genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12262882--12262912	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
12267134--12267167	16	2.1	16	88	0	50	11	26	17	44	1.83
12269038--12269270	27	8.6	27	84	1	279	39	20	8	31	1.82
12269038--12269343	81	3.8	81	78	6	289	40	21	7	30	1.81
12269038--12269377	54	6.3	54	80	5	280	40	21	7	30	1.81
12269038--12269377	27	12.6	27	80	5	253	40	21	7	30	1.81
12269371--12269799	27	15.9	27	84	1	504	35	17	20	27	1.94
12270228--12270292	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
12270452--12270552	27	3.8	26	82	5	85	20	23	17	37	1.94
12270697--12270861	31	5.3	31	87	0	195	21	15	12	50	1.77
12270712--12270882	6	27.8	6	70	15	100	21	15	13	49	1.79
12270774--12270883	25	4.5	24	78	15	91	20	16	14	49	1.80
12273735--12273760	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
12273866--12273896	15	2.1	15	93	0	53	19	3	25	51	1.62
12278536--12278601	28	2.3	29	86	2	89	30	33	12	24	1.91
12282825--12282918	28	3.3	28	82	2	107	28	35	12	23	1.92
12301417--12301634	46	4.7	46	76	9	192	30	27	18	23	1.97
12305670--12305698	10	2.9	10	100	0	58	41	31	6	20	1.79
12308201--12308401	101	2.0	99	86	1	276	30	26	17	25	1.98
12316914--12317033	47	2.6	47	83	9	131	26	30	17	25	1.97
12321071--12321253	54	3.4	54	86	0	249	38	19	16	24	1.92
12321071--12321252	81	2.2	81	88	1	258	39	19	17	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12321071--12321270	27	7.4	27	82	1	222	38	19	18	24	1.93
12324023--12324056	18	1.9	18	94	5	61	44	11	26	17	1.83
12326036--12326259	40	5.6	40	86	4	265	27	28	20	24	1.99
12330238--12330282	22	2.0	22	95	0	81	24	13	37	24	1.91
12331822--12331994	27	6.4	27	87	0	238	35	19	20	24	1.96
12332703--12332755	27	2.0	27	84	0	70	22	24	20	32	1.98
12332618--12332771	67	2.3	67	93	2	265	20	29	22	28	1.98
12365695--12366367	46	14.4	46	70	14	303	29	18	27	24	1.98
12365695--12366429	94	7.9	92	68	15	300	28	18	28	24	1.98
12365696--12366429	234	3.1	234	99	0	1432	28	18	28	24	1.98
12377867--12377904	8	4.9	8	90	3	51	5	34	0	60	1.19
12386811--12386887	40	1.9	39	86	2	109	19	19	28	32	1.96
12389203--12389480	40	6.9	40	96	0	502	20	20	29	29	1.98
12391230--12391350	47	2.6	45	79	6	127	31	10	31	26	1.90
12397247--12397466	94	2.4	94	83	9	256	25	18	31	25	1.98
12397250--12397458	46	4.6	43	82	12	195	25	18	31	24	1.98
12397247--12397512	94	2.8	93	80	9	249	26	18	30	25	1.98
12402439--12402476	18	2.1	18	90	0	58	21	10	0	68	1.19
12405746--12405776	11	2.8	11	95	0	53	35	12	19	32	1.90
12410616--12410673	30	1.9	30	86	6	82	32	15	25	25	1.95
12411018--12411235	46	4.7	45	82	7	197	27	16	29	25	1.97
12420004--12420187	67	2.8	64	80	8	212	29	16	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12419980--12420133	67	2.3	64	83	7	182	32	16	29	22	1.95
12423218--12423402	40	4.6	39	83	6	212	26	27	21	24	1.99
12423218--12423402	79	2.3	81	83	7	218	26	27	21	24	1.99
12426036--12426075	15	2.7	14	88	7	53	15	10	17	57	1.64
12428239--12428285	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
12435019--12435110	27	3.4	27	83	0	103	22	18	20	38	1.94
12462477--12462648	46	3.7	46	78	10	188	22	19	26	31	1.98
12470434--12470495	15	4.2	15	76	10	56	12	19	11	56	1.66
12476228--12476435	55	3.8	54	78	8	217	34	16	25	23	1.96
12476236--12476435	108	1.8	109	86	6	289	33	17	25	24	1.96
12496219--12496268	20	2.5	20	78	12	57	24	26	14	36	1.93
12507503--12507680	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12507524--12507679	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12513976--12514020	20	2.2	20	88	0	63	24	24	15	35	1.94
12523679--12523733	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
12526843--12526981	48	2.9	48	85	0	197	26	30	16	26	1.97
12527299--12527357	30	1.9	31	86	3	84	30	23	8	37	1.85
12545952--12545978	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
12546336--12546373	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
12549497--12549538	17	2.4	17	81	14	50	9	26	45	19	1.80
12561762--12561800	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
12563702--12563740	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12571893--12571944	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
12580670--12581017	47	7.4	47	96	0	624	31	8	30	29	1.87
12581136--12581214	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
12584810--12584887	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
12584865--12585138	145	1.9	145	97	0	521	29	14	24	31	1.94
12589644--12589801	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
12596208--12596714	253	2.0	259	81	4	600	35	23	13	28	1.92
12596742--12596886	40	3.6	40	85	5	179	25	26	23	24	2.00
12603546--12603721	50	3.5	49	82	1	199	25	17	26	30	1.97
12604129--12604183	27	2.0	27	89	0	83	32	5	21	40	1.76
12605670--12605697	7	4.0	7	100	0	56	28	57	0	14	1.38
12609274--12609305	14	2.2	15	94	5	57	0	37	0	62	0.95
12613431--12613481	21	2.4	21	80	9	59	19	35	5	39	1.76
12622835--12623012	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12622856--12623011	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12623500--12623525	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
12630951--12631128	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12630972--12631127	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12635340--12635429	47	1.9	47	97	0	171	44	27	5	22	1.75
12635490--12635580	27	3.4	27	87	3	130	23	23	19	34	1.97
12642200--12642461	100	2.6	100	97	1	490	30	21	28	19	1.97
12643115--12643204	27	3.3	27	81	6	101	26	20	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12647874--12648008	63	2.1	62	85	4	173	26	20	26	25	1.99
12651244--12651506	40	6.6	39	89	2	366	25	27	22	24	2.00
12651244--12651509	79	3.4	79	90	3	401	25	27	22	24	2.00
12651220--12651506	119	2.4	118	86	4	400	25	27	22	24	2.00
12659454--12659676	40	5.6	40	86	4	274	26	27	22	23	2.00
12659454--12659677	79	2.8	79	84	4	274	26	27	22	24	2.00
12669253--12669346	34	2.8	34	82	7	111	32	22	20	24	1.97
12669738--12669899	27	6.0	26	85	2	171	23	17	17	41	1.89
12669739--12669898	54	3.0	52	83	6	196	23	17	17	41	1.90
12669742--12669899	81	2.0	80	83	6	203	23	17	17	42	1.89
12672407--12672578	46	3.7	46	74	13	172	22	19	27	30	1.98
12694740--12694816	37	2.1	37	97	0	145	50	5	3	40	1.43
12702087--12702139	27	2.0	27	88	7	81	37	16	15	30	1.90
12716239--12716272	7	4.9	7	92	0	59	32	0	11	55	1.36
12716231--12716272	21	2.0	21	85	0	57	35	0	11	52	1.38
12719188--12719436	50	5.0	50	75	10	231	26	15	28	30	1.96
12719647--12719677	16	1.9	16	93	0	53	45	0	19	35	1.51
12720008--12720335	180	1.8	181	91	2	543	36	10	20	32	1.86
12722990--12723034	15	3.0	15	90	0	72	13	17	13	55	1.69
12722990--12723048	30	2.0	30	82	0	73	15	18	11	54	1.71
12724722--12724865	46	3.1	46	73	14	134	27	28	22	22	1.99
12727169--12727245	31	2.5	31	91	0	127	24	27	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12727464--12727532	25	2.8	25	90	0	102	24	23	24	27	2.00
12727577--12727611	10	3.4	10	88	7	52	34	14	17	34	1.90
12727577--12727616	21	1.9	21	89	0	62	32	12	17	37	1.87
12727579--12727624	21	2.2	21	84	0	56	36	15	15	32	1.88
12735078--12735156	31	2.5	31	91	4	133	22	26	17	32	1.96
12735375--12735443	25	2.8	25	93	0	111	24	23	26	26	2.00
12735494--12735528	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
12735494--12735533	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
12735496--12735541	21	2.2	21	88	0	65	34	17	15	32	1.91
12735721--12735840	62	1.9	62	96	0	222	25	27	19	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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