genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6724002--6724163	66	2.5	66	78	3	175	33	14	24	27	1.94
6724041--6724157	33	3.6	33	83	1	137	30	14	26	28	1.95
6733468--6733539	36	2.0	36	97	0	135	25	16	4	54	1.60
6738107--6738166	26	2.3	26	82	5	77	36	30	13	20	1.90
6745041--6745080	18	2.3	17	95	4	71	40	0	5	55	1.22
6745988--6746100	41	2.8	41	75	10	122	22	19	26	31	1.97
6762189--6762362	49	3.5	49	85	1	249	31	26	16	25	1.97
6762189--6762370	99	1.8	99	92	2	312	30	26	17	25	1.97
6764945--6764998	28	1.9	28	96	0	99	33	20	9	37	1.84
6768748--6769005	101	2.6	100	85	3	322	31	15	25	26	1.96
6771698--6771728	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
6771695--6771734	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
6771947--6772180	55	4.4	54	77	8	205	23	24	16	35	1.95
6771971--6772173	108	1.9	110	84	6	279	24	25	16	33	1.96
6779280--6779318	5	7.6	5	88	5	60	0	20	2	76	0.90
6788059--6788163	43	2.5	42	81	3	129	29	24	17	28	1.97
6789417--6789523	43	2.5	42	79	11	112	28	27	20	23	1.99
6789159--6790479	658	2.0	658	99	0	2615	32	21	13	32	1.92
6790476--6791785	655	2.0	655	99	0	2611	37	20	9	32	1.85
6793986--6794040	22	2.5	21	72	18	58	10	21	0	67	1.21
6802225--6802259	16	2.2	16	89	0	52	22	0	2	74	0.95
6804881--6804935	29	1.9	28	88	3	83	20	18	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6806316--6806536	92	2.3	92	82	6	246	26	20	30	22	1.98
6807456--6807481	13	2.0	13	100	0	52	38	23	38	0	1.55
6817443--6817588	58	2.5	57	94	1	247	23	19	28	28	1.98
6817452--6817606	29	5.4	29	70	11	113	22	18	30	27	1.97
6817510--6817606	28	3.4	28	73	7	88	20	18	34	26	1.96
6825761--6825944	40	4.6	39	79	9	185	25	22	27	24	2.00
6825813--6825977	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
6831226--6831312	46	1.9	45	86	6	122	27	24	27	20	1.99
6841975--6842073	49	2.0	49	100	0	198	45	14	12	28	1.80
6843906--6843933	12	2.3	12	100	0	56	35	28	28	7	1.84
6860801--6861020	47	4.7	48	76	8	161	21	30	19	28	1.98
6860898--6861023	46	2.7	46	81	7	148	21	28	21	28	1.99
6864873--6865048	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
6864870--6865041	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
6873420--6873480	25	2.4	27	76	13	67	36	3	1	59	1.24
6881348--6881396	25	2.0	25	87	0	71	30	18	8	42	1.79
6881670--6881756	28	3.1	29	83	3	106	26	11	31	31	1.91
6888725--6888755	8	3.9	8	95	0	53	41	25	25	6	1.79
6888970--6889054	29	3.0	29	87	5	111	28	15	30	25	1.96
6895081--6895124	22	2.0	22	86	0	61	52	4	2	40	1.34
6898374--6898443	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
6902517--6903152	212	3.0	211	95	0	1157	36	20	7	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6903602--6903638	15	2.5	15	95	0	65	16	29	13	40	1.86
6904746--6904792	23	2.0	23	87	0	67	42	23	6	27	1.78
6910083--6910125	21	2.0	21	82	8	52	16	11	32	39	1.84
6923441--6923569	46	2.8	48	82	10	153	20	20	30	28	1.98
6935076--6935109	18	1.9	18	94	5	61	29	14	8	47	1.75
6939830--6939906	38	2.0	38	82	0	91	29	15	22	32	1.95
6944956--6945013	12	5.2	12	70	19	54	29	6	10	53	1.61
6944956--6945014	31	1.9	31	96	0	109	28	6	10	54	1.59
6951363--6951678	46	6.6	48	77	11	228	25	31	17	25	1.97
6958194--6958250	27	2.1	27	96	0	105	50	5	12	31	1.62
6958799--6958847	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
6962192--6962294	42	2.5	41	80	15	122	30	25	17	27	1.97
6962195--6962340	44	3.4	43	79	12	133	30	26	18	24	1.98
6974548--6974578	14	2.2	14	94	0	53	45	0	0	54	0.99
6985287--6985335	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
6994591--6994696	44	2.4	43	78	7	108	30	17	21	30	1.97
6998912--6998958	25	1.9	25	86	4	69	40	8	29	21	1.83
7005111--7005144	9	3.7	9	84	7	50	70	0	0	29	0.87
7005108--7005195	10	9.3	9	71	13	61	61	2	3	32	1.25
7005285--7005313	12	2.4	12	100	0	58	62	0	0	37	0.96
7005277--7005329	22	2.3	23	78	15	56	49	0	3	47	1.19
7008324--7008357	4	8.8	4	93	6	61	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7020117--7020492	189	2.0	188	89	1	574	25	24	14	35	1.94
7029092--7029130	18	2.2	18	85	0	51	43	7	0	48	1.31
7035947--7035974	11	2.5	11	100	0	56	32	0	10	57	1.33
7036335--7036397	30	2.1	30	96	0	117	49	9	14	26	1.74
7041985--7042068	41	2.0	41	97	0	159	28	13	29	28	1.94
7050416--7050635	41	5.3	41	91	4	327	35	24	20	19	1.96
7050416--7050635	84	2.7	82	90	4	327	35	24	20	19	1.96
7054959--7054990	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
7054956--7055237	50	5.6	50	79	3	280	25	16	25	32	1.96
7055007--7055237	101	2.3	101	84	1	304	25	17	25	31	1.97
7055449--7055478	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
7057463--7057514	20	2.6	20	96	0	95	23	34	28	13	1.92
7066898--7067023	40	3.2	39	86	5	164	24	23	26	25	2.00
7072871--7072931	27	2.3	27	83	8	72	32	14	18	34	1.91
7073663--7073924	130	2.0	130	96	0	488	37	19	26	15	1.92
7078988--7079124	45	3.0	45	97	2	256	40	13	20	26	1.89
7093064--7093307	39	6.3	39	90	0	391	28	29	22	19	1.98
7093064--7093307	116	2.1	117	92	0	409	28	29	22	19	1.98
7093300--7093390	39	2.3	39	86	5	130	24	24	19	31	1.98
7098776--7099032	47	5.4	47	86	3	338	26	29	9	33	1.89
7101152--7101195	22	2.0	22	91	8	72	36	4	2	56	1.32
7102738--7103047	47	6.6	47	72	13	192	22	30	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7102729--7103044	94	3.3	92	74	9	273	22	30	21	25	1.99
7102779--7103096	94	3.4	92	76	9	281	23	30	20	25	1.99
7108369--7108407	18	2.2	18	90	0	60	15	28	38	17	1.91
7115730--7115768	9	4.2	9	86	3	51	38	15	12	33	1.85
7116138--7116186	24	2.1	24	88	3	73	24	51	6	18	1.69
7120539--7120566	5	5.6	5	100	0	56	21	17	21	39	1.93
7121205--7121261	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
7121720--7121802	43	1.9	43	85	0	112	21	18	30	30	1.97
7121728--7121833	43	2.5	43	79	3	106	24	19	27	28	1.99
7124742--7124839	41	2.4	40	81	1	115	25	20	12	41	1.87
7135787--7135830	18	2.4	19	81	14	56	63	9	2	25	1.35
7136195--7136249	27	2.0	27	86	13	78	36	3	0	60	1.15
7144618--7144972	187	1.9	187	83	5	459	30	23	19	26	1.98
7147414--7147534	33	3.3	33	76	24	127	38	9	21	30	1.84
7147459--7147486	11	2.5	11	100	0	56	21	10	17	50	1.77
7147426--7147519	44	2.1	44	100	0	188	34	9	20	36	1.85
7147482--7147563	33	2.5	33	84	5	96	41	12	19	26	1.87
7147548--7147662	33	3.5	32	82	5	131	32	13	26	28	1.93
7147507--7147668	65	2.5	65	79	7	175	35	12	23	28	1.92
7149578--7150112	264	2.0	264	93	1	921	41	18	16	23	1.90
7151549--7151605	17	3.4	17	71	22	57	31	35	3	29	1.75
7151537--7151605	33	2.1	33	97	0	129	33	34	2	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7151537--7151588	16	3.2	16	70	24	54	34	36	1	26	1.68
7157409--7157445	19	1.9	19	100	0	74	27	13	5	54	1.61
7163449--7163502	27	2.0	27	82	13	67	42	3	3	50	1.38
7163538--7163583	18	2.6	18	96	0	83	54	8	10	26	1.64
7172592--7172666	6	12.5	6	91	0	114	34	2	49	13	1.56
7176371--7177148	2	390.0	2	99	0	1542	50	0	50	0	1.00
7181058--7181183	46	2.7	46	90	2	182	40	13	23	22	1.89
7181063--7181198	46	3.0	46	87	2	175	39	14	23	22	1.91
7181479--7181511	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
7182544--7182775	46	5.0	46	92	1	376	20	22	15	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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