genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  239  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81583802--81583831	9	3.4	9	90	9	53	90	0	0	10	0.47
81589250--81589285	18	2.0	18	100	0	72	33	27	5	33	1.80
81589885--81590248	181	2.0	183	96	1	678	32	21	6	39	1.78
81590405--81590762	180	2.0	179	98	0	689	44	19	2	33	1.64
81596579--81596795	109	2.0	109	98	0	416	42	16	4	35	1.69
81596981--81597030	22	2.3	22	79	6	57	54	10	4	32	1.52
81597103--81597138	18	2.0	18	100	0	72	33	27	5	33	1.80
81597668--81597711	17	2.6	17	96	0	79	50	25	4	20	1.67
81598361--81598390	15	2.0	15	93	0	51	20	16	13	50	1.78
81599023--81599183	80	2.0	80	98	0	313	37	16	23	22	1.94
81601729--81601943	46	4.7	45	76	7	193	26	27	18	27	1.98
81609522--81609638	46	2.6	44	81	5	119	25	29	17	27	1.97
81611559--81611640	41	2.0	41	92	0	137	28	15	29	26	1.96
81618942--81619012	37	1.9	36	83	8	90	53	2	2	40	1.30
81620614--81620645	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
81632781--81632817	17	2.1	17	90	5	56	72	5	2	18	1.15
81633785--81633817	16	2.1	16	100	0	66	12	12	24	51	1.73
81635527--81635578	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
81635521--81635578	20	2.7	21	86	10	82	31	27	0	41	1.56
81635605--81635635	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
81636736--81636762	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
81637379--81637413	18	1.9	18	94	0	61	22	28	5	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81637805--81638257	116	3.9	116	98	0	861	39	4	9	46	1.57
81638242--81638272	15	2.1	15	93	0	53	54	0	9	35	1.33
81641280--81641944	126	5.3	126	93	0	1062	26	21	17	33	1.96
81649306--81651306	44	45.5	44	83	4	2357	27	26	14	32	1.95
81649713--81649784	36	2.0	36	94	0	126	22	33	11	33	1.89
81649747--81651263	89	17.1	89	93	1	2033	27	26	14	32	1.95
81649306--81651263	178	11.1	178	89	3	2443	27	26	14	32	1.95
81655580--81655678	51	1.9	51	97	0	189	12	25	17	45	1.82
81666490--81666527	11	3.5	11	85	7	51	65	0	0	34	0.93
81666499--81666525	10	2.7	10	100	0	54	62	0	0	37	0.95
81666642--81666673	16	2.0	16	100	0	64	68	0	6	25	1.12
81668969--81668998	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
81670486--81670671	59	3.1	58	70	14	189	40	1	6	51	1.37
81670560--81670594	18	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
81670567--81670612	18	2.8	17	83	9	51	45	0	0	54	0.99
81670579--81670635	26	2.2	25	81	3	69	40	0	3	56	1.17
81670483--81670722	120	2.0	124	92	4	409	41	1	5	51	1.34
81670867--81670957	45	2.0	44	85	2	119	35	28	5	30	1.80
81670936--81671005	16	4.4	16	90	0	113	31	35	1	31	1.67
81678454--81678513	26	2.2	28	80	11	72	65	0	0	35	0.93
81689667--81689806	60	2.3	60	83	7	169	35	19	8	36	1.82
81698180--81698225	16	2.9	16	81	12	51	60	2	2	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81704734--81704799	25	2.6	25	100	0	132	31	24	24	19	1.98
81708055--81708131	38	2.0	38	87	0	109	44	0	33	22	1.53
81709188--81709237	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
81709902--81710083	96	1.9	97	88	1	276	30	24	15	29	1.96
81711188--81711234	8	6.2	8	83	11	64	76	0	2	21	0.89
81711192--81711234	15	2.9	15	86	10	61	74	0	2	23	0.93
81711188--81711239	23	2.3	22	84	15	70	76	0	1	21	0.87
81714843--81714892	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
81715332--81715382	23	2.2	23	89	0	75	49	9	1	39	1.47
81716163--81716411	79	3.2	79	95	1	428	44	5	5	44	1.50
81722220--81722348	47	2.8	44	80	14	145	28	17	27	25	1.98
81722260--81722437	47	3.8	46	76	10	159	28	17	29	24	1.98
81722224--81722437	92	2.3	94	80	10	233	28	18	28	25	1.98
81727038--81727073	18	2.0	18	88	0	54	33	0	25	41	1.55
81729882--81730142	94	2.8	93	80	7	251	28	16	29	25	1.96
81729879--81730147	47	5.7	46	68	19	157	27	16	29	25	1.97
81731324--81731364	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
81736035--81736148	59	1.9	60	85	1	158	42	13	4	39	1.64
81736035--81736162	59	2.1	59	82	2	148	43	14	3	37	1.64
81739950--81740015	32	2.1	32	100	0	132	46	21	13	18	1.83
81740034--81740058	13	1.9	13	100	0	50	8	16	16	60	1.58
81745434--81745558	64	2.0	64	88	0	187	30	18	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81745630--81746521	88	10.1	88	84	0	1086	33	20	23	22	1.97
81745630--81746523	264	3.4	264	93	0	1403	33	20	23	22	1.97
81746081--81746400	44	7.3	44	60	20	105	35	20	21	22	1.96
81746478--81746578	46	2.2	47	86	8	147	29	21	26	21	1.99
81746302--81746726	222	1.9	223	86	1	602	33	20	24	22	1.97
81746525--81749593	88	35.0	88	89	1	4353	32	20	24	21	1.97
81746134--81746921	398	2.0	398	96	0	1459	32	20	23	22	1.98
81747881--81748201	44	7.3	44	65	13	122	33	21	23	21	1.97
81749479--81749719	126	1.9	126	88	0	365	36	19	22	21	1.95
81749379--81749807	214	2.0	214	87	0	615	35	19	23	21	1.96
81749593--81750009	88	4.8	88	87	1	563	34	19	23	22	1.97
81749291--81749895	302	2.0	302	89	0	922	34	20	23	21	1.96
81750053--81750166	57	2.0	57	96	0	210	42	21	26	10	1.85
81750299--81750362	13	5.0	13	85	11	96	40	50	1	7	1.41
81750299--81750362	25	2.5	25	82	14	78	40	50	1	7	1.41
81750742--81750935	3	65.0	3	66	17	57	28	6	3	61	1.38
81750761--81750806	21	2.2	21	88	7	67	28	13	0	58	1.35
81750841--81750893	20	2.7	20	71	11	54	24	5	1	67	1.22
81751005--81751042	11	3.6	11	82	13	53	26	13	5	55	1.59
81751001--81751042	20	2.2	19	91	4	66	26	14	4	54	1.59
81753180--81753229	24	2.1	24	85	7	66	20	22	16	42	1.89
81757622--81757746	64	2.0	64	88	0	187	29	19	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81757828--81757972	44	3.3	44	66	14	118	32	22	24	20	1.98
81757818--81758682	88	9.9	88	87	1	1078	32	20	24	22	1.98
81757818--81758597	351	2.2	350	85	1	1042	32	20	25	21	1.98
81758353--81758573	44	5.0	45	66	15	122	32	20	25	21	1.97
81758919--81758999	13	6.0	13	72	13	74	38	49	2	9	1.49
81758921--81759014	30	3.3	30	75	14	108	35	50	2	12	1.53
81759484--81759576	3	32.0	3	69	18	54	26	5	2	65	1.25
81759642--81759683	20	2.2	19	86	4	57	26	16	4	52	1.63
81761828--81762003	67	2.6	66	81	7	178	30	15	30	23	1.95
81761852--81762035	67	2.8	64	79	7	201	28	15	31	23	1.96
81765471--81765551	43	1.9	42	87	2	117	30	18	20	29	1.97
81766377--81766405	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
81768025--81768116	16	5.9	16	80	5	107	32	1	17	48	1.54
81768102--81768499	30	12.5	30	70	16	139	37	3	14	45	1.61
81768165--81768516	9	39.8	9	65	23	87	36	3	14	45	1.60
81768056--81768389	81	4.2	81	95	1	588	36	3	14	46	1.61
81768291--81768437	46	3.0	48	87	5	163	37	3	13	45	1.60
81768421--81768516	16	6.0	16	74	13	81	38	1	14	45	1.52
81768245--81768509	64	4.2	63	75	14	256	36	3	14	45	1.60
81768540--81768573	17	2.0	17	100	0	68	35	5	5	52	1.50
81769943--81769971	14	2.1	14	100	0	58	31	13	0	55	1.39
81771302--81771418	37	3.2	37	88	0	180	23	11	48	16	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81772201--81772232	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
81773423--81773507	41	2.2	37	78	14	89	24	21	14	40	1.90
81775201--81775255	28	2.0	28	92	0	92	61	5	7	25	1.44
81779010--81779048	21	1.9	20	84	5	51	17	28	2	51	1.59
81779035--81779077	21	2.0	21	86	8	61	20	34	6	37	1.80
81780448--81780572	29	4.4	28	82	5	135	27	32	14	25	1.94
81786003--81786116	29	3.9	30	78	11	112	28	31	14	25	1.94
81795747--81795778	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
81797907--81797983	38	2.0	38	92	0	127	28	16	7	46	1.75
81800098--81800261	46	3.5	46	75	9	154	27	20	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297