genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13855179--13855235	22	2.5	24	78	16	68	59	1	3	35	1.25
13855207--13855241	14	2.5	14	90	0	52	54	2	2	40	1.30
13855179--13855260	22	3.6	23	73	17	64	58	3	3	34	1.33
13855199--13855259	24	2.5	23	82	15	70	55	4	3	36	1.38
13855413--13855511	27	3.5	28	76	17	82	57	3	5	34	1.36
13855440--13855506	26	2.6	25	83	11	73	61	1	4	32	1.25
13859451--13859483	17	2.0	17	94	5	59	30	6	3	60	1.36
13864488--13864761	48	5.8	48	72	10	163	25	19	30	24	1.98
13868161--13868227	27	2.5	27	85	0	107	22	23	13	40	1.89
13875296--13875362	27	2.5	27	92	0	116	20	23	11	43	1.85
13879568--13879745	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
13879569--13879724	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
13879565--13879745	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
13879650--13879756	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
13885507--13885778	48	5.8	48	75	14	212	27	17	30	24	1.97
13885507--13885778	94	2.9	93	77	10	259	27	17	30	24	1.97
13886845--13886914	28	2.5	28	88	0	104	20	20	41	18	1.91
13889103--13889127	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
13891092--13891367	136	2.0	136	92	0	462	31	19	19	29	1.97
13905977--13906134	29	5.5	28	90	2	217	29	12	25	32	1.92
13905977--13906132	57	2.7	58	89	3	219	28	12	25	33	1.92
13905977--13906134	86	1.8	86	89	2	246	29	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13908113--13908238	39	3.2	39	94	0	207	21	20	30	27	1.98
13908113--13908265	39	3.9	39	89	1	191	20	22	30	26	1.98
13911911--13911988	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
13911889--13912511	47	13.1	47	89	4	863	25	30	12	32	1.92
13911936--13912010	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
13912354--13912510	55	3.0	55	89	10	249	24	28	13	33	1.93
13912413--13912489	22	3.4	22	65	28	61	24	29	12	32	1.93
13912417--13912492	24	3.2	24	63	29	63	25	31	13	30	1.93
13912319--13912510	102	1.9	102	90	2	305	24	29	13	33	1.93
13917755--13917815	30	2.0	30	87	0	86	32	22	6	37	1.80
13922949--13922995	15	3.1	15	78	0	58	51	12	2	34	1.52
13923306--13923427	51	2.4	51	83	5	149	26	20	11	41	1.86
13924620--13924649	13	2.2	14	94	5	53	46	3	0	50	1.18
13931195--13931234	12	3.3	12	85	0	53	22	52	17	7	1.69
13935356--13935380	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13935547--13935584	10	3.7	10	86	6	58	57	0	0	42	0.98
13935669--13935701	17	1.9	17	93	0	57	51	0	0	48	1.00
13939421--13939641	36	6.0	36	68	9	122	33	21	22	23	1.98
13939381--13939760	76	5.1	74	79	3	321	34	19	22	24	1.96
13939607--13939747	40	3.6	40	68	10	112	38	18	19	24	1.93
13939381--13939761	149	2.5	150	80	3	406	34	19	22	24	1.97
13939591--13939717	36	3.4	36	70	16	98	39	16	19	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13942528--13942573	23	2.0	23	100	0	92	17	30	13	39	1.87
13943644--13943678	17	2.0	18	88	5	54	54	0	17	28	1.43
13950588--13950728	40	3.5	40	85	0	194	26	24	24	24	2.00
13950682--13950848	83	2.0	83	100	0	334	25	20	27	26	1.99
13963473--13963510	13	3.0	13	80	7	51	34	26	13	26	1.93
13967635--13967679	19	2.4	19	85	10	65	42	2	13	42	1.56
13967635--13967683	20	2.6	19	83	6	64	40	2	12	44	1.53
13967707--13967790	42	2.0	42	95	0	150	29	10	14	45	1.78
13969476--13969542	33	2.0	33	97	0	125	38	16	14	29	1.89
13972773--13973654	33	26.7	33	99	0	1746	30	42	9	18	1.81
13976530--13976577	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
13977217--13977319	50	2.1	50	96	0	188	23	13	26	36	1.92
13987516--13987673	78	2.0	78	95	2	282	33	20	18	27	1.96
13988936--13988996	31	2.0	30	81	15	72	67	16	3	13	1.36
13992481--13992542	32	1.9	32	100	0	124	43	20	9	25	1.83
13993542--13993614	29	2.5	29	84	4	103	38	16	9	35	1.81
13993722--13993821	49	2.0	49	96	0	182	43	6	6	45	1.53
13994983--13995042	30	2.0	30	93	0	102	45	6	10	38	1.64
13996184--13996216	16	2.0	17	88	5	50	33	3	15	48	1.60
13999423--13999464	15	2.7	15	79	17	50	66	0	0	33	0.92
13999400--13999466	16	3.8	18	70	25	54	59	0	0	40	0.97
14007591--14007626	9	4.0	9	88	0	54	66	8	0	25	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14013139--14013199	24	2.5	25	86	5	88	36	21	26	16	1.94
14013218--14013277	26	2.3	26	85	5	77	36	23	25	15	1.93
14014555--14014593	20	2.0	19	85	5	51	25	20	7	46	1.77
14021018--14021122	27	3.8	27	68	12	77	46	6	0	45	1.35
14021053--14021144	30	3.2	30	64	14	84	42	8	2	46	1.46
14021036--14021150	57	2.0	57	98	0	221	42	10	1	45	1.48
14022594--14022646	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
14028803--14028910	26	4.2	26	92	0	180	31	7	25	36	1.83
14030353--14030428	26	2.8	26	84	4	89	35	22	11	30	1.90
14030532--14030672	27	5.2	26	83	6	165	17	24	22	35	1.95
14030532--14030672	54	2.6	53	90	2	219	17	24	22	35	1.95
14030543--14030690	27	5.5	26	75	16	115	19	24	20	35	1.96
14034028--14034064	19	1.9	19	100	0	74	13	32	27	27	1.94
14035205--14035238	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
14042857--14042896	13	3.1	13	85	0	53	22	40	22	15	1.91
14051808--14051935	48	2.6	49	81	4	143	31	24	15	28	1.96
14051865--14051976	48	2.3	48	86	3	145	26	25	17	29	1.98
14061519--14061608	47	1.9	47	90	4	146	24	31	16	27	1.97
14061517--14061734	46	4.7	46	79	8	212	22	27	20	28	1.99
14074272--14074345	36	2.1	36	100	0	148	13	22	18	44	1.85
14077467--14077969	252	2.0	252	98	0	979	38	8	18	34	1.81
14079379--14079723	40	8.6	40	80	9	321	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14079463--14079723	120	2.2	120	99	0	513	23	27	22	26	1.99
14081552--14081730	27	6.6	27	83	2	171	37	6	21	33	1.80
14081552--14081686	54	2.5	54	88	0	198	40	6	22	30	1.79
14083350--14083470	27	4.5	27	93	0	188	27	19	9	43	1.81
14083305--14083515	81	2.6	81	72	4	201	35	20	7	36	1.81
14083473--14083623	81	1.9	81	81	5	189	43	19	7	28	1.79
14083311--14083625	27	11.7	27	82	3	152	37	20	8	33	1.82
14083728--14083801	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
14084963--14085010	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
14085047--14085097	20	2.5	20	90	0	75	37	11	23	27	1.90
14085144--14085261	23	5.1	23	94	0	200	27	22	21	29	1.99
14085476--14085539	31	2.1	31	81	0	74	39	17	20	23	1.92
14094612--14095772	40	29.0	40	97	0	2110	24	27	22	25	2.00
14101003--14101117	54	2.1	54	83	0	140	30	23	8	37	1.85
14101030--14101150	27	4.5	27	95	0	197	27	22	9	41	1.84
14101057--14101171	27	4.3	27	91	2	88	29	24	7	38	1.83
14101057--14101171	54	2.1	54	83	3	142	29	24	7	38	1.83
14100985--14101195	81	2.6	81	71	4	201	35	22	7	34	1.82
14101153--14101303	81	1.9	81	84	8	209	43	20	7	28	1.78
14101153--14101305	27	5.7	27	81	6	143	43	20	7	28	1.79
14101408--14101485	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
14102642--14102689	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14102728--14102784	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
14102726--14102796	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
14102737--14102791	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
14102843--14103030	23	8.1	23	94	1	322	27	21	21	30	1.98
14103245--14103308	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
14110650--14110795	40	3.7	40	87	3	197	25	28	22	23	2.00
14119634--14119700	21	3.3	20	71	10	55	10	10	8	70	1.35
14124937--14125048	43	2.6	43	100	0	224	24	15	25	34	1.94
14124937--14125113	86	2.1	86	80	8	191	25	14	23	35	1.93
14125445--14125563	60	2.0	60	86	0	166	29	24	24	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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