genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1102061--1102117	24	2.5	21	76	17	60	45	26	3	24	1.69
1103026--1103129	42	2.5	42	93	0	172	28	25	16	29	1.97
1106542--1106919	189	2.0	189	94	0	666	25	26	14	33	1.94
1118579--1118611	11	3.0	11	100	0	66	18	27	27	27	1.98
1121784--1121830	24	2.0	23	87	4	67	55	25	8	10	1.62
1125125--1125192	29	2.3	29	87	0	91	19	14	23	42	1.88
1125124--1125253	27	4.6	28	74	15	108	16	15	21	46	1.83
1125145--1125253	55	1.9	56	83	7	141	14	16	22	46	1.83
1129407--1129489	34	2.5	34	83	11	93	26	24	21	27	1.99
1132065--1132128	31	2.1	31	100	0	128	28	28	15	28	1.96
1135639--1136113	237	2.0	237	97	0	896	38	18	8	34	1.82
1137256--1137441	55	3.4	53	78	8	153	22	24	18	34	1.96
1154514--1154658	40	3.7	40	81	10	172	24	27	23	24	2.00
1156337--1156367	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
1156334--1156373	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
1156556--1156869	55	5.8	55	84	7	396	21	24	16	36	1.94
1159443--1159671	48	4.8	47	78	9	250	21	30	20	27	1.98
1159444--1159681	96	2.5	96	87	5	338	22	30	20	26	1.98
1168692--1168783	45	2.0	45	95	0	166	47	16	9	26	1.77
1177682--1177732	26	1.9	27	92	4	86	27	5	19	47	1.73
1182141--1182192	21	2.5	21	76	14	63	44	0	17	38	1.49
1185830--1185994	43	3.8	43	77	7	174	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1193531--1193639	43	2.5	43	83	2	139	32	22	17	28	1.96
1203577--1203601	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
1208560--1208679	43	2.8	43	76	14	113	33	27	15	23	1.95
1212779--1212929	43	3.5	42	72	12	119	33	25	15	25	1.95
1214016--1214041	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
1215627--1215655	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
1219710--1219769	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
1222830--1222970	26	5.5	26	88	4	205	35	6	22	35	1.80
1245236--1245260	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
1250601--1250667	17	3.8	17	70	20	57	17	4	1	76	1.04
1258455--1258626	29	6.0	29	88	0	256	26	15	30	28	1.96
1264683--1264768	28	3.0	29	77	15	90	30	30	12	26	1.93
1264976--1265021	24	2.0	23	86	4	65	21	19	10	47	1.80
1265018--1265061	16	2.8	16	80	13	54	9	18	22	50	1.75
1269348--1269528	40	4.4	40	79	4	182	32	24	16	26	1.96
1269372--1269528	42	3.9	41	80	6	167	31	26	15	26	1.95
1271995--1272166	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
1271988--1272163	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
1274135--1274253	60	2.0	60	96	0	220	31	24	10	33	1.88
1279019--1279151	46	2.8	49	85	9	172	28	30	21	19	1.97
1292596--1292661	35	1.9	35	87	3	98	28	21	24	25	1.99
1292594--1292677	34	2.4	35	82	2	107	27	21	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1296013--1296146	49	2.8	47	78	13	130	23	26	19	31	1.98
1296118--1296237	46	2.6	46	82	5	134	26	26	18	28	1.98
1297722--1297865	24	6.0	24	87	8	204	29	21	20	29	1.98
1297923--1297979	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
1297919--1297981	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
1298018--1298065	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
1299871--1299921	20	2.7	18	82	14	59	37	19	0	43	1.51
1303789--1303957	41	4.1	41	81	6	155	34	26	13	25	1.92
1303815--1303971	41	3.9	41	85	3	174	34	27	13	24	1.93
1303789--1303971	40	4.5	41	82	2	190	34	26	14	24	1.93
1306956--1307130	46	3.8	46	77	11	160	29	20	28	22	1.98
1311502--1311763	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
1321408--1321552	25	5.8	25	68	7	69	36	27	12	23	1.91
1321466--1321552	25	3.5	24	76	7	75	35	24	14	25	1.94
1321505--1321552	24	2.0	25	87	4	71	39	22	14	22	1.91
1327327--1327623	150	2.0	150	100	0	594	37	24	9	28	1.87
1328145--1328549	39	10.3	39	96	1	697	22	27	24	25	2.00
1334832--1335241	46	8.7	48	71	16	202	28	20	27	23	1.99
1340148--1340257	44	2.6	43	78	9	125	22	19	24	33	1.97
1345189--1345213	13	1.9	13	100	0	50	24	8	16	52	1.70
1347789--1347937	43	3.5	43	81	11	171	26	16	24	31	1.97
1347802--1347926	42	2.9	42	81	8	110	27	16	23	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1349892--1350111	40	5.6	40	77	5	205	26	24	22	26	2.00
1356373--1356545	93	1.9	93	90	4	278	28	28	20	22	1.98
1356366--1356541	46	3.8	46	71	16	157	30	27	19	22	1.98
1361060--1361235	46	3.8	46	75	15	173	29	28	21	21	1.98
1361067--1361239	93	1.9	93	90	2	276	28	28	21	21	1.98
1364018--1364051	9	3.8	9	84	0	50	55	2	2	38	1.30
1367811--1367872	26	2.2	28	81	18	85	24	20	12	41	1.87
1376961--1377095	35	3.9	35	78	1	128	28	8	17	45	1.77
1384294--1384335	21	2.0	22	85	4	59	66	11	4	16	1.40
1384415--1384476	30	2.1	30	100	0	124	46	6	9	37	1.62
1388554--1388671	59	2.0	59	100	0	236	32	22	10	35	1.87
1394766--1394805	21	1.9	21	84	0	53	50	20	5	25	1.68
1396312--1396597	27	10.7	27	80	5	215	40	19	7	32	1.80
1396322--1396552	54	4.3	53	85	6	279	41	18	7	32	1.79
1396316--1396552	81	2.9	81	86	3	327	40	18	7	32	1.79
1396322--1396634	27	11.7	27	78	8	203	39	21	7	31	1.80
1396618--1396759	27	5.3	27	78	5	126	36	19	18	26	1.94
1396618--1396760	54	2.6	54	83	2	162	37	18	18	25	1.94
1397661--1397785	6	20.3	6	71	16	69	20	19	12	48	1.79
1397667--1397725	25	2.4	25	85	0	73	23	20	10	45	1.81
1397689--1397759	19	3.8	19	76	10	83	15	21	15	47	1.82
1397670--1397776	37	2.9	37	85	4	135	18	20	12	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1399157--1399329	43	4.0	43	72	14	140	34	25	16	23	1.95
1407794--1407950	43	3.7	43	79	10	178	24	16	25	33	1.96
1407794--1407951	85	1.8	86	85	9	225	24	16	25	33	1.96
1410832--1411048	48	4.5	48	86	4	235	26	30	17	25	1.97
1410866--1411057	48	4.0	48	86	5	237	28	30	16	25	1.97
1423023--1423079	22	2.6	22	94	0	96	15	31	36	15	1.90
1425274--1425689	49	8.7	48	72	18	266	23	27	19	29	1.98
1425274--1425500	99	2.3	99	100	0	454	24	26	18	30	1.98
1425324--1425681	139	2.5	142	78	12	367	23	27	18	29	1.98
1425271--1425688	99	4.4	96	81	8	389	23	27	19	29	1.98
1429199--1429304	31	3.5	29	75	13	106	42	2	2	51	1.31
1429177--1429306	61	2.1	61	92	0	215	43	2	3	50	1.33
1432092--1432124	7	4.7	7	96	0	57	36	0	3	60	1.12
1434215--1434295	40	2.0	40	97	0	153	53	3	7	35	1.47
1434228--1434293	20	3.3	20	62	8	53	50	4	9	36	1.55
1434627--1434651	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
1435625--1435654	14	2.1	14	93	0	51	16	0	0	83	0.65
1444407--1444496	43	2.1	44	87	6	130	30	13	11	45	1.78
1446929--1447030	51	2.0	51	98	0	195	46	11	14	27	1.80
1453232--1453256	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
1458718--1459167	47	9.6	47	98	0	846	27	31	8	32	1.86
1462963--1463022	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467317--1467376	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
1467338--1467401	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
1475568--1475592	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
1476266--1476773	46	10.8	48	74	11	328	26	17	30	25	1.97
1476314--1476773	94	4.9	97	79	12	417	26	16	31	25	1.97
1476595--1476769	50	3.6	49	80	10	164	25	15	30	28	1.96
1477659--1477693	5	7.4	5	87	12	56	60	0	0	40	0.97
1477702--1477739	13	2.8	14	88	4	51	78	2	7	10	1.04
1479574--1479614	20	2.0	20	90	0	64	24	39	26	9	1.86
1485868--1486211	27	12.7	27	82	0	310	38	19	9	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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