genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  252  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86340367--86340613	47	5.2	47	80	6	302	32	8	30	28	1.86
86340319--86340602	142	2.0	142	98	0	550	32	8	29	29	1.86
86344504--86344539	17	2.2	16	90	9	56	27	5	16	50	1.68
86358407--86358710	47	6.4	47	89	3	412	33	7	29	28	1.85
86361661--86361916	94	2.7	93	83	6	288	29	19	28	22	1.98
86364672--86364896	79	2.8	80	81	11	246	26	22	26	24	2.00
86364672--86364896	40	5.7	40	85	7	248	26	22	26	24	2.00
86364672--86364896	119	1.9	120	81	9	282	26	22	26	24	2.00
86364746--86364929	79	2.3	79	80	12	200	28	21	26	23	1.99
86370516--86370598	43	2.0	42	92	7	141	30	25	25	18	1.97
86372377--86372643	47	5.7	46	72	15	208	30	20	27	21	1.98
86372283--86372639	94	3.8	93	75	12	293	28	20	28	22	1.98
86375880--86375981	51	2.0	51	98	0	195	16	24	23	35	1.95
86385996--86386091	48	2.0	48	97	0	183	44	5	12	37	1.65
86387008--86387136	46	2.8	46	92	0	204	21	20	27	29	1.98
86394515--86394687	46	3.7	46	79	13	210	21	19	30	28	1.98
86394509--86394680	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	28	1.98
86396115--86396389	134	2.1	134	90	0	435	44	15	25	15	1.85
86398338--86398379	15	2.8	16	78	10	52	76	4	4	14	1.12
86398914--86398945	17	1.9	17	93	6	57	43	3	3	50	1.33
86401605--86401990	193	2.0	193	93	1	657	36	5	18	38	1.76
86404769--86404879	50	2.2	53	91	4	183	27	20	7	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86408275--86408499	40	5.7	40	86	5	296	24	21	27	26	1.99
86408275--86408532	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
86410704--86410780	39	2.0	39	100	0	154	25	23	6	44	1.77
86416848--86416899	16	3.2	16	76	10	52	34	17	23	25	1.96
86418231--86418335	28	3.8	28	89	0	156	26	13	23	36	1.92
86437824--86437861	7	5.3	7	90	6	58	13	2	2	81	0.90
86437824--86437863	14	2.7	15	88	7	64	12	5	2	80	0.98
86438844--86439193	174	2.0	174	90	1	558	27	23	19	30	1.98
86440627--86440712	45	1.9	44	95	0	145	31	27	15	24	1.95
86441831--86441976	37	3.9	37	89	0	220	26	32	17	23	1.97
86442181--86442468	47	6.1	47	88	0	414	27	29	11	31	1.91
86442274--86442350	22	3.4	22	69	22	68	25	28	14	31	1.95
86442181--86442469	141	2.0	141	93	0	488	27	29	11	31	1.91
86459741--86459788	24	2.0	24	100	0	96	37	4	12	45	1.61
86460011--86460071	29	2.1	29	81	6	70	42	0	24	32	1.55
86461717--86461741	8	3.1	8	100	0	50	16	0	24	60	1.36
86462217--86462315	43	2.3	43	78	3	110	31	17	22	29	1.96
86463806--86463860	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
86471279--86472181	40	22.6	40	98	0	1727	15	22	34	27	1.95
86472357--86472407	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
86477079--86477285	104	2.0	104	96	0	378	24	17	26	31	1.97
86480327--86480551	40	5.7	40	81	7	244	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86480327--86480551	80	2.8	80	81	6	269	25	22	26	25	2.00
86484466--86484527	22	2.8	22	87	0	88	32	27	27	12	1.93
86486278--86486344	27	2.5	27	82	4	82	23	28	10	37	1.88
86486427--86486498	26	2.7	27	80	4	74	23	25	11	40	1.87
86489448--86489480	17	2.0	16	94	5	57	24	24	0	51	1.48
86505701--86505775	6	12.3	6	78	13	82	49	14	18	17	1.80
86505727--86505820	25	3.5	25	77	16	98	45	14	20	19	1.85
86505722--86505803	31	2.6	31	94	0	137	46	14	20	18	1.84
86505944--86506051	27	4.0	26	83	5	126	36	21	23	19	1.95
86505944--86506049	54	2.0	53	84	1	140	35	20	23	19	1.96
86506209--86506260	22	2.4	22	80	0	59	30	21	25	23	1.99
86506358--86506437	27	3.0	26	87	3	106	35	21	23	20	1.96
86506661--86506916	27	9.5	27	88	0	343	27	21	16	34	1.95
86506677--86506919	81	3.0	81	91	0	387	27	20	17	34	1.95
86514741--86514813	37	2.0	37	91	0	119	31	21	31	15	1.94
86515661--86515730	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
86515661--86515755	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
86530090--86530132	18	2.4	18	80	3	52	39	6	6	46	1.58
86530778--86530909	49	2.8	47	90	2	201	21	15	28	34	1.95
86539706--86539932	46	4.9	45	76	6	213	27	21	18	32	1.97
86539704--86539932	92	2.5	92	89	0	350	27	20	19	31	1.97
86539760--86540065	46	6.7	45	78	3	218	25	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86539685--86539977	92	3.2	92	85	1	329	26	20	20	31	1.98
86539760--86540074	92	3.4	92	80	4	251	26	19	20	33	1.96
86541860--86542040	68	2.8	66	76	9	174	29	16	29	24	1.96
86546694--86546747	16	3.2	17	71	7	56	40	0	1	57	1.09
86567267--86567444	40	4.5	40	87	4	211	24	29	23	22	1.99
86570878--86571026	6	24.3	6	73	16	92	46	19	15	18	1.83
86570862--86571026	31	5.4	31	78	8	160	47	18	15	18	1.82
86570890--86570968	25	3.2	25	84	12	85	46	16	18	17	1.84
86570926--86571049	60	2.1	60	90	3	196	45	23	12	18	1.84
86571164--86571264	27	3.8	26	84	5	94	35	19	24	19	1.95
86571423--86571475	22	2.4	22	84	12	65	30	22	26	20	1.98
86571912--86572028	54	2.2	54	83	4	139	28	17	17	36	1.93
86571913--86571998	27	3.2	27	74	8	86	27	20	15	36	1.93
86571953--86572107	54	2.9	53	77	5	143	28	9	21	40	1.84
86571952--86572106	27	5.7	27	76	4	116	28	9	21	40	1.84
86572062--86572121	27	2.2	27	84	0	75	30	8	25	36	1.85
86571979--86572148	54	3.2	53	77	5	153	31	9	22	37	1.86
86572109--86572337	81	2.8	81	89	0	341	38	9	22	28	1.86
86572109--86572303	27	7.2	27	91	0	318	40	9	22	28	1.85
86572110--86572337	27	8.4	27	87	0	294	39	9	22	28	1.86
86572317--86572376	27	2.2	27	93	0	102	30	10	20	40	1.85
86573584--86573646	24	2.6	24	87	2	90	17	38	6	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86574679--86574788	58	1.9	58	88	1	168	26	29	16	28	1.97
86574683--86574788	29	3.7	29	80	6	108	26	28	16	28	1.97
86575023--86575065	16	2.7	16	77	0	50	11	20	18	48	1.79
86580057--86580239	40	4.6	39	81	6	181	26	27	20	25	1.99
86580057--86580239	80	2.3	81	81	6	205	26	27	20	25	1.99
86580171--86580248	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
86581783--86581878	48	2.0	48	95	0	174	27	29	14	29	1.95
86587274--86587536	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
86591883--86592112	45	5.2	45	84	4	306	36	24	14	24	1.93
86591857--86592112	89	2.9	90	81	4	320	35	25	14	24	1.93
86594037--86594107	27	2.7	23	77	14	61	2	18	4	74	1.10
86596615--86596722	26	4.2	26	89	0	171	30	7	25	36	1.84
86599376--86599542	46	3.6	46	77	11	128	28	18	28	24	1.98
86613658--86613995	27	12.6	27	78	6	321	31	8	20	39	1.83
86613654--86613992	134	2.5	134	84	2	464	32	9	20	38	1.84
86615672--86615889	40	5.6	40	79	5	239	25	26	22	25	2.00
86615672--86615891	78	2.8	77	84	5	257	25	26	22	25	2.00
86615672--86615889	118	1.8	117	85	5	305	25	26	22	25	2.00
86623785--86623865	40	2.0	40	97	0	153	32	25	19	22	1.98
86627647--86627816	86	2.0	86	90	2	270	28	24	21	24	1.99
86629091--86629248	81	2.0	81	96	0	289	22	29	23	24	1.99
86638561--86638615	28	2.0	28	92	0	92	27	27	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86642137--86642168	16	2.0	16	93	0	55	37	21	6	34	1.79
86643161--86643194	12	2.8	12	90	4	50	0	23	8	67	1.18
86649649--86649711	31	2.0	31	90	6	101	46	14	0	39	1.45
86652045--86652103	25	2.4	25	77	8	66	32	1	0	66	1.02
86652035--86652077	18	2.3	19	80	4	52	25	4	0	69	1.07
86654807--86654836	10	2.8	11	90	10	53	36	0	26	36	1.57
86658152--86658324	46	3.7	46	77	13	210	22	19	27	30	1.98
86658149--86658320	93	1.8	93	94	0	308	22	19	27	29	1.98
86659730--86659789	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
86667874--86668002	39	3.3	38	84	5	168	26	20	25	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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