genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66158941--66159010	21	3.3	21	64	7	61	32	25	12	28	1.93
66158942--66159028	42	2.1	42	95	0	156	27	24	18	29	1.98
66159674--66159760	43	2.0	44	84	2	113	25	19	17	37	1.93
66171643--66172220	289	2.0	289	97	0	1102	50	7	12	29	1.67
66172390--66172431	3	14.0	3	89	0	66	61	0	4	33	1.17
66172537--66172662	3	42.0	3	69	16	57	59	4	3	32	1.34
66172537--66172612	12	6.0	13	75	18	63	56	2	2	38	1.27
66172622--66172672	23	2.1	25	85	10	70	66	5	3	23	1.30
66173272--66173301	15	1.9	16	93	6	53	13	0	3	83	0.77
66174041--66174085	22	2.0	22	95	0	81	20	8	28	42	1.82
66180947--66180977	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
66188147--66188177	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
66188257--66188287	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
66193222--66193262	21	2.0	21	95	0	73	70	12	14	2	1.26
66195551--66195638	43	2.0	44	93	2	151	46	6	18	28	1.74
66196532--66196916	197	2.0	197	91	2	621	29	17	15	37	1.91
66206572--66206744	46	3.8	44	72	14	118	28	20	27	22	1.99
66221105--66221145	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
66231529--66231672	57	2.5	57	80	6	166	29	20	18	31	1.96
66253825--66253862	18	2.1	18	100	0	76	5	42	5	47	1.48
66254091--66254115	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
66254385--66254443	31	1.9	30	83	10	75	27	22	5	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66258431--66258469	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
66267897--66268083	6	30.8	6	74	16	163	50	14	15	19	1.78
66267897--66268083	30	6.4	30	83	11	253	50	14	15	19	1.78
66267897--66268083	85	2.2	85	94	0	320	50	14	15	19	1.78
66268201--66268266	27	2.5	26	82	7	78	37	24	21	16	1.93
66268439--66268497	22	2.7	22	81	0	64	32	18	25	23	1.97
66268585--66268667	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
66268866--66269061	27	7.3	27	82	0	230	25	19	18	36	1.95
66269066--66269610	27	20.2	27	85	3	711	40	10	22	26	1.85
66271700--66271861	6	26.8	6	75	15	147	50	14	15	19	1.78
66271700--66271886	30	6.4	30	82	11	235	50	13	15	19	1.77
66271700--66271886	85	2.2	85	94	0	320	50	13	15	19	1.77
66272004--66272069	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
66272022--66272077	27	2.1	27	86	6	78	35	21	25	17	1.95
66272028--66272085	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
66272242--66272300	22	2.7	22	81	0	64	33	22	23	20	1.97
66272388--66272471	27	3.2	26	88	5	96	38	21	21	19	1.94
66272669--66272864	27	7.3	27	85	2	207	27	18	17	36	1.94
66272869--66273413	27	20.2	27	82	3	614	41	9	21	27	1.84
66272874--66273412	54	10.0	55	84	4	686	41	9	21	27	1.84
66272857--66273413	108	5.2	108	91	2	811	41	10	20	27	1.84
66276247--66276431	40	4.7	40	80	10	193	27	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66276276--66276384	39	2.8	40	85	5	150	28	28	18	24	1.98
66276276--66276431	79	2.0	80	82	6	192	26	28	21	23	1.99
66285212--66285245	12	2.8	13	86	13	54	44	0	0	55	0.99
66286014--66286045	5	6.4	5	92	0	55	15	3	0	81	0.82
66287190--66287263	33	2.2	33	90	0	112	10	33	28	27	1.90
66288870--66288938	27	2.6	27	92	0	120	34	20	18	26	1.96
66288948--66289264	27	11.7	27	79	6	214	41	21	7	28	1.81
66288923--66289127	81	2.5	81	79	6	227	40	23	8	27	1.83
66289504--66289626	41	3.0	41	90	0	192	22	20	27	29	1.98
66289768--66289832	22	3.0	22	75	8	60	21	24	21	32	1.98
66292024--66292219	43	4.6	43	90	2	315	32	34	23	9	1.86
66292023--66292219	85	2.3	86	93	0	333	32	34	23	9	1.87
66292212--66292413	38	5.3	38	84	4	271	31	25	20	22	1.98
66292212--66292413	78	2.6	76	85	3	287	31	25	20	22	1.98
66294872--66295074	47	4.3	47	89	2	293	32	9	31	27	1.88
66294925--66295046	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
66301385--66301586	38	5.3	38	85	2	269	31	25	21	21	1.98
66311218--66311322	7	15.0	7	70	15	58	34	3	0	61	1.14
66311194--66311253	19	3.0	19	76	9	57	28	6	3	61	1.37
66311204--66311378	17	10.9	16	65	25	61	32	5	1	60	1.29
66311218--66311322	19	5.7	20	69	17	75	34	3	0	61	1.14
66311253--66311383	36	3.8	34	74	16	101	35	4	1	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66311482--66311519	14	2.7	14	87	0	58	34	5	2	57	1.35
66311483--66311555	14	4.8	16	76	17	57	32	4	4	58	1.36
66327586--66327647	23	2.7	22	72	13	54	58	1	6	33	1.34
66327656--66327692	14	2.4	16	86	8	51	64	0	5	29	1.15
66327746--66327840	37	2.7	33	78	18	93	63	1	3	32	1.17
66327788--66327850	15	4.3	14	79	20	67	63	0	3	33	1.10
66327736--66327839	28	3.8	28	70	21	85	61	0	2	34	1.17
66327970--66328011	20	2.2	19	87	12	59	64	0	4	30	1.14
66329694--66330240	205	2.7	204	86	2	801	29	23	18	28	1.98
66330300--66330580	132	2.1	132	90	2	431	28	24	17	30	1.97
66330256--66330580	44	7.4	45	68	15	171	28	23	17	30	1.97
66331382--66331501	46	2.6	46	90	2	179	16	24	15	43	1.87
66332262--66332340	37	2.1	37	85	0	104	26	30	17	25	1.97
66332459--66332648	47	4.0	47	93	0	308	27	31	9	31	1.88
66332720--66332838	47	2.5	47	83	0	148	28	31	8	31	1.87
66334023--66334114	7	12.6	7	87	7	130	45	41	0	13	1.43
66334023--66334114	15	6.3	14	87	7	130	45	41	0	13	1.43
66343428--66343458	14	2.1	15	94	5	55	51	3	6	38	1.44
66346431--66346603	84	2.1	84	100	0	346	36	21	15	26	1.93
66347460--66347521	23	2.7	21	77	18	61	54	1	9	33	1.43
66347535--66347566	16	2.1	16	88	11	50	65	0	6	28	1.16
66347620--66347714	37	2.7	33	78	18	93	63	1	3	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66347662--66347724	15	4.3	14	79	20	67	63	0	3	33	1.10
66347610--66347713	28	3.8	28	70	21	85	61	0	2	34	1.17
66349634--66349907	131	2.1	134	96	2	509	30	4	8	56	1.48
66350126--66350544	210	2.0	210	97	0	793	27	15	20	36	1.92
66362192--66363120	206	4.5	206	92	1	1441	31	18	22	28	1.97
66362192--66363120	413	2.2	412	90	2	1470	31	18	22	28	1.97
66364687--66364770	38	2.2	38	85	8	109	29	17	23	28	1.97
66364802--66365033	40	5.8	40	90	0	365	20	22	30	26	1.98
66369442--66369546	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
66383786--66383898	27	4.2	27	85	7	133	36	22	23	17	1.95
66383786--66383900	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
66385518--66385601	26	3.2	26	93	0	141	35	22	5	35	1.79
66403704--66403776	36	2.0	36	94	0	128	35	15	15	34	1.88
66408678--66408829	29	5.3	29	75	10	136	26	32	12	28	1.92
66408710--66408829	57	2.1	56	82	10	145	26	32	12	28	1.93
66412661--66412812	29	5.3	29	76	7	143	26	32	13	26	1.93
66412666--66412812	57	2.6	58	81	7	151	26	33	12	27	1.93
66412872--66412912	17	2.4	17	95	0	73	19	46	24	9	1.80
66423224--66423298	36	2.1	36	97	0	141	34	14	8	42	1.75
66423848--66424016	85	2.0	85	97	0	320	28	23	15	32	1.95
66425995--66426219	113	2.0	113	99	0	441	35	20	16	27	1.94
66437060--66437099	17	2.3	18	86	4	55	45	2	7	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66449621--66449693	36	2.0	36	97	0	137	36	15	15	32	1.88
66453693--66453726	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
66454766--66454911	29	5.1	29	75	9	131	26	34	13	26	1.93
66455117--66455152	16	2.2	16	90	0	54	13	16	16	52	1.74
66459343--66459489	57	2.6	58	82	7	160	26	32	12	27	1.93
66459338--66459489	29	5.3	29	75	9	134	26	32	13	27	1.93
66459549--66459589	17	2.4	17	95	0	73	19	46	24	9	1.80
66469257--66469703	225	2.0	225	98	0	867	31	25	16	26	1.96
66477098--66477268	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
66477093--66477265	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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