genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65234088--65234131	16	2.8	16	90	10	65	52	36	0	11	1.38
65234099--65234169	24	3.1	23	78	13	74	52	32	0	15	1.43
65234060--65234445	162	2.4	161	91	1	621	41	23	2	32	1.69
65234411--65234479	8	8.4	8	73	17	61	53	31	0	14	1.41
65234406--65234504	17	5.5	17	70	27	53	52	30	0	17	1.45
65234412--65234497	16	5.3	16	71	14	61	52	32	0	15	1.43
65234417--65234480	33	1.9	34	90	3	103	51	32	0	15	1.44
65234409--65234479	9	8.4	9	73	20	57	53	30	0	15	1.42
65234419--65234504	32	2.6	31	80	10	93	54	29	0	16	1.42
65234453--65234505	16	3.2	17	86	10	65	56	28	0	15	1.39
65239254--65239332	28	2.8	28	86	0	86	34	11	25	29	1.91
65240911--65240941	13	2.4	13	100	0	62	22	16	54	6	1.64
65242433--65242491	18	3.3	18	100	0	118	42	0	16	40	1.49
65246653--65246700	25	1.9	25	87	8	71	54	2	0	43	1.12
65246682--65246712	8	3.9	8	95	0	53	51	0	0	48	1.00
65250770--65250811	20	2.0	22	86	9	61	21	11	16	50	1.77
65251721--65251878	30	5.3	30	87	4	230	34	24	28	12	1.91
65269644--65269668	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
65270242--65270297	24	2.3	25	81	6	71	66	7	0	26	1.18
65270254--65270318	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
65270280--65270318	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
65270287--65270383	41	2.3	42	77	7	108	68	6	1	24	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65281470--65281633	84	2.0	84	85	7	226	9	18	9	61	1.54
65298532--65298561	16	1.9	15	93	6	51	83	0	0	16	0.65
65298553--65298611	28	2.1	29	84	9	77	54	0	3	42	1.17
65298907--65298971	20	3.4	19	73	14	53	26	1	4	67	1.18
65298918--65298996	38	2.1	39	83	7	99	29	2	1	67	1.12
65299351--65299393	21	2.1	21	95	4	79	9	4	20	65	1.40
65299418--65299496	29	2.8	29	79	11	83	30	6	6	56	1.49
65299546--65299590	21	2.1	22	84	12	58	46	0	13	40	1.43
65300229--65300315	44	2.0	44	86	4	122	48	11	12	27	1.76
65302204--65302289	44	2.0	44	90	4	138	45	13	12	27	1.81
65304054--65304084	11	2.8	11	95	0	53	9	0	9	80	0.90
65304574--65304651	29	2.6	31	85	4	97	41	14	20	24	1.89
65307231--65307260	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
65307649--65307789	27	5.2	26	85	10	185	17	24	24	34	1.96
65307646--65307789	54	2.7	53	93	2	234	16	25	24	34	1.96
65307649--65307806	27	5.9	27	82	11	182	18	25	22	34	1.96
65309143--65309286	57	2.5	58	85	4	204	36	17	10	36	1.84
65312109--65312240	29	4.6	29	89	3	176	28	24	17	29	1.97
65329078--65329159	15	5.6	14	75	11	56	56	15	18	9	1.66
65329087--65329166	30	2.7	30	79	14	85	55	13	18	12	1.70
65334406--65334912	94	5.4	94	71	8	363	27	19	28	24	1.99
65334407--65334857	47	9.7	43	70	12	218	26	19	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65334455--65334860	91	4.4	91	74	7	341	26	20	28	24	1.99
65334455--65334907	187	2.4	186	89	2	660	27	20	28	24	1.99
65335136--65335278	71	2.0	71	98	0	277	25	13	11	48	1.77
65335727--65335857	55	2.4	55	79	7	124	22	24	29	24	1.99
65342139--65342456	94	3.4	92	77	6	320	27	20	29	23	1.99
65342140--65342502	47	7.7	45	70	15	168	27	20	29	22	1.98
65351707--65351750	7	6.3	7	81	0	52	18	0	29	52	1.46
65351707--65351750	14	3.1	14	86	0	61	18	0	29	52	1.46
65351803--65351887	43	2.0	43	83	0	107	18	1	32	47	1.57
65351824--65351913	7	12.6	7	74	4	54	22	1	33	43	1.61
65352300--65352333	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
65353805--65353835	13	2.4	13	100	0	62	25	16	16	41	1.88
65355341--65355396	18	2.9	19	84	10	78	46	0	7	46	1.30
65357048--65357096	6	7.8	6	78	17	55	20	2	2	75	1.00
65357353--65357447	43	2.2	43	86	3	138	26	15	27	30	1.96
65359391--65359441	25	2.1	24	88	3	75	39	21	21	17	1.93
65368907--65368949	18	2.3	19	88	4	61	65	0	4	30	1.13
65369350--65369395	24	1.9	24	82	8	58	47	2	10	39	1.51
65372685--65372751	33	2.0	33	91	5	109	40	16	1	41	1.57
65378779--65379296	265	2.0	265	98	0	1002	26	23	16	33	1.96
65389408--65389561	77	2.0	77	98	0	299	25	24	22	27	1.99
65392488--65392697	43	4.9	43	88	2	323	11	24	32	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65392863--65392971	57	1.9	57	88	1	164	23	19	28	28	1.98
65401705--65401737	17	2.0	17	88	5	50	27	12	9	51	1.69
65404524--65404564	4	10.5	4	84	5	57	24	4	0	70	1.06
65404520--65404564	16	3.0	15	87	9	65	24	4	0	71	1.05
65405966--65406023	24	2.4	24	80	8	64	67	1	6	24	1.25
65406092--65406137	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
65406105--65406221	29	4.0	29	70	8	85	64	0	8	26	1.28
65406086--65406172	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
65406086--65406213	58	2.2	55	78	10	130	66	0	7	25	1.22
65406102--65406212	14	7.6	14	73	17	68	64	0	7	27	1.25
65406740--65406766	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
65411120--65411186	15	4.1	17	70	18	52	10	7	53	28	1.62
65411131--65411183	15	3.5	15	81	0	61	11	7	54	26	1.62
65415232--65415268	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
65415601--65415697	40	2.5	39	77	8	110	30	27	23	17	1.97
65418533--65418579	23	2.0	23	100	0	94	23	17	21	38	1.93
65422451--65422505	28	2.0	28	100	0	110	40	7	14	38	1.74
65423265--65423361	40	2.5	39	77	8	101	30	26	23	18	1.98
65424298--65424344	22	2.1	22	84	0	58	2	21	0	76	0.89
65424515--65424564	3	17.0	3	88	12	77	66	0	2	32	1.03
65427245--65427292	12	3.8	12	79	15	60	62	14	0	22	1.32
65427240--65427296	27	2.1	27	100	0	114	57	14	0	28	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65441196--65441246	25	2.0	26	84	3	68	33	3	5	56	1.42
65441206--65441246	12	3.2	13	77	22	50	29	2	7	60	1.36
65443725--65443778	5	9.7	6	73	15	53	50	0	1	48	1.11
65448659--65448763	51	2.1	51	98	0	201	45	17	17	20	1.85
65451554--65451748	39	5.0	39	84	3	230	30	2	20	46	1.64
65451554--65451748	78	2.5	78	86	2	257	30	2	20	46	1.64
65455185--65455292	48	2.2	48	91	0	171	27	32	17	22	1.96
65455270--65455315	23	2.0	23	95	0	83	30	32	17	19	1.95
65455223--65455363	71	2.0	71	90	0	219	28	31	17	22	1.97
65455300--65455458	48	3.3	48	89	0	246	26	25	20	27	1.99
65455190--65455410	119	1.9	119	88	1	336	27	28	19	25	1.98
65466411--65466445	11	3.2	11	91	0	52	31	14	34	20	1.92
65470673--65470739	29	2.3	29	86	0	89	35	25	10	28	1.89
65479372--65479584	45	4.6	45	77	8	194	30	21	17	30	1.96
65479342--65479541	96	2.1	96	93	0	337	28	18	18	35	1.94
65481527--65481571	3	15.0	3	86	9	65	62	2	0	35	1.08
65481862--65482197	45	7.5	45	79	2	293	27	21	17	33	1.96
65484540--65484572	17	1.9	17	88	11	50	15	12	6	66	1.42
65488235--65488307	40	2.0	36	84	15	96	42	8	15	34	1.76
65488592--65488636	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
65494789--65494826	19	2.1	18	85	14	51	47	0	7	44	1.32
65495001--65495053	27	2.0	27	84	0	70	20	13	13	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65495054--65495122	21	3.3	21	77	0	75	15	24	17	42	1.88
65495029--65495138	42	2.6	42	78	5	123	18	22	16	42	1.88
65497238--65497665	69	6.2	69	80	3	414	34	22	22	19	1.96
65497238--65497616	207	1.8	207	82	2	492	34	23	23	18	1.96
65511220--65511248	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
65529144--65529265	44	2.8	43	82	7	133	59	2	9	29	1.41
65529050--65529277	3	77.7	3	69	7	103	59	3	7	28	1.42
65529564--65529608	9	5.0	9	83	0	54	57	0	11	31	1.33
65529564--65529594	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
65529659--65529781	3	40.7	3	67	20	62	60	0	7	31	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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