genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24179972--24180039	19	3.6	18	73	13	57	60	0	2	36	1.12
24180081--24180126	23	2.0	23	86	0	65	34	6	4	54	1.46
24180088--24180118	15	2.1	15	93	0	53	35	6	3	54	1.42
24180195--24180292	22	4.3	23	77	11	78	28	1	4	66	1.17
24180261--24180310	19	2.7	18	81	9	55	24	4	2	70	1.15
24180253--24180303	20	2.5	20	78	12	52	29	1	1	66	1.13
24181607--24181646	11	3.7	11	80	6	55	20	15	10	55	1.68
24181683--24181745	30	2.1	30	93	0	108	23	3	14	58	1.50
24182421--24182479	28	2.0	31	87	12	88	44	0	0	55	0.99
24182404--24182487	32	2.6	32	82	14	111	39	0	0	60	0.97
24182404--24182493	31	2.9	29	75	20	85	40	0	0	60	0.97
24182419--24182493	34	2.2	34	83	9	100	41	0	0	58	0.98
24186233--24186292	18	3.3	18	73	0	57	43	21	13	21	1.87
24190431--24190456	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
24190849--24191223	191	2.0	191	94	0	660	25	19	29	25	1.99
24193132--24193177	19	2.3	20	92	7	85	26	10	15	47	1.78
24194584--24194644	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
24194584--24194654	32	2.4	30	84	11	85	49	18	4	28	1.66
24198508--24198568	29	2.1	29	84	6	79	67	6	19	6	1.36
24203713--24203809	27	3.5	27	87	8	115	32	27	11	27	1.91
24203715--24203809	28	3.4	28	92	2	147	33	27	11	27	1.91
24212439--24212656	40	5.5	40	90	2	316	25	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24214034--24214157	62	2.0	62	100	0	248	37	16	16	30	1.90
24220527--24220744	40	5.5	40	90	2	307	25	26	23	24	2.00
24231091--24231258	40	4.2	40	83	3	205	23	21	26	27	1.99
24231495--24231536	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
24233786--24233855	25	2.8	25	91	0	104	27	21	24	27	1.99
24234061--24234221	27	6.0	27	85	0	187	25	19	19	36	1.95
24234078--24234228	27	5.6	27	86	0	203	25	17	19	37	1.94
24234061--24234220	54	3.0	54	93	0	257	25	18	19	36	1.95
24234087--24234258	81	2.1	81	79	2	184	28	15	19	36	1.92
24234213--24234527	108	2.9	107	82	6	284	31	9	20	38	1.84
24234267--24234605	161	2.1	160	86	6	470	30	9	20	39	1.85
24234248--24234605	27	13.3	27	83	4	332	30	9	20	39	1.85
24234644--24234728	27	3.2	26	88	3	116	43	9	20	27	1.82
24236207--24236246	20	2.0	20	100	0	80	35	25	20	20	1.96
24240153--24240199	24	2.0	24	86	0	67	34	23	14	27	1.94
24240311--24240381	24	2.8	25	83	12	76	25	22	23	28	2.00
24240576--24240638	30	2.1	31	84	3	83	38	12	23	25	1.90
24244559--24244647	43	2.1	43	100	0	178	42	15	13	28	1.85
24245463--24245768	43	7.1	43	94	0	531	30	32	25	11	1.91
24250192--24250363	93	1.8	93	94	0	308	27	29	20	21	1.98
24250185--24250360	46	3.8	46	78	14	200	28	29	20	21	1.98
24251972--24252039	21	3.4	20	78	12	68	36	10	29	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24251982--24252031	18	2.7	18	87	3	64	40	8	32	20	1.81
24252550--24252604	16	3.4	16	85	5	67	36	9	23	30	1.86
24252586--24252679	44	2.1	46	90	7	149	31	5	27	35	1.79
24252875--24252905	12	2.6	12	94	0	53	51	6	3	38	1.44
24252900--24252949	13	3.8	13	75	17	50	52	0	2	46	1.12
24260168--24260631	49	9.6	49	94	3	800	29	29	7	32	1.86
24261033--24261385	177	2.0	177	98	0	688	31	16	11	39	1.85
24264025--24264583	40	14.0	40	90	3	785	25	29	21	23	1.99
24264114--24264177	23	3.0	23	61	25	59	26	31	18	23	1.98
24264025--24264583	120	4.7	119	92	1	877	25	29	21	23	1.99
24264471--24264537	23	3.2	23	60	24	56	20	29	25	23	1.99
24266000--24266261	47	5.6	47	92	0	380	25	32	8	33	1.85
24273499--24273548	23	2.2	23	86	13	68	42	20	14	24	1.88
24273584--24273723	27	5.2	27	79	4	122	17	20	20	41	1.91
24273600--24273723	27	4.6	27	81	3	135	17	18	22	41	1.91
24273717--24274030	27	11.8	27	89	2	402	35	14	16	33	1.89
24273749--24274016	104	2.5	106	87	4	369	35	14	16	33	1.89
24275161--24275213	24	2.2	24	80	6	63	18	50	0	30	1.47
24275801--24275933	48	2.8	48	81	4	151	32	15	15	36	1.90
24279126--24279157	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
24279430--24279496	25	2.6	25	80	4	71	49	0	2	47	1.16
24284782--24284941	85	1.9	85	92	0	266	32	13	11	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24285250--24285313	27	2.4	27	94	0	110	42	9	12	35	1.75
24286130--24286226	21	4.7	20	72	20	58	37	10	3	49	1.53
24287220--24287364	42	3.5	42	84	3	175	42	23	15	18	1.88
24287220--24287394	42	4.2	42	85	2	172	40	24	15	19	1.90
24289109--24289133	13	1.9	13	100	0	50	24	20	8	48	1.76
24294232--24294256	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
24295336--24295519	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
24295336--24295519	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
24295388--24295552	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
24296876--24297967	455	2.4	455	99	0	2157	28	17	17	36	1.93
24300652--24300740	46	1.9	46	86	0	124	21	24	6	47	1.75
24316635--24317535	207	4.4	207	93	0	1554	31	19	21	27	1.97
24320336--24320663	174	1.9	174	98	0	638	31	24	14	30	1.94
24320623--24320694	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
24326957--24327056	50	2.0	50	100	0	200	38	20	16	26	1.92
24333666--24333842	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
24333686--24333841	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24336316--24336347	14	2.3	14	94	0	55	34	46	15	3	1.62
24338341--24338652	44	6.7	46	74	13	228	23	29	18	28	1.98
24356321--24356359	12	3.2	12	85	7	53	51	5	15	28	1.64
24361391--24361488	22	4.4	22	84	5	135	26	20	19	33	1.96
24361391--24361485	45	2.1	44	90	5	147	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24366656--24366716	26	2.3	26	85	0	77	42	18	16	22	1.89
24366955--24366979	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24369888--24369980	6	15.5	6	79	7	100	78	0	3	18	0.88
24380345--24380384	21	2.0	20	85	5	53	22	27	37	12	1.90
24383522--24383566	8	5.4	8	82	10	54	37	0	0	62	0.96
24383503--24383559	18	3.2	17	83	14	71	35	1	0	63	1.05
24383503--24383566	5	12.6	5	74	21	53	35	1	0	62	1.05
24383506--24383568	18	3.7	17	83	10	67	36	1	0	61	1.05
24390767--24390993	47	4.8	49	74	10	172	22	28	17	30	1.97
24390898--24391031	47	2.9	46	75	6	126	23	29	18	29	1.98
24405351--24405416	34	2.0	33	85	8	89	24	19	22	33	1.97
24411957--24412005	25	2.0	25	100	0	98	30	20	4	44	1.70
24414035--24414061	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
24418922--24419070	26	6.0	26	69	15	107	39	20	18	20	1.92
24419123--24419263	65	2.2	65	86	0	192	38	22	17	21	1.93
24422614--24423929	454	2.9	453	92	1	2174	28	10	22	38	1.87
24424847--24424882	17	2.1	18	89	5	56	41	19	0	38	1.52
24427438--24427521	43	2.0	43	92	0	141	21	20	29	28	1.98
24429453--24429494	19	2.1	21	86	8	61	35	0	28	35	1.58
24429755--24429795	4	10.2	4	83	0	55	41	0	7	51	1.30
24429755--24429801	12	3.9	12	97	0	85	40	2	8	48	1.45
24433650--24433696	20	2.4	19	79	6	58	55	4	2	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24438222--24438313	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
24438446--24438581	26	5.3	26	89	3	199	26	23	22	27	1.99
24438446--24438581	52	2.7	51	94	5	233	26	23	22	27	1.99
24438631--24438693	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
24438644--24438686	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
24439517--24439572	27	2.1	26	86	3	76	39	12	10	37	1.78
24439582--24439677	27	3.6	26	76	10	79	29	7	17	45	1.75
24439709--24440008	27	11.1	27	86	1	377	39	6	23	30	1.80
24439994--24440108	27	4.3	27	76	9	92	28	6	21	43	1.76
24439709--24440008	54	5.6	54	90	0	422	39	6	23	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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