genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28220695--28220931	24	10.0	24	73	16	149	0	30	0	69	0.92
28225239--28225263	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
28225423--28225465	9	4.8	9	91	0	59	41	27	6	23	1.80
28225569--28225608	21	1.9	21	85	10	55	42	10	32	15	1.79
28227073--28227112	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
28227058--28227124	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
28227052--28227128	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
28228560--28228697	41	3.3	41	73	9	136	36	18	20	24	1.95
28228787--28228842	25	2.2	25	93	0	94	21	28	3	46	1.68
28236003--28236055	25	2.2	24	86	10	72	15	20	24	39	1.91
28236169--28236223	25	2.2	25	77	6	58	23	20	21	34	1.97
28242555--28242741	25	7.5	25	75	11	132	25	14	22	37	1.92
28242554--28242732	75	2.4	75	83	5	220	25	13	22	37	1.91
28242580--28242718	50	2.8	50	83	2	163	22	13	25	38	1.91
28242555--28242758	75	2.7	75	80	6	218	25	13	22	37	1.91
28242927--28243065	70	2.0	70	95	0	251	42	20	3	33	1.70
28244183--28244470	51	5.7	50	81	4	283	30	26	14	28	1.95
28244183--28244470	102	2.9	101	85	2	355	30	26	14	28	1.95
28247613--28247669	27	2.1	27	96	0	105	22	33	12	31	1.91
28251200--28251323	42	2.9	43	83	4	153	29	28	17	25	1.98
28251377--28251463	43	2.0	42	86	2	120	28	33	14	22	1.94
28251532--28251578	20	2.3	20	79	13	53	36	2	4	57	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28256082--28256115	13	2.5	14	85	4	52	35	44	5	14	1.70
28256178--28256219	21	2.0	21	85	0	57	35	45	0	19	1.50
28256454--28256564	56	2.0	56	82	6	138	36	9	1	53	1.43
28256647--28256871	41	5.5	41	89	0	342	31	30	18	20	1.96
28257064--28257341	51	5.5	51	80	8	300	30	25	14	29	1.95
28257064--28257341	102	2.7	101	89	0	403	30	25	14	29	1.95
28260161--28260224	19	3.2	19	78	14	67	57	7	0	34	1.27
28260160--28260210	19	2.6	19	84	9	68	62	7	0	29	1.23
28262218--28262262	20	2.2	20	84	4	54	31	2	0	66	1.04
28266817--28267100	43	6.6	43	89	0	361	23	30	19	26	1.98
28267209--28267265	26	2.2	26	87	6	80	64	1	1	31	1.13
28267482--28267530	21	2.3	21	89	0	71	4	48	16	30	1.64
28273046--28273295	9	27.2	9	70	18	135	33	2	18	46	1.60
28273050--28273238	16	11.8	16	68	21	78	32	1	18	47	1.58
28273018--28273205	25	7.6	25	72	19	128	34	0	18	47	1.53
28273099--28273321	34	6.3	34	74	14	134	32	2	17	46	1.63
28273252--28273295	21	2.1	21	87	8	63	34	2	15	47	1.58
28273226--28273318	33	3.0	32	73	17	88	34	3	15	47	1.61
28273268--28273292	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
28273445--28273552	24	4.6	24	67	17	66	48	1	2	47	1.27
28273402--28273678	69	4.0	69	93	2	468	47	3	4	45	1.39
28273487--28273649	21	7.2	21	65	17	67	48	3	3	45	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28274710--28274734	11	2.3	11	100	0	50	56	36	8	0	1.29
28274734--28274763	14	2.1	14	93	0	51	63	10	6	20	1.47
28275281--28276058	147	5.3	148	75	5	542	34	21	17	26	1.96
28275281--28275811	292	1.8	294	83	4	705	35	22	16	25	1.95
28276372--28276419	21	2.3	21	82	7	53	50	20	4	25	1.66
28276379--28276426	21	2.2	22	85	10	64	47	22	6	22	1.73
28276423--28276465	21	2.1	20	83	12	52	51	44	0	4	1.22
28276972--28277134	73	2.2	73	90	4	249	27	23	19	29	1.98
28277305--28277386	40	2.0	41	83	6	105	18	20	20	40	1.92
28280096--28280171	22	3.4	23	80	14	88	25	30	1	43	1.63
28280095--28280169	33	2.2	33	86	6	98	24	30	1	44	1.62
28280095--28280171	11	6.9	11	73	24	72	24	29	1	44	1.62
28281408--28281440	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
28285756--28286122	125	2.9	126	86	4	546	30	22	16	30	1.96
28298463--28298545	34	2.4	34	83	0	94	18	7	37	37	1.78
28299809--28299921	9	12.4	9	85	5	138	24	10	25	38	1.88
28304097--28304165	27	2.6	27	83	0	84	17	21	15	44	1.86
28309932--28309988	28	2.0	28	100	0	114	22	10	7	59	1.54
28315676--28315708	14	2.4	14	89	0	57	54	6	12	27	1.60
28330526--28330604	22	3.5	22	76	6	77	35	12	16	35	1.87
28330591--28330638	21	2.3	21	89	3	71	20	14	27	37	1.92
28340177--28340201	13	1.9	13	100	0	50	8	56	0	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28340718--28340747	16	1.9	16	93	6	53	0	13	3	83	0.77
28345379--28345408	11	2.7	11	89	0	51	36	26	33	3	1.73
28347081--28347245	41	4.1	40	79	9	172	29	19	24	26	1.98
28354638--28355490	41	20.8	41	99	0	1672	26	19	22	31	1.98
28356392--28356575	92	2.0	92	98	0	359	25	14	24	35	1.93
28359167--28359580	41	10.1	41	99	0	812	26	19	22	31	1.98
28363800--28363833	17	2.1	16	89	10	52	61	11	5	20	1.50
28368541--28368567	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
28372969--28373021	24	2.2	24	89	0	79	50	5	32	11	1.61
28374127--28374162	16	2.4	16	86	13	51	77	0	11	11	0.99
28374759--28374948	96	2.0	96	93	0	326	38	14	20	26	1.91
28379459--28379540	31	2.6	31	82	1	83	59	7	14	18	1.57
28381022--28381102	39	2.1	39	90	6	130	60	2	11	25	1.43
28381826--28381873	10	4.8	10	87	10	71	64	2	8	25	1.32
28381826--28381883	20	2.9	19	85	10	80	65	1	8	24	1.30
28382530--28382721	99	1.9	99	88	4	289	32	22	13	30	1.93
28383700--28383760	23	3.0	20	80	15	70	75	0	1	22	0.89
28383717--28383762	5	9.4	5	81	13	60	78	0	2	19	0.86
28386075--28386301	49	4.6	50	80	2	251	25	18	27	29	1.98
28389097--28389141	15	2.9	15	86	3	63	17	15	13	53	1.73
28393143--28393387	49	5.0	50	82	4	309	25	18	26	28	1.98
28393146--28393387	99	2.5	97	85	6	317	25	19	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28395254--28395327	39	1.9	39	86	5	107	60	2	9	27	1.41
28404174--28404729	288	1.9	288	87	1	810	26	15	29	28	1.96
28411832--28412059	46	5.0	46	87	3	289	40	14	24	20	1.90
28412339--28412371	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
28413486--28413534	20	2.5	20	86	0	62	20	32	24	22	1.98
28413498--28413536	20	2.0	20	94	0	69	15	28	35	20	1.93
28418157--28418194	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
28418418--28419326	46	19.7	46	96	2	1673	30	28	19	21	1.98
28426471--28426508	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
28426864--28426901	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
28443096--28443120	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28449681--28449705	10	2.5	10	100	0	50	36	0	8	56	1.29
28453616--28453656	21	2.0	21	85	0	55	41	4	0	53	1.22
28472608--28472644	17	2.2	17	90	0	56	51	2	5	40	1.39
28481690--28481738	9	6.0	8	78	21	57	34	0	14	51	1.43
28481685--28481734	24	2.1	24	96	0	91	30	0	16	54	1.42
28486195--28486415	47	4.7	47	79	8	234	23	32	17	27	1.97
28497836--28497869	12	2.8	12	86	13	52	44	0	2	52	1.16
28501424--28501464	13	3.2	13	83	13	57	7	19	0	73	1.07
28501771--28501813	20	2.2	20	87	8	61	48	2	0	48	1.14
28501771--28501812	21	2.0	20	82	13	50	50	2	0	47	1.14
28503967--28504060	40	2.3	40	85	1	116	20	21	7	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28512055--28512109	28	1.9	29	88	3	85	14	21	43	20	1.87
28516707--28516831	43	2.9	43	86	5	137	25	18	30	25	1.98
28516734--28516831	43	2.3	43	90	0	160	24	18	31	25	1.97
28516734--28516842	43	2.5	43	87	0	137	24	19	29	26	1.98
28521296--28521325	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
28521537--28521663	63	2.0	63	98	0	245	48	11	11	29	1.74
28523088--28523202	43	2.7	43	83	0	149	26	20	28	23	1.99
28524023--28524156	67	2.0	66	88	4	198	38	11	11	38	1.77
28526820--28526870	21	2.4	21	86	0	75	21	43	21	13	1.87
28527143--28527199	23	2.5	24	74	8	64	33	14	7	45	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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