genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649537--2649652	27	4.3	26	83	6	99	36	18	21	24	1.95
2649554--2649671	28	4.3	27	88	4	148	36	22	20	21	1.95
2649773--2649835	26	2.4	26	84	5	74	26	15	25	31	1.96
2657557--2657591	18	1.9	18	94	0	61	71	8	11	8	1.31
2661254--2661540	140	2.0	138	79	8	303	42	14	9	33	1.79
2700489--2700518	14	2.1	14	100	0	60	36	0	20	43	1.52
2709112--2709158	6	7.8	6	80	7	51	4	2	27	65	1.22
2709101--2709158	30	2.0	29	82	3	71	10	3	24	62	1.43
2709767--2709896	71	1.9	70	83	13	173	38	5	5	50	1.48
2720415--2720633	45	4.9	45	85	6	288	26	28	21	23	1.99
2725569--2725610	12	3.5	12	80	0	57	4	26	45	23	1.73
2729524--2729555	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2731821--2731863	22	2.0	22	100	0	86	18	27	34	18	1.95
2733696--2733918	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
2733696--2733918	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
2741673--2741895	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	25	2.00
2741673--2741895	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	25	2.00
2752330--2752372	21	2.0	22	82	8	54	13	13	9	62	1.53
2756498--2756522	13	1.9	13	100	0	50	40	8	4	48	1.51
2761159--2761196	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
2766793--2766829	16	2.2	17	90	4	58	16	0	10	72	1.10
2773855--2773881	13	2.1	13	100	0	54	55	7	14	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2774094--2774169	38	2.0	38	100	0	152	23	5	10	60	1.50
2777954--2778108	39	4.0	39	93	0	247	21	26	28	23	1.99
2783732--2784008	39	6.8	39	83	9	331	22	24	28	24	1.99
2783783--2783884	50	2.0	50	94	0	177	18	23	31	26	1.98
2783744--2784000	89	3.0	88	79	12	336	20	24	29	24	1.99
2783732--2783962	128	1.8	128	91	0	381	20	25	29	23	1.99
2787118--2787150	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
2787095--2787228	58	2.4	57	81	10	152	43	2	3	50	1.32
2787398--2787452	16	3.4	16	80	9	67	32	25	5	36	1.79
2791062--2791250	96	2.0	97	85	5	258	29	8	14	47	1.74
2791181--2791209	15	1.9	15	100	0	58	13	0	10	75	1.04
2792166--2792204	3	12.7	3	94	5	69	66	2	0	30	1.05
2793307--2793351	22	2.0	22	86	0	63	55	0	4	40	1.20
2793767--2793807	19	2.1	19	86	13	57	63	2	0	34	1.08
2793806--2793843	10	3.7	10	89	6	58	73	0	5	21	1.02
2793827--2793905	29	2.8	29	75	12	83	62	1	6	30	1.28
2794110--2794159	11	4.3	12	80	7	50	24	4	2	70	1.15
2794171--2794338	86	2.0	87	85	2	232	32	9	20	37	1.85
2795018--2795093	10	7.7	10	71	14	59	39	2	2	55	1.28
2795004--2795073	30	2.3	30	85	4	97	35	1	4	58	1.26
2795017--2795081	30	2.2	30	85	0	85	38	1	1	58	1.17
2814925--2814968	21	2.1	21	91	0	70	36	38	13	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2821595--2821623	15	2.0	15	93	6	51	41	41	0	17	1.49
2824115--2824164	20	2.5	20	83	0	64	34	12	12	42	1.79
2831088--2831350	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
2831127--2831385	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
2839075--2839337	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
2839114--2839372	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
2842007--2842125	48	2.5	48	81	0	139	30	23	17	28	1.97
2844717--2844746	15	2.0	15	100	0	60	53	13	20	13	1.72
2848537--2848632	50	1.9	49	95	2	174	30	19	18	31	1.96
2850735--2850798	33	2.0	32	93	3	110	39	4	20	35	1.73
2851152--2851200	20	2.5	20	82	0	62	30	10	12	46	1.74
2852271--2852327	23	2.5	23	88	0	87	28	33	28	10	1.90
2859144--2859178	15	2.3	15	95	0	61	0	22	17	60	1.37
2859281--2859325	19	2.3	20	78	17	51	35	4	0	60	1.17
2859333--2859376	21	2.2	20	83	4	52	40	4	18	36	1.71
2871656--2871743	43	2.0	43	97	0	167	38	13	14	32	1.86
2874017--2874103	44	2.0	44	84	4	113	22	12	26	37	1.90
2876563--2876627	5	13.0	5	83	6	87	43	0	1	55	1.09
2876713--2876752	21	1.9	21	89	0	62	37	0	5	57	1.21
2877036--2877068	3	11.7	3	87	12	52	33	0	0	66	0.92
2877067--2877092	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
2877876--2877900	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2877935--2878079	78	1.9	78	80	8	172	42	1	17	39	1.58
2877916--2878048	70	1.9	71	81	7	164	43	1	17	37	1.58
2877916--2878097	75	2.5	71	75	12	177	41	1	18	38	1.58
2878069--2878126	29	2.0	29	83	6	73	39	0	27	32	1.57
2878471--2878511	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
2880211--2880261	22	2.4	21	83	6	66	45	29	0	25	1.54
2881283--2881337	22	2.6	21	80	11	58	49	5	3	41	1.43
2881855--2881900	19	2.4	19	88	0	74	32	13	28	26	1.93
2881961--2881987	11	2.5	11	100	0	54	29	11	14	44	1.80
2883104--2883181	14	5.7	13	76	14	68	30	15	0	53	1.42
2883116--2883181	28	2.4	27	83	14	82	30	12	0	57	1.35
2885856--2885895	20	2.0	20	95	0	71	32	10	17	40	1.83
2888396--2888539	72	2.0	72	87	0	207	41	12	13	32	1.81
2889609--2889669	30	2.0	30	90	0	95	14	27	34	22	1.94
2901795--2901945	27	5.6	26	80	4	115	26	16	28	28	1.97
2901795--2901920	54	2.3	54	82	8	148	26	16	28	28	1.97
2901822--2901971	55	2.8	54	81	6	160	27	15	30	27	1.96
2901795--2901950	82	1.9	81	81	3	188	26	16	28	28	1.96
2901822--2901971	27	5.5	27	81	3	113	27	15	30	27	1.96
2904479--2904514	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
2904555--2904606	18	2.8	17	85	11	59	75	3	9	11	1.18
2909834--2909941	26	4.2	26	92	0	180	37	25	6	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2916099--2916502	204	2.0	204	92	0	673	29	19	15	34	1.93
2920404--2920492	6	15.5	6	75	13	80	15	2	4	77	1.03
2920421--2920492	30	2.5	28	88	6	101	13	2	4	79	1.00
2920450--2920514	28	2.4	27	77	12	69	20	1	3	75	1.02
2924277--2924368	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
2924258--2924421	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
2931979--2932048	29	2.4	29	82	0	86	40	11	17	31	1.85
2940732--2940782	8	6.0	9	80	15	56	31	0	1	66	1.03
2951910--2951959	14	3.9	13	80	12	59	72	0	6	22	1.07
2952936--2952984	18	2.7	18	75	12	64	75	4	6	14	1.14
2952936--2952985	19	2.7	19	78	9	68	74	4	6	16	1.17
2953160--2953193	16	2.1	17	88	5	52	2	14	5	76	1.09
2954131--2954350	44	4.9	45	72	4	158	26	22	17	32	1.96
2954131--2954350	89	2.5	88	78	3	199	26	22	17	32	1.96
2954181--2954342	44	3.6	45	80	3	159	27	24	19	29	1.98
2954426--2954480	23	2.4	23	93	0	101	43	18	14	23	1.87
2954201--2954698	255	2.0	255	82	3	617	28	22	19	29	1.98
2959490--2959550	30	2.0	30	83	0	77	42	3	24	29	1.70
2959900--2960047	63	2.3	63	79	12	156	31	15	28	25	1.96
2960914--2960988	37	2.0	37	100	0	150	25	10	26	37	1.89
2964357--2964400	14	3.4	13	84	9	54	70	0	6	22	1.11
2966155--2966276	44	2.7	44	79	6	118	27	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2966556--2966759	89	2.3	88	78	6	207	26	25	17	30	1.97
2966861--2966905	23	2.0	23	86	0	63	48	15	13	22	1.79
2966619--2967082	255	1.8	255	84	1	644	29	21	17	31	1.97
2967132--2967258	45	2.8	45	82	3	150	29	28	14	27	1.95
2969712--2969736	13	1.9	13	100	0	50	56	28	0	16	1.41
2974309--2974483	47	3.8	45	77	9	156	27	19	29	23	1.98
2981896--2982117	46	4.7	47	80	10	206	27	18	29	24	1.98
2987905--2987964	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
2987914--2987947	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
2990241--2990284	14	3.4	13	84	9	54	70	0	6	22	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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