genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  230  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78557287--78557388	50	2.0	50	98	0	195	36	17	18	27	1.94
78558990--78559052	22	3.0	22	73	13	60	50	7	3	38	1.47
78563133--78563232	20	5.0	20	67	4	58	26	20	34	20	1.96
78563133--78563237	40	2.6	40	76	0	120	26	21	32	19	1.97
78569352--78569547	40	4.9	39	80	7	180	26	26	21	26	1.99
78569378--78569547	80	2.1	80	85	4	227	27	26	21	24	2.00
78569853--78569931	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
78569914--78570015	43	2.4	43	94	0	186	26	36	13	23	1.92
78571881--78571959	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
78572078--78572331	47	5.4	47	91	0	391	27	29	9	32	1.89
78574780--78575007	111	2.1	111	98	0	438	32	22	11	32	1.90
78586011--78586053	21	2.1	21	86	4	61	48	23	2	25	1.62
78587296--78587410	29	4.0	29	81	2	117	27	30	14	26	1.95
78587469--78587514	19	2.6	18	82	6	58	19	39	21	19	1.93
78590051--78590218	39	4.3	39	91	0	248	30	20	25	24	1.99
78597782--78597906	40	3.2	39	79	12	146	28	26	22	23	1.99
78605939--78606115	40	4.4	40	81	4	207	26	26	22	24	2.00
78605939--78606115	80	2.2	79	85	6	232	26	26	22	24	2.00
78612867--78612959	39	2.4	39	90	0	141	27	19	29	23	1.98
78614482--78614659	40	4.5	41	87	5	249	25	29	23	21	1.99
78614482--78614659	79	2.2	80	90	1	277	25	29	23	21	1.99
78615843--78615872	10	3.0	10	95	0	51	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78615842--78615872	14	2.2	14	94	0	53	0	19	0	80	0.71
78615794--78615926	57	2.4	54	93	5	223	15	21	9	54	1.68
78622543--78622718	40	4.4	40	85	7	225	26	30	22	21	1.98
78622543--78622717	78	2.2	80	89	2	264	26	30	21	21	1.98
78623852--78623982	58	2.3	58	92	6	221	15	21	9	54	1.68
78629143--78629257	29	4.0	28	76	6	97	28	27	16	26	1.97
78637843--78637877	16	2.1	17	89	5	54	17	5	42	34	1.73
78642824--78642868	11	3.9	11	80	11	54	35	0	0	64	0.94
78642819--78642874	24	2.3	24	87	3	76	37	0	1	60	1.07
78644985--78645290	46	6.6	46	85	3	366	43	15	22	18	1.88
78649132--78649215	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
78649087--78649308	49	4.5	49	86	2	282	25	17	27	29	1.98
78649077--78649308	99	2.3	100	84	2	288	25	18	28	28	1.98
78651675--78651890	49	4.5	49	75	15	159	25	28	18	27	1.98
78651664--78651845	96	1.9	96	83	5	240	26	28	18	26	1.98
78656050--78656098	23	2.1	23	96	0	89	46	6	12	34	1.66
78663875--78663939	27	2.4	27	87	5	87	33	20	21	24	1.97
78663940--78663994	27	2.1	26	82	3	65	20	18	21	40	1.92
78664676--78664735	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
78671364--78671426	27	2.3	27	83	0	72	34	12	22	30	1.91
78673703--78673836	67	2.0	67	97	0	250	34	17	17	30	1.93
78676415--78676464	16	3.3	15	76	13	50	46	4	0	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78676617--78676650	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
78679185--78679253	32	2.2	32	100	0	138	34	24	8	31	1.86
78686159--78686245	44	2.0	44	88	8	133	33	16	17	33	1.92
78688229--78688376	43	3.4	43	74	13	135	25	16	25	33	1.96
78690039--78690079	22	1.9	22	85	14	59	31	7	19	41	1.79
78692330--78692366	16	2.3	16	100	0	74	27	16	5	51	1.66
78692566--78692928	40	8.9	40	88	5	498	26	28	20	23	1.99
78692749--78692815	17	3.6	17	69	21	53	32	25	17	23	1.97
78692731--78692798	23	3.2	23	66	23	67	26	26	22	25	2.00
78694416--78694552	46	3.0	46	85	0	193	25	32	8	33	1.85
78694523--78694665	47	3.0	46	82	6	135	25	29	11	33	1.91
78698379--78698655	40	6.9	40	90	1	405	27	27	20	23	1.99
78698499--78698571	23	3.4	23	66	21	68	26	27	21	24	2.00
78700146--78700282	46	3.0	46	86	0	202	25	32	8	34	1.85
78700253--78700395	47	3.0	47	81	4	155	25	28	11	34	1.91
78722877--78723790	47	19.3	47	98	0	1648	30	8	31	29	1.87
78723915--78724046	37	3.6	37	93	0	219	25	18	30	26	1.98
78725334--78725861	40	13.2	40	89	2	774	26	20	25	27	1.99
78727932--78727957	12	2.2	12	100	0	52	23	15	30	30	1.95
78729944--78730064	61	2.0	61	96	0	224	34	15	22	27	1.94
78736614--78736639	12	2.2	12	100	0	52	23	15	30	30	1.95
78739878--78740127	124	2.0	124	98	0	482	30	14	24	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78742361--78742547	40	4.7	40	94	0	329	29	20	28	21	1.98
78751339--78751514	46	3.8	46	77	10	178	22	20	27	30	1.98
78758558--78758737	89	2.0	90	94	1	317	25	12	15	46	1.80
78772391--78772433	17	2.7	15	80	13	50	51	20	13	13	1.76
78776779--78777403	50	12.6	45	68	21	251	30	26	17	25	1.98
78776823--78777510	151	4.6	152	78	5	705	30	25	18	25	1.98
78776873--78777302	101	4.3	101	99	0	842	30	25	19	24	1.98
78777319--78777501	101	1.8	101	83	2	242	30	24	18	26	1.98
78776873--78777453	202	2.9	202	89	2	641	30	25	18	24	1.98
78776873--78777453	303	1.9	303	85	3	794	30	25	18	24	1.98
78778126--78778182	30	1.9	30	88	0	87	28	28	5	38	1.78
78780055--78780227	46	3.7	46	72	10	163	23	19	26	30	1.98
78780052--78780222	93	1.8	93	89	0	270	23	19	26	29	1.98
78788172--78788989	48	17.0	48	99	0	1627	25	31	18	24	1.98
78794465--78794506	21	2.0	22	85	4	59	38	9	19	33	1.84
78806393--78806999	300	2.0	300	96	0	1106	40	7	15	36	1.75
78811816--78811846	13	2.4	13	94	0	53	25	19	12	41	1.87
78815417--78815471	25	2.2	25	83	0	65	60	10	1	27	1.41
78815426--78815475	25	2.0	25	92	3	84	56	8	2	34	1.40
78824214--78824475	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
78833026--78833177	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
78833026--78833177	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78838157--78838341	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
78838158--78838341	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
78838210--78838374	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
78843096--78843197	31	3.3	31	79	5	118	43	22	11	22	1.86
78843309--78843352	14	3.2	13	81	12	52	25	2	13	59	1.46
78846575--78846655	17	4.8	17	76	11	85	46	43	0	9	1.37
78846575--78846655	34	2.4	34	97	0	153	46	43	0	9	1.37
78848740--78848784	15	3.1	15	78	15	58	28	0	2	68	1.01
78854900--78855029	56	2.3	56	91	0	224	27	14	23	34	1.94
78859061--78859108	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
78859147--78859203	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
78859145--78859207	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
78860642--78860671	14	2.1	14	93	0	51	50	10	0	40	1.36
78861121--78861243	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
78861121--78861243	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
78861146--78861256	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
78868964--78868997	8	4.2	8	96	0	59	50	8	0	41	1.34
78868964--78869001	16	2.5	15	87	8	51	50	10	0	39	1.37
78869451--78869574	28	4.4	28	90	2	178	26	12	28	33	1.92
78870677--78871237	281	2.0	281	96	0	1025	34	16	17	31	1.93
78877967--78878030	30	2.1	31	91	2	103	26	25	6	42	1.78
78883081--78883209	50	2.6	51	78	3	136	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78894441--78894960	27	19.3	27	87	0	628	44	22	15	17	1.86
78899536--78899639	52	2.0	52	92	3	174	32	16	20	30	1.94
78903894--78903963	17	4.2	16	75	8	52	20	2	22	54	1.58
78908598--78908642	23	2.0	23	90	0	72	33	8	17	40	1.81
78919720--78919844	61	2.1	59	80	5	135	49	6	2	41	1.41
78920361--78920428	27	2.6	25	83	9	73	19	35	2	42	1.66
78920781--78920818	19	2.0	19	89	0	58	28	5	31	34	1.80
78922070--78922100	16	1.9	16	93	0	53	48	12	9	29	1.73
78923090--78923138	24	2.0	24	100	0	98	16	24	8	51	1.71
78923164--78923231	25	2.7	25	84	11	77	61	11	11	14	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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