genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8007689--8007839	54	2.8	54	79	7	128	45	19	7	27	1.77
8007791--8007919	27	4.8	26	81	11	118	41	13	11	32	1.81
8007764--8007919	54	2.9	54	78	6	147	42	15	9	32	1.79
8007637--8007931	27	10.9	27	75	8	91	40	18	9	31	1.83
8008191--8008311	41	3.0	41	92	0	188	22	22	29	25	1.99
8008455--8008519	22	3.0	22	82	8	87	20	24	23	32	1.98
8008911--8009223	27	11.6	27	77	6	251	42	19	7	30	1.79
8008912--8009232	108	3.0	108	91	0	473	41	19	7	31	1.79
8008884--8009278	27	14.6	27	76	6	239	42	18	7	30	1.79
8008885--8009309	54	7.9	54	76	4	322	41	18	8	31	1.81
8008885--8009241	108	3.3	108	87	1	466	42	18	7	31	1.79
8009354--8009413	27	2.2	27	84	0	75	48	18	8	25	1.75
8009235--8009518	135	2.1	136	96	2	518	38	16	15	29	1.89
8009604--8009722	40	2.9	41	87	3	170	21	22	29	26	1.99
8009608--8009722	41	2.8	39	86	3	149	21	23	29	25	1.99
8009867--8009931	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8010322--8010518	27	7.3	27	82	5	202	42	20	7	29	1.80
8010322--8010518	81	2.4	80	83	3	243	42	20	7	29	1.80
8010321--8010606	27	10.6	27	77	8	118	42	18	8	30	1.81
8010321--8010612	54	5.4	53	76	4	210	41	19	8	30	1.82
8010291--8010555	81	3.3	81	77	6	234	41	19	7	31	1.80
8010291--8010613	27	12.0	27	75	9	117	40	19	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8010878--8010996	40	2.9	41	91	2	186	20	23	31	25	1.98
8010882--8010996	41	2.8	40	92	1	176	20	24	31	24	1.98
8011141--8011205	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8011583--8011667	26	3.2	26	75	11	91	41	24	4	29	1.75
8011595--8011771	27	6.6	27	82	7	175	44	19	7	29	1.77
8011595--8011763	81	2.1	80	84	4	223	43	19	7	30	1.78
8011621--8011863	27	9.0	27	79	6	172	40	17	9	32	1.82
8011579--8011857	54	5.2	53	80	4	229	41	18	8	31	1.80
8011596--8011800	81	2.5	81	79	6	213	43	19	7	30	1.78
8012123--8012241	40	2.9	40	85	7	150	20	21	31	27	1.98
8012127--8012246	41	3.0	40	84	7	152	19	21	30	28	1.97
8012385--8012449	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8012814--8013044	81	2.9	80	82	5	245	42	19	7	30	1.79
8012814--8013136	27	12.0	27	78	7	187	40	18	9	31	1.82
8012814--8013130	54	5.9	53	80	4	260	41	18	8	31	1.80
8012809--8013073	81	3.3	79	78	9	243	42	18	7	31	1.79
8013396--8013514	40	2.9	41	88	2	168	19	21	31	27	1.97
8013400--8013519	41	3.0	40	87	2	159	18	21	31	28	1.97
8013658--8013722	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8014087--8014317	81	2.9	80	82	5	245	42	19	7	30	1.79
8014087--8014409	27	12.0	27	78	7	187	40	18	9	31	1.82
8014087--8014403	54	5.9	53	80	4	260	41	18	8	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8014082--8014346	81	3.3	79	78	9	243	42	18	7	31	1.79
8014669--8014787	40	2.9	41	88	2	168	19	21	31	27	1.97
8014673--8014792	41	3.0	40	87	2	159	18	21	31	28	1.97
8014931--8014995	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8015360--8015590	81	2.9	80	82	5	245	42	19	7	30	1.79
8015360--8015682	27	12.0	27	78	7	187	40	18	9	31	1.82
8015360--8015676	54	5.9	53	80	4	260	41	18	8	31	1.80
8015355--8015619	81	3.3	79	78	9	243	42	18	7	31	1.79
8015942--8016060	40	2.9	41	88	2	168	19	21	31	27	1.97
8015946--8016065	41	3.0	40	87	2	159	18	21	31	28	1.97
8016204--8016268	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8016633--8016863	81	2.9	80	82	5	245	42	19	7	30	1.79
8016633--8016955	27	12.0	27	78	7	187	40	18	9	31	1.82
8016633--8016949	54	5.9	53	80	4	260	41	18	8	31	1.80
8016628--8016892	81	3.3	79	78	9	243	42	18	7	31	1.79
8017215--8017333	40	2.9	41	88	2	168	19	21	31	27	1.97
8017219--8017338	41	3.0	40	87	2	159	18	21	31	28	1.97
8017477--8017541	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8017906--8018136	81	2.9	80	82	5	245	42	19	7	30	1.79
8017906--8018228	27	12.0	27	78	7	187	40	18	9	31	1.82
8017906--8018222	54	5.9	53	80	4	260	41	18	8	31	1.80
8017901--8018165	81	3.3	79	78	9	243	42	18	7	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8018488--8018606	40	2.9	41	88	2	168	19	21	31	27	1.97
8018492--8018611	41	3.0	40	87	2	159	18	21	31	28	1.97
8018750--8018814	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8019179--8019409	81	2.9	80	82	5	245	42	19	7	30	1.79
8019179--8019501	27	12.0	27	78	7	187	40	18	9	31	1.82
8019179--8019495	54	5.9	53	80	4	260	41	18	8	31	1.80
8019174--8019438	81	3.3	79	78	9	243	42	18	7	31	1.79
8019761--8019879	40	2.9	41	88	2	168	19	21	31	27	1.97
8019765--8019884	41	3.0	40	87	2	159	18	21	31	28	1.97
8020023--8020087	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
8020452--8020682	81	2.9	80	82	5	245	42	19	7	30	1.79
8020452--8020774	27	12.0	27	78	7	187	40	18	9	31	1.82
8020452--8020768	54	5.9	53	80	4	260	41	18	8	31	1.80
8020447--8020711	81	3.3	79	78	9	243	42	18	7	31	1.79
8021034--8021152	40	2.9	41	88	2	168	19	21	31	27	1.97
8021038--8021152	41	2.8	40	89	1	158	19	21	32	26	1.97
8021297--8021361	22	3.0	22	77	8	69	21	26	20	32	1.97
8021752--8022068	27	11.7	27	76	9	179	41	18	8	31	1.80
8021726--8022062	54	6.2	53	75	9	211	41	18	8	31	1.80
8021721--8022047	81	4.0	81	79	5	272	41	18	7	32	1.79
8021914--8022044	55	2.4	55	83	3	158	43	16	9	31	1.79
8022308--8022426	40	2.9	41	90	5	179	20	22	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8023026--8023208	27	6.7	27	81	5	165	42	20	8	28	1.81
8023000--8023203	81	2.5	81	80	5	225	42	19	8	29	1.81
8023000--8023262	54	4.8	53	78	6	197	42	19	8	29	1.81
8023218--8023270	27	2.0	27	88	0	79	39	13	13	33	1.83
8023397--8023447	20	2.5	20	81	6	59	23	3	31	41	1.73
8023530--8023651	41	3.0	41	92	0	190	22	22	29	25	1.99
8023794--8023860	22	3.0	22	78	8	73	25	22	20	31	1.98
8039960--8040008	21	2.3	21	100	0	98	48	4	10	36	1.56
8047475--8047577	54	1.9	54	89	0	161	39	12	18	29	1.87
8048256--8048553	40	7.5	40	93	1	467	22	23	28	25	1.99
8065379--8065418	21	1.9	21	89	0	62	22	27	37	12	1.90
8068115--8068425	40	7.8	40	95	0	496	31	19	26	22	1.98
8076589--8076757	48	3.6	47	78	4	171	24	29	19	26	1.98
8090757--8090905	56	2.6	56	79	8	158	35	23	14	26	1.93
8093884--8093995	24	4.7	24	94	0	188	17	13	29	39	1.88
8097441--8097469	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
8111128--8111240	41	2.7	42	87	5	158	42	9	0	46	1.42
8114485--8114539	17	3.4	17	71	16	53	36	0	0	63	0.95
8122218--8122410	96	2.0	96	86	2	271	36	13	16	33	1.88
8128306--8128397	25	3.7	25	73	13	82	23	21	23	30	1.99
8131038--8131290	28	9.0	28	91	0	391	28	11	25	34	1.90
8142530--8142566	18	2.1	18	89	0	56	40	13	24	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8142883--8143126	81	3.0	80	79	10	271	40	18	15	26	1.90
8142880--8143123	27	9.0	27	82	5	246	40	18	15	25	1.90
8143113--8143203	27	3.4	27	92	0	137	18	17	20	42	1.89
8148623--8148664	22	1.9	22	95	0	75	38	9	28	23	1.86
8148626--8148676	22	2.3	22	86	6	68	39	11	29	19	1.87
8149830--8149869	12	3.3	12	85	0	53	35	0	35	30	1.58
8149826--8149871	24	1.9	24	86	0	65	34	0	39	26	1.57
8151285--8151416	27	4.9	27	85	0	174	22	17	20	39	1.92
8160296--8160322	11	2.5	11	100	0	54	14	0	11	74	1.08
8162605--8162637	14	2.3	15	85	15	52	78	0	0	21	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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