genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96910958--96911142	40	4.6	40	96	0	325	24	23	26	25	2.00
96919190--96919847	329	2.0	329	99	0	1298	35	12	20	31	1.90
96920972--96921017	24	2.0	24	82	4	58	39	0	4	56	1.19
96922974--96923154	98	1.9	95	83	6	222	43	2	15	39	1.59
96923205--96923617	126	3.3	126	89	2	623	32	18	22	27	1.97
96926634--96927137	117	4.3	117	97	0	927	47	9	3	40	1.53
96928181--96928228	7	6.9	7	100	0	96	58	14	0	27	1.37
96928173--96928220	21	2.3	21	92	0	78	62	10	0	27	1.27
96929331--96929361	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
96929388--96929437	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
96929388--96929439	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
96929388--96929451	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
96932438--96932602	78	2.1	80	82	6	203	35	20	16	27	1.94
96932657--96932708	18	2.9	17	82	5	59	32	25	7	34	1.84
96932881--96933048	14	11.7	14	69	13	92	30	29	19	20	1.97
96932923--96933042	27	4.3	28	72	14	104	31	30	19	18	1.95
96932853--96933042	85	2.2	85	82	2	213	30	28	20	20	1.97
96932933--96933041	58	1.9	56	87	7	157	30	31	19	19	1.96
96934489--96934714	46	4.7	47	72	12	153	29	19	30	20	1.97
96935494--96935546	26	2.0	26	85	7	72	9	18	37	33	1.83
96939197--96939252	17	3.5	16	78	7	60	26	30	21	21	1.98
96939197--96939252	15	3.5	15	76	11	58	26	30	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96939300--96939362	14	4.4	14	70	4	54	31	38	9	20	1.85
96939299--96939407	43	2.5	44	83	5	132	31	34	11	22	1.89
96939534--96939570	14	2.5	15	86	4	58	29	27	21	21	1.99
96941541--96941612	30	2.4	30	85	0	99	30	19	25	25	1.98
96946173--96946212	21	1.9	20	85	10	53	27	5	7	60	1.45
96967848--96967892	18	2.4	19	96	3	83	40	13	15	31	1.86
96971473--96972457	47	21.0	47	99	0	1936	31	8	29	29	1.87
96972628--96972706	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
96993158--96993262	43	2.4	43	84	3	131	24	14	26	34	1.94
97010252--97010481	116	2.0	117	95	0	417	36	21	13	29	1.91
97017164--97017258	49	1.9	49	91	0	154	28	25	18	27	1.98
97018066--97018125	29	2.0	30	83	3	77	30	23	6	40	1.80
97020792--97021017	49	4.8	49	78	14	251	30	25	16	26	1.97
97020843--97020913	37	1.9	37	97	0	133	30	25	15	28	1.96
97020886--97020969	26	3.3	26	63	21	68	32	25	16	26	1.96
97020794--97020964	86	2.0	86	87	2	243	30	24	17	26	1.97
97023723--97023873	46	3.3	45	86	6	189	28	21	21	28	1.99
97026018--97026063	21	2.2	21	84	0	56	23	39	21	15	1.92
97031447--97031579	65	2.0	65	97	0	248	39	28	14	17	1.88
97034528--97034614	25	3.5	25	79	0	84	40	14	6	37	1.73
97036199--97036291	46	2.0	46	97	0	177	32	25	7	34	1.84
97040217--97040300	26	3.2	26	94	0	141	33	7	23	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97041734--97041808	26	2.8	26	85	4	87	34	21	12	32	1.90
97041912--97042008	27	3.6	27	91	0	149	19	26	22	30	1.98
97041912--97042051	54	2.6	55	85	2	167	19	24	21	35	1.96
97041909--97042051	27	5.3	26	81	5	124	18	23	21	35	1.96
97044623--97044657	18	1.9	18	100	0	70	51	5	25	17	1.67
97052349--97052388	18	2.2	18	95	0	71	35	20	10	35	1.86
97053720--97053839	48	2.5	48	75	5	118	30	18	21	29	1.97
97057982--97058028	19	2.4	20	85	7	69	46	29	8	14	1.74
97060516--97060987	131	3.6	131	79	4	373	27	19	19	33	1.96
97067408--97067554	26	5.7	26	82	0	177	29	4	5	60	1.39
97072074--97072269	97	2.0	97	91	0	320	22	32	15	29	1.95
97076966--97077073	52	2.1	52	87	3	155	45	6	18	29	1.74
97078752--97078968	108	2.0	108	99	0	425	31	19	21	27	1.97
97079811--97079981	88	1.9	88	93	0	297	31	16	18	32	1.94
97079987--97080068	26	3.2	26	89	0	128	32	6	23	37	1.79
97083921--97084183	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
97083921--97084183	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
97084115--97084192	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
97091908--97092170	40	6.6	40	87	3	298	27	28	20	24	1.99
97094440--97094532	42	2.2	42	90	0	150	31	25	12	30	1.93
97095587--97095625	11	3.4	11	89	7	51	46	15	5	33	1.68
97096198--97096243	22	2.0	22	83	4	56	19	13	13	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97101205--97101327	47	2.6	49	80	7	155	33	8	30	27	1.86
97105622--97105770	60	2.5	61	81	7	153	27	18	24	28	1.98
97114885--97114933	20	2.4	20	82	3	62	59	6	0	34	1.22
97118035--97118083	6	7.8	6	88	6	71	14	34	0	51	1.43
97118045--97118116	15	4.6	15	74	16	65	13	34	1	50	1.51
97123486--97123528	17	2.4	18	84	3	61	20	23	0	55	1.43
97124671--97124716	24	1.9	24	100	0	92	17	23	41	17	1.90
97138582--97138630	9	5.4	9	78	9	55	40	18	10	30	1.84
97138582--97138630	18	2.7	18	93	0	80	40	18	10	30	1.84
97138652--97138755	20	5.5	20	68	13	85	46	13	5	34	1.67
97138675--97138735	17	3.4	17	72	12	59	52	9	3	34	1.51
97138629--97138774	37	3.9	37	92	0	238	48	11	6	33	1.64
97138641--97138792	74	2.1	74	88	2	225	48	13	5	32	1.66
97139824--97139922	40	2.6	38	75	12	94	34	34	16	15	1.90
97139842--97139920	40	2.0	40	85	5	106	34	32	16	16	1.91
97141871--97141908	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
97143483--97143579	27	3.6	27	87	2	131	29	29	14	25	1.95
97145937--97146046	55	2.0	56	82	10	136	26	32	14	26	1.95
97145936--97146044	28	3.9	28	80	9	116	26	33	14	25	1.95
97151222--97151333	39	2.9	39	90	5	190	39	24	24	12	1.89
97151233--97151333	18	5.3	18	69	17	69	38	24	24	11	1.89
97153466--97153743	48	5.7	50	79	5	214	23	26	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97159854--97160084	50	4.7	50	77	8	215	24	27	18	29	1.98
97159953--97160134	48	3.8	48	71	5	145	28	26	17	28	1.97
97159902--97160131	96	2.4	97	81	9	247	26	27	17	28	1.97
97167846--97167874	11	2.6	11	100	0	58	75	0	6	17	1.01
97221065--97221103	14	2.7	14	88	4	51	23	10	2	64	1.37
97231973--97232006	16	2.2	15	94	5	59	73	0	8	17	1.08
97231973--97232025	27	2.0	27	82	14	65	73	0	9	16	1.08
97235687--97235727	22	1.9	22	90	5	66	75	4	9	9	1.17
97240249--97240306	30	1.9	30	85	0	80	17	29	32	20	1.95
97244197--97244325	29	4.5	29	84	2	136	24	13	29	31	1.94
97246736--97246774	16	2.5	15	83	8	51	43	0	2	53	1.14
97248786--97248981	40	4.9	39	85	5	232	26	28	20	23	1.99
97248793--97248981	80	2.4	79	85	5	263	26	28	21	23	1.99
97250556--97250611	25	2.2	26	76	17	64	33	3	0	62	1.12
97252038--97252563	264	2.0	264	94	0	926	30	12	15	42	1.84
97262426--97262520	25	3.8	25	82	1	109	26	24	22	27	2.00
97276230--97276491	47	5.6	47	80	8	243	29	18	28	24	1.98
97290816--97290969	43	3.6	42	80	7	159	24	18	25	31	1.98
97293004--97293057	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
97293282--97293514	49	4.7	50	79	4	265	27	17	26	28	1.98
97298639--97298692	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
97298916--97299148	49	4.7	50	77	4	238	29	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97298919--97299148	100	2.3	98	81	3	264	29	17	24	28	1.97
97303300--97303401	6	16.8	6	77	17	104	49	14	16	19	1.80
97303279--97303401	30	4.1	29	83	9	140	48	14	17	19	1.81
97303524--97303589	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
97303524--97303597	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
97303548--97303605	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
97303762--97303820	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
97303908--97303990	27	3.1	26	84	5	94	34	21	24	19	1.96
97304189--97304384	27	7.3	27	85	0	221	26	19	19	34	1.96
97304389--97304610	27	8.2	27	79	5	175	42	10	19	27	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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