genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  246  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84155350--84155516	46	3.5	46	80	9	151	28	20	28	22	1.98
84161179--84161236	29	1.9	29	83	13	73	46	1	18	32	1.60
84162470--84162494	13	1.9	13	100	0	50	32	32	16	20	1.94
84165449--84165716	47	5.8	44	72	17	170	29	19	29	22	1.98
84165449--84165706	140	1.8	140	81	6	326	29	18	29	22	1.97
84165490--84165710	47	4.7	48	77	8	197	29	18	30	21	1.97
84167295--84167333	19	2.0	20	85	14	55	38	15	0	46	1.46
84170104--84170190	24	3.8	24	81	14	94	22	22	18	35	1.95
84170105--84170227	23	5.3	23	77	14	110	23	21	17	36	1.95
84170104--84170219	45	2.5	45	84	8	146	23	22	18	36	1.95
84171833--84172013	40	4.6	40	90	2	276	25	25	23	24	2.00
84180515--84180545	15	2.1	15	93	0	53	29	16	25	29	1.96
84183563--84183908	40	8.6	40	93	2	536	24	21	28	26	1.99
84186739--84186898	86	1.9	85	81	13	195	33	26	15	24	1.95
84194256--84194282	11	2.5	11	100	0	54	66	7	0	25	1.17
84197181--84197205	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
84197481--84197651	43	4.0	43	71	11	138	22	16	27	33	1.95
84206390--84206466	26	3.0	26	84	0	100	37	23	20	18	1.94
84207226--84207260	17	2.1	17	100	0	70	57	22	5	14	1.59
84212765--84212942	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
84212766--84212921	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84212762--84212942	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84220828--84221005	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
84220829--84220984	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84220825--84221005	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
84226189--84226284	42	2.3	42	85	5	122	28	27	16	28	1.97
84230270--84230527	71	3.6	71	94	0	426	27	18	14	39	1.89
84233202--84233361	86	1.9	85	80	6	189	25	18	24	31	1.98
84233229--84233343	42	2.7	44	76	11	114	28	19	20	32	1.96
84252193--84252324	42	3.1	43	79	7	135	25	15	25	34	1.95
84254058--84254109	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
84271640--84271719	34	2.4	34	89	4	117	25	25	25	25	2.00
84271656--84271738	34	2.5	34	86	5	107	28	21	21	27	1.99
84276357--84276486	49	2.7	47	80	5	154	23	29	19	27	1.98
84276519--84276580	30	2.1	30	90	0	97	29	25	14	30	1.95
84276552--84276703	46	3.3	45	85	7	184	23	31	17	26	1.97
84285286--84285397	44	2.6	42	81	6	118	24	16	24	35	1.94
84285280--84285436	43	3.7	42	75	10	147	25	15	22	35	1.94
84286367--84286800	225	2.0	208	89	8	654	25	14	18	38	1.88
84293849--84293892	22	2.0	22	100	0	88	22	18	18	40	1.91
84301160--84301376	40	5.4	40	84	6	235	26	23	26	23	2.00
84308787--84309009	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
84308787--84309009	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
84308787--84309042	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84317099--84317124	5	5.2	5	100	0	52	61	19	0	19	1.35
84320091--84320416	27	12.1	27	80	10	262	31	10	19	38	1.85
84320091--84320410	54	6.0	54	82	7	314	31	9	19	39	1.84
84320147--84320411	80	3.3	80	86	3	381	31	9	20	38	1.85
84320147--84320411	107	2.5	107	84	6	349	31	9	20	38	1.85
84325015--84325199	49	3.7	50	86	3	259	30	26	17	25	1.97
84325862--84326015	6	24.8	6	71	18	102	46	12	21	19	1.83
84325862--84325955	25	3.8	25	89	0	143	45	15	22	15	1.84
84325862--84325993	31	4.5	31	67	21	93	45	13	21	18	1.84
84325892--84325987	19	4.8	19	70	20	70	45	13	20	19	1.84
84325886--84326015	62	2.1	62	91	0	206	46	13	20	20	1.83
84325936--84326015	25	3.2	25	78	5	92	47	11	18	22	1.80
84325886--84326015	31	4.2	30	73	16	97	46	13	20	20	1.83
84326133--84326240	27	4.0	26	80	5	99	35	23	23	18	1.96
84326399--84326463	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
84326533--84326788	128	2.0	128	99	0	503	31	28	18	21	1.97
84326980--84327064	27	3.1	27	80	6	100	30	20	16	32	1.94
84327105--84327282	27	6.6	27	84	2	187	30	8	20	39	1.83
84327071--84327257	54	3.5	54	78	0	167	33	9	20	37	1.84
84329229--84329382	6	25.0	6	73	17	111	47	12	18	22	1.81
84329205--84329302	25	3.7	25	74	15	88	47	10	19	22	1.79
84329229--84329347	37	3.6	35	68	25	96	47	13	17	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84329260--84329382	43	3.0	43	83	6	159	47	13	17	21	1.81
84329205--84329348	31	4.6	31	75	13	134	47	11	18	21	1.80
84329266--84329329	19	3.4	19	66	20	53	48	14	15	21	1.80
84329260--84329382	37	3.3	37	82	8	144	47	13	17	21	1.81
84329500--84329585	27	3.2	26	83	4	91	34	18	23	23	1.96
84329500--84329605	27	4.0	27	81	6	83	35	18	23	21	1.95
84329766--84329831	22	3.0	22	74	12	64	34	22	22	19	1.96
84330218--84330301	27	3.1	27	80	10	109	29	20	16	33	1.95
84330311--84330417	54	2.0	54	81	3	126	32	9	20	37	1.85
84330342--84330465	27	4.6	26	84	4	131	29	8	20	41	1.82
84338805--84338843	19	2.1	19	85	9	53	38	2	25	33	1.70
84339149--84339202	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
84339325--84339485	81	2.0	81	95	0	286	37	11	22	28	1.89
84339509--84339705	50	3.9	50	80	2	209	26	18	25	29	1.98
84345103--84345156	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
84350764--84350815	26	2.0	26	84	0	68	40	7	11	40	1.70
84351043--84351237	50	3.9	49	82	2	230	26	17	26	29	1.98
84351101--84351182	26	3.2	26	65	30	68	25	13	28	32	1.93
84353994--84354063	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
84354267--84354425	27	5.9	27	87	0	219	27	20	17	34	1.95
84354267--84354425	81	2.0	81	89	0	246	27	20	17	34	1.95
84354482--84354837	27	13.1	27	80	5	193	31	8	20	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84354501--84354819	54	5.9	54	79	4	286	31	8	20	39	1.83
84354501--84354819	81	3.9	82	78	4	308	31	8	20	39	1.83
84371081--84371243	45	3.7	45	75	9	174	30	30	18	20	1.97
84372897--84372940	16	2.8	15	83	10	52	47	2	13	36	1.56
84376592--84376657	20	3.3	20	73	0	69	13	28	21	36	1.91
84376604--84376684	40	2.0	40	80	4	92	19	25	16	38	1.92
84379206--84379262	29	2.0	29	100	0	114	28	21	14	36	1.92
84384326--84384468	41	3.5	41	74	9	123	20	18	30	30	1.96
84389083--84389225	41	3.5	41	74	9	123	20	18	30	30	1.96
84401596--84401766	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
84401588--84401763	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
84406000--84406137	70	2.0	70	100	0	276	29	14	21	34	1.93
84406086--84406181	40	2.4	40	92	3	158	25	17	26	31	1.97
84408399--84408458	29	2.1	29	96	0	111	28	25	0	46	1.53
84426297--84426369	23	3.2	23	66	33	66	43	13	4	38	1.63
84426275--84426373	46	2.2	46	98	0	189	41	13	5	40	1.66
84429110--84429169	27	2.2	27	93	0	102	31	18	28	21	1.97
84435104--84435255	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
84435104--84435255	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
84435104--84435255	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
84438472--84438510	19	2.1	19	85	9	53	30	5	23	41	1.76
84444625--84444783	43	3.7	43	79	12	184	25	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84447885--84447931	24	2.0	24	83	8	60	38	6	8	46	1.60
84449040--84449069	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
84452152--84452248	45	2.2	45	79	7	108	31	22	10	35	1.88
84459674--84459825	27	5.6	27	79	6	146	23	15	6	53	1.65
84459674--84459825	54	2.8	54	83	3	180	23	15	6	53	1.65
84459674--84459825	81	1.9	82	83	4	200	23	15	6	53	1.65
84461495--84461536	15	2.6	16	81	11	59	61	0	0	38	0.96
84461551--84461593	10	4.2	10	85	5	59	48	11	0	39	1.40
84461554--84461596	21	2.0	21	95	0	77	41	11	0	46	1.40
84461564--84461596	11	3.1	11	82	8	50	39	9	0	51	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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