genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67146097--67146273	80	2.2	80	87	5	243	27	27	21	24	1.99
67148504--67148652	41	3.5	42	77	11	133	27	17	27	27	1.98
67148504--67148623	41	2.7	46	79	12	137	25	17	27	30	1.97
67166837--67166941	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
67167301--67167327	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
67169474--67169726	68	3.9	64	77	10	219	30	16	28	24	1.97
67174926--67174958	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
67178691--67178995	154	2.0	153	92	2	504	35	17	17	30	1.93
67187015--67187159	76	1.9	76	85	0	200	24	14	18	42	1.88
67188112--67188164	22	2.3	23	80	12	63	54	30	3	11	1.53
67198782--67199049	40	6.6	40	85	9	355	24	29	23	22	1.99
67198782--67199045	83	3.2	83	95	2	455	24	29	23	22	1.99
67198782--67199049	123	2.2	121	85	8	357	24	29	23	22	1.99
67209475--67209581	55	1.9	55	92	0	178	19	23	34	22	1.96
67209489--67209594	55	1.9	55	88	0	158	18	24	33	22	1.97
67216534--67216563	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
67216766--67217052	50	5.7	50	81	3	299	30	25	18	25	1.98
67216824--67217005	101	1.8	101	93	0	319	28	24	20	26	1.99
67216767--67217052	151	1.9	151	89	2	448	30	25	18	25	1.98
67223046--67223254	46	4.5	46	79	8	212	24	29	19	27	1.98
67223046--67223254	94	2.3	90	83	8	253	24	29	19	27	1.98
67225397--67225533	69	2.0	69	89	0	211	32	16	12	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67232735--67232906	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
67232682--67232904	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
67232757--67232939	79	2.3	80	79	2	190	25	22	27	24	2.00
67236065--67236124	26	2.3	26	85	2	77	38	21	20	20	1.94
67240566--67240610	20	2.3	19	81	11	54	46	4	13	35	1.63
67240825--67240898	37	2.0	37	97	0	139	41	10	22	24	1.86
67246682--67246742	31	2.0	31	90	0	95	29	18	31	21	1.96
67256247--67256446	25	7.3	25	68	18	130	64	9	5	21	1.41
67256251--67256455	31	7.2	31	62	29	107	65	8	4	20	1.39
67256235--67256458	56	4.0	56	99	0	439	63	8	5	21	1.43
67256235--67256514	112	2.5	109	88	6	318	62	8	6	22	1.46
67264261--67264345	44	1.9	44	83	4	109	24	18	25	30	1.98
67266981--67267275	27	10.9	27	86	1	394	34	17	22	25	1.96
67266981--67267276	81	3.7	81	93	0	477	34	18	21	25	1.96
67267254--67267319	27	2.4	27	73	9	71	18	21	25	34	1.96
67267790--67267853	22	2.9	22	80	13	78	18	23	23	34	1.96
67268110--67268215	6	17.2	6	70	16	65	21	19	13	45	1.84
67268113--67268181	25	2.8	25	88	0	102	20	21	13	44	1.85
67268147--67268214	19	3.6	19	72	18	70	22	20	11	45	1.83
67268151--67268231	37	2.2	36	86	8	110	22	19	9	48	1.78
67272995--67273039	19	2.4	19	84	0	54	26	35	26	11	1.90
67275016--67275158	49	3.0	49	91	2	227	26	30	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67277751--67277859	57	1.9	57	88	0	164	28	28	20	22	1.99
67277867--67278058	40	4.8	40	91	3	291	27	31	22	19	1.98
67279656--67279847	49	4.0	49	95	1	325	27	29	8	34	1.86
67279716--67279847	27	5.3	27	62	23	81	29	30	6	34	1.82
67286629--67286729	43	2.3	43	96	0	184	24	22	27	24	2.00
67287308--67287340	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
67294173--67294343	93	1.8	93	89	2	272	28	26	21	23	1.99
67294168--67294345	46	3.8	46	75	11	166	28	26	20	24	1.99
67296978--67298119	49	23.6	49	97	1	2060	29	28	8	32	1.86
67297882--67297957	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
67306654--67306827	46	3.8	45	73	13	147	31	27	19	21	1.98
67306661--67306831	93	1.8	93	84	0	234	30	27	19	21	1.98
67308895--67309010	43	2.7	43	90	1	180	28	22	25	24	1.99
67313179--67313253	24	3.1	24	88	0	114	30	4	41	24	1.73
67314664--67314770	27	4.0	26	83	8	126	18	23	21	36	1.95
67314664--67314770	54	2.0	53	90	1	169	18	23	21	36	1.95
67317975--67318120	40	3.7	40	83	7	172	26	26	23	23	2.00
67321397--67321537	43	3.3	41	77	12	124	26	19	24	29	1.98
67324930--67324993	29	2.2	29	78	8	69	32	10	3	53	1.52
67327826--67327912	43	2.0	43	100	0	174	40	16	9	34	1.80
67327908--67328121	107	2.0	107	100	0	428	25	18	14	42	1.88
67343382--67344262	28	31.5	28	98	0	1658	25	14	28	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67345136--67345302	84	2.0	84	97	0	316	43	8	22	25	1.81
67345551--67345761	106	2.0	106	97	0	395	36	19	20	23	1.95
67352889--67353040	27	5.6	27	90	2	214	26	13	28	30	1.94
67352889--67353040	55	2.8	55	87	2	225	26	13	28	30	1.94
67352889--67353040	82	1.9	82	91	0	250	26	13	28	30	1.94
67353493--67353873	191	2.0	191	98	0	744	18	19	23	38	1.93
67358176--67358200	13	1.9	13	100	0	50	44	32	16	8	1.76
67359952--67360034	30	2.8	30	94	3	141	22	25	19	32	1.97
67360251--67360321	25	2.8	25	93	0	124	25	22	25	26	2.00
67360369--67360405	10	3.6	10	92	7	65	29	18	18	32	1.96
67363378--67363560	40	4.7	40	82	10	211	25	22	27	24	2.00
67363378--67363560	79	2.3	80	83	10	227	25	22	27	24	2.00
67363407--67363593	79	2.4	79	79	9	197	28	20	26	24	1.99
67368161--67368244	42	2.0	42	90	4	134	25	40	10	23	1.87
67368561--67368712	27	5.6	27	90	2	223	30	28	13	26	1.94
67368561--67368712	55	2.8	54	88	2	223	30	28	13	26	1.94
67374622--67374690	25	2.8	25	88	0	93	28	24	21	24	1.99
67374737--67374776	10	3.9	10	87	6	62	30	22	17	30	1.97
67375508--67375602	45	2.1	45	96	0	172	38	27	8	25	1.84
67381947--67382206	57	4.6	57	91	1	414	30	35	16	17	1.92
67381972--67382186	28	7.6	28	73	3	178	29	34	18	17	1.94
67382735--67382829	48	2.0	48	89	0	145	37	22	13	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67383188--67383273	42	2.0	42	95	0	154	45	33	3	17	1.65
67387432--67387833	200	2.0	200	99	0	786	32	24	9	33	1.88
67394796--67394896	27	3.7	28	89	4	152	31	28	13	25	1.94
67403043--67403113	35	2.0	35	100	0	142	38	2	25	33	1.71
67403701--67403919	110	2.0	109	96	0	402	46	7	21	23	1.77
67404252--67404498	39	6.3	39	88	1	327	17	23	28	30	1.97
67412242--67412326	43	2.0	43	100	0	170	44	11	21	22	1.84
67415008--67415067	28	2.2	28	87	3	86	38	25	18	18	1.93
67415003--67415097	27	3.5	28	79	4	95	38	22	18	20	1.93
67415506--67415544	8	4.9	8	81	12	53	2	17	25	53	1.56
67418807--67418900	27	3.4	28	88	2	129	35	20	24	20	1.96
67424119--67424298	35	5.1	35	79	2	182	42	18	10	29	1.83
67425906--67426052	74	2.0	74	91	0	240	30	21	13	34	1.92
67428800--67428829	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
67431249--67431401	28	5.5	28	93	2	247	26	13	29	30	1.94
67431249--67431401	55	2.8	55	93	1	252	26	13	29	30	1.94
67444545--67444706	35	4.6	35	81	0	198	41	17	9	31	1.81
67447130--67447167	20	2.1	18	85	14	51	31	0	13	55	1.38
67448801--67448831	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
67452803--67452915	27	4.2	28	85	3	135	35	21	22	21	1.96
67453325--67453363	8	4.9	8	93	0	69	2	23	25	48	1.63
67461918--67462097	35	5.1	35	79	2	182	42	18	10	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67469180--67469341	35	4.6	35	81	0	198	41	17	9	31	1.81
67471765--67471802	20	2.1	18	85	14	51	31	0	13	55	1.38
67473433--67473463	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
67475822--67475956	27	5.0	27	86	0	171	35	18	20	25	1.95
67475815--67475957	54	2.6	54	85	0	196	36	17	19	26	1.94
67475936--67475999	27	2.4	28	78	7	69	18	18	25	37	1.94
67477330--67477386	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
67482316--67482368	20	2.6	21	76	11	56	67	0	24	7	1.16
67482310--67482360	15	3.5	15	79	10	54	66	0	25	7	1.18
67482540--67482735	84	2.4	80	87	3	266	25	21	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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