genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88454688--88454737	19	2.6	19	78	15	57	78	8	6	8	1.11
88454876--88454923	19	2.5	20	83	10	64	64	0	35	0	0.94
88455013--88455104	38	2.4	39	85	3	123	35	2	10	51	1.49
88460216--88460355	72	1.9	72	91	2	228	32	20	26	20	1.97
88463171--88463313	45	3.1	45	84	5	189	27	30	7	34	1.85
88463172--88463309	47	3.0	47	89	4	201	26	31	7	34	1.85
88467601--88468239	142	4.4	144	87	6	853	29	7	6	56	1.53
88468178--88468214	13	2.8	13	87	0	56	21	2	0	75	0.92
88468298--88468339	13	3.2	13	76	10	50	19	11	2	66	1.34
88468365--88468844	133	3.5	130	76	16	389	29	8	8	53	1.60
88468478--88468889	133	3.1	132	80	7	454	28	8	8	53	1.61
88468964--88469007	14	3.0	14	77	9	52	31	0	0	68	0.90
88469343--88469405	14	4.4	14	74	14	58	0	31	0	68	0.90
88469354--88469400	19	2.6	18	78	15	51	0	36	0	63	0.94
88469428--88469516	27	3.2	27	71	16	74	0	35	0	64	0.94
88469453--88469517	3	22.7	3	76	14	66	0	33	0	66	0.92
88469457--88469517	8	7.9	8	75	25	60	0	34	0	65	0.93
88469449--88469516	16	3.9	18	83	16	99	0	33	0	66	0.92
88469677--88469723	19	2.5	18	83	10	58	10	6	2	80	0.96
88475066--88475104	16	2.4	17	86	4	53	17	5	5	71	1.23
88475237--88475267	16	1.9	16	93	0	53	19	9	0	70	1.14
88479299--88479471	74	2.3	74	83	5	197	19	16	15	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88479499--88479539	20	2.0	20	86	13	57	34	9	2	53	1.47
88489549--88489590	20	2.2	20	86	4	59	52	0	0	47	1.00
88489581--88489617	19	2.0	19	89	5	58	40	0	5	54	1.24
88489596--88489658	20	3.2	21	84	10	80	41	0	4	53	1.22
88496337--88496361	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
88501938--88502045	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
88504563--88504620	30	1.9	30	85	0	80	12	27	37	22	1.89
88507293--88507354	27	2.3	27	83	8	74	32	11	14	41	1.81
88514893--88514927	11	3.0	12	83	8	54	40	0	2	57	1.14
88515065--88515091	11	2.5	11	100	0	54	22	25	0	51	1.48
88517277--88517338	31	2.0	31	93	0	106	46	11	12	29	1.77
88521224--88521383	43	3.7	42	79	8	171	31	25	18	25	1.98
88526651--88526703	22	2.4	22	82	14	65	69	0	24	5	1.09
88535919--88536005	6	14.5	6	86	4	113	79	5	1	13	0.97
88542923--88543005	4	24.3	3	88	9	51	69	0	2	27	1.00
88542924--88543005	16	5.9	14	85	12	75	70	0	2	26	0.99
88542939--88542979	4	10.2	4	100	0	82	75	0	0	24	0.80
88542936--88543013	16	5.1	15	85	11	88	71	0	3	24	1.02
88545485--88545580	47	2.0	47	97	0	183	29	13	14	42	1.84
88546387--88546558	45	3.9	44	85	9	210	23	20	29	26	1.99
88550204--88550251	23	2.1	23	96	0	87	54	4	10	31	1.53
88553154--88553190	8	4.5	8	86	6	56	81	0	2	16	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88553154--88553224	17	4.1	16	78	12	61	77	0	4	18	0.93
88553161--88553217	16	3.6	15	77	17	53	75	0	5	19	0.99
88553466--88553496	14	2.2	14	100	0	62	38	0	61	0	0.96
88555055--88555181	49	2.8	45	77	6	130	26	25	18	29	1.98
88555198--88555327	46	2.8	46	84	4	138	25	26	16	30	1.97
88555305--88556366	530	2.0	529	96	0	1962	29	21	13	35	1.91
88562838--88562906	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
88562893--88562923	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
88569673--88569856	40	4.6	41	80	12	199	25	21	27	25	2.00
88569725--88569889	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	25	1.99
88577335--88577388	28	2.0	27	85	3	72	40	20	5	33	1.76
88577849--88577890	20	2.1	20	100	0	84	26	9	14	50	1.73
88577949--88578105	43	3.7	43	80	4	165	31	24	17	26	1.97
88577949--88578105	86	1.8	85	82	4	199	31	24	17	26	1.97
88581208--88581267	30	2.0	30	100	0	120	36	16	10	36	1.82
88581544--88581591	25	1.9	25	100	0	96	29	18	10	41	1.84
88582236--88582343	26	4.2	26	93	0	189	31	5	26	36	1.80
88586454--88586517	20	3.2	20	72	18	62	48	14	0	37	1.44
88587657--88588498	45	18.8	45	98	0	1568	30	30	16	22	1.96
88589061--88589091	15	2.1	15	93	0	53	51	25	0	22	1.48
88596568--88596631	20	3.2	20	72	18	62	48	14	0	37	1.44
88597773--88597895	41	2.8	44	79	9	137	29	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88598457--88598487	15	2.1	15	93	0	53	51	25	0	22	1.48
88604790--88604861	34	2.1	34	94	2	128	30	22	18	29	1.97
88608143--88608277	54	2.5	55	75	4	141	29	17	17	35	1.93
88608143--88608277	27	5.0	27	75	3	119	29	17	17	35	1.93
88614626--88614681	29	1.9	29	100	0	112	30	16	17	35	1.92
88627659--88627733	34	2.2	34	90	2	125	30	24	18	26	1.98
88635396--88635482	45	1.9	45	88	4	131	33	29	16	20	1.94
88638120--88638170	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
88638103--88638237	67	2.0	67	91	2	218	29	21	28	20	1.98
88638148--88638335	98	1.9	98	93	2	324	30	21	28	20	1.98
88638103--88638402	165	1.8	165	95	1	548	30	21	28	20	1.98
88638285--88638335	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
88638246--88638421	67	2.6	67	99	0	343	29	21	30	18	1.97
88638352--88638402	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
88639081--88639251	27	6.3	27	85	2	236	26	18	18	36	1.94
88639052--88639251	54	3.7	54	81	4	233	26	18	19	36	1.94
88639081--88639251	81	2.1	81	91	2	272	26	18	18	36	1.94
88640896--88641031	39	3.5	39	82	3	139	22	25	22	28	1.99
88640971--88641049	40	2.0	40	94	0	140	24	24	22	29	1.99
88643477--88643626	36	4.2	36	100	0	300	6	27	8	58	1.50
88643499--88643642	72	2.0	71	86	6	202	8	29	6	55	1.56
88643952--88644036	37	2.4	36	86	5	118	27	11	30	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88657067--88657119	25	2.1	25	100	0	106	37	32	7	22	1.82
88659633--88659674	20	2.1	20	100	0	84	26	9	14	50	1.73
88659764--88659853	42	2.1	42	87	4	126	36	23	14	25	1.93
88659733--88659905	43	4.0	43	77	5	161	34	24	15	25	1.94
88663296--88663344	25	2.0	25	95	0	89	28	14	14	42	1.84
88663989--88664096	26	4.2	26	93	0	189	31	5	26	36	1.80
88668873--88669024	43	3.6	42	75	5	128	26	25	19	27	1.99
88676898--88677066	43	4.0	43	76	6	164	28	27	18	26	1.98
88678123--88678149	14	1.9	14	100	0	54	62	7	7	22	1.46
88679160--88679313	40	3.9	40	78	9	172	24	29	22	24	1.99
88682848--88683029	40	4.6	40	80	8	185	24	20	28	26	1.99
88682898--88683062	79	2.1	79	80	6	183	25	19	27	27	1.99
88700267--88700310	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
88702717--88702892	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
88702714--88702884	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
88712593--88712628	16	2.2	17	90	5	56	52	25	5	16	1.65
88717565--88717607	16	2.7	16	92	0	68	53	20	18	6	1.67
88717818--88717903	28	3.0	28	86	3	118	27	15	29	27	1.96
88718186--88718239	27	2.1	26	86	6	74	48	22	14	14	1.81
88731347--88731390	23	1.9	23	85	0	61	18	20	20	40	1.91
88731358--88731408	23	2.3	22	82	3	57	11	13	23	50	1.74
88734425--88734494	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88734697--88735092	27	14.7	27	85	3	429	24	18	19	37	1.94
88734698--88735073	54	7.0	53	90	1	484	24	17	19	38	1.93
88734696--88735076	81	4.7	81	86	3	498	24	17	19	38	1.93
88735128--88735908	390	2.0	390	99	0	1535	29	30	17	23	1.97
88738027--88738123	26	3.6	27	68	21	69	57	0	1	41	1.05
88738721--88738764	21	2.0	21	82	4	52	65	6	2	25	1.28
88741452--88741598	64	2.2	64	80	4	159	34	17	27	21	1.95
88741480--88741656	64	2.8	63	78	5	189	31	17	28	22	1.97
88745976--88746027	25	2.1	25	100	0	104	25	7	40	26	1.82
88748736--88748802	29	2.3	29	75	14	66	46	1	20	31	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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