genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21618113--21618173	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
21626312--21626341	9	3.4	9	90	9	53	0	0	43	56	0.99
21627655--21627686	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
21629889--21629945	27	2.2	24	75	16	60	22	21	17	38	1.93
21634722--21634753	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
21639025--21639067	22	1.9	23	90	4	70	18	53	6	20	1.67
21646206--21646237	13	2.4	14	94	5	57	31	18	21	28	1.97
21650907--21651218	40	7.8	40	89	0	462	26	28	20	24	1.99
21650907--21651214	80	3.8	80	95	0	526	26	28	19	24	1.99
21651295--21651390	48	2.0	48	93	0	165	33	28	9	29	1.88
21652550--21652652	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
21652793--21652999	48	4.3	48	93	0	333	28	27	6	37	1.82
21657861--21658303	40	11.1	40	82	6	506	26	27	22	23	2.00
21657885--21658303	80	5.2	80	96	1	736	25	28	22	23	1.99
21658611--21658689	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21658671--21658752	43	1.9	43	100	0	164	28	36	14	20	1.92
21658753--21659398	334	1.9	334	100	0	1292	36	23	8	31	1.85
21665793--21665859	29	2.3	29	100	0	134	14	35	31	17	1.91
21670574--21670630	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
21685325--21685448	28	4.4	28	91	1	185	25	12	28	33	1.92
21687948--21688691	27	27.6	27	71	13	216	37	20	8	33	1.83
21687958--21688088	52	2.5	53	79	7	131	39	25	6	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21687948--21688124	79	2.2	79	100	0	354	39	24	7	28	1.82
21687948--21688739	54	14.7	54	73	7	286	37	20	8	33	1.83
21688349--21688476	55	2.3	56	82	7	147	40	21	7	30	1.80
21688562--21688717	81	1.9	81	81	5	190	41	20	9	28	1.83
21688534--21688727	81	2.4	81	73	7	180	40	20	8	30	1.83
21690699--21691047	85	4.1	85	98	0	671	38	9	26	25	1.86
21690908--21691038	41	3.1	41	62	25	92	40	8	23	27	1.83
21702596--21702943	173	2.0	173	98	0	678	31	6	26	35	1.83
21702869--21703112	47	5.1	47	84	5	308	31	11	29	27	1.92
21702869--21703107	100	2.5	94	87	4	325	30	12	30	26	1.92
21703323--21703467	37	3.9	37	94	0	245	24	19	30	25	1.98
21705109--21705550	27	16.3	27	73	10	132	36	21	8	34	1.83
21705202--21705396	81	2.4	80	76	8	198	32	22	8	36	1.85
21705245--21705619	81	4.6	81	74	7	256	33	21	7	37	1.82
21705378--21705801	27	15.7	27	73	8	150	37	20	8	32	1.84
21705103--21705801	54	12.9	54	71	7	260	36	21	8	33	1.84
21705379--21705783	81	5.0	81	69	12	240	37	20	9	33	1.84
21705836--21705895	27	2.2	27	79	5	68	36	20	23	20	1.95
21708312--21709096	27	29.0	27	73	8	269	36	21	9	32	1.85
21708312--21708492	81	2.2	81	100	0	362	39	23	7	29	1.81
21709908--21709964	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
21710013--21710148	26	5.3	26	85	5	190	28	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21710281--21710372	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
21710396--21710474	31	2.5	31	95	0	140	30	18	25	25	1.98
21714074--21714135	30	2.1	30	96	0	115	25	14	24	35	1.93
21719243--21719497	55	4.8	54	79	9	260	36	17	25	21	1.94
21719253--21719450	108	1.8	110	89	4	312	34	16	25	22	1.95
21730080--21730113	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
21730063--21730122	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
21732455--21732493	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
21736988--21737018	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
21739529--21739768	99	2.4	99	99	0	471	19	17	15	47	1.82
21741105--21741161	28	2.0	28	93	0	96	24	12	17	45	1.83
21741933--21741958	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
21743681--21743749	35	1.9	36	91	2	113	26	4	18	50	1.65
21745066--21745132	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
21746451--21746491	3	13.7	3	94	0	73	31	2	0	65	1.05
21750945--21750998	27	2.1	27	82	6	67	11	31	1	55	1.45
21754796--21755206	47	8.7	47	96	0	732	32	8	30	29	1.86
21755325--21755403	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
21762953--21763078	40	3.2	40	98	0	243	23	28	23	23	2.00
21767490--21767572	42	2.0	42	92	0	139	36	19	20	24	1.95
21775687--21775726	21	2.0	21	85	9	57	35	2	17	45	1.62
21790366--21790411	22	2.1	22	100	0	92	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21790326--21790446	62	2.0	62	90	3	190	25	27	23	23	2.00
21797747--21797792	22	2.1	22	100	0	92	26	23	26	23	2.00
21797707--21797827	62	2.0	62	90	3	190	25	27	23	23	2.00
21804543--21804704	84	2.0	80	83	9	202	35	23	12	29	1.91
21804543--21804704	40	4.0	40	77	8	139	35	23	12	29	1.91
21806585--21806649	33	2.0	33	96	0	121	10	18	3	67	1.33
21818624--21818793	48	3.6	47	72	7	137	25	10	22	40	1.86
21818611--21818923	96	3.3	96	80	0	295	30	13	20	36	1.90
21818681--21818827	48	3.1	48	71	0	132	27	11	21	39	1.88
21829161--21829293	62	2.2	59	81	6	153	52	3	3	40	1.35
21831274--21831326	26	2.0	26	100	0	106	26	0	30	43	1.55
21831276--21831340	26	2.5	26	89	0	85	24	1	33	40	1.65
21832951--21833125	46	3.8	46	76	10	176	30	27	20	22	1.98
21832958--21833130	93	1.9	93	90	2	276	29	27	20	22	1.98
21834507--21834687	40	4.5	40	91	0	290	30	28	18	22	1.97
21842647--21842775	40	3.2	40	89	0	213	28	27	18	24	1.98
21848886--21848939	26	2.1	26	100	0	108	31	18	3	46	1.67
21854538--21854658	65	1.9	63	88	6	181	24	5	16	52	1.65
21867660--21867687	14	2.0	14	100	0	56	14	7	28	50	1.69
21870988--21871099	27	4.1	27	77	14	97	39	23	21	16	1.92
21870992--21871098	54	2.0	54	83	3	135	40	22	20	16	1.91
21871987--21872104	58	2.0	58	100	0	236	32	11	25	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21872340--21872410	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
21875346--21875383	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
21875997--21876029	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
21881415--21881595	40	4.6	40	90	2	269	21	27	24	26	1.99
21888618--21888642	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21888896--21888964	30	2.3	30	85	7	86	28	20	2	47	1.64
21892808--21892848	20	2.3	19	84	16	52	17	4	4	73	1.19
21893976--21894054	40	2.0	41	94	2	142	44	3	10	41	1.56
21896286--21896326	18	2.3	18	91	4	66	41	14	2	41	1.59
21896449--21896607	42	3.7	43	75	12	139	28	25	18	27	1.98
21900514--21901070	276	2.0	276	90	1	868	31	20	20	27	1.97
21902325--21902387	22	2.9	22	73	0	63	55	9	15	19	1.67
21902328--21902402	22	3.4	21	72	7	60	56	13	14	16	1.69
21906689--21906726	20	2.0	20	84	5	51	23	13	0	63	1.30
21907964--21908010	22	2.4	19	80	19	60	23	19	12	44	1.85
21907972--21908016	22	2.0	22	100	0	90	22	17	13	46	1.83
21918317--21918341	13	1.9	13	100	0	50	24	24	48	4	1.68
21920385--21920415	11	2.9	11	95	4	55	77	0	0	22	0.77
21921588--21921630	16	2.8	16	78	3	52	60	0	16	23	1.35
21921589--21921646	15	3.8	15	77	6	55	56	0	15	27	1.39
21925278--21925598	3	108.3	3	69	12	191	59	1	7	31	1.34
21925478--21925598	44	2.7	43	80	8	136	59	1	6	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21925457--21925604	41	3.5	39	77	17	143	59	1	6	32	1.32
21928193--21928361	85	2.0	85	92	0	284	33	23	17	24	1.96
21928309--21928803	247	2.0	248	97	0	947	39	13	19	27	1.89
21930372--21930662	44	6.6	44	72	8	198	21	20	21	36	1.95
21930350--21930654	45	6.9	45	71	12	193	21	20	20	36	1.95
21930350--21930662	132	2.4	132	92	1	520	22	20	20	36	1.95
21930730--21930925	43	4.5	43	76	4	160	22	21	21	33	1.98
21930818--21930938	43	2.8	42	82	5	143	23	21	23	32	1.98
21938887--21938929	18	2.3	18	88	11	61	34	11	27	25	1.91
21945112--21945678	47	12.1	47	94	0	929	31	8	31	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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