genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  254  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86983273--86983673	200	2.0	200	98	0	775	28	21	22	26	1.99
86985928--86985966	19	2.0	20	90	5	62	20	2	20	56	1.54
86989370--86989471	42	2.4	43	81	6	118	30	23	17	28	1.97
86992522--86993044	44	12.1	44	85	4	681	22	30	15	30	1.95
86992522--86993044	259	2.0	257	87	5	750	22	30	15	30	1.95
86998072--86998168	30	3.2	30	73	2	88	29	27	13	28	1.94
86999491--86999573	41	2.0	41	90	0	130	15	26	25	32	1.96
87000363--87000417	14	4.0	13	81	9	56	45	9	34	10	1.71
87003116--87003194	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
87003314--87003691	47	8.1	47	94	0	614	28	29	9	32	1.88
87007861--87007915	20	2.8	20	85	0	74	25	27	18	29	1.98
87012109--87012141	13	2.3	15	90	10	52	9	18	0	72	1.10
87014680--87014707	14	2.0	14	100	0	56	35	28	28	7	1.84
87018198--87018375	27	6.6	27	83	3	196	27	15	27	29	1.96
87018199--87018354	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
87018195--87018375	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
87018699--87018786	44	2.0	44	97	0	167	21	6	37	34	1.80
87022155--87022232	29	2.7	28	82	11	95	24	16	30	28	1.97
87022187--87022512	174	1.9	174	88	1	501	29	14	24	30	1.95
87026839--87026885	21	2.2	21	88	0	67	19	21	23	36	1.95
87036593--87036745	39	3.9	39	87	2	173	31	28	21	18	1.97
87036818--87036889	28	2.6	28	84	0	90	29	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87039668--87039907	39	6.1	39	88	3	288	31	30	20	17	1.96
87039685--87039907	117	1.9	119	87	3	335	30	29	21	18	1.97
87039980--87040045	28	2.4	28	86	0	96	28	24	9	37	1.86
87039991--87040061	28	2.5	28	81	0	70	30	26	9	32	1.89
87042877--87042979	48	2.1	48	96	0	188	39	23	9	27	1.86
87046291--87046331	21	2.0	21	90	0	64	26	17	24	31	1.97
87049331--87049376	19	2.4	19	89	7	67	21	19	15	43	1.87
87050050--87050079	15	2.0	15	93	0	51	43	20	10	26	1.83
87051512--87051640	41	3.1	41	87	2	170	45	0	15	37	1.52
87051556--87051612	13	4.2	13	75	16	53	57	0	10	31	1.32
87051569--87051625	28	2.0	28	86	0	78	50	0	12	36	1.40
87054325--87054400	34	2.3	33	81	4	82	40	14	21	23	1.90
87060940--87061042	43	2.4	43	83	4	138	30	18	24	27	1.98
87062089--87062189	34	3.1	32	75	12	80	32	24	18	23	1.97
87063748--87063834	27	3.2	27	85	3	113	19	22	20	36	1.95
87063954--87064069	6	18.8	6	71	15	85	19	21	12	46	1.82
87063954--87064057	31	3.4	31	74	15	106	20	22	12	45	1.84
87063976--87064069	37	2.5	37	85	0	134	19	22	12	45	1.83
87063954--87064021	25	2.7	25	88	0	100	20	20	13	45	1.84
87070259--87070363	40	2.6	41	79	8	126	22	23	27	25	2.00
87070842--87070983	72	2.0	72	95	0	257	21	16	23	38	1.92
87076976--87077093	59	2.0	58	98	1	227	46	3	25	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87078258--87078403	40	3.7	40	82	7	172	23	21	27	26	1.99
87082391--87082433	21	2.1	20	86	4	59	32	0	20	46	1.51
87089210--87089730	261	2.0	261	97	0	988	36	8	17	36	1.81
87090983--87091171	50	3.8	49	81	5	202	25	19	26	28	1.98
87094177--87094207	15	2.1	15	93	0	53	9	6	16	67	1.39
87096369--87096564	50	3.9	49	82	2	221	25	19	27	28	1.99
87098850--87098968	24	5.0	24	85	9	154	25	21	22	30	1.99
87098876--87098967	47	2.0	47	93	4	159	27	21	22	28	1.99
87099026--87099082	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
87099014--87099084	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
87099019--87099073	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
87108251--87108478	40	5.7	40	87	2	316	24	27	22	25	2.00
87110999--87111351	47	7.4	47	95	1	589	29	29	7	32	1.86
87118397--87119252	23	37.1	23	99	0	1660	30	21	21	26	1.99
87119311--87119367	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
87119299--87119369	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
87119304--87119358	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
87120351--87120430	29	2.7	29	80	5	88	45	12	8	33	1.73
87120962--87121094	70	1.9	67	84	4	176	33	12	11	42	1.79
87122447--87122493	18	2.6	17	90	9	76	8	40	21	29	1.83
87123228--87123276	19	2.5	19	87	12	73	38	6	0	55	1.25
87127206--87127295	44	2.0	44	89	0	135	37	11	4	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87129466--87129530	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
87131011--87131063	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
87150158--87150262	8	12.5	8	74	13	70	5	10	3	80	1.01
87150172--87150297	21	6.0	20	71	16	85	2	11	6	80	0.99
87150228--87150298	12	5.6	12	79	12	70	0	5	9	84	0.77
87150228--87150298	13	5.2	14	71	6	56	0	5	9	84	0.77
87157327--87157397	35	2.0	35	94	0	124	26	33	25	14	1.94
87168248--87168284	13	2.9	12	92	8	56	35	0	8	56	1.29
87168768--87168824	28	2.0	28	86	0	78	31	26	7	35	1.83
87168977--87169020	22	2.0	22	90	0	70	22	27	0	50	1.50
87174699--87174779	6	13.3	6	76	12	76	48	13	19	18	1.81
87174731--87174801	19	3.8	19	81	10	83	42	12	25	19	1.87
87174720--87174804	37	2.3	37	87	0	125	44	11	23	20	1.84
87175401--87175507	27	4.0	27	90	4	146	36	20	22	20	1.95
87175733--87175848	54	2.1	54	80	3	126	28	18	16	36	1.93
87175762--87175848	27	3.2	27	91	0	138	27	17	16	39	1.90
87175839--87176321	27	17.9	27	83	1	538	40	9	21	28	1.85
87175841--87176321	81	5.9	81	86	1	597	40	9	21	28	1.84
87178126--87178174	26	2.0	25	84	8	64	67	8	4	20	1.34
87178662--87178708	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
87178679--87178738	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
87179255--87179502	44	5.6	43	68	14	119	26	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87179153--87179508	134	2.6	134	87	2	419	27	23	17	30	1.97
87179230--87179508	134	2.1	134	93	0	468	27	24	17	29	1.98
87179142--87179858	353	2.0	350	83	4	906	27	23	17	31	1.97
87179504--87179746	130	1.9	132	81	10	302	26	21	17	34	1.95
87179698--87180074	44	8.6	44	84	6	471	28	26	16	29	1.97
87179679--87180162	88	5.5	86	79	7	431	27	25	16	30	1.97
87179775--87180175	176	2.3	176	96	0	723	27	25	16	30	1.97
87179697--87180074	132	2.9	130	86	3	526	28	26	16	29	1.97
87181079--87181141	11	5.6	11	79	3	72	4	12	0	82	0.82
87181192--87181251	20	2.9	20	76	14	59	8	10	0	81	0.87
87181214--87181254	12	3.3	12	82	3	55	7	4	0	87	0.65
87181193--87181253	7	8.6	7	82	12	54	6	9	0	83	0.80
87181193--87181254	29	2.1	29	82	5	72	6	9	0	83	0.79
87181048--87181298	114	2.2	114	97	0	468	13	19	10	56	1.66
87186343--87186393	26	2.1	25	85	10	70	64	7	5	21	1.41
87186907--87187004	19	5.2	19	88	7	146	35	15	11	37	1.83
87186917--87186998	36	2.2	37	93	4	139	37	13	12	36	1.82
87187329--87187391	28	2.2	28	88	0	90	31	28	6	33	1.82
87188372--87188428	27	2.2	26	87	6	80	47	5	14	33	1.66
87191276--87191333	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
87191386--87191459	26	2.8	26	95	0	130	36	27	4	32	1.76
87191276--87191514	126	1.9	126	100	0	478	34	20	8	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87196427--87196464	20	1.9	20	88	0	58	42	2	18	36	1.64
87199042--87199218	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
87199038--87199197	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
87199042--87199218	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97
87203157--87203214	29	2.0	29	86	0	80	29	15	29	25	1.96
87206198--87206317	59	2.0	59	100	0	240	40	11	26	21	1.88
87208254--87208280	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
87208758--87208934	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
87208754--87208913	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
87208758--87208934	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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