genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  171  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57544406--57544561	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57544402--57544582	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57548357--57548427	29	2.5	29	83	2	90	32	25	11	30	1.91
57548643--57548679	16	2.3	16	95	0	65	8	24	18	48	1.75
57552212--57552289	38	2.1	38	92	0	129	21	16	17	43	1.88
57554629--57554700	36	2.0	36	97	0	135	22	23	11	43	1.85
57557475--57557533	19	3.4	19	65	26	58	76	16	3	3	1.06
57557475--57557532	32	1.9	30	89	10	91	75	17	3	3	1.07
57566651--57566753	54	1.9	54	89	0	161	24	21	33	20	1.97
57566651--57566771	54	2.2	54	85	2	145	23	19	36	20	1.95
57568991--57569263	147	1.9	146	92	0	456	19	27	21	31	1.97
57569198--57569252	28	1.9	29	85	3	76	18	41	23	16	1.89
57585717--57585855	58	2.4	58	81	4	165	43	1	2	51	1.25
57586056--57586194	58	2.4	58	81	4	165	43	1	2	51	1.25
57585579--57586265	339	2.0	340	99	0	1358	40	4	6	48	1.51
57586360--57586414	16	3.4	16	85	9	60	32	25	5	36	1.79
57589024--57589289	46	5.7	47	77	11	199	25	17	31	25	1.97
57591818--57591977	53	3.0	54	84	3	198	40	13	19	26	1.88
57592098--57592191	29	3.3	28	70	15	84	29	12	26	30	1.93
57592097--57592207	57	1.9	57	87	0	159	31	13	25	29	1.94
57595295--57595364	34	2.1	34	100	0	140	32	11	21	34	1.89
57597863--57598059	27	7.3	26	80	8	191	29	15	18	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57597875--57598063	81	2.3	81	88	1	272	29	14	19	37	1.91
57598390--57598440	18	2.8	18	79	8	68	27	21	7	43	1.80
57598429--57598526	40	2.5	41	75	9	96	32	21	19	26	1.97
57599097--57599202	24	4.4	24	87	7	135	38	6	37	16	1.75
57602838--57602910	36	2.0	36	97	0	137	19	24	21	34	1.96
57603072--57603322	43	5.9	43	84	0	270	30	27	17	25	1.97
57603992--57605390	23	61.4	23	72	11	896	39	22	4	33	1.74
57604013--57605121	206	5.4	206	91	1	1672	39	22	4	34	1.73
57604566--57605390	160	5.2	160	83	5	818	39	22	4	33	1.73
57604013--57605374	206	6.6	202	86	4	1505	39	22	4	33	1.74
57606584--57606704	41	3.0	41	79	7	129	28	23	16	31	1.96
57607131--57607214	14	6.0	14	76	8	82	51	28	0	20	1.48
57607134--57607223	21	4.2	20	69	19	58	52	27	0	20	1.47
57608003--57608139	41	3.3	40	76	8	132	24	24	13	37	1.92
57612061--57612130	10	6.9	10	73	3	59	21	25	14	38	1.91
57614605--57614711	11	9.6	11	68	24	57	45	2	1	49	1.27
57614664--57614710	17	2.7	18	90	6	71	48	2	0	48	1.13
57617217--57617279	18	3.4	18	72	10	56	39	23	12	23	1.89
57621269--57621440	46	3.7	47	82	11	169	26	16	31	25	1.97
57621269--57621439	93	1.8	94	83	8	233	26	16	31	25	1.97
57621272--57621496	93	2.4	93	78	8	215	26	17	30	24	1.97
57623972--57624019	10	4.6	10	80	10	51	35	2	2	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57623972--57624021	22	2.4	20	86	6	64	36	2	4	58	1.29
57625849--57625887	19	2.1	19	100	0	78	20	20	0	58	1.39
57634530--57634610	39	2.1	39	82	8	96	20	23	25	29	1.99
57644257--57644519	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
57644296--57644554	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
57650484--57650698	47	4.7	47	74	14	180	25	18	31	24	1.98
57650484--57650700	94	2.4	90	82	8	242	25	18	31	24	1.98
57651510--57651643	54	2.5	53	80	8	144	22	19	29	29	1.98
57651667--57651742	18	4.4	18	71	15	61	21	26	31	21	1.98
57651703--57651758	15	3.5	15	71	21	51	23	30	21	25	1.99
57651689--57651765	33	2.3	33	88	0	127	19	25	29	24	1.98
57657953--57658170	47	4.7	45	81	9	226	27	18	29	24	1.98
57657953--57658223	94	2.9	93	79	11	277	28	18	29	23	1.98
57658980--57659110	55	2.4	54	89	6	194	20	20	30	28	1.98
57663527--57663615	35	2.5	35	90	3	144	34	21	17	25	1.96
57663596--57663673	35	2.2	35	86	0	111	33	16	23	26	1.96
57666341--57666516	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
57666338--57666508	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
57672603--57672697	42	2.2	43	80	9	106	30	22	18	28	1.97
57678462--57678641	28	6.6	27	91	3	279	30	28	12	27	1.93
57678462--57678641	55	3.3	55	94	1	299	30	28	12	27	1.93
57678462--57678641	83	2.2	82	92	1	297	30	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57692681--57692775	42	2.2	43	80	9	106	30	22	18	28	1.97
57698473--57698699	40	5.7	40	87	0	310	17	19	27	34	1.95
57699702--57699796	42	2.2	43	80	9	106	30	22	18	28	1.97
57702024--57702064	21	2.0	20	86	9	57	26	2	21	48	1.63
57702026--57702072	21	2.3	21	78	10	53	29	4	19	46	1.68
57708140--57708232	42	2.2	44	80	7	102	36	24	18	20	1.95
57712037--57712097	31	2.0	31	96	0	113	47	19	14	18	1.82
57715093--57715403	45	7.0	45	88	2	414	27	26	20	25	1.99
57716219--57716286	25	2.7	25	86	0	73	50	11	13	25	1.75
57717107--57717133	14	1.9	14	100	0	54	29	14	3	51	1.60
57722763--57723059	45	6.6	45	90	1	411	28	26	20	23	1.99
57723879--57723974	25	3.8	25	94	0	156	47	11	17	22	1.80
57723895--57723960	12	5.3	12	71	7	60	48	12	15	24	1.78
57726374--57726399	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
57739019--57739058	19	2.1	19	85	0	53	77	0	10	12	0.99
57740892--57740931	20	2.0	20	85	9	55	37	2	17	42	1.63
57745225--57745290	20	3.3	20	95	0	114	21	37	27	13	1.91
57751523--57751657	51	2.7	50	79	5	157	28	22	20	27	1.99
57756873--57756924	25	2.1	25	96	0	95	36	25	1	36	1.67
57761170--57761297	27	4.7	27	87	0	175	33	16	16	33	1.91
57761735--57761831	35	2.8	35	85	1	133	37	16	17	28	1.92
57761741--57761863	34	3.6	34	85	1	138	32	17	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57771446--57771509	27	2.5	25	75	7	65	45	15	7	31	1.75
57776918--57776950	10	3.0	11	91	8	50	36	27	0	36	1.57
57776918--57776949	12	2.8	12	86	13	50	34	28	0	37	1.57
57783704--57783961	119	2.2	120	85	6	337	25	26	22	25	2.00
57783685--57783968	40	7.1	40	86	5	353	24	27	22	25	2.00
57791132--57791178	23	2.0	23	91	0	76	21	17	14	46	1.83
57792290--57792328	12	3.2	12	96	0	69	30	0	46	23	1.53
57796711--57796757	23	2.0	23	100	0	94	51	17	8	23	1.72
57798648--57798713	26	2.5	26	82	7	80	34	25	10	28	1.89
57803107--57803188	27	3.1	27	80	7	96	32	18	13	35	1.90
57803172--57803340	27	6.3	27	89	2	250	37	20	19	22	1.95
57811219--57811455	39	6.1	39	96	0	429	23	29	25	21	1.99
57813491--57813667	52	3.5	51	86	4	218	27	27	15	28	1.96
57817445--57817627	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
57817446--57817629	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
57817498--57817652	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
57820500--57820892	40	9.8	40	88	0	552	26	27	21	24	1.99
57820954--57821028	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
57829168--57829247	27	3.0	27	77	0	97	35	20	18	26	1.95
57832538--57832649	40	2.8	40	98	0	215	26	27	21	24	1.99
57836823--57837085	40	6.6	40	94	0	447	26	25	23	25	2.00
57842576--57842967	196	2.0	196	100	0	784	30	25	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57843534--57843675	40	3.6	41	87	4	211	25	27	23	23	2.00
57857622--57857806	40	4.7	40	79	11	184	25	28	22	23	1.99
57864788--57864845	27	2.1	27	84	6	73	43	18	8	29	1.80
57867856--57868078	27	8.3	27	85	0	248	37	19	17	25	1.94
57868801--57868860	27	2.3	27	85	2	77	25	23	16	35	1.95
57871749--57871804	27	2.1	27	100	0	112	37	10	21	30	1.87
57872741--57872773	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
57873336--57873543	43	4.9	43	83	0	274	22	27	22	28	1.99
57887014--57887040	13	2.1	13	100	0	54	51	0	7	40	1.30
57891462--57891508	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297