genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22434778--22434830	11	5.0	11	75	6	56	28	16	15	39	1.89
22436521--22436648	28	4.5	28	84	2	157	27	12	27	32	1.93
22436521--22436649	57	2.3	57	89	2	188	27	12	27	32	1.93
22445633--22445690	21	2.8	21	78	5	64	37	10	18	32	1.85
22447992--22448075	39	2.2	38	86	2	114	42	11	9	35	1.74
22449788--22449889	37	2.8	37	95	0	177	26	30	18	24	1.98
22450008--22450271	47	5.6	47	93	1	447	29	28	7	34	1.85
22450008--22450271	143	1.9	141	94	1	465	29	28	7	34	1.85
22450008--22450271	96	2.8	94	92	2	447	29	28	7	34	1.85
22453454--22453584	49	2.7	49	78	7	149	21	29	22	27	1.99
22477330--22477561	40	5.8	40	91	0	365	25	28	21	24	1.99
22477412--22477475	23	3.0	23	61	25	59	23	29	21	25	1.99
22482229--22482361	49	2.7	49	83	2	160	21	26	21	30	1.98
22482380--22482547	48	3.6	47	77	6	178	24	27	19	28	1.98
22486735--22486843	55	2.0	55	98	0	209	40	7	19	33	1.79
22487540--22487895	47	7.6	47	96	0	640	32	8	30	28	1.87
22488014--22488092	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22489034--22489107	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
22489421--22489638	40	5.4	40	86	4	201	24	22	27	24	2.00
22489421--22489638	80	2.7	80	85	5	264	24	22	27	24	2.00
22489421--22490575	120	9.5	120	94	3	1944	23	22	29	24	1.99
22489626--22489652	14	1.9	14	100	0	54	29	29	22	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22489586--22489692	54	2.0	54	98	0	205	25	24	27	23	2.00
22489640--22490575	40	23.5	40	98	0	1804	23	22	29	24	1.99
22492637--22492661	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
22493739--22493962	40	5.6	39	82	7	208	25	21	27	25	1.99
22493792--22493927	39	3.5	39	88	3	202	26	19	28	25	1.99
22493739--22493962	79	2.8	80	82	9	255	25	21	27	25	1.99
22493739--22493995	79	3.3	79	79	10	199	26	21	27	24	1.99
22501171--22501392	111	2.0	112	99	0	437	42	19	9	28	1.83
22501219--22501389	55	3.1	55	64	20	147	42	19	9	28	1.83
22501612--22501727	58	2.0	58	96	0	214	37	11	15	36	1.83
22506234--22506342	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
22506553--22506796	47	5.1	47	83	5	317	26	30	11	31	1.92
22506553--22506796	100	2.5	94	86	4	335	26	30	11	31	1.92
22517126--22517304	85	2.1	85	100	0	358	26	26	8	39	1.84
22526517--22526558	21	2.0	21	100	0	84	33	19	14	33	1.91
22536217--22536397	89	2.0	90	96	1	337	38	16	9	35	1.82
22546213--22546272	30	2.0	30	83	6	77	30	23	6	40	1.80
22549319--22549379	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
22575649--22576189	271	2.0	271	99	0	1073	32	11	23	32	1.90
22576066--22576538	237	2.0	237	97	0	901	28	13	21	36	1.91
22576972--22577267	40	7.4	40	91	2	379	24	22	26	26	2.00
22584919--22585050	40	3.3	40	96	0	237	21	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22586408--22586629	40	5.6	40	81	5	227	24	28	20	26	1.99
22586436--22586629	79	2.4	80	82	5	223	24	29	19	26	1.99
22593475--22593660	40	4.7	40	84	5	200	25	24	22	27	2.00
22595058--22595227	40	4.3	40	84	5	211	25	21	25	27	2.00
22597774--22597834	29	2.1	29	93	0	104	24	36	19	19	1.95
22600834--22600915	28	2.9	27	82	10	85	35	25	19	19	1.95
22601227--22601280	27	2.0	27	82	7	65	33	18	18	29	1.95
22603881--22603991	27	4.1	27	81	7	127	15	22	23	38	1.92
22603881--22603991	54	2.1	54	87	3	161	15	22	23	38	1.92
22611681--22611794	39	2.9	39	89	0	165	24	21	26	28	1.99
22636144--22636191	21	2.3	21	88	0	69	20	22	33	22	1.97
22637187--22637233	24	2.0	24	86	0	67	44	4	19	31	1.70
22639773--22639948	59	3.1	55	84	7	237	36	14	15	32	1.89
22640102--22640131	13	2.3	13	94	0	51	66	10	13	10	1.44
22640042--22640327	142	2.0	140	87	2	412	39	18	13	27	1.89
22640150--22640260	54	2.1	54	92	0	186	42	18	10	27	1.84
22640361--22640510	79	1.9	79	94	0	264	34	20	16	28	1.94
22640256--22640715	178	2.6	178	91	2	726	38	17	16	27	1.91
22640536--22640689	79	1.9	79	97	0	290	33	20	18	27	1.96
22652705--22652751	24	2.0	24	86	0	67	44	4	19	31	1.70
22664978--22665245	40	6.7	40	96	0	473	29	20	28	22	1.98
22675697--22675879	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22675733--22675914	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
22679245--22679304	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
22694309--22694387	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
22694293--22694390	47	2.1	47	100	0	196	32	8	29	29	1.86
22694449--22694590	40	3.5	41	78	9	150	23	20	27	28	1.99
22694452--22694623	80	2.2	79	80	7	179	26	19	26	27	1.99
22694815--22695078	47	5.6	47	90	1	393	32	7	29	29	1.85
22694815--22695023	96	2.2	96	94	1	368	33	6	28	32	1.83
22695197--22695275	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22701731--22701844	43	2.7	42	80	2	138	28	25	17	28	1.98
22717911--22718100	55	3.5	53	76	3	146	37	18	23	20	1.94
22727434--22727611	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22727455--22727610	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22735911--22736088	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22735932--22736087	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22746483--22746746	132	2.0	132	90	0	411	28	18	21	32	1.96
22746801--22746907	54	2.0	54	88	0	160	29	19	26	24	1.98
22749062--22749245	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
22749062--22749242	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
22756713--22756922	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
22756660--22756922	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
22756661--22756957	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22759202--22759315	57	2.0	57	98	0	219	22	30	14	31	1.94
22766793--22767054	46	5.6	47	73	15	222	32	28	17	21	1.96
22766846--22767012	47	3.6	47	78	13	200	31	28	16	23	1.96
22766800--22767052	93	2.7	93	92	0	398	31	28	17	21	1.96
22769822--22769934	58	1.9	58	92	0	190	35	10	17	36	1.85
22774012--22774195	96	1.9	96	85	0	251	25	23	20	30	1.98
22773997--22774242	48	5.1	48	78	2	197	25	24	19	30	1.98
22774012--22774237	96	2.4	96	80	1	247	25	23	19	30	1.98
22781088--22781139	25	2.1	24	89	3	77	17	23	21	38	1.93
22784550--22784645	40	2.4	40	89	5	142	21	29	23	25	1.99
22797879--22798133	55	4.8	53	78	8	236	21	25	16	36	1.94
22798470--22798526	29	2.0	29	85	0	78	29	28	3	38	1.73
22808455--22808592	53	2.5	55	80	4	138	23	23	17	35	1.95
22808460--22808657	55	3.6	55	76	4	170	23	23	17	35	1.95
22811556--22811587	13	2.5	13	94	0	55	9	34	37	18	1.83
22821919--22821952	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
22829263--22829305	22	1.9	23	90	4	70	23	51	4	20	1.66
22830572--22830602	9	3.4	9	95	0	53	61	0	38	0	0.96
22832274--22832481	100	2.1	100	96	0	380	38	9	25	25	1.86
22832713--22832850	50	2.7	51	82	8	167	26	20	25	28	1.99
22836942--22836993	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
22837336--22837467	65	2.0	65	97	0	246	30	11	21	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22839968--22840152	40	4.6	39	82	5	194	24	22	27	25	2.00
22839968--22840152	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
22840007--22840185	79	2.3	79	77	7	186	27	21	25	25	1.99
22861228--22861491	40	6.6	40	93	1	388	23	20	28	26	1.99
22861189--22861491	80	3.8	80	88	3	389	23	20	28	27	1.99
22861189--22861491	120	2.5	119	86	4	396	23	20	28	27	1.99
22873078--22873265	49	3.8	48	74	10	164	29	28	17	25	1.97
22876453--22876586	48	2.8	48	89	4	207	21	19	26	32	1.97
22886816--22886988	87	2.0	87	97	0	328	27	24	18	29	1.98
22890667--22890718	13	3.9	14	73	12	56	9	26	1	61	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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