genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  212  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72105025--72105253	89	2.6	87	71	14	198	26	25	16	31	1.97
72105010--72105280	133	2.0	132	86	4	339	26	25	17	30	1.97
72105324--72105444	64	1.9	64	96	0	224	37	16	16	29	1.91
72106991--72107029	9	4.3	9	86	0	51	0	2	25	71	0.98
72106994--72107028	3	11.7	3	87	0	52	0	2	28	68	1.04
72127480--72127538	25	2.3	25	83	16	77	57	6	3	32	1.41
72127525--72127612	18	4.8	17	69	28	65	64	0	9	26	1.23
72127648--72128093	3	150.3	3	68	10	184	60	2	9	27	1.38
72129453--72129596	25	5.8	25	73	11	102	27	22	18	31	1.97
72129453--72129596	49	2.9	49	82	1	180	27	22	18	31	1.97
72134755--72135117	46	7.7	48	75	10	265	23	29	18	28	1.98
72134859--72135120	94	2.8	92	80	12	277	23	29	17	29	1.97
72134751--72135117	140	2.6	141	78	10	392	23	29	18	28	1.98
72137508--72137629	60	2.0	61	95	1	219	20	17	10	51	1.74
72148953--72149166	45	4.6	45	70	14	125	27	20	29	22	1.98
72155231--72155271	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
72156482--72156532	25	2.0	25	96	0	93	25	15	9	49	1.75
72178835--72178901	24	3.0	24	64	18	63	26	13	23	35	1.92
72178815--72178901	43	2.0	44	95	2	158	25	13	24	36	1.92
72196323--72196366	22	2.0	22	100	0	88	27	13	22	36	1.92
72202735--72203142	48	8.5	48	82	0	485	27	16	27	27	1.97
72202735--72203150	96	4.3	96	92	0	654	28	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72204062--72205239	47	24.9	47	97	0	2194	29	29	8	32	1.87
72208163--72208680	274	1.9	274	100	0	1036	26	6	23	43	1.77
72209968--72210399	40	10.8	40	86	0	585	26	26	20	26	1.99
72211772--72212323	47	11.7	47	91	0	827	28	29	9	32	1.88
72212104--72212229	25	5.3	25	62	14	77	28	30	8	32	1.87
72217845--72217984	71	2.0	71	98	0	271	32	9	23	34	1.87
72228550--72228753	40	5.1	40	86	4	207	25	28	22	23	1.99
72228569--72228753	80	2.3	80	92	1	300	25	29	22	22	1.99
72233209--72233323	31	3.7	31	90	1	187	28	25	16	29	1.97
72233347--72233438	42	2.2	42	92	0	148	33	20	13	32	1.91
72233573--72233656	25	3.4	24	82	9	89	23	23	25	27	2.00
72233588--72233655	25	2.7	25	90	4	102	22	25	27	25	1.99
72234488--72234539	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
72234574--72234626	27	2.0	27	84	0	70	35	16	15	32	1.90
72234584--72234681	27	3.6	26	78	13	90	33	10	17	38	1.83
72234672--72234804	27	4.9	27	79	4	151	29	8	21	41	1.82
72234803--72234894	27	3.4	27	85	5	123	38	7	26	28	1.83
72234701--72234851	81	1.9	82	80	4	180	31	8	22	37	1.84
72234819--72235048	108	2.1	107	81	2	264	31	8	23	36	1.85
72234874--72235040	54	3.1	53	76	9	167	28	9	22	39	1.85
72234647--72235040	27	14.6	27	75	7	115	30	8	22	38	1.84
72255925--72256102	40	4.4	40	87	1	241	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72255853--72256102	80	3.2	79	82	5	247	25	27	22	24	2.00
72263834--72263941	29	3.8	29	79	6	121	25	31	12	29	1.93
72264173--72264207	8	4.4	8	88	0	52	5	22	20	51	1.68
72264156--72264207	24	2.2	23	86	3	68	7	21	19	51	1.71
72269939--72270146	46	4.4	47	78	10	178	29	20	27	23	1.99
72269924--72270107	94	2.0	93	82	6	228	27	20	28	22	1.99
72269933--72270182	140	1.8	139	82	11	307	27	20	27	24	1.99
72274176--72274230	22	2.5	21	82	8	74	43	0	12	43	1.42
72275141--72275165	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
72277000--72277032	17	1.9	17	100	0	66	36	9	12	42	1.74
72289958--72290114	39	4.0	40	89	2	205	18	21	28	31	1.97
72292083--72292137	27	2.0	27	96	0	101	56	3	1	38	1.28
72300328--72300383	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
72302060--72302162	51	2.0	50	98	1	197	25	3	14	56	1.55
72302358--72302527	46	3.7	45	75	13	166	22	21	27	28	1.99
72305462--72305538	15	5.2	15	76	13	70	10	18	14	57	1.65
72313047--72313116	25	2.8	25	97	0	131	24	25	25	24	2.00
72313162--72313199	20	1.9	20	88	0	58	31	21	10	36	1.87
72315433--72315478	17	2.7	17	80	9	58	69	0	4	26	1.07
72315514--72315555	12	3.5	12	78	12	50	52	0	2	45	1.13
72315520--72315568	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
72315880--72315945	21	3.2	20	76	16	53	69	1	3	25	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72315918--72316025	15	6.8	17	72	20	74	62	0	2	34	1.09
72315868--72316024	13	12.7	13	68	28	62	63	0	3	31	1.17
72315863--72316030	16	10.9	15	68	21	73	64	0	3	31	1.15
72315925--72316031	32	3.2	32	81	13	103	63	0	2	33	1.09
72317682--72318580	408	2.2	410	92	0	1514	29	21	18	30	1.97
72317682--72318580	205	4.4	205	93	0	1514	29	21	18	30	1.97
72322812--72322889	35	2.2	35	95	2	138	10	32	10	47	1.71
72330503--72330540	12	3.2	12	82	14	51	55	0	2	42	1.14
72330509--72330549	12	3.2	13	83	16	59	53	0	0	46	1.00
72330940--72331012	22	3.3	21	73	19	60	61	0	2	35	1.10
72330904--72330987	32	2.6	31	70	15	73	61	0	4	33	1.17
72330874--72331007	39	3.5	40	71	21	99	61	0	4	33	1.22
72330870--72331037	84	2.1	80	83	11	211	63	0	3	32	1.16
72337472--72337550	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
72337669--72338070	47	9.1	47	86	7	449	28	29	9	31	1.89
72337830--72337936	35	3.1	35	100	0	214	28	31	11	28	1.91
72359385--72359487	47	2.2	47	94	0	179	33	8	29	29	1.87
72361136--72361360	40	5.6	40	80	7	206	25	23	27	24	2.00
72361136--72361360	80	2.8	80	83	2	281	25	23	27	24	2.00
72361136--72361360	120	1.9	121	82	4	285	25	23	27	24	2.00
72369058--72369282	40	5.6	40	79	7	206	25	23	26	24	2.00
72369058--72369282	80	2.8	80	82	2	272	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72369058--72369282	120	1.9	121	82	4	285	25	23	26	24	2.00
72376302--72376471	27	6.3	27	82	2	162	25	14	16	43	1.85
72376302--72376471	54	3.1	54	84	5	182	25	14	16	43	1.85
72376302--72376455	81	1.9	81	83	2	202	25	14	14	44	1.84
72376806--72376849	18	2.4	18	85	7	54	20	18	15	45	1.85
72387348--72387461	40	2.8	40	80	12	115	28	15	26	29	1.96
72403291--72404087	40	19.9	40	98	0	1522	25	20	29	24	1.99
72406563--72406714	42	3.5	43	74	15	118	34	25	15	25	1.95
72406543--72406699	43	3.7	43	78	9	160	32	26	17	24	1.96
72409782--72409894	43	2.7	42	81	2	145	28	25	16	29	1.97
72412922--72413065	52	2.8	51	87	4	193	28	13	28	29	1.94
72412918--72413095	51	3.5	51	84	4	218	28	15	28	27	1.96
72420570--72420734	52	3.2	52	84	9	209	28	12	28	30	1.93
72420570--72420734	51	3.3	51	83	9	205	28	12	28	30	1.93
72422468--72422536	33	2.1	33	94	0	120	37	23	17	21	1.94
72428616--72428649	17	2.0	17	88	11	52	38	2	0	58	1.13
72431941--72431995	24	2.3	24	87	0	74	30	25	14	29	1.95
72434233--72434334	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
72434493--72434557	22	3.0	22	77	8	78	35	20	24	20	1.96
72434942--72435003	27	2.3	27	77	0	70	38	22	17	20	1.93
72434984--72435394	27	15.3	27	82	3	461	25	21	18	34	1.96
72435378--72435800	27	15.7	27	79	8	211	32	8	20	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72435487--72435800	54	5.8	54	90	0	432	32	7	19	40	1.80
72435433--72435800	81	4.5	81	83	3	382	31	8	19	40	1.81
72435486--72435800	27	11.7	27	83	2	382	32	7	19	40	1.80
72438249--72438426	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72438270--72438425	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72440709--72440752	18	2.4	18	100	0	88	29	29	29	11	1.92
72440767--72440818	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72441487--72441585	27	3.7	26	75	10	83	27	8	25	39	1.84
72441539--72441616	27	2.9	27	79	5	86	26	10	24	38	1.87
72444091--72444125	13	2.7	13	86	0	52	40	0	20	40	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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