3	72	91	2	272	11	33	3	51	1.55
85900218--85900284	33	2.0	33	94	0	116	25	13	22	38	1.90
85900419--85900452	13	2.8	12	91	8	52	38	0	0	61	0.96
85900752--85900784	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
85900731--85900851	58	2.1	57	83	7	149	43	0	4	52	1.20
85901526--85901628	50	2.1	50	98	0	197	32	7	13	46	1.72
85902423--85902456	16	2.1	16	94	0	59	11	35	0	52	1.38
85903325--85903358	11	3.1	11	100	0	68	35	11	8	44	1.72
85904568--85904607	20	2.0	20	85	0	53	50	15	10	25	1.74
85908721--85909061	171	2.0	171	98	0	664	17	22	20	39	1.92
85909644--85909669	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
85910553--85910586	6	5.5	6	86	6	50	0	23	0	76	0.79
85910553--85910585	13	2.6	13	90	4	50	0	24	0	75	0.80
85911012--85911054	13	2.9	16	80	16	56	48	0	0	51	1.00
85918093--85918140	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
85925116--85925148	12	2.8	12	95	4	59	60	18	0	21	1.36
85927005--85927187	47	4.0	45	84	9	199	32	27	19	21	1.97
85927010--85927187	94	1.9	92	85	4	241	32	26	19	20	1.97
85927319--85927752	216	2.0	216	99	0	852	41	20	9	28	1.84
85934981--85935159	51	3.5	51	86	6	231	28	29	14	27	1.95
85939612--85939783	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85939614--85939836	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
85939612--85939836	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
85939768--85939845	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
85950557--85950724	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
85950592--85950770	80	2.2	80	83	10	224	28	26	20	24	1.99
85950594--85950724	40	3.3	40	89	2	201	28	27	20	23	1.99
85950597--85950774	40	4.4	40	83	6	157	26	28	20	24	1.99
85951381--85951687	99	3.1	99	61	20	231	36	24	11	27	1.90
85951362--85951761	200	2.0	200	99	0	782	34	27	11	27	1.91
85951991--85952102	56	2.0	56	94	0	197	26	15	22	35	1.94
85955704--85955743	19	2.0	20	85	4	55	42	12	17	27	1.85
85960262--85960383	22	5.3	23	87	3	149	31	18	23	27	1.97
85960261--85960389	45	2.8	46	81	4	154	31	17	24	27	1.97
85960262--85960389	67	1.9	68	87	6	188	30	17	24	27	1.97
85966163--85966317	48	3.3	48	75	10	165	21	29	18	30	1.97
85971580--85971817	42	5.6	42	74	9	180	31	24	16	26	1.96
85971580--85971848	85	3.1	85	81	6	267	30	24	17	27	1.97
85971840--85971946	48	2.2	48	83	6	137	26	22	18	32	1.97
85976891--85976933	21	2.0	21	86	0	59	34	9	16	39	1.80
85979040--85979084	8	5.5	8	82	15	56	8	6	0	84	0.78
85979375--85980096	44	16.4	44	87	3	925	22	31	16	29	1.96
85980058--85980281	88	2.6	88	89	3	335	27	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85980377--85980501	61	2.0	64	89	7	195	37	12	16	32	1.87
85984258--85984305	19	2.5	19	93	0	87	41	16	20	20	1.90
85984268--85984321	24	2.2	24	83	6	65	38	16	24	20	1.92
85986323--85986348	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
85986424--85986461	19	2.0	19	100	0	76	31	10	26	31	1.90
85988871--85988918	20	2.2	20	78	10	51	20	6	18	54	1.65
85997378--85997447	34	2.1	34	100	0	140	47	11	20	21	1.81
85999653--85999774	61	2.0	61	93	0	208	17	25	22	35	1.95
86002005--86002037	16	2.1	16	100	0	66	24	12	24	39	1.89
86003281--86003341	33	1.9	31	83	12	79	27	21	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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