genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3248101--3248165	32	2.0	32	96	0	121	21	7	10	60	1.55
3250848--3251010	40	4.1	40	82	6	188	26	25	22	25	2.00
3263119--3263158	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
3268420--3268444	11	2.3	11	100	0	50	16	0	16	68	1.22
3273006--3273059	13	4.2	13	97	2	101	31	0	24	44	1.54
3275575--3275599	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
3276312--3276520	47	4.5	47	74	8	155	30	19	28	22	1.98
3276409--3276520	48	2.3	47	83	7	136	33	18	27	20	1.96
3276322--3276688	198	1.9	198	89	0	581	29	19	27	23	1.98
3278056--3278126	16	4.4	16	78	0	79	35	7	28	29	1.83
3278112--3278200	44	2.0	46	86	8	130	32	6	23	37	1.81
3282505--3282708	53	3.8	55	71	3	146	21	25	17	36	1.94
3289619--3289684	21	3.1	21	82	6	71	39	4	0	56	1.20
3296915--3297064	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
3296939--3297122	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
3305439--3305519	37	2.2	37	95	0	144	27	27	11	33	1.90
3307469--3307968	251	2.0	251	98	0	957	32	9	18	40	1.83
3308269--3308311	21	2.0	21	82	8	52	60	4	0	34	1.17
3310181--3310266	43	2.0	43	84	8	113	27	29	18	24	1.98
3312516--3312684	35	4.8	35	80	0	185	28	9	20	41	1.83
3312516--3312684	70	2.4	69	84	5	207	28	9	20	41	1.83
3317433--3317513	27	3.0	26	85	5	90	35	22	23	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3317962--3318025	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
3318005--3318389	27	14.3	27	89	0	536	25	20	18	35	1.95
3318373--3318552	27	6.7	27	77	9	172	31	9	18	40	1.83
3318022--3318470	54	8.3	53	86	4	501	26	17	18	36	1.94
3318348--3318552	80	2.6	79	81	7	200	31	10	18	40	1.84
3318373--3318552	53	3.4	54	79	5	195	31	9	18	40	1.83
3320250--3320342	39	2.4	39	94	0	159	23	30	21	24	1.99
3324003--3324043	20	2.0	20	95	0	73	39	29	17	14	1.89
3324101--3324141	20	2.0	20	95	0	73	41	26	14	17	1.88
3323981--3324219	98	2.4	98	91	0	379	33	27	19	19	1.96
3324576--3324879	27	11.3	27	86	1	331	25	20	18	36	1.94
3324863--3325040	27	6.7	27	73	12	118	29	8	21	40	1.83
3327199--3327279	27	3.0	26	82	5	81	35	22	24	17	1.95
3327301--3327539	98	2.4	98	88	0	343	32	28	20	19	1.97
3327897--3328118	27	8.2	27	87	4	286	25	19	17	36	1.94
3327897--3328145	81	3.1	81	84	2	259	26	18	17	37	1.93
3327913--3328145	54	4.3	54	81	9	253	26	17	18	37	1.93
3328102--3328281	27	6.7	27	77	11	158	30	10	19	40	1.84
3328114--3328288	53	3.3	54	81	9	173	31	10	18	39	1.85
3332752--3332960	35	6.0	35	79	0	220	27	10	21	41	1.85
3332752--3332955	105	1.9	104	83	5	259	28	9	20	41	1.83
3345525--3345799	48	5.8	48	87	1	374	25	18	29	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3353782--3354153	48	7.8	48	90	3	545	24	18	30	26	1.97
3353782--3354153	144	2.6	143	92	2	602	24	18	30	26	1.97
3355824--3355873	17	2.8	19	85	8	61	40	0	0	60	0.97
3361585--3361634	25	2.0	25	92	0	82	40	10	16	34	1.81
3362290--3362358	7	9.3	7	88	3	75	50	34	0	14	1.43
3362290--3362358	15	4.6	15	86	12	97	50	34	0	14	1.43
3362290--3362358	8	9.2	8	86	10	94	50	34	0	14	1.43
3363657--3363706	25	2.0	25	92	0	82	40	10	16	34	1.81
3365103--3365345	27	9.0	28	78	8	252	27	20	10	42	1.84
3365103--3365345	54	4.5	54	84	3	310	27	20	10	42	1.84
3365102--3365347	81	3.0	81	84	3	334	27	19	10	42	1.84
3365361--3365549	27	7.0	27	87	0	243	34	18	20	25	1.96
3365748--3365827	27	3.0	26	88	3	97	20	22	21	36	1.95
3365918--3365976	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
3366326--3366498	6	28.7	6	77	14	178	20	15	14	49	1.80
3366351--3366475	36	3.5	36	92	0	214	20	15	14	49	1.79
3366351--3366498	36	4.1	36	87	6	203	20	14	14	50	1.78
3367316--3367369	7	7.3	7	85	4	54	50	33	0	16	1.46
3367316--3367369	15	3.6	15	90	7	83	50	33	0	16	1.46
3367316--3367369	8	7.2	8	82	14	71	50	33	0	16	1.46
3368665--3368714	25	2.0	25	92	0	82	40	10	16	34	1.81
3370691--3370740	25	2.0	25	92	0	82	40	10	16	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3371395--3371454	7	8.0	8	83	9	74	48	35	0	16	1.47
3371402--3371454	16	3.5	15	87	7	72	49	33	0	16	1.47
3371394--3371454	23	2.8	21	80	11	77	47	34	0	18	1.49
3372756--3372805	25	2.0	25	88	7	75	42	10	14	34	1.78
3377214--3377252	20	2.0	20	89	0	60	28	7	20	43	1.79
3382086--3382194	37	2.9	37	88	0	155	28	31	17	22	1.97
3382341--3382524	98	1.9	96	91	4	298	30	26	7	35	1.83
3382341--3382525	48	3.8	48	90	4	291	30	26	7	35	1.83
3382498--3382688	47	4.1	47	88	0	247	28	28	9	33	1.89
3392825--3392890	28	2.4	26	74	18	71	39	21	19	19	1.93
3397100--3397461	46	7.8	46	77	15	379	21	20	29	29	1.98
3397097--3397454	93	3.8	93	98	0	680	22	20	29	28	1.98
3401591--3401616	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
3403520--3403586	35	1.9	35	96	0	125	29	17	8	43	1.80
3409638--3409689	22	2.4	21	84	9	68	69	0	1	28	0.99
3409645--3409689	22	2.0	22	91	4	72	68	0	0	31	0.89
3413674--3413721	3	15.7	3	95	4	87	64	0	2	33	1.05
3413755--3413809	23	2.5	22	77	14	58	67	3	9	20	1.34
3413895--3413927	12	2.8	12	90	0	57	69	0	3	27	1.03
3415679--3415894	119	1.8	119	84	2	299	37	14	17	29	1.90
3415863--3416146	44	6.2	44	72	9	174	32	16	21	29	1.95
3415910--3416084	91	1.9	92	83	1	226	31	16	22	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3416124--3416177	24	2.2	24	86	0	72	33	14	16	35	1.90
3415636--3416338	351	2.0	351	90	0	1093	35	16	19	29	1.94
3416242--3416338	45	2.2	45	81	1	115	35	17	20	26	1.95
3416215--3416746	89	5.9	89	71	10	360	33	18	19	28	1.96
3416438--3416741	44	6.9	44	75	7	231	32	19	19	27	1.96
3418593--3418773	79	2.3	79	93	0	299	24	10	4	59	1.50
3418740--3418810	3	23.7	3	94	5	126	33	1	0	64	1.02
3418792--3418874	28	2.9	28	77	15	73	31	10	7	50	1.64
3423898--3424104	93	2.2	93	79	5	222	27	20	28	22	1.99
3428698--3428746	24	2.0	24	92	7	82	20	0	20	59	1.38
3428698--3428750	21	2.3	23	87	9	74	18	0	22	58	1.39
3436005--3436058	9	5.8	9	80	8	54	35	1	38	24	1.66
3436005--3436059	29	1.9	28	88	3	83	36	1	38	23	1.66
3437061--3437109	19	2.5	20	83	12	66	28	16	10	44	1.80
3437578--3437613	16	2.3	15	90	4	54	41	0	0	58	0.98
3438271--3438310	21	1.9	21	94	0	71	72	7	0	20	1.08
3438252--3438364	57	2.0	57	84	6	149	61	3	5	29	1.34
3438264--3438353	48	1.9	46	82	8	110	64	4	4	26	1.32
3438261--3438352	19	4.8	19	68	17	57	64	4	4	27	1.32
3438262--3438364	10	10.5	10	73	14	63	65	3	4	26	1.30
3438329--3438400	11	6.6	11	75	10	51	70	4	1	23	1.12
3438312--3438363	9	5.3	9	78	17	50	61	1	5	30	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3440011--3440067	28	2.1	27	87	9	80	36	1	8	52	1.43
3440224--3440273	26	1.9	26	84	8	66	52	0	2	46	1.12
3440444--3440493	23	2.1	23	81	7	55	42	2	2	54	1.23
3449910--3449957	10	4.5	10	82	14	60	50	27	4	18	1.65
3449915--3449957	23	1.9	22	90	4	68	51	27	4	16	1.64
3450365--3450421	24	2.3	24	84	3	69	43	15	7	33	1.74
3450378--3450424	24	2.0	24	95	0	85	44	12	8	34	1.73
3450647--3450773	43	3.0	41	77	13	132	29	24	18	26	1.98
3450647--3450803	43	3.7	41	77	11	131	30	24	18	26	1.98
3461217--3461307	42	2.1	42	86	6	121	30	25	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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