genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11459574--11459750	46	3.9	44	72	11	158	28	27	20	24	1.99
11469572--11469815	48	5.0	48	94	2	425	35	6	27	31	1.81
11469572--11469815	98	2.5	98	95	1	438	35	6	27	31	1.81
11469956--11470100	37	3.9	37	94	0	245	24	18	31	25	1.98
11474911--11475163	68	3.8	66	75	13	193	31	16	28	24	1.96
11478035--11478212	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
11478036--11478191	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
11478032--11478212	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
11480868--11480973	48	2.2	48	91	0	167	33	27	4	34	1.78
11486344--11486403	29	2.1	29	100	0	120	35	6	10	48	1.63
11486344--11486418	29	2.6	28	89	8	89	34	8	9	48	1.65
11487104--11487547	224	2.0	224	99	0	879	35	9	18	36	1.84
11507100--11507156	20	3.0	19	77	12	55	66	0	1	31	1.02
11510672--11510747	25	3.2	25	67	14	79	47	14	17	21	1.82
11512248--11512506	65	4.0	65	99	0	509	46	7	8	38	1.61
11516521--11516554	17	2.0	17	88	0	50	32	2	2	61	1.26
11525618--11525654	18	2.1	18	90	5	58	56	5	8	29	1.51
11534891--11534933	14	3.0	14	89	3	59	79	0	18	2	0.85
11540457--11540554	48	2.0	48	86	0	133	29	25	20	24	1.99
11544962--11545027	34	1.9	34	90	0	105	27	22	22	27	1.99
11549278--11549405	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
11549277--11549405	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11551314--11551483	48	3.5	48	96	0	313	34	5	27	31	1.81
11551453--11551511	28	2.1	28	93	0	100	37	5	28	28	1.78
11551405--11551559	76	2.0	76	93	0	265	36	5	27	30	1.80
11551481--11551775	48	6.1	48	96	0	500	35	6	27	30	1.81
11551357--11551607	124	2.0	124	94	0	439	35	5	27	30	1.81
11551314--11551655	172	2.0	172	94	0	594	35	6	27	30	1.81
11551983--11552069	37	2.4	37	92	3	140	24	19	32	24	1.98
11553218--11553334	40	2.9	40	94	0	207	25	19	27	27	1.99
11553219--11553354	40	3.4	40	84	7	179	25	20	26	27	1.99
11553366--11553493	28	4.5	28	84	5	159	21	18	28	31	1.97
11553362--11553521	85	1.9	85	81	2	196	21	18	30	30	1.97
11557031--11557433	48	8.1	48	87	7	563	36	6	27	30	1.81
11557208--11557235	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
11557160--11557283	62	2.0	62	98	0	239	36	4	27	31	1.78
11557181--11557279	31	3.2	31	63	21	80	35	6	28	30	1.81
11557064--11557379	158	2.0	158	94	0	551	36	5	26	31	1.80
11557037--11557601	206	2.7	214	91	3	912	35	6	28	30	1.82
11557404--11557460	27	2.1	27	93	0	96	33	5	31	29	1.80
11557356--11557508	75	2.0	75	93	0	261	35	5	28	30	1.81
11557260--11557601	171	2.0	171	95	0	612	34	5	28	30	1.81
11557308--11557556	123	2.0	123	94	0	435	34	5	28	30	1.80
11557431--11557601	48	3.6	48	99	0	333	33	5	29	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11557634--11557845	111	1.9	111	100	0	424	37	7	20	34	1.80
11557842--11557918	37	2.1	37	87	4	111	25	19	31	23	1.98
11562178--11562272	25	3.8	25	73	4	75	34	22	21	22	1.97
11562160--11562272	52	2.2	50	82	6	129	34	21	21	23	1.97
11563601--11563783	69	2.7	69	82	8	228	20	22	19	37	1.94
11571399--11571566	41	4.1	41	84	4	207	37	20	23	18	1.94
11571735--11571788	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
11571743--11571827	21	3.9	21	76	11	89	28	0	25	45	1.54
11571749--11571840	46	2.0	46	95	0	166	29	0	26	44	1.54
11572081--11572144	22	2.9	22	86	9	94	25	3	46	25	1.67
11572517--11572744	76	3.0	75	89	2	350	54	8	10	26	1.62
11572874--11572917	18	2.4	18	85	7	54	22	40	0	36	1.54
11576368--11576408	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
11576657--11576760	43	2.4	43	88	0	145	21	20	31	26	1.98
11581294--11581354	17	3.6	17	77	0	59	19	18	27	34	1.95
11586069--11586116	23	2.1	23	92	0	78	45	14	14	25	1.83
11587103--11587279	28	6.3	28	86	2	230	27	12	28	31	1.93
11594366--11594484	41	2.9	39	81	12	134	27	26	16	28	1.97
11594410--11594502	40	2.3	40	87	3	125	32	24	17	25	1.97
11597871--11598058	40	4.7	40	93	0	322	21	27	20	30	1.98
11606533--11606956	40	10.6	40	96	0	758	21	27	19	30	1.98
11609840--11610141	39	7.7	39	90	3	401	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11609840--11610141	79	3.8	79	88	3	414	23	22	27	26	1.99
11609840--11610174	118	2.8	117	79	8	342	23	22	27	26	1.99
11610291--11610366	38	2.0	38	97	0	143	23	23	19	32	1.97
11618113--11618998	39	22.6	39	99	0	1664	23	21	28	27	1.99
11621868--11621913	16	2.9	16	83	0	65	52	19	17	10	1.74
11626468--11626650	79	2.3	81	81	7	205	25	22	26	24	2.00
11626468--11626652	40	4.7	40	82	6	207	25	22	27	24	2.00
11626521--11626685	79	2.1	79	80	6	183	27	21	26	24	1.99
11627075--11627123	24	2.0	24	100	0	98	24	36	10	28	1.88
11628979--11629037	16	3.7	16	80	11	68	50	16	18	13	1.77
11628971--11629037	24	2.8	25	79	6	84	49	19	17	13	1.80
11629249--11629316	28	2.4	29	85	9	95	27	13	29	29	1.94
11632853--11632961	55	2.0	55	92	0	182	21	22	17	38	1.93
11641302--11641327	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
11648354--11648457	52	2.0	52	96	0	190	52	11	18	17	1.73
11656193--11656279	27	3.3	26	88	4	129	35	21	24	18	1.95
11656379--11656436	25	2.3	25	81	3	62	29	12	24	34	1.91
11677229--11677388	44	3.7	43	79	6	187	30	20	23	26	1.98
11677841--11677872	15	2.1	15	94	0	55	62	34	0	3	1.11
11679077--11679117	15	2.7	15	84	0	55	34	2	4	58	1.32
11680625--11680675	24	2.1	24	88	0	75	43	23	15	17	1.88
11684210--11684296	28	3.2	27	82	6	104	18	26	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11691974--11692030	26	2.1	27	78	12	64	35	26	12	26	1.92
11692135--11692246	28	4.0	28	84	1	154	18	24	19	37	1.94
11694480--11694723	49	4.9	49	78	5	249	29	26	18	25	1.98
11694480--11694723	100	2.5	99	83	4	312	29	26	18	25	1.98
11698610--11698904	47	6.1	47	88	4	394	31	8	31	29	1.86
11698610--11698904	98	3.1	97	82	7	372	31	8	31	29	1.86
11699023--11699101	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
11704200--11704440	49	4.9	49	82	3	302	29	26	19	24	1.98
11706881--11706993	41	2.8	41	75	10	104	30	27	20	21	1.98
11712763--11712800	12	3.2	12	96	0	67	26	2	7	63	1.35
11717174--11717203	13	2.2	14	94	5	53	43	13	0	43	1.43
11718229--11718276	10	4.8	10	76	7	53	47	8	0	43	1.33
11749763--11749867	43	2.5	42	78	7	106	27	20	22	29	1.98
11750991--11751044	26	2.1	26	100	0	108	46	29	7	16	1.74
11757521--11757610	29	3.1	28	77	4	90	25	28	14	31	1.95
11759038--11759078	16	2.4	16	88	8	55	12	4	34	48	1.62
11760758--11761287	93	5.7	93	99	0	1033	23	20	28	28	1.99
11764160--11764232	15	4.9	15	77	9	69	13	17	12	56	1.68
11765961--11766084	47	2.6	47	92	0	203	24	20	28	26	1.99
11775724--11775986	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
11775724--11775986	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
11775918--11775995	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11779228--11779301	37	2.0	37	100	0	148	32	29	13	24	1.93
11783386--11783703	159	2.0	159	96	0	591	39	20	12	27	1.89
11783904--11784075	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
11783906--11784128	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
11783904--11784128	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
11784060--11784137	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
11785050--11785449	202	2.0	200	98	1	773	27	18	17	37	1.92
11786896--11786951	20	2.8	20	88	0	85	10	32	39	17	1.84
11788827--11788858	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
11794346--11794472	47	2.8	44	79	15	141	26	18	29	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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