genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33095844--33096028	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
33095845--33096028	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
33095897--33096061	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
33097973--33098026	27	2.0	27	85	0	72	20	20	44	14	1.86
33103022--33103148	47	2.7	47	83	4	139	25	22	27	24	2.00
33120705--33120732	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
33122114--33122160	19	2.5	19	76	10	51	70	6	2	21	1.20
33128899--33128955	25	2.3	25	82	11	64	38	1	1	57	1.19
33128918--33128973	25	2.4	24	85	8	71	35	0	5	58	1.21
33132012--33132189	41	4.4	41	87	2	234	20	21	21	35	1.96
33132012--33132220	82	2.6	81	83	6	217	21	20	21	37	1.95
33132051--33132220	41	4.2	40	81	7	148	20	19	21	38	1.93
33134834--33134879	7	7.0	7	85	9	62	10	0	2	86	0.64
33137031--33137077	26	2.0	25	84	16	64	68	2	6	23	1.24
33139097--33139156	26	2.3	26	88	0	84	21	6	3	68	1.28
33141175--33141333	27	5.9	26	81	7	140	35	20	23	20	1.96
33141217--33141337	54	2.2	54	95	0	215	35	23	23	17	1.95
33143987--33144078	40	2.3	40	81	3	105	25	16	26	32	1.96
33145983--33146023	17	2.3	19	87	8	59	80	0	12	7	0.90
33159336--33159391	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
33159334--33159412	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
33159334--33159405	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33159384--33159428	23	2.0	22	82	4	54	42	4	17	35	1.70
33167793--33167877	44	2.0	43	83	2	107	38	20	18	22	1.93
33167836--33168440	78	7.8	78	86	1	809	33	19	22	24	1.97
33168602--33168896	78	3.8	78	87	1	421	31	18	24	25	1.98
33168838--33169042	45	4.5	44	76	8	207	30	16	26	26	1.97
33169332--33170182	19	44.9	19	98	1	1649	36	10	15	36	1.82
33170473--33170507	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
33173379--33173414	12	2.8	14	76	24	51	55	0	5	38	1.23
33187396--33187429	10	3.4	10	87	0	50	14	52	5	26	1.64
33198503--33198718	96	2.2	96	89	1	317	28	28	17	25	1.97
33198504--33198836	48	7.0	48	75	4	287	27	29	16	27	1.97
33205106--33205188	17	4.9	17	74	0	67	34	7	16	40	1.76
33205194--33205257	17	3.8	17	74	0	56	29	6	10	53	1.60
33208599--33208658	30	2.0	30	100	0	120	33	6	6	53	1.53
33210518--33210578	21	3.0	21	87	2	88	26	22	39	11	1.88
33211782--33212012	48	4.8	48	81	2	239	26	30	18	25	1.98
33211768--33211999	96	2.4	96	84	2	295	26	29	17	26	1.98
33213727--33213764	19	2.0	19	85	10	51	55	21	2	21	1.56
33215275--33215592	100	3.2	100	79	6	304	30	21	14	33	1.93
33219579--33219821	50	4.8	51	75	7	201	32	23	17	26	1.97
33219687--33219819	52	2.6	50	80	2	149	34	25	14	25	1.94
33219591--33219821	101	2.3	100	81	2	257	32	23	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33229542--33229586	20	2.1	22	88	8	67	73	4	0	22	1.01
33245870--33245909	17	2.2	19	86	8	57	27	0	2	70	1.01
33247890--33247952	31	2.0	31	84	0	81	28	25	7	38	1.84
33251717--33251812	48	2.0	48	97	0	183	34	14	22	28	1.94
33253320--33253495	46	3.8	46	77	14	200	28	28	21	22	1.99
33260169--33260218	26	1.9	26	95	0	91	32	28	18	22	1.97
33263473--33263537	29	2.2	29	94	0	112	18	32	29	20	1.96
33268945--33268985	20	2.0	20	90	4	64	17	2	9	70	1.25
33271510--33271676	86	1.9	86	92	0	280	41	4	15	38	1.67
33273072--33273097	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
33273381--33273439	30	1.9	31	82	3	75	45	23	0	30	1.53
33274330--33274384	3	18.3	3	100	0	110	0	32	0	67	0.91
33274905--33274950	21	2.2	21	84	0	56	58	21	10	8	1.58
33289462--33289755	153	1.9	150	87	8	436	41	4	10	43	1.60
33303844--33303995	40	3.8	41	85	3	193	24	20	28	26	1.99
33303844--33304015	80	2.2	80	80	3	195	23	19	27	28	1.99
33308110--33308170	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
33316065--33316195	41	3.1	41	63	25	101	38	6	24	29	1.81
33316026--33316289	85	3.1	85	98	0	501	36	8	27	27	1.85
33316027--33316243	39	5.1	41	61	29	98	37	9	26	27	1.87
33318480--33318623	47	3.1	47	92	0	234	33	11	29	25	1.90
33318597--33318687	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33318831--33318920	37	2.4	37	94	0	162	23	20	32	24	1.98
33321867--33322044	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33321868--33322023	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33321864--33322044	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33329884--33330061	27	6.6	27	82	3	196	26	14	27	30	1.95
33329885--33330040	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	30	1.95
33329881--33330061	82	2.2	81	83	2	229	27	14	27	30	1.95
33341584--33341754	45	3.9	45	84	3	197	26	26	22	25	2.00
33344536--33344597	30	2.1	30	100	0	124	62	6	17	12	1.50
33345944--33346089	50	3.0	49	88	1	211	26	17	26	29	1.98
33346939--33347036	46	2.1	47	94	1	171	26	10	26	36	1.88
33354934--33355156	48	4.7	47	80	5	234	26	18	28	26	1.98
33354934--33355113	96	1.9	96	87	2	263	24	18	30	26	1.98
33372947--33373035	24	3.6	24	71	15	74	68	1	2	28	1.08
33372952--33372993	6	7.0	6	78	10	50	76	0	0	23	0.79
33385698--33385751	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
33386004--33386191	49	3.8	49	82	2	259	25	18	26	29	1.98
33385999--33386191	100	1.9	100	94	0	341	25	18	26	29	1.98
33391834--33392058	49	4.5	50	74	8	199	28	18	24	29	1.98
33399581--33399609	12	2.4	12	100	0	58	20	37	0	41	1.53
33403130--33403154	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
33408382--33408469	5	16.8	5	73	19	65	17	4	1	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33408378--33408469	6	16.0	6	72	10	68	17	4	1	77	0.99
33408394--33408444	17	3.1	16	83	10	68	15	3	1	78	0.99
33408378--33408467	38	2.4	38	80	10	96	17	4	1	76	1.01
33411654--33412067	207	2.0	207	100	0	828	34	22	10	32	1.88
33412182--33412359	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
33412203--33412358	82	1.9	81	88	3	233	30	28	14	26	1.95
33424429--33424660	48	4.9	48	73	6	175	26	17	28	27	1.98
33424439--33424657	95	2.3	96	80	2	235	26	17	28	26	1.98
33426680--33426793	23	5.0	23	73	8	81	23	22	18	35	1.96
33426960--33427005	20	2.3	20	88	0	65	32	2	26	39	1.68
33426991--33427088	20	4.9	20	73	5	65	37	10	16	35	1.82
33428440--33428695	55	4.8	53	79	8	236	36	16	24	21	1.94
33438905--33439041	46	3.0	46	84	0	184	26	30	8	35	1.85
33439015--33439487	47	10.1	47	96	0	856	29	28	8	33	1.87
33442005--33442148	39	3.7	39	89	0	207	30	27	22	19	1.98
33444122--33444208	45	2.0	44	81	6	104	24	12	27	35	1.92
33446829--33446853	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
33447013--33447277	9	29.4	9	99	0	521	33	32	10	23	1.89
33472101--33472181	29	2.9	28	78	8	76	24	34	14	25	1.94
33472129--33472216	29	3.0	29	83	0	86	26	32	14	26	1.95
33478938--33478971	16	2.1	16	88	0	50	58	20	5	14	1.57
33485308--33485393	43	2.0	44	82	15	108	66	2	11	19	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33494034--33494149	55	2.1	55	83	3	144	18	28	28	25	1.98
33496215--33496268	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
33500997--33501042	24	2.0	23	86	4	65	23	4	41	30	1.74
33503471--33503526	28	2.0	28	100	0	112	28	17	10	42	1.83
33503734--33503771	3	12.7	3	94	0	67	68	0	31	0	0.90
33508830--33508911	43	1.9	43	89	0	128	29	32	24	13	1.93
33508904--33509026	38	3.2	38	86	3	149	27	28	21	21	1.99
33534370--33534421	26	2.0	26	96	0	95	30	5	26	36	1.80
33535317--33535501	40	4.6	40	81	7	223	24	23	27	24	2.00
33535317--33535501	80	2.3	81	86	4	250	24	23	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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