genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8932515--8932568	22	2.5	21	82	8	63	37	16	0	46	1.48
8937481--8937605	42	3.0	40	80	15	144	24	19	28	28	1.98
8937481--8937645	43	3.8	43	77	10	167	26	18	26	28	1.98
8937481--8937650	86	2.0	86	82	5	211	26	18	25	28	1.98
8949710--8949772	32	2.0	32	96	0	117	26	9	19	44	1.81
8953306--8953343	17	2.4	17	91	8	62	5	18	0	76	0.97
8967188--8967294	55	1.9	55	92	0	178	30	19	23	26	1.98
8970177--8970281	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
8970648--8970738	47	1.9	47	93	0	155	16	14	24	45	1.84
8973660--8973844	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
8973661--8973844	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
8973713--8973877	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
8977004--8977176	87	2.0	87	87	4	251	44	13	19	22	1.85
8977473--8977650	79	2.2	79	85	7	236	25	28	23	23	1.99
8977443--8977645	40	5.1	40	85	5	245	25	27	22	24	2.00
8984447--8984695	125	2.0	125	96	0	462	40	14	20	23	1.90
8984893--8985077	40	4.6	41	82	7	213	24	21	28	26	1.99
8984922--8985102	79	2.3	79	78	5	188	28	20	25	25	1.99
8986539--8986628	29	3.1	29	91	1	137	30	27	13	28	1.94
8987575--8987633	31	1.9	31	96	0	109	42	38	5	13	1.66
8987661--8987686	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
8995459--8995562	53	2.0	53	94	0	181	36	17	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8998878--8999062	79	2.3	80	78	8	198	25	28	21	24	1.99
8998860--8999062	40	5.1	40	79	8	209	25	28	21	25	1.99
8999638--8999689	24	2.2	23	86	10	77	38	23	5	32	1.78
9003167--9003342	88	2.0	88	100	0	352	29	23	13	32	1.93
9003575--9003682	22	5.0	21	67	17	69	6	20	1	71	1.18
9003632--9003697	17	3.9	17	77	15	57	10	19	0	69	1.17
9008054--9008101	24	2.0	24	83	0	60	18	2	25	54	1.55
9008186--9008269	34	2.5	35	84	7	102	42	0	13	44	1.43
9008360--9008738	126	3.0	126	81	2	465	38	15	15	29	1.89
9014492--9014581	24	3.7	23	74	12	83	24	27	18	28	1.98
9014468--9014603	49	2.8	47	82	8	132	26	30	16	26	1.97
9024890--9024946	25	2.3	23	78	18	62	50	5	0	43	1.24
9025365--9025408	18	2.4	18	92	0	70	43	9	27	20	1.82
9025927--9026002	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
9027210--9027335	40	3.1	40	82	5	146	26	23	25	25	2.00
9036613--9036653	15	2.7	15	88	3	55	19	12	7	60	1.54
9036618--9036655	15	2.5	15	91	0	58	18	13	5	63	1.48
9039509--9039717	38	5.0	38	70	21	141	31	25	13	29	1.94
9039549--9039682	48	2.8	48	89	1	198	31	23	14	31	1.94
9045452--9045741	38	6.9	38	70	18	175	30	22	14	31	1.94
9045459--9045665	85	2.4	85	91	0	333	30	22	14	32	1.94
9045587--9045715	48	2.7	48	87	1	197	31	20	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9048982--9049105	44	2.8	44	81	3	142	19	15	30	34	1.93
9054154--9054213	31	1.9	32	89	3	95	31	18	20	30	1.96
9064800--9064876	29	2.7	29	83	0	100	29	27	16	25	1.97
9066345--9066377	16	2.1	16	94	0	57	18	3	27	51	1.60
9076291--9076555	28	9.5	28	93	1	435	33	26	12	27	1.92
9089192--9089223	16	2.0	16	93	0	55	28	43	21	6	1.77
9090715--9090746	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
9093526--9093665	29	4.9	29	81	3	124	26	31	13	28	1.94
9093551--9093660	58	1.9	58	82	0	139	26	29	13	30	1.94
9107813--9107841	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
9109817--9110248	49	9.0	49	91	4	679	28	29	9	32	1.88
9109817--9110248	96	4.5	96	93	3	703	28	29	9	32	1.88
9123524--9123615	27	3.4	27	88	5	132	18	21	23	35	1.95
9123567--9123639	27	2.7	26	83	6	83	17	24	24	32	1.97
9125543--9125704	56	2.9	56	85	3	193	33	27	13	25	1.93
9132547--9132723	40	4.5	40	89	4	245	24	27	23	24	2.00
9132547--9132723	79	2.2	80	87	5	245	24	27	23	24	2.00
9140622--9140809	40	4.7	40	92	3	317	25	27	22	24	2.00
9140589--9140809	119	1.9	119	87	5	331	24	27	22	25	2.00
9145906--9146086	40	4.6	40	90	2	276	25	25	23	24	2.00
9155470--9155642	40	4.3	40	76	12	169	31	10	26	31	1.91
9155470--9155643	80	2.2	80	93	1	305	31	10	25	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9161809--9161887	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
9169963--9170390	40	10.7	40	95	1	761	24	26	22	25	2.00
9175615--9175650	18	2.0	18	94	0	63	11	30	33	25	1.90
9175616--9175658	18	2.4	18	88	0	59	13	32	30	23	1.93
9176358--9176407	24	2.1	23	88	3	73	58	10	16	16	1.63
9178628--9178653	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
9183816--9183964	27	5.4	27	92	3	226	31	28	12	27	1.93
9183816--9183989	55	3.1	55	89	0	249	32	28	12	26	1.93
9187236--9187288	21	2.5	22	78	9	56	35	28	5	30	1.80
9189768--9189885	19	6.2	19	82	3	132	39	26	16	16	1.90
9192422--9192537	25	4.6	25	75	3	81	31	22	18	27	1.97
9192485--9192537	26	2.1	25	89	3	79	35	22	15	26	1.93
9202179--9202302	40	3.1	40	92	2	196	23	23	28	25	2.00
9210168--9210290	40	3.1	40	81	6	160	26	21	26	25	2.00
9216292--9216349	28	2.1	28	93	0	98	32	27	8	31	1.87
9216458--9216547	28	3.2	27	82	7	110	18	24	24	32	1.97
9216458--9216547	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
9216468--9216558	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
9216458--9216572	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
9217011--9217049	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
9223534--9223565	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
9223812--9223876	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9223982--9224071	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
9223982--9224096	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
9224535--9224573	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
9224689--9224890	101	2.0	101	97	0	377	29	17	20	32	1.95
9232258--9232285	14	2.0	14	100	0	56	50	35	0	14	1.43
9237265--9237439	46	3.8	46	96	0	314	20	21	29	29	1.98
9246240--9246282	20	2.2	20	83	8	52	46	2	16	34	1.60
9246971--9247076	57	1.9	55	88	7	160	25	19	21	33	1.97
9256499--9256540	16	2.6	16	92	0	66	50	28	19	2	1.60
9256509--9256544	8	4.3	9	83	16	51	52	27	19	0	1.46
9256754--9256848	29	3.3	28	80	5	109	27	12	26	33	1.92
9256773--9256866	29	3.3	29	82	7	111	23	15	31	28	1.96
9261327--9261422	29	3.3	29	82	1	122	26	12	31	30	1.93
9264507--9264592	23	3.7	22	77	10	84	22	23	17	37	1.94
9268089--9268184	45	2.1	45	86	1	138	22	17	16	42	1.88
9268886--9269005	43	2.8	42	80	7	143	31	14	24	30	1.94
9274279--9274313	17	2.0	17	88	5	52	14	25	40	20	1.90
9274540--9274603	27	2.4	27	86	0	83	39	15	20	25	1.92
9274545--9274622	27	2.9	28	78	14	67	37	17	15	29	1.91
9274739--9274842	27	3.9	27	79	8	97	21	22	21	35	1.96
9277652--9277747	34	2.6	36	80	11	106	29	25	19	26	1.99
9277679--9277747	34	2.0	34	94	0	120	30	23	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9288151--9288217	34	2.0	34	90	0	107	28	20	22	28	1.99
9289878--9289918	18	2.3	18	95	4	75	26	39	0	34	1.57
9297354--9297441	45	2.0	45	86	0	122	25	13	23	37	1.92
9299712--9299880	27	6.2	27	83	4	196	27	15	26	30	1.96
9299713--9299868	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
9308987--9309169	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
9309023--9309204	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
9312245--9312356	42	2.7	42	91	2	172	29	13	26	30	1.94
9315350--9315423	37	2.0	37	97	0	139	18	28	18	33	1.95
9317613--9317776	57	2.9	57	88	2	240	28	19	20	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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