genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16760822--16760871	25	2.0	25	96	0	91	42	26	12	20	1.86
16763544--16763595	25	2.1	25	92	3	88	26	19	21	32	1.97
16763651--16763703	11	5.0	11	75	6	56	30	18	13	37	1.89
16763643--16763703	21	2.9	21	82	0	68	31	19	11	37	1.87
16766026--16766245	47	4.7	45	76	13	139	29	17	28	25	1.97
16767865--16768033	43	4.0	42	78	8	153	24	17	27	29	1.98
16787084--16787173	44	2.1	43	85	6	119	42	3	5	48	1.43
16792286--16792505	48	4.6	48	83	0	251	20	29	22	26	1.99
16795311--16795359	3	16.3	3	100	0	98	67	0	32	0	0.91
16797710--16797847	46	2.9	46	85	7	147	22	21	29	26	1.99
16811469--16811504	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
16814790--16814880	45	2.0	45	97	0	173	35	8	31	24	1.86
16819670--16819845	71	2.5	70	87	3	230	28	14	23	34	1.93
16821498--16821545	18	2.7	17	71	9	51	56	39	0	4	1.19
16824354--16824403	26	1.9	26	91	0	82	36	20	6	38	1.77
16828710--16828749	2	21.5	2	85	14	59	45	0	0	55	0.99
16832040--16832083	18	2.4	18	84	0	61	50	15	6	27	1.70
16839366--16839720	94	3.8	92	75	12	303	30	20	26	22	1.98
16839361--16839721	47	7.7	46	69	15	195	30	20	26	22	1.98
16865275--16865313	14	2.9	14	88	3	53	64	0	0	35	0.94
16867384--16867444	31	2.0	31	100	0	122	63	6	0	29	1.19
16867384--16867437	19	3.2	19	61	33	50	62	7	0	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16869305--16869521	22	10.1	20	68	22	79	62	1	2	34	1.17
16869348--16869515	7	24.1	7	72	20	113	61	1	1	36	1.12
16869302--16869575	25	11.6	22	69	21	84	62	1	2	33	1.19
16869326--16869513	101	1.9	100	84	10	258	61	1	1	35	1.15
16869346--16869506	45	3.7	45	72	22	112	61	1	1	36	1.12
16869328--16869522	11	17.5	11	66	21	52	62	1	1	34	1.14
16871227--16871698	239	2.0	239	90	1	741	31	19	16	33	1.93
16871227--16871698	120	3.9	119	91	1	739	31	19	16	33	1.93
16883420--16883636	22	10.1	20	68	22	79	62	1	2	34	1.17
16883463--16883630	7	24.1	7	72	20	113	61	1	1	36	1.12
16883417--16883621	25	8.7	22	71	20	84	61	1	2	34	1.18
16883441--16883628	101	1.9	100	84	10	258	61	1	1	35	1.15
16883461--16883621	45	3.7	45	72	22	112	61	1	1	36	1.12
16883380--16883630	132	1.9	133	82	12	322	60	2	3	34	1.26
16883443--16883637	11	17.5	11	66	21	52	62	1	1	34	1.14
16883653--16883693	21	2.0	21	85	9	57	63	2	0	34	1.08
16885305--16885347	22	2.0	22	95	0	77	34	32	0	32	1.58
16888999--16889045	5	9.4	5	90	0	76	38	2	2	57	1.23
16890560--16890609	23	2.2	22	82	13	57	72	10	2	16	1.21
16901364--16901559	39	5.0	39	85	4	220	22	21	28	27	1.99
16904606--16904779	46	3.7	46	77	11	185	23	31	18	26	1.98
16904652--16904823	94	1.8	94	87	2	256	23	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16907647--16907685	20	2.0	19	85	14	53	17	7	0	74	1.05
16911603--16911668	29	2.3	29	82	10	73	43	0	24	31	1.54
16917514--16917573	27	2.2	27	93	0	102	46	11	20	21	1.82
16920534--16920583	20	2.5	20	87	3	75	40	2	12	46	1.52
16926269--16926362	45	2.1	45	82	4	109	44	5	18	31	1.72
16931583--16931699	43	2.7	43	89	0	162	33	24	16	25	1.96
16939497--16939813	47	6.7	48	73	12	212	27	19	29	24	1.98
16940604--16940696	42	2.2	42	92	0	159	19	20	31	29	1.97
16941861--16941982	43	2.8	43	89	0	172	34	24	16	24	1.95
16942466--16942522	28	2.0	29	82	3	71	33	22	3	40	1.71
16943404--16943474	13	5.5	13	81	3	54	29	18	19	32	1.96
16945215--16945277	33	1.9	33	90	3	101	41	3	19	36	1.67
16947076--16947159	26	3.2	27	80	8	77	65	0	2	32	1.05
16947382--16947438	30	1.9	30	86	10	82	49	3	0	47	1.18
16948035--16948072	19	2.0	20	84	5	51	39	0	2	57	1.12
16948029--16948135	25	4.3	24	70	21	69	36	1	3	57	1.27
16949628--16949660	7	4.7	7	100	0	66	42	0	27	30	1.56
16949656--16949693	8	4.8	8	100	0	76	26	0	23	50	1.50
16950013--16950087	3	26.0	3	75	12	59	68	1	28	2	1.12
16950013--16950069	28	2.0	28	82	0	69	66	1	29	1	1.12
16950916--16951140	40	5.7	40	85	5	260	25	27	23	24	2.00
16950918--16951140	119	1.9	120	82	8	285	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16954054--16954111	20	2.8	21	75	15	57	65	5	22	6	1.37
16954151--16954202	26	2.0	26	96	0	95	34	21	7	36	1.82
16954248--16954283	17	2.1	17	100	0	72	36	33	11	19	1.87
16954245--16954295	17	2.7	20	76	20	63	33	29	13	23	1.93
16962960--16963015	28	2.0	28	86	3	78	33	3	3	58	1.32
16963816--16963863	25	1.9	25	86	0	69	54	12	25	8	1.65
16963884--16963922	15	2.6	15	76	15	53	51	20	28	0	1.48
16966359--16966485	46	2.8	44	86	9	152	23	30	18	26	1.98
16968733--16968815	41	2.0	41	100	0	166	42	16	4	36	1.70
16971646--16971670	11	2.3	11	100	0	50	44	24	8	24	1.80
16972601--16972659	16	3.7	16	74	17	59	76	15	1	6	1.07
16973097--16973133	19	1.9	19	94	0	65	21	18	24	35	1.96
16973472--16973501	7	4.3	7	91	0	51	30	0	26	43	1.55
16974854--16975131	18	15.1	18	72	10	186	37	15	11	35	1.84
16974966--16975010	19	2.5	19	89	7	67	42	8	11	37	1.72
16975295--16975397	45	2.3	45	88	3	145	41	19	18	20	1.90
16975375--16975399	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
16977147--16977179	5	6.6	5	100	0	66	60	0	0	39	0.97
16977272--16977324	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
16977901--16978223	46	6.8	46	74	10	210	27	18	30	22	1.98
16980842--16980871	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
16981073--16981165	42	2.2	42	84	1	114	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16981103--16981194	42	2.2	42	92	0	148	29	22	14	33	1.93
16982458--16982517	29	2.1	29	100	0	120	31	3	13	51	1.57
16989947--16989981	15	2.4	14	86	9	52	45	14	0	40	1.45
17001686--17001746	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17010673--17010703	13	2.4	13	94	0	53	12	9	48	29	1.73
17010827--17010854	10	2.8	10	100	0	56	50	10	28	10	1.71
17011619--17011650	13	2.3	15	89	10	50	37	18	3	40	1.67
17012331--17012415	26	3.3	26	93	0	152	30	5	25	37	1.80
17012639--17013310	27	25.1	26	78	10	547	39	19	9	31	1.84
17012639--17013310	161	4.2	161	82	5	822	39	19	9	31	1.84
17012612--17013303	322	2.2	321	89	2	1043	39	19	9	31	1.84
17012617--17013310	107	6.5	106	83	5	783	39	19	9	31	1.84
17023882--17023919	17	2.2	18	90	4	60	73	7	0	18	1.06
17024729--17024753	13	1.9	13	100	0	50	44	0	16	40	1.47
17032060--17032122	32	2.0	32	100	0	126	50	15	6	26	1.68
17032359--17032384	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
17039007--17039479	40	11.8	40	92	0	757	28	19	28	22	1.98
17039007--17039479	80	5.9	80	98	0	883	28	19	28	22	1.98
17045032--17045093	28	2.3	26	86	8	88	17	22	22	37	1.94
17047798--17047902	28	3.8	28	85	0	138	27	15	31	25	1.95
17060038--17060187	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
17060010--17060187	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17060011--17060166	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
17068072--17068249	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17068073--17068228	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17068069--17068249	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17071041--17071120	27	3.0	27	79	3	90	40	22	10	27	1.86
17071907--17072167	27	9.7	27	84	1	299	30	20	7	41	1.80
17071917--17072167	81	3.1	81	91	1	387	29	20	7	42	1.80
17072392--17072436	19	2.4	19	100	0	90	8	40	31	20	1.83
17072593--17072655	6	10.3	6	77	16	67	19	15	15	49	1.80
17073335--17073449	44	2.7	41	72	16	99	25	17	23	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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